Lsi03G009020 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAGAAGAAGAAGCCCAACTTTTCGCTCCTCCTCCCTCACAGCCGCCGCCCACCTCTCCTCCTCCTTCACGACCCGCAGCCAGCCGCCGACCGCCCTCCCTCCTGCTCGGTTTTCTTCTCCGGCGGCGGAGATGACGCAGCGGACCCACGAGCAAGCGACGCAAAACCACCCCGACGAAGGCTCTGCGACAGCAGCACTCCGATTTCACCAACGGAGGGCGATGGTACAGTGACGACGAAACCCACGGATTGAACCTGAGAGCACCCACTTCGAACAGTTGCTCCCAGGCTTTCGCAGCAGTTTTTTTCTCTCCGTTCGAGACTCCGGCGCGAACAATCAGGTTCTTCTGCACGTTTGCGACGACTGTGAGAGTCTTTCAGCAGCGTTTTTGACTTTGGAGTAAGCTTTCGGCTGTTACCCACACTCCGGTTGGCCTCAACTCGAATTACCTCGGACGTTTTCGAATCCCAACCAACAAGGTTCAGAGCCTTTTTGGTGATTTGGTAAGGATCGTTGCTTTAATCAGTTGTACTGATCGTTTGAAAGTTTTGTTCTGTTAAAAGTATTCAAGATTTTGTTTTGTTGAAAGTCTGAAACGTCTGGTTTTGAAAGCTTGTTTGACTGAAGGATTGTAGTTTTGAAAGCTTATTTGGTTGAAAGATTTTGTGTTTGAAAGCATTGTTTGTAACAAAGTTTTAACTAAAGTTCTGATAGGATGTGAATTTTTGTTTACGAACATTCTTAAAGAAGATGAATTTTGAAGCTTGATATGGGATTTGCTTATTGAGTATTTCTGTACTCATTTTTTCTTTTCCAAAATGTTTTCAAATGAAGGATTTGGTGATAATTTTGAAAGAATGAAGTTTGGCATTCTGGCACAAGGCAGTTTTTTTTTTCAGGATTTGACAACTTATCTTAGATTTCGTTGGTAATACATTGCTTCCGCTGAATTGAGTGAGTTGTTATAGTTTCTATTTGTTATGTTTTTGCATTATTATTTTAATAGTTGTATTGGAAAATTTACAAAAAAGGCCACTGTTGGGGCTCCTGATAGAAGTGTATTTTCTCCATATTAGAAACTGAGAATGGGGAAGCTGAAAGACAACACTATCTCAGGGCTCTTACCTACTGCCCAGATTTTTGCAGTTCACTATCCTGGTTATCCTTCGTCCAAGCGTCGGGCAATTGAAAGTCTAGGAGGAACACAATCAATTCTCAAGGTATAATTAATAGTTGATATAAAAAAAACTGGAAATCATTTTGAAATGTTCAAAGTTCCTCTTTTAGAGTTTGAAGTTTCCCTCTTAATATAAGACCTGTCTGATTTATAAATATTTTGTTTTTTGCGTCTAGTTATGCATAGGTCTCATCGCTAATAAACCAATGCTTCCTTGTGGAACCAAAGAGGGCTGTGGCATTGAATTCATTATTTGGGAGTTGAAGTTTGATCAAATTAAGGAACTTTTTTTAGGGTCTAGGGTTTTAAAAAAAATTATTGCTCATTTTCTGTAGGTTGACATTGTAACATAATTTGATTTGAGAAATTCCATTTCTTCTCATGATTAGAATAAATTCCAGTAAACAATTTGGCAGGCCCTTTATTGTGAAAACATATTCTAGAAAGAGTAGAAAGGGAAATTTCCCTCTAGACAATTGATTAGTGGGTTGGGTTATTTATCGTGGAGAGGGTCATTGTATTTGTGGGGAAGGAGAGGAATGTTTGAGAACATTGTGAACGTTAGCAGAGGAGATGGTAGGGAGGATTGGCTACCAGCTATCTAAGACTAGATTGATTTTATGGTTTGTGAGTTTGCTAGTAGCGGTTGTCACCTGGTTAGTTGGGAGGTTGCGGCTAATCTAATGGAGCTTAAGGTTTGGGTATAGGGAGTCTTAGGATGTGAACAAGGCCTTGTTGGCTAAGTAGTTGTGGTTCTTTCCTCATGAATCAGACAATTTATGGCATAAGGTTGTTGTTAGTACATATAGCCTCGCCCATTTTCTTGGCCCTTGAAGAGGAAAGGTATTACCAGAAATCCTTGGAAAGCTATTTTGAATTGGCTCCCTTTCTTTTCTCGGTGATGGAATGAGTACTTATTTCTAGAAAGATAAATGGTTGGGGATTGGATAGCCCCTTTTGTGCTTTGTTTCTTCGTTTTTACCATTTACCCAATTCAAAATTCTCCTTTGTGGCTTACATCCTTCTTTTGAAAAAATCTATTTTCCTTGATCTCAGCTGTCCCCGTTCTAACATGGAGGTTAGTGATATTTCGTGCTTGATTTAATTGGCGATTTTACTGTCTCAGAGTGAAGTGACTGGCGGGTTTGGAGTCCTAGTCCTTCAAACGAGTTCTCCTGTAAGTTGTTATTTGGATGTCAGGTGGGCCCTCTTCTTCTTGAAATTCTCCCTTCTTTTCTCATCTTTGGAAGATTAAAATTTCAACAAAGGTCAATAACGAAAGACAAGCTCCATTTTGTACTTCACATATATCAACGAAGAGGTCAATCTTGCATAATAACTAAATTCTTCTTCATGGTGCTCATTATTGAAGAAGTTTGCGAGGTTCTCCATTTAGGATATTTACAAAAACTGGAATGCTTTCATTTTCCCTATTTACTTGGTCTAGCTTTCTTGGTTATGTTCTTCTTTTGTCCTTCATATTTTTTATGTTATGTTATCAGTTAGTGTTGTATTTTGTTTTGTGTATTTCTTTGCTCTTTTGGAGTTTTGTATCCTTGAACATTGGTCTCTTTTCATTTTTTCAATGAAAAACATCGTATCTTCTAAAAAAACTAGGAAAAAATATCAATTTATACCTCTAAACTTGAGGGGTTGTATCAATTTAAACCCTGAACTAATAATTGTATCGATTTAAACACTAAACTTTTGTAAGTGTATCAATTTACACTCTCCATTATGTTTCGTTTGGAAAAACCTTATGTGAAACTTATAATTGTATCAATTAAACCTCTCAACTTTCATAAATGAATCAGTTTAAGACTCTTAGACAAAATTTTCTTTGAATATCGTCCATTCATTTACTTTAATCATCCATTTTGTAAAATCGACATTTGAAGAAGTGTTGGAGAATTAATGCATGGATGATTTTCAAAGATAGTCGTAGTGAAGTGTCTAAATTGATTGACTTATGAAAATTTAGGATTTTAATTGACTCAAATTTTAAGTTTTACAAAATACTAGTCAAACGAAATTTGGAGGAGGGTGTAACTGATACACTTACAAAAGTTTAAATTGATACAACTTCAAAATTTAGGGTTATAAATTGATATTTGCCCAAAAAAAACTAGAGGGAAAATTAAATACCTTTTTGGCCCCTATGTTTTAAGTAATAGGTGCATTTAGTCTCTGGGTTTTCAAAATGTACCTTTTTGGTTCTTATGTTTTGAAAAATAGGTTTAAAAGGTCTCTGTGGTTAGTTTTACCGTTAAGTAATTAACAGAATATGTTTTATTATATTTAATGCTGATATGGAAATTTGAAAGGTAAAAAGATAATAAAAAAACATGAACACCTCTCTCTTTCCTCCCTCCTCTCTCCCTCCATCTCCCTCCATCTTTCAACTATTAGCTGCCATCAATGTTCTTTAAGAAGACATAACCGATCGCCTGATAAAAAAATCATCCAAACTACCTTCATGTTGCCATTTTTAAAGGTTTTTTTTTTTTTCATTAGTCTGGGCTGTGCAATGTTTAGATTAAAAGAAAATGTAAAATAGAAGTATACTATTGCAACATTTTCTTTCTTCCTACCATTTCCAATTCCAACATTTAGATTCCGACTTTTCTAGGGGTTGTGCCTTCTCTAGAAAATTAACATTAGCATCCACAAGTTTAGTGACGTCGAAAAGGAATCACTGTGAAATTTTGGTTTTTTTTTTTTTGTTGCATATGGGTCTCTTTATTTCTCTCAATCTTTAGATTGCTCTGTTTTAATAGTGGAAAAAAAAGAGGAGGAAAAAGGGCCATTGGTAGTCCATTTTAGAGAGATAAATAGAGAGACAGTAAAGTATCAAACCAGATTTCAAATCTAAAAGAAGATGGAGGAAAAGAAGAAAAGGAGATGGTAAAAATGGCACCAACACCTGCGTCTAGCGAGGAGGAGGTGTCAGAAGAGAAGGTCGGAGGCAATGGATGAGTGGTGCTGAAAGAGTGGGTGGGGATATGGGTGAATTTGAGGAGAAAGAGAGAAGAGAGGGAGTGGGTGAACGGGAGAACCAGAGAAGAAAGAGTGGTGTTTTTGCTTTTTTATTATTTTTTTTACCTTTTAAATTTCCATGTTAGCATTAAATATAATAAAAACTATTATGCTAATTACTTAATGGTAAAACTAACCACAGGGACCTTTTAAATTTATTTTTCAAATATAGGGATCAAAAAGGTACATTTTGAAAACTCAGCTATTAACACATCCCCGTAGGTGTACTAATTACTAAATCATCATTTAAAGATTCTAAGTTCATACTTAACATTTCAGCATGTCTAATAGATACAAAGGAATGTGTAGCACCAGAATCAATCAATACATACATAGGTAAATCACAAATTAACATCGTACTCGTGATTACGTCAAGTGTATCCTCGGCTTCCTTCTGCGTCATAGTATAAACTTTGCCTTGCTGTTTAGACCTACCTAGCCCCTTCGCCTTGGCACCACTAGTGCCTTCACCTGTATTCCCTCCTGATTTCACTTGACTCACTATCTGAGACACAGCTCTTTGGTCTCTTCTATCTGTTGCAGTTTGAGGACAATCTCTCTTAAAATGCCCAGCTTGTTCACAATTATAACAAACATTCGAGCCACTGAAACACTGCCCGAAATGATACTTATCACATATAGGACACAGAGTTTTCCTCACTAAACGAGCTGTGGATTCTCCAGGTTGTCCCACCTGCGAACCAACCCCTGCCTCACTAGTAGCTCGTCTCTGATCTCGCCTCTGAGATCTACCTACT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Match: Q8R2T8 (General transcription factor 3C polypeptide 5 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Gtf3c5 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 88.2 bits (217), Expect = 1.7e-16 Identity = 59/235 (25.11%), Postives = 115/235 (48.94%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q54GS8 (General transcription factor 3C polypeptide 5 OS=Dictyostelium discoideum OX=44689 GN=gtf3c5 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 85.5 bits (210), Expect = 1.1e-15 Identity = 68/276 (24.64%), Postives = 128/276 (46.38%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O14229 (Transcription factor tau subunit sfc1 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) OX=284812 GN=sfc1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 56.6 bits (135), Expect = 5.5e-07 Identity = 27/76 (35.53%), Postives = 49/76 (64.47%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4E516 (general transcription factor 3C polypeptide 5-like isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103502764 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 519.2 bits (1336), Expect = 1.1e-143 Identity = 263/295 (89.15%), Postives = 274/295 (92.88%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CMW8 (general transcription factor 3C polypeptide 5-like isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103502764 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 519.2 bits (1336), Expect = 1.1e-143 Identity = 263/295 (89.15%), Postives = 274/295 (92.88%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KV91 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_5G630700 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 514.2 bits (1323), Expect = 3.5e-142 Identity = 262/313 (83.71%), Postives = 276/313 (88.18%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EPX9 (general transcription factor 3C polypeptide 5-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111434581 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 496.9 bits (1278), Expect = 5.9e-137 Identity = 244/293 (83.28%), Postives = 263/293 (89.76%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JKL2 (general transcription factor 3C polypeptide 5-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111486648 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 493.8 bits (1270), Expect = 5.0e-136 Identity = 242/292 (82.88%), Postives = 262/292 (89.73%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. NCBI nr
Match: XP_004142476.1 (general transcription factor 3C polypeptide 5 isoform X2 [Cucumis sativus] >KAE8648884.1 hypothetical protein Csa_008022 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 525.8 bits (1353), Expect = 2.4e-145 Identity = 262/294 (89.12%), Postives = 276/294 (93.88%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. NCBI nr
Match: XP_011655959.1 (general transcription factor 3C polypeptide 5 isoform X1 [Cucumis sativus] >XP_011655960.1 general transcription factor 3C polypeptide 5 isoform X1 [Cucumis sativus] >XP_011655961.1 general transcription factor 3C polypeptide 5 isoform X1 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 525.8 bits (1353), Expect = 2.4e-145 Identity = 262/294 (89.12%), Postives = 276/294 (93.88%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. NCBI nr
Match: XP_008465056.1 (PREDICTED: general transcription factor 3C polypeptide 5-like isoform X1 [Cucumis melo] >XP_008465057.1 PREDICTED: general transcription factor 3C polypeptide 5-like isoform X1 [Cucumis melo] >XP_016903319.1 PREDICTED: general transcription factor 3C polypeptide 5-like isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 519.2 bits (1336), Expect = 2.3e-143 Identity = 263/295 (89.15%), Postives = 274/295 (92.88%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. NCBI nr
Match: XP_008465058.1 (PREDICTED: general transcription factor 3C polypeptide 5-like isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 519.2 bits (1336), Expect = 2.3e-143 Identity = 263/295 (89.15%), Postives = 274/295 (92.88%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. NCBI nr
Match: XP_023530657.1 (general transcription factor 3C polypeptide 5-like [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023530658.1 general transcription factor 3C polypeptide 5-like [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023530659.1 general transcription factor 3C polypeptide 5-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 496.9 bits (1278), Expect = 1.2e-136 Identity = 244/293 (83.28%), Postives = 263/293 (89.76%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. TAIR 10
Match: AT5G24450.1 (Transcription factor IIIC, subunit 5 ) HSP 1 Score: 313.9 bits (803), Expect = 1.4e-85 Identity = 151/276 (54.71%), Postives = 204/276 (73.91%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G009020 vs. TAIR 10
Match: AT3G49410.1 (Transcription factor IIIC, subunit 5 ) HSP 1 Score: 306.6 bits (784), Expect = 2.2e-83 Identity = 146/277 (52.71%), Postives = 201/277 (72.56%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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