Lsi03G008680 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview
NameLsi03G008680
Typegene
OrganismLagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionTranspos_assoc domain-containing protein
Locationchr03: 14751186 .. 14789526 (-)
RNA-Seq ExpressionLsi03G008680
SyntenyLsi03G008680
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACATCGATAGACATTGATAGACTTCTATCAATATCTATCAGTGATAGACTTCTATCATTTCTATCACTGATAGATCTTGATAGACTTCTATCAACGTCTATCACAACTATCTAAAAATTTTGCTATTTTGTGTAAATAGTTTTTCTTATTTTTTATTTTTTAAAACTCCCCATTTAATGTGAATATGATTCATATTAAAACTATAGGTTATGTGAGAGAGCATTATTTGAATATGATTCAAATAAAATTAAATATATGCCTTAAAAAAAAATATGACATTTAATTTCTTTATTTAATATATATTAAATAGGGTTGTTTTCAAATATAGAAAAATGAGTCAAACTATTTACAAATATAAAAAAAAATTTCGGTCTATCAGTGATAGACCACGATAGAATTCTATCGTTTTCTATCGCTCCAGTGATAGAATTTATTTGCTTGAGCGATAGAAAGCAATAGAATTCTACCGCAGTCTGTTACTGATAGACAGTAAAATTTTTCTATATTTGTAAATAGTTTAATATTTTTTCTGTTTATAGTAATTTCCGTATTAAATATGATTTAATATATATTTTAAATTAAATTAAATTAAATTAAAGGAGTTATTCTATACGTGATGGTGGGGAGTTACAAATAACTTCTCCTACCTTCTCTGTCATGGGGTGATATATACATAAGAGTTTTGTAGGATGAAGAAGACTGATATTTTTTTAAATTAAAAAAAAAAAGAACTCTCTCTCAATAGTTTTTCCTTACCAAAAACAAGAAGAGTCCACACCTCGTAAGGAAGACCATTGTGGTGGTGTCTCAAGAAGTTTACTGTACGTGTTTTGGGTTGAAAGTTTCGTGCTGTTCTTATGCTCGAAGGAATTATTCCAGTTTGTGAGTTGGAGAAAAGATCCCTTGGAAGATAGTCTTCAAAGGTTTGTTAATTTCTTGATAAAAAAAATCCTTTCAAGCATGCTGTATATTATAAATGTTAATCTCTATTTTACATCTCTATTTTTTGAGTTTTCCAAAAAGAATTTTATTGGCATAAGGCGATCAATCGCTTCCGCGAGAAATTCGATTCATTCACTACAGTGAATGAGTGAAAGCTAGTGCCGCTAGGTAAAAGAATGCAAGTTTAAAAGGGCCCGTCGAAATTGATACTTAAGGCACCTTAGTGGACATATTACTTTCTTGAATTGTATGGATTCTTGATAATTGGTGCATGAGCTAGAGTAGGGGGAAAACTAGAAAAACTCTCTTAATTCCTAATTTGAGTTCTTGTTTTTTATTTAAAGGAGGGTTGCACACACATACATGGGGGATGACTTGATTTGGCCTTGAATATATTATTCTCTAAGGTATGAATCAATAGCACACTCATTTTGAATTCCCTATGGTTTTGTTTTATGGTAGAAAATTTCAATTTAGCAAATTTCTAATTAATAAAGAGTCATTAATTATACGATAATGACTCTTTATTTAGAAGTATTTTTGGTAGGTTTAATGTGTTTGTTAGTGGTTTTCAGGTAAATAATGAAGAAATTAATTTTTGGGAACCAAAGAAACCAAACCGAGACAAAACCGGATGAAAACAAGTTGAAAACCCTAGAAAACAGGGGAGCGTAGAGCAGAACCTGTTGGGTTTTATTTTGACCATCATTAATAAATTGTTATTAATTAATATTCAATAAGTGTTATTGATTATATTGATATTATCTTGTATTAATAACCCTAAAATCCAATAAACTAACATCCTAGGCTGTCTTATGAGTCTTGAACATATGAGGATCAATGCTCAATATACAACCTAAAGAGTTTACAGTATAGAGATAAGGCTGGGTACCTTATCCTAGTGACATTAAAGATACGACCCACTTTGTATTTGATACAAATGCAATGATCCAACGCGTTCGTGTAGGAGTCATGTGAGTGGGGGTATCCTATGTAATGAGTTTGCATAAGACTAGACTAAGTAATAGTAACCACTATATGTAACTCCGTTAACTAGTTAGGTTTCTATTTCAATAGGATGACCTAGGCAACTTAGTCTTAATCCTGAGTATATTATGAACTCTGTTTACAAGGGATTGTCGTTTGATTTGTATGGGTGAGAGTGATCGGTTTGCTGACTCAATACGCCTACCATTTTGGGGGCAGGACCGAGTGGAAAGCTGGGAACATAATTATACAAGATGGATTTTGCTCCTTCCCGACTTTAGGGTAAGTAGATGAGTGTTTCCTTAAGTAGTGTCTCCAGGACTTGAACAAAGGGTCTTACCCTCTCAGTGGCCCGAGAGGGGTTTCTGTTTAATGGTTAGACCATAAACATGTTGTTCATTAGAGGAGTACTAGTACTTAAGGATCTAGAAGTAACCCAAGGGTAAAACGGTAATTTGACCCAGCTGGTGTTACAAACACTTGTGAAGGACTAACTTGTTGTTATTGGTCTATATCCGTAGACACAAAAATATATCTACAGTGAGAAGAGTGCACCTGTGGGTTTTTAGGGGATTGTACCCACAGTTAACGAACATTGGTTAGTGTCGTTAATGAGTTTAGCCAATTAATCTCATATCGTTGAAGCTTCTAATCTGTAGGTCTATTAGGTTCCTTTCCTAGCTAGTAAAGAGTATTGAGGTTGAATGAAATTTGAAATGTTCAAATTAACGAAGGAAAATAGTATAATGTATAATGATACATTATAATATAAAGGTTATTTATAAATTAAACTTTATAAATTTAATTTTGGATATTATTCAAAATTAAAACATGAGAGAATTAAATATTTGAAATAGTTTAAATATTAATTTAATATGAATTAGATTTATATTAGAACTATAGGTTAAAGTTAATTTGCATTATATGCACATTAAAACTATAGGTTATGTGAGAGAAATTTATTTATATATGATTTAAACGAATATATATTAATTAAATGCTAATTTCATTAATTAGTTATTTTTAGTTAATTAATTTAATTAATATATTTAGTTTAATTTAATTAAATTTACTAAATTAGTTATGGGGAAAGGGGTTACTTGATACGTGGGGTTGATCCCACGTTCTCCTGTTCTCTCTTGTTGGGTGTCTGTCTTATTATTGTTCTATGATTGTGCTAATGTATGTTCTGACATGCTCAAGTTTTTCTCAATACTAGTCCAAGTATAAACTAATATTCAGATTTCTCAGTGAGGACCGAGGTCAAACACGAGGATTTGAGACTAAACAAATGAATGAAATGTAAATCTTGCAGAAGTATGCAAATAAAGTGAGTATTGGTGACAAACATACAAGAAATAAAATAACTAGCAACGTGCAACAAGAGGTGAAGATCGCTGATGTGGCTTCTGCAAACAATAGAAATTTCATTTTCTTTCAAATGGAGAAAAGAGGGTTGGAGAAAACCCCTCATCAACCGGTCGAGTTCTTGCTCAGTTTCATAGTTCATGCTCCTAAACCTATATGGTTCATACCTCTCAGCAGATGCGTCACATAAATCATATGTCTATGATGCATGCTTGTTTAGTTTAGCTAAGATGATTCCTATGTGTAGGATTAATTCTTAGTTACACAAATGAGTTCCACAGCTACTTGCTCTCTTGAGTAATTAACTATTTCTACCTAAATCAAGTTGTCAATTGGATTTAAGCAATGAAAGGGTAAAGATGCATCGATGTAAATGGACTAGAAACTAAGCTTAAACTCTTAAGATCGATGAATGTTACTCTCCAAGCCCTCAAGCAATTTAGCTACTCATACTTGTTTGTGAAATGAACTTAAATATGGAAGACAGGAGATGAAGCATGATGTAAGAAATAGATATATATTAAGGGACAAAATGATTTATGTTCTTTCACAGTACAAAACAACCACAATTGCTTCAAGGTACAAAAATATAGAATGAAAAGGTGAAGAGATGAAGCTATCGGCGGCAGTGTCCTGTTCGCCGATAGAGATGGTCTTTTTAGTGTTTGCTCGCATTGAGGAGAAGGACTGATGAGACTTCACTCTCTTTTGAGGTTGAGGTTCAGCGGAACTCCAACGGAGATGAAAAGGAGGCACTCGACTGTCGCCGAGAGGGAGAAGGTGGAGGGCGGCTGTGCAATTCCAGACTTCTCTTTTGCACGAAGAACCCTAACCCTAATTCCTAAGTGTCTATTTACAAAATTCTTTCTCCGAGATAATCTCTCAAAATTGTTCTCTGCTCTAAAAAGAATATCTTCTTTGCGGGTTAAGCTGGCTTTTATAGCCCTAGATTGTACCCTC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mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

