Lsi07G004310 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview
NameLsi07G004310
Typegene
OrganismLagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionUnknown protein
Locationchr07: 4604058 .. 4608600 (+)
RNA-Seq ExpressionLsi07G004310
SyntenyLsi07G004310
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAGGTATTTATAGGGGGAAAAGGGTAGCGATGTAATTAAGAAAATTGTTTAGGGTAATTGGGTAATATTAGTTGTTAACCTAATGTAAATCCGTCATTGGGTGCGTGGGATCGATTAATAACAGGTTGGGTTTAAGTAGTGTGTATAATAGCCGTGGGCCTTCGTAACTGAATAAAGTTTTTCACGTGCCCATTCTGGATGTGTGCTACACGCGCGTGAAGTTTTTAATTCAAAATGAAAATGTAGATTTATGTTTATGGGACAAATTATAAAAAAAATTTAAAAAATACTTATACGGTTAGTATATGAATAGATATCGTTAATACCTCATTGAAAAAGTAACTTAAAATTTTCTAACAACAAAAAAATCTATATATAATGATGAATTTGTTTGAAGTTTTATAAAGTTTGAAAATAATCAATTTTAAAACACAATGTCCTCATTTTTTTTATATAGTTACTCTCATTTTTCTCCTATTTCTTCCATTTTAATACCAATTTTCTTTAACAGCAAAAATACATATCAAAACTTTAAATTAAAACGTAAAATCCTACAAAATTCTAAAATCAAAATTTCGTTTTAAAACATATTATGATGATAAATAGCCAAATACAGAGAACACATAAAACTATGTATACATGTACTCTTTAAAAAAAATAATCGATACATACAACTTTGTTAAAATATTTAAGTCGTAAGATCACCTGATGTTTCTATTATACTTTTTCTTCTTGCAATAGTCTACATAGTGGGACGTTTTATTTTTTTATTTTTTAAAGATAAATAAACGTCAAATGTTTAATAAAATGAGGAATAAGAAGGTATTGAAGAAGAGAGAAGAGAAAAAAAAAATAGAAAAATAAGATTATATTAATTGTTTTTGTTCTAACAGTAAGGGTGTTATGTATTTTTATTTTTTTTATTTTAAGAGTATTTTTGAAACTTTTGAAAGTTTAAAGAGTATTTTTGACAATAAACAACAACAATAATAATAATAATTTGGGCAAAATACATTTTTGGTCCCTCAGGTTTGAGTTAAGTGTCTATTTAGTCCGTAAAGTTTTAAAATTGGCACTTTTGGTCATTGAGGTTTGAAAAATTGTTTTAAATGGTCCTTGAGGTTATTTGACCGTGGCTAACGGTAAGATGATGTGGCATGGTGAAGTGGCACATTTTAAGTGATGTAGCAATTTTTATTTAATTTTATATTAATCTACGTTGGTAGAAGATGAGGGAGAAAGAGAGAGAAAAAGCTAAATAAAATAAAATGAAAACAAAAAAGTTGATCCAAATCAAACATATATTAATATAAAATTAAATAAAAATTGTTACATCACTTAAAATGTGTCATGGTACCATGTCACATCATCTTTTCGTTAGTCAACTTAAAATATTTTTTCAAACTTCAAAGACCAAAAGTGCCCATTTTAAAACTTTAGGGACTAAATAGACCCTAACTCAAACATCATGGACCAAAAGTGTATTTTGCCCTAATAATTTTTTACCAAAGTAGTATTTAAACCGTATTATTATTATTTCAATTAATTAGAAGTTGACATGTGGTAGTCAACAATTAGTTTCGCACTTCCTCTCTATATTAAAAGTTGAAAAAGATTCTAAAAAGGTGTAAAAATCCTACAGCGTATTCTGTTTTTTAAAAATAAATAAATAAACTTCAAGTTTTGTATTTTTCATAGTCACTAAAAGGCTTTTACTTTCAATAAGCTATTTCTTATTAAGTGTTGAGCTTTGTATGTTTACTATTTGAGAAAGTTTCTCATCTTATTATTCATTTCAAATTTATCGGGTAAGAGTTGCTATTGATCAAAAAGAAAAAAAAAACAAGCAGTTGTAAAGGTTTCATCCAAAAAGGTTGAACTTGTTCTTGTTTTCGAAAAAAATAATGTTTTAGCCGTTGAACTCTGAGCCGCGAAAAGTGTCAAAGTTTTTAGTAAAATATTCAAGATGAGCTTGAAGTTCAAGATGAGCTTGAAGTGAAGCAGGTGGGTTATGTCGAACCACATGTTCAAGTGTTACATTTTCTATCTCTATCCTATTTTAATGTTGCAATTAATTTATTCATGATAAAAATTGCTATAACTTTTGTGTTAAAATTAATTGCCTGTATTTAATTATTTAGGTTGGTATAATTTTAAATTGTCATTTCAGTTACCTATCTTGACATAAGACTTAAATCGGGTGCTTGAAATTGTTATTGTTAATTTATTAATTATTTTGAGGTAAACTTGTTTGCATGAATATAAACTTAAATTATCTGTGTTGTAAAAGTGTAGTTAATTAGTTTAATAGAGCATACTTAGAAAAAAAATGTATTTAGTTTTATTAAAAAGAAGTAGATAATATATTCAAATATAAAATCATTTAAAAAATGTCAAAGACTCAAAGTGGATATCGTAGACTCTTTCTCTTAAAATTGGAGGTAAGCCTGTTTAAATGACTAGACAACCCGAACAACCCTAACTACCCAACCCAAAGTGTAAGGTTTGGGTTGGGTTAGTTTTGTTCTTAGGTTGAATTGAGTTAAACTTTTCCTAGTTTCGTTGAGTTGGGTTGTGGGTTGGCTAAAAAAAATTGAGATCCAATCTAACTCGAACTTTATATATATTTCTCTTTGTTTAAAGTTTGATTAGTTTGTATCGATTAATTTGTGAATTTTTAATTTTTGTTCAAATTATTATGATGTTTGGTTTTCTTTAAAGGTCGTAATAAATATCATAGATATTTGATATTTAACATTTAAATTTTATGAGATTTTAGTTATTAGTCGTATGTTGCAAACAAATTTACATATTTTTAATTAAAAAGAAAAAAATTATAACTCAACAACCCAATCCAACCCGAATTTTAAAGCTGGGTTGGAGACTTTATTTGGATCTTTTGGGTTCAACCCAACCCATGTACACGGGAAGTTCATATATTCTAATACCTCACATGTTAATTAAAAAAAAAAAGGTGAAAAAATCAATGTTTGGTCTTGCCTCCATAGATATAAACTAAAAAAACACGAAGACAAAAAGAAAAAGACTTGGATGCAGCTACAAGTCTACAACCTAAGTTGCATCCAATAAAAATATACTATGGGACAAAAAAAAATTTCATTTGATTTTTAAATTTTATTTTTACTATGTTAAATAAGAAAATATTGAATTAAAGCTACGTCTAATCATTGTTCAAACAAAAATATAGAAACCACACTATAAAGATGAAAAATTGAATATTTGAATAAAACGAGGACCAAATTGCAATTTAACCCTTAGTTTCAAGAACCCTTGCGAGGAAGGGCGCGAAAGCAACCAAACAGAGAGCAAAAAGCTTGGAGAGCGATCAAGAACAGAAACCAAGCGACCGCCATTAAAGCAAGCAAAGGCCAAGAACTGTAAACATATTCCTTCACAAATCTTCCCATTTTCACTCTCCATAATCCATTGTAATACTCATTCACCTCTTCAATCACCTTGTCCAACTCCAATACTCTGCTCAATCTGATCGATTTGCTCATCCCATTCCACATCGCAGCACCCTCTTCGTCGCTCTTCAGATGGTTCACAATCACCCCTCCTTCTCTTAGCAATCTCAAATCCTCGTTGGAATCCACGATTCCGTTCATCAATTCCGTGTATCTTGTGAAAACCAGCGCCCCTAATCCGCTTGACGCTTCGTATGCTACGAGGTTTCTCAGCGTTGCTTGTGTGTTCACGTCGAGTCTCGCCGTTGGAAGGTACAGCATTCCGGTTTTGGCGTTGAAGGTGATTGTAGAGATTCCGCCATGGGAGGGTGAGAAGCGGATTCCGGCTTTGAAGAGCTCCGAAACGGAAGGTATTGTTATTTCCTCTGTTAATGGCGGTCTATTTGCGTTTGGATTTGAATTAGGGTTTTGAGATTCTGTTTCTTCCTTGGCTTCTTGTTGCTCTCTGAAGAATAGAATCTGTTTTAACACTGCGAATGGAGGGATCGTGGAGAGAATCGTCCATGGCAGCCGCGCGATCGTCTTCACATGTTGAGATTGCATCGCTCGCTTTGTGAAACTAATTAGGTGTTTGAGGAATTGCTTGGATATGTGTGCGAATCGTTTTCTGTAACTCGAAATTTGGGGAGATTGTTCGATTTCATTAGGGATTTCGATAATTTCTGATGGTTCTTTCGATTTAGGAGTGATCATTTGGTATAAAAAGTCCAGTAAATGAGCGCAATCTGAAATTTGAATATCTGGAATCCCGTCCGTGGTGTTGAATGGAGAAAGCTCTGTGAAGAAACCGTTCATCATGGAGAGCAAAATCTCATCAGATTGTTCAGAGGATTCGAATTGGAATTCCATCATCTTCCTCAATACGAACAATGGAATTTGATTTTCGAGCATGATTATATCTCTGAGAACAGCGTTATGTGCCGGCTTCGTCCCGGCGTAATCCATCAAATGCGACATTCTAGAAGAAACTCGCCGGAGACTCTTCAATTCTCCCGCGTAGACATGGAGAAACTCAAGCAAGAAAGAGGCATCAACGGCCATCATCCAGGCTAA

