Lsi05G005360 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview
NameLsi05G005360
Typegene
OrganismLagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionUnknown protein
Locationchr05: 6673594 .. 6679496 (+)
RNA-Seq ExpressionLsi05G005360
SyntenyLsi05G005360
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGGACGGTTAGCAGAGTTGTAAGGCCAAGAGGTGGAGCCACGACCGTCCAAGCGACCCAAGCCATCGATGAACAAGTTGTTCACTTGGTCGAAACTAAGCCAATAGTTGCCGGTGGCGAAATGCTTATCGGCAGGAGCCAACAATTCGCCGTCAAGTTGTATACGAATGAAGCCATGGCATGGACCTTGAAGCAGCAATGGTAAAACTAAGAATTTCCCTTGTGCTGGTATTAAAACTACACCACCTCCATTGTTTCCACAAGCTTGGCTCCATGCCATACTTAATGCCTATTATACAAATAAACTCATTAACCTTTTATAATCATCATCTTTCAACAAAATGATAGCTTAAAATTTCAAATTTCACAGTTTTGAGAATCATTTTTTCTTTGTTTTTGAATTTAACTATTTAACAAAGCTCATTTAGAAAGTGAAGACTCATTGAAATTTATCCTTTTTTTTTTCTTTATATATAAATTTTATTTTCAAACTAAAAAGAAATGAAAACAAAAGTACATTATGTACCATAACTGTCTAGTATATGTTGTGTCTTAGTCTCTTAGATGATGAAAAAAATTAGAGCTGATTTGATAATGTACTTTTTATAATAATAATAATAATAATAATAATTACTTCTACCTAAGATTTATTTGTCTTTTTTAATCAACTATGTACGATAGATTTTGAAGTATAAGTCAAATTTTGAAAATTTAAAAAGTAGCAAAAATTTCATACATACATATACTAGTGCTTCTAATGCTTTTGTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAATTAAAACAAGAAACAAAAACATTATCGAGATAATAACAATTTTTATTGTCACTAATTTTATAAATTACTACATTGAAAACTATTAAAAAAAAGTTATTAATTAGAATTGAATTTTAAAGCATCTGTGGTTTTATATTGAAAATAAAAATTTTTACCTTACTATTATCCGTTATTCCGTCAGGTTTGGCACCAAATTGCATAATATTGAACACTTTTTGAGCATCACAATATTTACAAATGCAAAATAACATCATAATCGACATTATATATCCAATTGCTAAAGAACTCAAACCCATTTTTTTTTTGCTTTTTTTTTTCTTTGTTCCTTTCTCAAAGATTCTAATTTTTTATCTTTTTTTTTTTCATTTTTATAACAAAATTTTAAAAACCAAAAATGGAATAACTCTCAATGAGTTGTTTTATTCTTTTATAGGTCAATTTATTTTGTTGGAAAATCTCCTATAATGATTTTATTGGTAAACCATGTCATTGAGAGATTAATGAGAATGAACTTTTAAAGGAAAATAATTAGTCTCACCCAATGATGAAAGTATTTTTTTGATATGTCGATATATCCATAAATCAAAAGATTCGATATCAATATTAAATATTTATAGATATCTCCAACATTTTTTTTATTAATACTTCTAAAACATAAAAATGTCATCTATTTAGTCTAATATGAACAGAAATACTAATAACAATATCCATAATTAGTTTGGGAGTAAAAACAATTCAATTATTAATCTAAATAAATTTTATAAAATTCGTGATTTACATAAATATTCGTCGATATCAATATTTTGTCAATATATCCATCAATATATTCGTAAAATTGAAATGTCGATATCGATACTTTGTCGATATTTTATCCGTAAAATTAAAATGTCGATATCGATATCGACATCAATAGTTTAATCTTTGGTCTTACCTTCCATTTCTTCTGTATCTCTGATTTCTTTACGAAAATGAATTTAGAATTAAACCTTAAACTCCATTACATGTTGAGTAGTTAAAAATCCTCTCGAGGAACTCAATTCTTTTAACAAATTATGTTTTATTGAAGAGTAGGAAAGATGCATGGAAATTGAAGGGAAAAAATGTGAGTCTCATTTTTACAAAGGTATCAACTTTAATTTCTCAGTCGAAATATCACAATTAACTTTTGTATGTCTTTAACATAATTTTGAGAGTGAAGATCAGACTATTGATTGTAGTTTGCACTTTATTCATTGAACTAAATGTCATTTAAGTTATGATTGTTGTGACATCCACACACTTTCTCTTAGTTCAACAATGTATATAAATGTATTTGAGTCTTTAATCTCTTAATTGAGAATATATATGTCTCAAGTAATCGAATTATCCTCAAATATGTCAACCGCTACAACCTCTAGAAGAGTGACATTTTTATTCTATAACATTCATAGATGATGGTATCTATCAACAAGGGTTAAAAAGGGTATTATTAGATATCAAAACCATATGAGGAGGAGATAAGTTTTATAGAAAAGGAAAAAAAAATAGTACACCTAACTTAATTGTTGTTAGGCAATTTAGATTGTGTTTTATATTTTCGTAGATTCACTAAGATTCTTCAATAAATATACATTCAACATATGTGTTTTTAATGTTTTCATTATATTTAGATTTATATCTTAAATTCTAAAAATTCAAATTTATATTTAAAAAGGTAAAAATCTTAATAAAATATGATATTTAATGTTATAAATCTAATTTATTTTTTATTAAAAAAATAAAAAATAAAATATATTATAATATTATAATTTATATCTAACTAGCTAGGTTGGATCAGGAGATTAGGTTATTTGAGTTAGATTTATTTCCTATTCGAAATAATGTTTTAATATATTAGGTACCTAAGTATTATAATTATATTTTATTTGGTATAAATAGGTCCTTAGATATGTACTTATTAGGGAATTAAGCCTTAGGCAGTCTTTCCAATTTCTTCCCATTTTTACCTTCCTTTAAATTTCATAATAATAAGAACTAACGTGTTCTATACTAATTATTTAAATATCAGAAAGTATATGAAACCTCATTAAAGGGGACTCATATCAATAGAAAAGATCACTAGTTTTTCTCAAATTCATCCCATGTTAAAAATAAATGTGAAACTTCTTACATCGAAAGAATTGTTCAGTTTGGTCACCATAATGTGTGGGAGTATTGCTTGATTTTTACACCATGCATAACCGTAAGTGTATAGTGTCAAGTTTTAATACAGTGATTGAGTTCGTGTATCGTTCTCAGAATTCGGGCCAATTTAGCTAAGTACCTATTGGAAGAGAAATTTTGGTCAATCAAAACTTGTCACGTCATCACAACAAAAGCTAATTTTATTAAATTTGGGGCCAATTAAAAATTACCGTGTCCCTAATTAAAATTTGAAGACAAATAAATGACAAACTAAAAAATGTCACGTGTCTCATATCTGGCCATCTGATCACAAACGATAGATTTATTGAATTCAATGGTGATTAAGCTCGGACCACAATTAATAAATTTGAGTTAAAGTCCAATTGAGCTTGAAATTATAAATTGGATCGAACCGAATAATTAAAGTTGTCTGGGTCCAAAGCCCAACCCAATTCAAATCCACGACGAAAATTTGGGTCAAAGAAAAGACTAGGCGTGAACCCAATCTTTGGGCCCAAGAGCAACTGGATCCAAGGCCATATAAGATCTATGAAAACCCTCTGTAAATAGATGTCTTACCCCTTCATTTGGGAGGGGAGAATTAAAGCTTTGAAGACCAAATATGAAGTTCTCAAGCTTTGAAGATCAAAGGTCTCAATTTTTGAACAACTGGAGCTCTAAAGCTCTGAAGCTCTGAACCTCTAACGACTTGAAAATTGAAGCCCTTAAGATATGAAGAACACGATATTGTTGATATACCAAATTTGAAGTATATCATTTAGAATGATTATTAAAATTTAACATTAGACTTTCAATTGTATATTTATATTAATTCAAAATGAATTACAAGTAGATCATTAGCGTACCAACAACATATTATAATGAGCTAAAATGCAGAACTAAGTATATAGTGTATCAATAATTTATCAACACTCATTCAACTTTTATTTGAATTGTAACATAGATGTATTATAGTATGTAAATAGTCATTACACAAATTCATTTCATGTACATTTTTAGTGTATCAATAGTATATCACTCATAACTTAAATTTGTTTTAAGTATTGTATTGGTGCATCGATAGTATATCAATACTCATTCAAAAATTTAATTTTAATTATATATATTATTAGTGCATTAGTAGTTATAGTTAGTCACTTATTCAAAATTCATTTAAAGTATACATTAACTTATCAATATTGTATCAATCTTCATAAAAAAAAATAATTTCAAGTGTATCATTAATGTATTAGTAGTATATCAACATTTCTTCTAAATAAAATTTTAAGTATAATATTGGTATATTAGTATTATATCAACATTAACTCAAAATCCAATTTCAAGTATATCATTAGTGTATCAATAGTTTATCAGCATTCATTCAAAATGGTTACTAACATAATGGATTGAACCATTATGAGCTTATTATAATGTACTAGAAAAATAATGTTCTATAGCAGACGAATAAGGATTGAAATTAAGTCCACAAATACTAGTAAATGAACAAGCACTTCTTGACTAATAAATATGGTTTATAAATAATTTTGGTATATCTATTGTATAACTTATATACTTTATGTTTGGTATATTAGTCCGTTTGATATATCAAATATAAATAATATCATATATATTACTGATATACATGTTGATACACCAATAAGGATAAATTTGGAATGATAAAAAACAAAAATCTAACTTTTATGTTTTTTTTTCTATATTTTCAAATTTTGAAAAACCAAGCAAAATTTGTAACTTTAAGAATTTTTTTTTCTATTCTTGCAACTGCCCAAAAAATAAATGTGAAATTACTTAAATTGGAAGAATTAGCACAATGTGTGTGGTTGATAGGTTTTTTTTAGGGTAATGGTAATGATTAGTAATTTTAGGGATAATAATCAAGTGTATAACAACACTTTTAAAAAATTGTAAATATAGCAAAGTCATAGACTCTTGAGGTCTATCCTAGACCATAAAAGCTTATCACTAATAGACTTTGATATATTTGCAATTTTTTTAAAATGTTATTATATATATTAATACTTACGAGTGTCCTTGGAGGTAAAGAAAAGAAGCATCTTTCAAACATGCAGATTACAGTTCTTTTTAGCTATTGGATGAGACAGACACAATGGCTTCATTTTGAAACATCCCAGAAGGAAGAACAAAGACTAATTAATTAATTACTTAAAGACAAGAAGGAGGCAATTGAGAGCCAAAAGCAGAACCCCTAACATTTTGACAAATGGAAGTGGAGGAGGCAGCGCCATTGAAGGCTAAGTTAATGTTGTGTAGCACTATGCCTTGGCATGGAGCAACTTGGCTACAATTGAAAGTTACTGCTGCTTGGATACTTGAAGTTCCTCTTATGTCTTCATACTTCACATCTTTAATTTGTACTCTTGATTCACTCTGCAACCACAGACATTTTGCTTTAGATAATCAACTCTGGTTAATAAACCAAATAAGTTTCAAGTAATTCATGTATATATATATACCACTTTAGTATAGCAAAGATTGTGGGGACAATAGTTCTGGTCGATGACGATAGGGTTATTGACATTATGCATTTCGATATTCAAAAATGCAATGTTGCTAACCACGCTTGAATACGATGTTGACCATGTTTTGATCCTGACGCCATTCATCGTGCCATAGAAGTTGGTGTCTCTTACTGTGATTCTAGAGACGTCTGCTTCATTTGGATACTTTCCGAGACTGCCAATGCTGATTCCATGGCCAGGACCGCAGTGGACATTAGTTATGTTGATGGTTTGACTTCCAGGGCCCAAGGCGATGCAATCGTCTCCAGTGGCAATCAACGAATTTTGGATGGTGATACCTGTAGACATGCCAATGCGGAATCCGTCTGTGTTGGGACTGTCTTGTGGTGCAATTACTGTAACATTATCAAACACAACGTCGTTGCACCCATTCACTGCGAAATGACATGA