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Protein sequence

MRATNEYLRGSWNFVKQVESKLVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKIWYHHGEEVAPIAGLRLLVKLDEQNSNNVTTATTPTHGLNPITTSPPKNNLVSWNHGEEEHNGNPLDKRVI
Homology
BLAST of Lsi03G008680 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7UPM1 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold226G00340 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 131.3 bits (329), Expect = 2.9e-27
Identity = 54/68 (79.41%), Postives = 60/68 (88.24%), Query Frame = 0

Query: 2  RATNEYLRGSWNFVKQVESKLVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKI 61
          RATNEYLRG+W+F+KQVE+ L G+DKIPCPCK CRNM HQ FD VYEHLVI GMDPTY+ 
Sbjct: 11 RATNEYLRGAWDFMKQVENMLGGIDKIPCPCKTCRNMNHQTFDVVYEHLVIKGMDPTYRF 70

Query: 62 WYHHGEEV 70
          WYHHGEEV
Sbjct: 71 WYHHGEEV 78

BLAST of Lsi03G008680 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KCH8 (Transpos_assoc domain-containing protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G237080 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 110.2 bits (274), Expect = 6.8e-21
Identity = 45/68 (66.18%), Postives = 57/68 (83.82%), Query Frame = 0

Query: 2  RATNEYLRGSWNFVKQVESKLVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKI 61
          RAT+EY++G+W F+++V+  +  VD I CPCK CR+M+HQ+FD VYEHLVI GMDPTYKI
Sbjct: 16 RATDEYMKGAWEFIEKVKKDVTYVDLIMCPCKDCRDMSHQSFDIVYEHLVIKGMDPTYKI 75

Query: 62 WYHHGEEV 70
           YHHGEEV
Sbjct: 76 LYHHGEEV 83

BLAST of Lsi03G008680 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SME3 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold219G00130 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 97.1 bits (240), Expect = 6.0e-17
Identity = 39/48 (81.25%), Postives = 41/48 (85.42%), Query Frame = 0

Query: 22 LVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKIWYHHGEEV 70
          L G+DKIPCPCK CRNM HQ FD VYEHLVI GMDPTY+ WYHHGEEV
Sbjct: 2  LGGIDKIPCPCKTCRNMNHQTFDVVYEHLVIKGMDPTYRFWYHHGEEV 49

BLAST of Lsi03G008680 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TD89 (Putative TNP2-like transposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold128G002560 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 97.1 bits (240), Expect = 6.0e-17
Identity = 39/48 (81.25%), Postives = 41/48 (85.42%), Query Frame = 0

Query: 22 LVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKIWYHHGEEV 70
          L G+DKIPCPCK CRNM HQ FD VYEHLVI GMDPTY+ WYHHGEEV
Sbjct: 2  LGGIDKIPCPCKTCRNMNHQTFDVVYEHLVIKGMDPTYRFWYHHGEEV 49

BLAST of Lsi03G008680 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3C1T0 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold108G00430 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 97.1 bits (240), Expect = 6.0e-17
Identity = 39/48 (81.25%), Postives = 41/48 (85.42%), Query Frame = 0

Query: 22 LVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKIWYHHGEEV 70
          L G+DKIPCPCK CRNM HQ FD VYEHLVI GMDPTY+ WYHHGEEV
Sbjct: 2  LGGIDKIPCPCKTCRNMNHQTFDVVYEHLVIKGMDPTYRFWYHHGEEV 49

BLAST of Lsi03G008680 vs. NCBI nr
Match: KAA0056266.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold226G00340 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 131.3 bits (329), Expect = 5.9e-27
Identity = 54/68 (79.41%), Postives = 60/68 (88.24%), Query Frame = 0

Query: 2  RATNEYLRGSWNFVKQVESKLVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKI 61
          RATNEYLRG+W+F+KQVE+ L G+DKIPCPCK CRNM HQ FD VYEHLVI GMDPTY+ 
Sbjct: 11 RATNEYLRGAWDFMKQVENMLGGIDKIPCPCKTCRNMNHQTFDVVYEHLVIKGMDPTYRF 70