mRNA sequence

ATGAGGGCGCGAAAGCAACCAAACAGAGAGCAAAAAGCTTGGAGAGCGATCAAGAACAGAAACCAAGCGACCGCCATTAAAGCAAGCAAAGGCCAAGAACTATGGTTCACAATCACCCCTCCTTCTCTTAGCAATCTCAAATCCTCGTTGGAATCCACGATTCCGTTCATCAATTCCGTGTATCTTGTGAAAACCAGCGCCCCTAATCCGCTTGACGCTTCGTATGCTACGAGGTTTCTCAGCGTTGCTTGTGTGTTCACGTCGAGTCTCGCCGTTGGAAGGTACAGCATTCCGGTTTTGGCGTTGAAGGTGATTGTAGAGATTCCGCCATGGGAGGGTGAGAAGCGGATTCCGGCTTTGAAGAGCTCCGAAACGGAAGGTATTGTTATTTCCTCTGTTAATGGCGGTCTATTTGCGTTTGGATTTGAATTAGGAATAGAATCTGTTTTAACACTGCGAATGGAGGGATCGTGGAGAGAATCGTCCATGGCAGCCGCGCGATCGTCTTCACATGTTGAGATTGCATCGCTCGCTTTAGGATTCGAATTGGAATTCCATCATCTTCCTCAATACGAACAATGGAATTTGATTTTCGAGCATGATTATATCTCTGAGAACAGCGTTATGTGCCGGCTTCGTCCCGGCGTAATCCATCAAATGCGACATTCTAGAAGAAACTCGCCGGAGACTCTTCAATTCTCCCGCGTAGACATGGAGAAACTCAAGCAAGAAAGAGGCATCAACGGCCATCATCCAGGCTAA

Coding sequence (CDS)

