Lsi03G006160 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGAGTATCTCGGCCTCTGGTTATACACAGAGAGCATTGGATCTAATTTTAGTTAATAGTATTTCATGGTATCAGAGCACCAGGTGCTCCTTTTTCTTTTTTACGTTTGATGGCGTCGTCTTCAATGCACCATTCAGAGGTCTCTACTGATGTTACAAATACAGTCCCGCCGCTGTCACATACTCAGTCACCAACCGTTTCACCGATTGGCAGCCAAACACCTCCTGTAACCCCATCTGTCCCACAGACTCGTCCTCCTCAAGTCAATACTCGTCAATCTGTAAACCCTAATTTTAATCCTCACTCACCGTTTCCTCCCTTTCAAAATCACAACGGCACATTTCCCTTCCCTTCGCCACAATCTCTGCCGTTTTTTCCCCCACCCCAAGCCAACGTCAGTCCGTTTCCTTCCCTCTCCCAACCTTTATCTATCAAACTCACAGACTCCAACTATCTTCTCTGGAAGAATCAGCTTCTAAACTTCATTATTGCCTATGACGTCGAAGGCTAGGCTTTAGTTACGGGCAACAACAACAACCTAATTCAACAGTTTATTTCACAGTTACATGCTACTTTTTCTCTTAAAGATATGGGTGGTCTATCTTATTTTTTGGGTATTCAAGTTGTTCGTGCTTGCTCTTCAATGCATTTGTCTCAAGCAAAATATATTAGTGATCTTCTCAAGAGGGCTAAAATGTCTTATTGCAAACCTATTACCTGTCCAATGATGGCTGGTACTCAGTTGTCTCTTCATGATGGGCTACCTTTGGCTGATCCAACCGAGTATCAAAGTCTGGTAGGTGCCTTACAGTATTGTACTCTCACGCGGCCAAAAATCAGTATTGTGGTTAACAAATTGTGTCAATTTCTACATGCTCCCACAACTTCCCATATGCAGGTTGTCAAGAGACTTTTAAGGTACTTAAAAGGTACTTCTTCTCTTGGTTTGTCATTCACTAAGAGTCCTCATCAGTCTCTTACGTGTAGCACGGATGCAGACTGGGCTAGTTGTCCTGATGACCGTCGAAGTACGAGCGGATTTTGTGTTTTTCTTGGTTCAAACCTAGTCTCTTGGAAATCCTCAAAGCAAAGCGTTGTATCTCGCTCAAGTGCTGAATCCGAGTATCGCGGAATGTCTAATGCCACAACTGAACTTGTTTGGATCCAGTCATTATTATATGAAATTGGATTAGCCACTCGTTCTCCTATTTTGTTGTGTGATAATGTAAGTGCAACATATATGGCAGCTAATCCAGTCCTTCACAACCAAACCAAACATGTTGAGATCGATCATCATTTCATCCGTGAACGTGTTGCTCGAAATCAACTCATTGTTCGGTTTGTTCCTTCAGAAGACCAGCTTGCAGATATTCTCACTAAGGCATTACTAGCAGCTCGTTTTATCAATCTTCGAACCAAGCTCACAGTCCTCTCCAAGGCCCATTCACTTGAGGGGGGATGATAGAAGATATTTCCTCATATGTTTTTACTATTCTATCCCTATTGTATTTGGTTATATTTATGTTATTTTGTATCCAATCTTCTTTTGACACTTGTCTTTATTTTTCCCTATTAATGGAGTATCTCGGCCTCTGGTTATACATAGAGAGCATTTGATCTAATTTTAGTTAATAGTATTTCATTGATTAATAATTTCAATTGAATTCTAAAGTGTTGTTGTTTTGGGTTGGATTAACTTTGTTTCATTTTGCATTTGAGGATCTTTCTATGTATGTTAAGAGAGATGAAAAACGTGTGGTCAATTTTTAGCAATTAAGGATAAACGGGGTAAAATTACTTATTTACTTTAAGTTGTGGACAAAATAGATACTACTTCAATTAAGTTAATTTTGCTTTTTAGTTAAACAACATATAGATAGAAATTTGAATGAGATATAATACTTTAATAAGTTAACCTAACTATGGTCAGGTTTCACTCAATTAAATAAGGGAAAGTGCATTAATTATATTAGATAGAATTAATGGAATGTATATAGATACATTATAATATAAAGTTAATTTTATATTAGATTCAAAATTGAACTTTATAGTATGAGAGTATTAATGTTTGAATAAGATTCAAATATTAAATAAATATGAATATGATTCATATTGTAAAAGATTCAAATGTTAATTGTATATGATACAATTAATATAATGTATATAGTTTCATTATATTATAAAATTGATTTTGAATTAGATTCAAAATTAAACTAAATAATATGAGAGAACAATATATTTGAATGAGATTCAAATACTAAATAATATGAATGAGATTCATATTAAAACTTTAGGTTAAAATTTAATATGAATGAGATTCATATTTAAACTATAGATTATGAGATAGAAATACATTTGAATATGATTCAAATGTAATATTAATTAAATATCTATTTATTCAATTAGATTAATTAATATATGTTTATTAAATTAAATTAAATTAAATTAGATTTAATTTAATTTAACCTTAGGTTAATTTTAGGAAAATTTTTAAAAATAGAAAAATAAGAAAAATTATTTACACAAAATAGCAAAATTTTTAGATAGTTGTGATAGACGCTGATAGAAGTCTATCAAGGTCTATCAGTGTTGTTTTTGCTATTTTCTGTAAATAGTTTGACATTTTTTCTATTTGTAAAAATTTTTCTTAATTTTAACTCCCCATGGTTAAAGGAAGTTAATTGTCAATTAAGGGAAACATGTAACTTCCCCCACTCTCTCTTAGTATGGGATAATAACGTGATTTTATTCGTTTTGAATAATAAAAAGCGATTAATCAAGTACGTGGAATCATTAAAAGGGGAACCATATCTCTCTCAACACAGATTCTCTGAAAGATTATTTTAGGAAAAAAAAAACAATTCTCTTTAACTCCCAATTCAGAAGAAGAGAAAAGTGTTTTCTTTACATTCTTCTTCTTCCCTTATTATTCCAAAAGGGTTCCCAAAAACCATATCCTTGCTGGAGAATAGCAGGGAAGATCTTGGTGGTTGTGTTCTAACCAAGTTTCTAACAACTATTTTCGATTATGTGATCAAAATACAACAAATTCTAAACTCAACATTTTATATTTTTAATCTATCTATATTTTGAATTTTAAAATTTAAAGATCCATAATTATATTTAATAAAAATAAAAATATTTAGAAATACAGTATATATATAAACTCAATTTTAAAAATTAAAATATGTATTACAATTTATATAATATTACAAAATATAGGTATACAGAAGTTAATTTGAACATAAAACATCTTCATAAAATAATTAATACTTTATAATCTCTCTAAAAAAATTATAGTTTATAATTAACCTAATGAGTGAAAAATCGATAGGATGACTCGTCACTCGATATACGGATGTTAAACAAAAAGCACAGACAAACACTATAACAACCACAAAACCAACAGCAAGTAAAAGACTAATTATTGCACACATAAGTTGGTAACCAAATTCAATGATAAACCGCCCACGTCTAGGGGGGATTGTGCCCAGGAAAAGATAATAAACTAATATTAAAAAGTTAAGCGTTTACAACAAATTACTAATCCGTAAAGTGACAACTTCTACAGTGACTCTTGCAGAGCTTAACTTGCTCTGCATCTAGGCTCATCCTAGATGTAAGACTCCCTCTCAATGGAACTTAAGCTCCCCCTAAGTGTGATAATATTAGTGATGAACACTTTGGCTTTCGACAGTGTGCGAGACTCCTCTCAGCTTGATTATCTTCCTTGTAGTTCAGTGAACTCCCTTCACTGAAGAATCTTAGGTCCCCTTAAGATAGAGAAATCCTTCTCGAGAATGAAGTCTTAGGCTCACCCTAAGACAAAGAATTCCTTCTCTAAGTTAATGCCTTAGACTCCCCCTAAGATAGTGATTATCTTCAAGGTTTCGAGATCGATAACGGATGAACTTGCATAGTAGAAACACAGCGAGTAAAAATCGAAACACAATGGTGCACAAGTTCGACCACCAAGAACAAAACTCTCTCACAAAATAAATAAATGCGGCAACCCTGATCACATCAAAATGTGTCGTCGCTAAAACACACTTCTTGGAATCAAAAGAAATTTATAACACCTTACTTATCAATCAACACAAAAGATATAATATAGATGGTAAGTTCGGGATTGATCTGCAGGGAGCTAAAGAATTAATCTATTCTAAACTAAATTAATCATCGCAAAGCGATAAAAATGGGGGTTTAAAAGAAAAAGAAAAATGATAGAAGAAATCAATAATATTTTTGGTATATTGATTTTTGGGAGAGTCAATATAATAGATGGAGAATTTGGACAAGTTGATTTCAAATTCTACCATCGAATTGAAAAGAATATGATTAATATCAAGAATGCAGAACCAAAGAGAAATCAAATCCCTAATTATTCTAACTCATAAAACCAATACAATTAGAGATGATCAATTTCTAATTGCCCTAATTTGTTAAAGAAAGATTTTTTTCAAAATTAACTCTAAACTTCGTTTAAGTGTGTATATCTTTCAGCAGTTTTCAATACTAAACAAATTTTATATTAAGATCTAGGTTTTGTAGTTGCAACGAATTAAAGAACGGATAGTCTCTTTGTTAATTCGATTTGTTGATCAATTCTAATTAGTTCAACATGCATTGATTGAGAGGAAACATGCTTTAAACAAATACATGCATTCCTAATCTTGCAACCTAATTCATAATTTGATTGCTTAGCACATTATGAATTTTGTAAACAAGAATCGAATCGATTCAAATTTCAGTAGATATGTTCAAGAGAATTAACCAAGATTCAAGAATTTAATCAAAGAGTTATAGAAGAAATCCTCAAGAAATTGAATACAACTTACCAATTCCCTAAAGAATTACCTTAGACTTTCATCCTTTGATAGATCTTCAAAGAATTTTGAGAGAAAAGGTGAAGGGAGAATGAAAATCTCTCTGGAAAATGGGTAAAAATGCTCTCTCCCTTGAAATGAAAATGAAATTAAGTATTTAAAATCTA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ATGGAAGCACCAGGTGCTCCTTTTTCTTTTTTACGTTTGATGGCGTCGTCTTCAATGCACCATTCAGAGGTCTCTACTGATGTTACAAATACAGTCCCGCCGCTGTCACATACTCAGTCACCAACCGTTTCACCGATTGGCAGCCAAACACCTCCTGTAACCCCATCTGTCCCACAGACTCGTCCTCCTCAAGTCAATACTCTGTTACAAATAGGAGCCAAACCGAAACCCCAAATCTCCATATCCAACACAATCAATTATTCCTCCAACTTGCTTACAAATATGGCATTTGCGAACATTCTCTCCGCCCTTTGTTTGTTGGGGCTAACCCTAACCTTAGCACTCATTGCCCCCATCATGGCCAAAAGCTACCCTAAGAACTACATTGCTGCCCACAATGCCATTCGTTCGCAGGTTGGTGTCGAGCCCCTCCATTGGAATGCCACCTTGGCAGCGTATGCTCAAAATTACGCCAACACGAAGATCGCCACATGTCAAATGGAGCACTCTGGAGGACCTTATGGCGAAAACCTAGCTGAGGGATACGAAATTATGACAGCAGAGACGGCGGTGAGTCTCTGGGCCGATGAGAAGAAACATTATGACTACAATTCTAATACTTGTGTTAACGATTCTAGCCATTGTCTCCATTATACACGGTTGGTGTGGAGGAACACCAAATCTGTTGGTTGTGCCCAAGTAAAATGCCAAAACAATTGGGGTTTGTGCCGCGTGGGTTCGCCGCCGCTGTCCAGCCATCATCGTCCAGTCGTCGCCGTCGTCGTCCAGCTGAGCAGCAGTGGGCTGTCCTGCAGTCGCATGGAGCGCCATCGTGTGGAGTCATGCAGTCGCGTGGAGTAG MEAPGAPFSFLRLMASSSMHHSEVSTDVTNTVPPLSHTQSPTVSPIGSQTPPVTPSVPQTRPPQVNTLLQIGAKPKPQISISNTINYSSNLLTNMAFANILSALCLLGLTLTLALIAPIMAKSYPKNYIAAHNAIRSQVGVEPLHWNATLAAYAQNYANTKIATCQMEHSGGPYGENLAEGYEIMTAETAVSLWADEKKHYDYNSNTCVNDSSHCLHYTRLVWRNTKSVGCAQVKCQNNWGLCRVGSPPLSSHHRPVVAVVVQLSSSGLSCSRMERHRVESCSRVE Homology
