Lsi02G028540 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1

Overview
NameLsi02G028540
Typegene
OrganismLagenaria siceraria (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionAmylomaltase
Locationchr02: 34719297 .. 34742997 (-)
RNA-Seq ExpressionLsi02G028540
SyntenyLsi02G028540
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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Protein sequence

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Homology
[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8RXD9 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=DPE2 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 54.3 bits (129), Expect = 1.1e-06
Identity = 22/34 (64.71%), Postives = 28/34 (82.35%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           + N+VLI+DPE+ R FYPRF +E+TSSF DLD H
Sbjct: 682 LRNVVLIKDPEDARKFYPRFNIEDTSSFQDLDDH 715

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q69Q02 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=DPE2 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 52.8 bits (125), Expect = 3.1e-06
Identity = 23/34 (67.65%), Postives = 27/34 (79.41%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPE+   FYPRF  E+TSSF DLD H
Sbjct: 676 LQNIVLIRDPEDSTKFYPRFNQEDTSSFNDLDEH 709

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GEL7 (Amylomaltase OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111453446 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 1.7e-07
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENP+SFYPRF LE+TSSF DLDGH
Sbjct: 680 VQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFNDLDGH 713

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GFH3 (Amylomaltase OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111453446 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 1.7e-07
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENP+SFYPRF LE+TSSF DLDGH
Sbjct: 679 VQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFNDLDGH 712

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HV80 (Amylomaltase OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111467152 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 2.9e-07
Identity = 27/34 (79.41%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENP+SFYPRF +E+TSSF DLDGH
Sbjct: 679 VQNIVLIRDPENPKSFYPRFNIEDTSSFNDLDGH 712

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HXH7 (Amylomaltase OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111467152 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 2.9e-07
Identity = 27/34 (79.41%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENP+SFYPRF +E+TSSF DLDGH
Sbjct: 680 VQNIVLIRDPENPKSFYPRFNIEDTSSFNDLDGH 713

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2P6RH23 (Amylomaltase OS=Rosa chinensis OX=74649 GN=RchiOBHm_Chr3g0494731 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 63.9 bits (154), Expect = 4.9e-07
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 31/34 (91.18%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENPR+FYPRF LEETSSF DLD H
Sbjct: 684 LQNIVLIRDPENPRNFYPRFNLEETSSFKDLDDH 717

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. NCBI nr
Match: XP_023543435.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 [Cucurbita pepo subsp. pepo])

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 3.5e-07
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENP+SFYPRF LE+TSSF DLDGH
Sbjct: 679 VQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFNDLDGH 712

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. NCBI nr
Match: XP_022950334.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 3.5e-07
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENP+SFYPRF LE+TSSF DLDGH
Sbjct: 679 VQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFNDLDGH 712

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. NCBI nr
Match: XP_038882055.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 3.5e-07
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLI+DPENPRSFYPRF LE+TSSF DLDGH
Sbjct: 678 IQNIVLIKDPENPRSFYPRFNLEDTSSFNDLDGH 711

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. NCBI nr
Match: KAG6603420.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 3.5e-07
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENP+SFYPRF LE+TSSF DLDGH
Sbjct: 741 VQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFNDLDGH 774

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. NCBI nr
Match: XP_022950333.1 (4-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 3.5e-07
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 32/34 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           ++NIVLIRDPENP+SFYPRF LE+TSSF DLDGH
Sbjct: 680 VQNIVLIRDPENPKSFYPRFNLEDTSSFNDLDGH 713

[Close]
BLAST of Lsi02G028540 vs. TAIR 10
Match: AT2G40840.1 (disproportionating enzyme 2 )

HSP 1 Score: 54.3 bits (129), Expect = 7.5e-08
Identity = 22/34 (64.71%), Postives = 28/34 (82.35%), Query Frame = 0 

Query: 1   MENIVLIRDPENPRSFYPRFILEETSSFTDLDGH 35
           + N+VLI+DPE+ R FYPRF +E+TSSF DLD H
Sbjct: 682 LRNVVLIKDPEDARKFYPRFNIEDTSSFQDLDDH 715

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
Q8RXD91.1e-0664.714-alpha-glucanotransferase DPE2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=DPE2 PE=1 SV=... [more]
Q69Q023.1e-0667.654-alpha-glucanotransferase DPE2 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=DPE2... [more]
BLAST of Lsi02G028540 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A6J1GEL71.7e-0782.35Amylomaltase OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111453446 PE=3 SV=1[more]
A0A6J1GFH31.7e-0782.35Amylomaltase OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111453446 PE=3 SV=1[more]
A0A6J1HV802.9e-0779.41Amylomaltase OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111467152 PE=3 SV=1[more]
A0A6J1HXH72.9e-0779.41Amylomaltase OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111467152 PE=3 SV=1[more]
A0A2P6RH234.9e-0782.35Amylomaltase OS=Rosa chinensis OX=74649 GN=RchiOBHm_Chr3g0494731 PE=3 SV=1[more]
BLAST of Lsi02G028540 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_023543435.13.5e-0782.354-alpha-glucanotransferase DPE2 [Cucurbita pepo subsp. pepo][more]
XP_022950334.13.5e-0782.354-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X2 [Cucurbita moschata][more]
XP_038882055.13.5e-0782.354-alpha-glucanotransferase DPE2 [Benincasa hispida][more]
KAG6603420.13.5e-0782.354-alpha-glucanotransferase DPE2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia][more]
XP_022950333.13.5e-0782.354-alpha-glucanotransferase DPE2 isoform X1 [Cucurbita moschata][more]
BLAST of Lsi02G028540 vs. TAIR 10
Match NameE-valueIdentityDescription
AT2G40840.17.5e-0864.71disproportionating enzyme 2 [more]
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 54..74

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lsi02G028540.1Lsi02G028540.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0005977 glycogen metabolic process
molecular_function GO:0004134 4-alpha-glucanotransferase activity
molecular_function GO:0102500 beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity
molecular_function GO:2001070 starch binding