Lsi08G007290 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview
NameLsi08G007290
Typegene
OrganismLagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionUnknown protein
Locationchr08: 15626962 .. 15633428 (+)
RNA-Seq ExpressionLsi08G007290
SyntenyLsi08G007290
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGCGGTAGAGGTCACTGGATATCAATGAAAAATAAACTTGAAATTTTGAAGTATAGACGTAACTAATTTACCATAATCACTTAAACTTATATATGATGTTATCTTTAATTAATATTGATTTTCACTCGTTAGACTACTAAAAATTTTCAATCTTAAAAGTGAAAGAAAATGTTAAAATACTGATGTTAATTTAAGTTGAATTACAAATTTAGTTTCAAGACTTCGAGATTTGAGCTTTCAAATTTTTTAAAATTCACAGATCTACTAGACATAATTAAAAGTTTAGGGACCTATTTGACACTTTTGAAAGGATCAAATAAAGATAAACCTCAAAATTCAATGACTAAACTTCTAATTTAAACTTAAATTTGCCAGAATCAATCTACCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGACTTTCACTTTCTTTGTAAATGTTTTACTGGAGAGTAAGAAGGAATCAATAATGAGTTGTCTAGGTCAACAGGAGAGTATGGATAATGGATGGCGTTAGAAGGAGGACCCAACTGGATCTCTTGTACATTTACAGAACTTGATTTGAATTTGATTTTACTGTTAGTTTGGTAAATTCCAGATAACCGCTAAAAGTCTTGAATAAGTTTGAAATTCTGAAGAAATTAAATATGGAATCAAATCCTATTGACCAAGATATGGAATATGTTGTAGTATTACTAGAATTAGAGACAAACCCAAACTCTAATAAAAAGTTGTACCTAATATGCTCACACACGAGTCAAAGGTGTGGTTGTGAATCTGGTAAATGGAAAAAAAAGACAAGAAAAATTCTAGTCACTTTCTAGCTAAATTCTAAAAAGACAAAGGGGGTACTGTAGAAGAATCCCCGTGTCAATTATTTTTGAAAAAGATGCATGAAGTGTGAATTCCATTGTTTTTTATGAAGTAGATGTTCTATCTTTATTGTTAATCTTAGTTTATATTTTTATATGGAGTTACTTATTTTTTCATCTATAATCATGAGCTTATGAAACATGATTTTAAGTGCATAACAATCTTATACATGTGAAGATTAGTGCTACACCTAAAATTATTCTTGATATTAGCTTTAAATATAGTTGAGAATTGCTTTCTAAAGCAACTCCTTAAAGTCTTAAACAGCCTCTCTTACAAATTTTTGTATGCTTGTTCCTACTACTCTAGACATATTAGAATTATAATTCTTTAAGTTAAAAGTGAGGGTAGTTTTTAAAAATAGAAAAATAAGGGAAACTATTTACCCAAAATAACAAATTTTTTAAATAGTTGTGATAGATAGAAGTCTATCAGAATCTATCAATGATAGAAATGATAGAAGTTTATCACTGATAGATGCTGATTGAATTCTATCAATATTTTTTTTACTATTTTCTATAAATAATGTGACATTTTTTCTATATGTGAATTTTCACAAAAAAATTATGTAGCAAGCAACTAAAATAATTGTGCTAAAAACTTAGGACAACATTTTAACACTATCATTCTGAAATAGCATCAAGTTCACTACAAGAATTTGTGAGTTTTGTCGGCAATGGATTGGTAAAATTTACTTTTGTTGACACTGTTCATTAGTGTCGGCAATTATAGTAAAACCTCTCATTCTCCTGAACTGTTGACCCAATTAATTAGTAGTCCTGAACTGATTCAATTCAATCTTATGTTTATCTTACACAAATTTTGTAATTTCACAGGAAAATTATAATAGGATGGTGTAAGAAGAAGAAGAGAAGAGAAGAGGAGGCCAGGAAGGAAATGAAAAGGACAAAAGACATATATACAGTAAAAAAGATTGGTAATCTTTGTGGGATACCCCTTTGCCCAAGAGAGGACAGACAGTCTTGTCTTCCATACACAAGTACATGGGTAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAACAAAAACTGAGGGAGCAAAATTTGGAGTTCTCTCCTTCATCATTTTCAGGTCAAACAAAAAACAAAATTGCATGAATTTTTCTGCTTTCAAATCGAAAAGTTTAAGTGTGGTAAAAGTAAAAGTAAAACAAGCCCAACATATTGTTCATAAGGGTTTATATGGCCTAGGCTCAAGAAACTTGAGTGCAGGTGGTGGAGGTCTACTTTTTATTTTAGTATTGATCTTTATTTTATTTGTCCTTTTTTTAGTCAGGTTTCTTTTTCATCAAATTACATATTCAATAGTGCAAAAAATATTTTAATGTGGCCATTTCTAGCTAGCGGATTATTTATTTTTATGCTTTAATTTAGCTTAATTTAGCTTGGCTTTGTGGTCTCCATTTTAAAACTGATAATAATTCAGTTGGTTTAGGTCTTTTTTTTAGTTGGTTTTTATATTGTAAACTTGGTTATTAGGTAGGTTTTGTTTCATTAAATAAATTAATTAACCAATATGTTGGATTTGCATGGATTTTTGGGCAAAAACCAACATGCCTTTCTTTCTCACCTACATAATAAAATATTGCAGGTACTTCCATACTCTTGAGTTACCCTAAATTGTTTTTATTTCATAATGAACTAATTTCATTTATTTAATAGAAAATGATTGATTCTAAAATATTGCAATTACATCCCATAATTAAATGCAACCGACGACTTTGACACTTGTGCTATATATGATTTCAAAAGTTTTCATGAAACCTTTTTATTTAGAAAGATGGCTAAAAAAGATTATCCATGAAGGAATGCGTAGAATTGACCAATCAAAAACGTGTTATCCCTTTGAAGCTTAAAAGAATGAAAAATAAATATGTGGATTGCAACTATATTCATTTTTATGCATCTTACTCAATTGTTCAATTATAATTTGTCATATCGTCATCTCTTTTTACTTATTTTAAAGATTTTTTTAGTGTGTAGAGTGAGAAGAACAAAATTGAGCATATTTCCTCTCAATTTCTTACCAAAGTTTTTATATTTTAAGTAAAAGAGTAAATTTTTAGCCAAATTCTAATTTCTAAAAACTATTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTTCAAAACCTGTTTGGTTTTTTAAAACATCGGTAAAAACTAGATAACAAAGCAAAAAATTTAAAGGTGGAAGGAATATTTGGAAACTTAATTTTAAAAAACTACAAATCGAAAACTAAATGTTTGGTAAATGGGGCCTAAATTTAAAAAAAAATTATTATTTAACAAATGCTTTCATTTTCTCCAAAGTTGCAATACTACCATTGACCTTTTATAACATACACCATTCAAATTTCTAAAGGATTTCTACTCCAATTGTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACATTTTTATAAAAGGTTAAGGATAATATTGCAACTAAAAAAAAATTACGAATATCTTTTGTAATTAAGTCAAATAAAAATTATACCTACAAATACATCACGCTGCTAAAGTTATTATAAAGTACTCATCAACTTTAAGTTTGAATGGGACGATAGGTCAATTAAACCAACCCCACGATGTAATACACCACTTAGCTAAAGCTATATATATTTCCATAGTTGATTAAAACCTTTAGTGGGAGTCTATAATTTCCTTTGTCTATGAGTTTTCTTTTTACAAAAAGCCCTATACTTAAAGAATCCCCATCAAACTTTTTGTTTATTATTAATTAGGACAATTTTAAAAAACTCTCCTTTAATCAACTATCTTACAATATATTATATATGATAATATAATTGTATTTAGTCGCCAAATATGACTTTGAACAATATTCTTTAGGGCATGATAATGGATGACCATACTTCTAAGAAGGAATCTACTTTTAAAGACTTCTTGTCATTGACAAGAAATGCTTATCCTCACTGTCTTTATAATCTCTTAATATATGGATTTGAGTTGTCCCTATGCAAATTGTCTTTGGTAATGTGGATATATAATAGAACACACTCTTTTAGGAGGGCCCAAAAAGCAAAACAACTTGTAAACGTAACCGATGTCTTAATAATGATGGAAAATAAAATTATGGCAGGTGAAGCATCCACTCCCCCAATAAGATAATTCGCGAAGGCCAAAATGAACTTTAGTTTAATGGTAATTGGCATGACCTTCCCTAGAGGTCGGATATTCGATCCTCCATTCCTGCAATTGTTGTGTACTAAAAAAAAGATAACTCATGAAGTCAATTTTTTTTATTATTACTAAATAAAATTCGAGGTTGAAGATTCAAACATTTGACCTTTTAGTTAATGATATAATATTTTAACTAAGTGAGGTAGGCTCGAATTAACATAAACATATAGAGATGAATTTTTAGGATAACAATCATATCTCTTCGGGGTTTCTTTTAATGGGCAAATTACAAAATATAGTCTTTGAAGTATGGTGGAACTCACGAATTATGTAATAATCTAGCACAAAAAATTGTGTCATTTCAGAGTATGAGGGAAGCAAAAGGATACTTTTAAGTTAACTTAATATTTTTTCTGAATTTTGACGACTAAATCATGATTAAATGAGACATTTGATAATAATAATAATAATTAAATAAAGAAATTCATTTTCTTCTCATTATCTTTTAAGGGGTTGAGAGGCTAGAATGTAATGCAATCAAGATTATTGAGAATCGGAGGAGTGATAGAATGAGTGAGAAATCGAGGATCGAACGAAAATGAGATCGTGAAGCATGAAAACAATGGAAAATAGAGTTAGATTGAAAATTGTGGGAATGAAATGAGTTTGATATTACAAATTAGGTCCAAAATATTCAATCTAAACATGGATTTTGGATTTCATTACATTAAAAACGCATTCTATTACGGACTCCCAAATGACCCCTTATTCCATTGCAGCCTCAATGGTAATTGCCATTTATAGTGAGTCTTACGTTGATGATCGAAATATCGACATTGAGTTGATGATAAAAAAAAGGAATGAAGGAGAACTAAAGGCAACTGCCATCCAATAGTACAACTGAGTTGTAATGATGAATTGAATACTTCCAGAGCTGATCACTAAAGAGTTAACTTAATATTAGTAGGGTGATGAAATAAGGTCACAATTCAAATACTTTATTCCCATAATTTTATGTTTCATAAATTTCAAGGGTAAGCATCACAAACAACTCAGCAATATTAACTTATTTTGTCCCAAAATACCAACAGATTACAGGAGAATTGGGATAACAAAAAATTGAGCACAAGACTGAGTGCGAAGTGTATAGAAGATTTATGTTACATTAGCTTTTGTTCAAACGGGCATCTTTGAAACCTCGGCCTTTGGTTCGATCGGTGACTGCAGGTCTGAGTTGATTGGGAACAGATTGCATTGTCCATGTTGTGCCATCAACTGGTCCATAAGAACTAGAGCTACCATAGCTTCAACCATTGGTACAGCTGCATGATCATCAAACCAAACAAAGGCAATTGTAATATAGCCTGAATTCTCCATTTCTATCAGTATATCCGTGGTCACAAGATTTCTAATGTTATTTTCAGAGGGGTAAAATCTTACATCTCAAACACATTTCCAAGAGAGTACTAAATCAGACATCAGCAGTCAAATGTGAAATAAAATAATAGAAGAGTGGAGAGTGGAGACTGTGCAATATGCCAATATCTTAAGTATATTTCTTTCATTTCTTATTAAGAATGGCCTTAAGTCCAAAGGACAGAAGATATTTAAAACTCAATGAAGTACCTCTTGGGACGACACAAGGGTCATGACGACCACGGGCAATCAGCTCAACCTCTTTTTTATCTCGGGTCACTGTATTCTGCTTTTTCTGCATAAAGCACCAAGTATTTTTATATCAGAATTGAAGCACCAAAAATAACAGATACAGAAAAGGTAAACTGAAGCAATGTGGGATTCACTTGTTATTTTCATCAAAAGCGAACCAAATAACGGCAGGCGGGGTAAAAGAAAAGGAAATTGGTTCAAATGCTTTGGTGGTAAACTGGTGGAGATTGCAATAATTTTTTTATCAGATGTGCAAGCAAGGTCATGATAGAGAAGAGCATCTTACCCCAATGGTAGCTGTTGGCTTGAAAGCTATCCTCATGCTTATGATTTCTCCATTAGATATACCTCCCTGAAAGCCAATACAGGTTTTCGGTAATTGGAACAAAATCACAAAAAGAAAAGACGCCATGTTCTGTTGATCAAATCTTAATCACTTCATATGGGCACAACTAAATACCTGTATTCCACCAGAGCGGTTTGTAACCGTTCTAATTCTTCCATTTTCATCTAAATAGAATGGATCGTTATGTTCGCTGCCAGTTAATAATGTACCTGCAGGAGTTTTAGTTTTGAAAATGTGAGTGCTGGGTGAAAAGGAAGAACAAAACTGCAGCAACTGCAAAGCGTGTTGTGTAATCAATGCAATAAATCGTGCTCCAAAGAGCCAGACAAGGTTTCAACCTCCAAATCCACTGCCGATTTCAAAGCCCTTTGATGCGGGTAATGACAGAACAGCTTTAGCAAACTCAGCTTCAAGTTTGTCAAAAACTGGTGAACCAAGCCCCTGA