Query: 62 WYHHGEEV 70
          WYHHGEEV
Sbjct: 71 WYHHGEEV 78

BLAST of Lsi03G008680 vs. NCBI nr
Match: KGN47253.1 (hypothetical protein Csa_017000 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 110.2 bits (274), Expect = 1.4e-20
Identity = 45/68 (66.18%), Postives = 57/68 (83.82%), Query Frame = 0

Query: 2  RATNEYLRGSWNFVKQVESKLVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKI 61
          RAT+EY++G+W F+++V+  +  VD I CPCK CR+M+HQ+FD VYEHLVI GMDPTYKI
Sbjct: 16 RATDEYMKGAWEFIEKVKKDVTYVDLIMCPCKDCRDMSHQSFDIVYEHLVIKGMDPTYKI 75

Query: 62 WYHHGEEV 70
           YHHGEEV
Sbjct: 76 LYHHGEEV 83

BLAST of Lsi03G008680 vs. NCBI nr
Match: KAA0041270.1 (putative TNP2-like transposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 97.1 bits (240), Expect = 1.2e-16
Identity = 39/48 (81.25%), Postives = 41/48 (85.42%), Query Frame = 0

Query: 22 LVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKIWYHHGEEV 70
          L G+DKIPCPCK CRNM HQ FD VYEHLVI GMDPTY+ WYHHGEEV
Sbjct: 2  LGGIDKIPCPCKTCRNMNHQTFDVVYEHLVIKGMDPTYRFWYHHGEEV 49

BLAST of Lsi03G008680 vs. NCBI nr
Match: KAA0032202.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold219G00130 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 97.1 bits (240), Expect = 1.2e-16
Identity = 39/48 (81.25%), Postives = 41/48 (85.42%), Query Frame = 0

Query: 22 LVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKIWYHHGEEV 70
          L G+DKIPCPCK CRNM HQ FD VYEHLVI GMDPTY+ WYHHGEEV
Sbjct: 2  LGGIDKIPCPCKTCRNMNHQTFDVVYEHLVIKGMDPTYRFWYHHGEEV 49

BLAST of Lsi03G008680 vs. NCBI nr
Match: TYK05234.1 (uncharacterized protein E5676_scaffold108G00430 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 97.1 bits (240), Expect = 1.2e-16
Identity = 39/48 (81.25%), Postives = 41/48 (85.42%), Query Frame = 0

Query: 22 LVGVDKIPCPCKKCRNMTHQNFDDVYEHLVINGMDPTYKIWYHHGEEV 70
          L G+DKIPCPCK CRNM HQ FD VYEHLVI GMDPTY+ WYHHGEEV
Sbjct: 2  LGGIDKIPCPCKTCRNMNHQTFDVVYEHLVIKGMDPTYRFWYHHGEEV 49

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A5A7UPM12.9e-2779.41Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold... [more]
A0A0A0KCH86.8e-2166.18Transpos_assoc domain-containing protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_6G237... [more]
A0A5A7SME36.0e-1781.25Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold... [more]
A0A5A7TD896.0e-1781.25Putative TNP2-like transposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=... [more]
A0A5D3C1T06.0e-1781.25Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
Match NameE-valueIdentityDescription
KAA0056266.15.9e-2779.41uncharacterized protein E6C27_scaffold226G00340 [Cucumis melo var. makuwa][more]
KGN47253.11.4e-2066.18hypothetical protein Csa_017000 [Cucumis sativus][more]
KAA0041270.11.2e-1681.25putative TNP2-like transposon protein [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0032202.11.2e-1681.25uncharacterized protein E6C27_scaffold219G00130 [Cucumis melo var. makuwa][more]
TYK05234.11.2e-1681.25uncharacterized protein E5676_scaffold108G00430 [Cucumis melo var. makuwa][more]
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR029480Transposase-associated domainPFAMPF13963Transpos_assoccoord: 2..67
e-value: 2.0E-18
score: 66.3
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 90..112
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 90..131
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR10775UNCHARACTERIZEDcoord: 2..68
NoneNo IPR availablePANTHERPTHR10775:SF149TRANSPOSASE-ASSOCIATED DOMAIN-CONTAINING PROTEIN-RELATEDcoord: 2..68

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lsi03G008680.1Lsi03G008680.1mRNA