ATGAGGGCGCGAAAGCAACCAAACAGAGAGCAAAAAGCTTGGAGAGCGATCAAGAACAGAAACCAAGCGACCGCCATTAAAGCAAGCAAAGGCCAAGAACTATGGTTCACAATCACCCCTCCTTCTCTTAGCAATCTCAAATCCTCGTTGGAATCCACGATTCCGTTCATCAATTCCGTGTATCTTGTGAAAACCAGCGCCCCTAATCCGCTTGACGCTTCGTATGCTACGAGGTTTCTCAGCGTTGCTTGTGTGTTCACGTCGAGTCTCGCCGTTGGAAGGTACAGCATTCCGGTTTTGGCGTTGAAGGTGATTGTAGAGATTCCGCCATGGGAGGGTGAGAAGCGGATTCCGGCTTTGAAGAGCTCCGAAACGGAAGGTATTGTTATTTCCTCTGTTAATGGCGGTCTATTTGCGTTTGGATTTGAATTAGGAATAGAATCTGTTTTAACACTGCGAATGGAGGGATCGTGGAGAGAATCGTCCATGGCAGCCGCGCGATCGTCTTCACATGTTGAGATTGCATCGCTCGCTTTAGGATTCGAATTGGAATTCCATCATCTTCCTCAATACGAACAATGGAATTTGATTTTCGAGCATGATTATATCTCTGAGAACAGCGTTATGTGCCGGCTTCGTCCCGGCGTAATCCATCAAATGCGACATTCTAGAAGAAACTCGCCGGAGACTCTTCAATTCTCCCGCGTAGACATGGAGAAACTCAAGCAAGAAAGAGGCATCAACGGCCATCATCCAGGCTAA

Protein sequence

MRARKQPNREQKAWRAIKNRNQATAIKASKGQELWFTITPPSLSNLKSSLESTIPFINSVYLVKTSAPNPLDASYATRFLSVACVFTSSLAVGRYSIPVLALKVIVEIPPWEGEKRIPALKSSETEGIVISSVNGGLFAFGFELGIESVLTLRMEGSWRESSMAAARSSSHVEIASLALGFELEFHHLPQYEQWNLIFEHDYISENSVMCRLRPGVIHQMRHSRRNSPETLQFSRVDMEKLKQERGINGHHPG
Homology
[Close]
BLAST of Lsi07G004310 vs. NCBI nr
Match: KAF5758116.1 (hypothetical protein HanXRQr2_Chr16g0725631 [Helianthus annuus])

HSP 1 Score: 77.4 bits (189), Expect = 2.0e-10
Identity = 41/71 (57.75%), Postives = 49/71 (69.01%), Query Frame = 0 

Query: 65  TSAPNPLDASYATRFLSVACVFTSSLAVGRYSIPVLALKVIVEIPPWEGEKRIPALKSSE 124
           T+ P    ASYATRFL    VFTSS   GRY++ VL  K++ +IPP  GEKRIPAL  S 
Sbjct: 2   TNGPAATHASYATRFLKYTSVFTSSSTTGRYNVTVLTSKLMSDIPPLTGEKRIPALAISV 61

Query: 125 TEGIVISSVNG 136
           T+GIVISS+ G
Sbjct: 62  TDGIVISSIFG 72

[Close]
BLAST of Lsi07G004310 vs. NCBI nr
Match: XP_020223072.1 (uncharacterized protein LOC109805420 [Cajanus cajan])

HSP 1 Score: 64.3 bits (155), Expect = 1.7e-06
Identity = 41/115 (35.65%), Postives = 57/115 (49.57%), Query Frame = 0 

Query: 21  NQATAIKASKGQELWFTITPPSLSNLKSSLESTIPFINSVYLVKTSAPNPLDASYATRFL 80
           N AT++   +    WF+ TP SL    SS  S +PFI+SVY  +      + ASYATRF 
Sbjct: 16  NDATSLSLFR----WFSNTPLSLRIFTSSSVSIMPFISSVYRARIIPSGAMHASYATRFR 75

Query: 81  SVACVFTSSLAVGRYSIPVLALKVIVEIPPWEGEKRIPALKSSETEGIVISSVNG 136
               + + +   GR+S+      +   +PP  G    P  +SS T GI  SS NG
Sbjct: 76  KTTSLLSVTWITGRWSVAEDLSNLTAFMPPLVGRNTTPVFESSSTLGIASSSTNG 126

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lsi07G004310 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lsi07G004310 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lsi07G004310 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAF5758116.12.0e-1057.75hypothetical protein HanXRQr2_Chr16g0725631 [Helianthus annuus][more]
XP_020223072.11.7e-0635.65uncharacterized protein LOC109805420 [Cajanus cajan][more]
BLAST of Lsi07G004310 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lsi07G004310.1Lsi07G004310.1mRNA