mRNA sequence

ATGCGGAAAATTATAATAGGATGGTGTAAGAAGAAGAAGAGAAGAGAAGAGGAGGCCAGGAAGGAAATGAAAAGGACAAAAGACATATATACAGTAAAAAAGATTGGTAATCTTTGTGGGATACCCCTTTGCCCAAGAGAGGACAGACAGTCTTGTCTTCCATACACAAGTACATGGATGTGCAAGCAAGGTCATGATAGAGAAGAGCATCTTACCCCAATGGAAGAACAAAACTGCAGCAACTGCAAAGCGTGTTGTGTAATCAATGCAATAAATCGTGCTCCAAAGAGCCAGACAAGGTTTCAACCTCCAAATCCACTGCCGATTTCAAAGCCCTTTGATGCGGGTAATGACAGAACAGCTTTAGCAAACTCAGCTTCAAGTTTGTCAAAAACTGGTGAACCAAGCCCCTGA

Coding sequence (CDS)

ATGCGGAAAATTATAATAGGATGGTGTAAGAAGAAGAAGAGAAGAGAAGAGGAGGCCAGGAAGGAAATGAAAAGGACAAAAGACATATATACAGTAAAAAAGATTGGTAATCTTTGTGGGATACCCCTTTGCCCAAGAGAGGACAGACAGTCTTGTCTTCCATACACAAGTACATGGATGTGCAAGCAAGGTCATGATAGAGAAGAGCATCTTACCCCAATGGAAGAACAAAACTGCAGCAACTGCAAAGCGTGTTGTGTAATCAATGCAATAAATCGTGCTCCAAAGAGCCAGACAAGGTTTCAACCTCCAAATCCACTGCCGATTTCAAAGCCCTTTGATGCGGGTAATGACAGAACAGCTTTAGCAAACTCAGCTTCAAGTTTGTCAAAAACTGGTGAACCAAGCCCCTGA

Protein sequence

MRKIIIGWCKKKKRREEEARKEMKRTKDIYTVKKIGNLCGIPLCPREDRQSCLPYTSTWMCKQGHDREEHLTPMEEQNCSNCKACCVINAINRAPKSQTRFQPPNPLPISKPFDAGNDRTALANSASSLSKTGEPSP
Homology
[Close]
BLAST of Lsi08G007290 vs. NCBI nr
Match: KAG7016286.1 (hypothetical protein SDJN02_21392, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 80.1 bits (196), Expect = 1.6e-11
Identity = 65/185 (35.14%), Postives = 83/185 (44.86%), Query Frame = 0 

Query: 10  KKKKRREEEARKEMKRTKDIYTVKKIGNLCGIPLCPREDRQSCLPYTSTWMCKQGHDREE 69
           +K + R++   +   RTKDIY+      L G P CP EDRQSCL         + +  E 
Sbjct: 28  EKNRMRKKRGGRRPGRTKDIYS----NLLVGYP-CPTEDRQSCLVRVHGQEITRSNKIEN 87

Query: 70  HLTPM---------------------------EEQNCSNC--------------KAC--- 129
            +  +                             +N   C              KAC   
Sbjct: 88  CMNKLIAFKLKIEKFSVVKNEASHPNIDGSGQGNENWYKCYGGILKCACKFMREKACYPN 147

Query: 130 --CVINA-----------INRAPKSQTRFQPPNPLPISKPFDAGNDRTALANSASSLSKT 138
             C + +           +  APK+QT+ +PPNPLPISKPFDAGNDRTALA+SASSLS T
Sbjct: 148 GSCWLESYPHATAKYEFILYHAPKNQTKIRPPNPLPISKPFDAGNDRTALASSASSLSNT 207

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lsi08G007290 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lsi08G007290 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lsi08G007290 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7016286.11.6e-1135.14hypothetical protein SDJN02_21392, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
BLAST of Lsi08G007290 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableCOILSCoilCoilcoord: 9..29
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 120..137
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 97..137

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lsi08G007290.1Lsi08G007290.1mRNA