mRNA sequence

ATGGGACGAGTTGTAAGGCCAAGAGGTGGAGCCACGACCGTCCAAGCGACCCAAGCCATCGATGAACAAGTTGTTCACTTGGTCGAAACTAAGCCAATAGTTGCCGGTGGCGAAATGCTTATCGGCAGGAGCCAACAATTCGCCGTCAAGTTGTATACGAATGAAGCCATGGCATGGACCTTGAAGCAGCAATGGTCCTTAGATATGGCCCAAGGCGATGCAATCGTCTCCAGTGGCAATCAACGAATTTTGGATGGTGATACCTGTAGACATGCCAATGCGGAATCCGTCTGTGTTGGGACTGTCTTGTGGTGCAATTACTGTAACATTATCAAACACAACGTCGTTGCACCCATTCACTGCGAAATGACATGA

Coding sequence (CDS)

ATGGGACGAGTTGTAAGGCCAAGAGGTGGAGCCACGACCGTCCAAGCGACCCAAGCCATCGATGAACAAGTTGTTCACTTGGTCGAAACTAAGCCAATAGTTGCCGGTGGCGAAATGCTTATCGGCAGGAGCCAACAATTCGCCGTCAAGTTGTATACGAATGAAGCCATGGCATGGACCTTGAAGCAGCAATGGTCCTTAGATATGGCCCAAGGCGATGCAATCGTCTCCAGTGGCAATCAACGAATTTTGGATGGTGATACCTGTAGACATGCCAATGCGGAATCCGTCTGTGTTGGGACTGTCTTGTGGTGCAATTACTGTAACATTATCAAACACAACGTCGTTGCACCCATTCACTGCGAAATGACATGA

Protein sequence

MGRVVRPRGGATTVQATQAIDEQVVHLVETKPIVAGGEMLIGRSQQFAVKLYTNEAMAWTLKQQWSLDMAQGDAIVSSGNQRILDGDTCRHANAESVCVGTVLWCNYCNIIKHNVVAPIHCEMT
Homology
[Close]
BLAST of Lsi05G005360 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0L2V8 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_3G063630 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 87.8 bits (216), Expect = 3.4e-14
Identity = 42/63 (66.67%), Postives = 50/63 (79.37%), Query Frame = 0 

Query: 3  RVVRPRGGATTVQATQAIDEQVVHLVETKPIVAGGEMLIGRSQQFAVKLYTNEAMAWTLK 62
          RV RP    T  QATQ +DEQVV + +TKP+VA G++LI  SQQFA+KLYTN+AMAWTLK
Sbjct: 14 RVGRPSRSTTAGQATQTVDEQVVDIFDTKPMVADGKLLIRGSQQFAIKLYTNDAMAWTLK 73

Query: 63 QQW 66
          QQW
Sbjct: 74 QQW 76

[Close]
BLAST of Lsi05G005360 vs. NCBI nr
Match: KAE8650114.1 (hypothetical protein Csa_010527, partial [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 87.8 bits (216), Expect = 7.1e-14
Identity = 42/63 (66.67%), Postives = 50/63 (79.37%), Query Frame = 0 

Query: 3  RVVRPRGGATTVQATQAIDEQVVHLVETKPIVAGGEMLIGRSQQFAVKLYTNEAMAWTLK 62
          RV RP    T  QATQ +DEQVV + +TKP+VA G++LI  SQQFA+KLYTN+AMAWTLK
Sbjct: 14 RVGRPSRSTTAGQATQTVDEQVVDIFDTKPMVADGKLLIRGSQQFAIKLYTNDAMAWTLK 73

Query: 63 QQW 66
          QQW
Sbjct: 74 QQW 76

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lsi05G005360 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lsi05G005360 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0L2V83.4e-1466.67Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_3G063630 PE=4 SV=1[more]
BLAST of Lsi05G005360 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAE8650114.17.1e-1466.67hypothetical protein Csa_010527, partial [Cucumis sativus][more]
BLAST of Lsi05G005360 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lsi05G005360.1Lsi05G005360.1mRNA