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P11670 (Basic form of pathogenesis-related protein 1 OS=Nicotiana tabacum OX=4097 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 143.7 bits (361), Expect = 3.3e-33 Identity = 67/126 (53.17%), Postives = 86/126 (68.25%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P08299 (Pathogenesis-related protein 1A OS=Nicotiana tabacum OX=4097 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 136.7 bits (343), Expect = 4.0e-31 Identity = 70/143 (48.95%), Postives = 95/143 (66.43%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q08697 (Pathogenesis-related protein 1A1 OS=Solanum lycopersicum OX=4081 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 135.2 bits (339), Expect = 1.2e-30 Identity = 63/130 (48.46%), Postives = 85/130 (65.38%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q05968 (Pathogenesis-related protein 1 OS=Hordeum vulgare OX=4513 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 134.0 bits (336), Expect = 2.6e-30 Identity = 66/139 (47.48%), Postives = 90/139 (64.75%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9ZNS4 (Pathogenesis-related protein 1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PRB1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 134.0 bits (336), Expect = 2.6e-30 Identity = 65/157 (41.40%), Postives = 100/157 (63.69%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SPC2 (Basic form of pathogenesis-related protein 1-like OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold13G001460 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 273.9 bits (699), Expect = 7.8e-70 Identity = 127/146 (86.99%), Postives = 137/146 (93.84%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3C0S3 (basic form of pathogenesis-related protein 1-like OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103495334 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 273.9 bits (699), Expect = 7.8e-70 Identity = 127/146 (86.99%), Postives = 137/146 (93.84%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0K7N5 (SCP domain-containing protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G070232 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 260.0 bits (663), Expect = 1.2e-65 Identity = 126/152 (82.89%), Postives = 133/152 (87.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EIR8 (pathogenesis-related protein 1A-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111434528 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 239.6 bits (610), Expect = 1.6e-59 Identity = 111/149 (74.50%), Postives = 126/149 (84.56%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JNW9 (basic form of pathogenesis-related protein 1-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111486179 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 221.5 bits (563), Expect = 4.6e-54 Identity = 101/146 (69.18%), Postives = 119/146 (81.51%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. NCBI nr
Match: XP_038888921.1 (basic form of pathogenesis-related protein 1-like [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 287.0 bits (733), Expect = 1.8e-73 Identity = 133/146 (91.10%), Postives = 142/146 (97.26%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. NCBI nr
Match: XP_008455069.1 (PREDICTED: basic form of pathogenesis-related protein 1-like [Cucumis melo] >KAA0031391.1 basic form of pathogenesis-related protein 1-like [Cucumis melo var. makuwa] >TYK06842.1 basic form of pathogenesis-related protein 1-like [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 273.9 bits (699), Expect = 1.6e-69 Identity = 127/146 (86.99%), Postives = 137/146 (93.84%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. NCBI nr
Match: XP_004137080.2 (pathogenesis-related protein 1A [Cucumis sativus] >KGN43826.1 hypothetical protein Csa_017168 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 260.0 bits (663), Expect = 2.4e-65 Identity = 126/152 (82.89%), Postives = 133/152 (87.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. NCBI nr
Match: XP_022927709.1 (pathogenesis-related protein 1A-like [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 239.6 bits (610), Expect = 3.4e-59 Identity = 111/149 (74.50%), Postives = 126/149 (84.56%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. NCBI nr
Match: KAG6588723.1 (hypothetical protein SDJN03_17288, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 238.0 bits (606), Expect = 9.8e-59 Identity = 110/146 (75.34%), Postives = 124/146 (84.93%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. TAIR 10
Match: AT4G33720.1 (CAP (Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5, and Pathogenesis-related 1 protein) superfamily protein ) HSP 1 Score: 139.4 bits (350), Expect = 4.4e-33 Identity = 64/132 (48.48%), Postives = 89/132 (67.42%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. TAIR 10
Match: AT1G50060.1 (CAP (Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5, and Pathogenesis-related 1 protein) superfamily protein ) HSP 1 Score: 135.2 bits (339), Expect = 8.3e-32 Identity = 64/137 (46.72%), Postives = 88/137 (64.23%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. TAIR 10
Match: AT2G14580.1 (basic pathogenesis-related protein 1 ) HSP 1 Score: 134.0 bits (336), Expect = 1.9e-31 Identity = 65/157 (41.40%), Postives = 100/157 (63.69%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. TAIR 10
Match: AT2G19990.1 (pathogenesis-related protein-1-like ) HSP 1 Score: 132.1 bits (331), Expect = 7.1e-31 Identity = 61/135 (45.19%), Postives = 84/135 (62.22%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi03G006160 vs. TAIR 10
Match: AT3G19690.1 (CAP (Cysteine-rich secretory proteins, Antigen 5, and Pathogenesis-related 1 protein) superfamily protein ) HSP 1 Score: 129.8 bits (325), Expect = 3.5e-30 Identity = 58/129 (44.96%), Postives = 89/129 (68.99%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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