Lsi01G019360 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGGTCAGATTCTACAAGATCAAACCTATGGATTGGTAGGAAAGTAATCAAGGTGTAACTTCCCGCAAGGCCATAAAGTCAGTTCAGTTGGAAGCCTAAGCCAAGAAGGATCATATTTCTAAATTTTCATAAGGTCCCCCTGGAATTCCTTCCAAAACAGGAGAACCAGGAACGGAGAGCTTTCCCCCCTTTTCCGCCCGCCTTAACCACGTTTGCTGTTAAAAGTCAACCGGTGTATATTCCAATTGCCCATAGGAAAGGTACTCGTAAATGAACCAAATATCCCATTGCAAACTATCTTTCTTATCATAGATTGTCTGACTGTCATAAAGCCTTCACATCCAAAATAACCAACCTATTTGTTCCAAGGAATATATAAGAGTCCTTAAATGATTTGAATTGAAAATTAGTAGTGATAGAAGAGATGAATGCGCTGAAACCAAATTGCACATGAGATATAATTGAACTACCAAAAGATAAGAACAGTAGGATGCAAATGGGTGTTCAGTGTAAAATGTAAAGTTGTTTGTAGTATTGAAAGGTATAAGGCTAGATTGGTTGCTAAAGGGTTTACTCAGACCTATGGAATTAATTATCAAGAAACATTTGCTCTAATTGCTAAAATTAATTCTATTAGAATTCTATTGTTTTGTTGCAGTTAATTTTGATTAGCCTCTTTATCAACTTGATGTTAAGAATGCCTTTCTCAATGGGAGTCTTGAAGAAGAGGTATTTATGGACTTGTCACCTGGTTTTGAGGAGGATCTTGGGGTTAACAGAGTGCAAGTTAAAAAAATCATTATACGGCCTTAAATAGTCTCCTAGAGCATGGTTTAAACGTTTTGGAAAGGCACACAAGCTGTGGATTCAATCAAAGTGAAGCTGATCATACTATGTTTTATAAATATAATGGAAACTGAAAGATTGTCGTTTTGATAGTGTATGTTGATGATATCATACTTACAGGTAATGATGAGACAAGACTAAATACCTTGAAGAAAATGCTAGCCAATGATTTCCATATCAAGGACCTGGAAACCCTAAAGTATTTCTTAGGCATGAAGTTTGCCAGGTCCATAAGTGGCATCCTTGTTAACCAAAAGAAGTATATTCTTGATCTACTCAACGATTCAAATTTACTTGGTTGCAAGATAACAGAAACTCCCATTGAGTACTAGGGGTGATAGTTGGTTCGATTTTGTCGGTTTTGGGGTTAACCAAGAACCAAATCAAACCAATTGATTTTATAAAGAATAAATCCAAACCAATGTCCAACAAAGAAAAAAACCAATAGATTGGTTTTTATTTGGTTCAGTTTATTACCGGTTTGATTTTCGGTTTTGGCATTTCTTTTTTTCTCTTCCAAAATTTGGTTCAATTTAATTTTTATTTTCAAATTTGTTTTGAATTGGTTATTTTTACTAATTGTATATTAAAATTGGGTCTATTTTTTTATAGACTGAAATTGGACATTTTTATTTTTTTTTCTTGGTACTTTCTAAATAAATATCATACACACTCCATAATAGTTGATCTTTTTTCTAAAAAATAAATATATATGCACCATAATAATTAAAACACTAAAAGATACCTAATATTGTTAGAGTTTATTTTTAAGAGTATACATACCCCCGGTTTGGTTCGGATTTGATTGGTTTTTCCAATCAAAACTCGATCCAAACCAATATTTTTTGTTTTCTTCAAATAAAAACTAATATGTCCAATTTTATACTAAAAAATCAAACCAAACTAGTGGAGCGGTTTGGCTTTTCGATTTTTTGTAAAACTCTTATTGAGCATAATTTAAAATGGGTAACTACAACTGAAAAAGAGGTAAAAGAAAAAGAAAAGTACCAGAGACTTGTGGGGAGACTCATATACCTCTCTCACACGCGTCCTAACATCGTTTTTGCAGTGAGTATGGTAAGCCAGTTCATGCATACTCCCGGGCCAGTTCACTTTGAAGCAATTTATAGAATCTTAAGATATTTGAAATGTACTCCTGAAAAAGACATATTATTTAAAAAGCACGACCACCTACATGTTGAAGTTTACACTGATGTTGATTGGGCAGGCAACACGACTAATAGAAGATCCATTTCGGGTTATTGCTCCTTTGTTGAAGGAAATCTAGTTACTTGGCGAAGTAAAAAACAAAGTGTGGTTGCAAGAAGTAGTGTTGAAGCAGAACTTAGGGTATTAGCTCATGGTATTTGTGAGGGCATATGGATAAGAAGACTACTAGAAGAATTGAAATTCTTGCAGACGATGCCCATGCGCATTTATTGTGATAACAAGTCAAAAATTTCCATTGCCCACAATCCAGTCCTTCATGATAGAACGAAACATATTGAGGTTGATAAACACTTCATAAAGAAGAAGATTGATGCATGAATAATATGCATTCCCTACCTTCCGACAACCGAGCAAATTGCATATGTGTTAACTAAAGGTCTTCCAAAGTGGCAATTCAACAATTTGATTGACAAGTTGGGCATGAATGATATCTTCAAACCAACTTGAGGATGAGTGTTGATTATTTCCTTTTTTATTAATATCTCAATTGTATTTATTGTGTTATATTTGCTTGCTGTAATTTTATTTTTCCCTTATTTGTAATGAAGTGTTTTCTTCTATTTAAGAAACTCTTTCTTCCTAAGAGAAATAAGTGAGAAAATATATTTTTTGAGTAACTTATATATCAAATCTTATGACGTTCTTTTTGGTAGATTCTGAAGTTTTTAGACAATACTAGCAGCAGATTTTTGCATGTCTGTTTTTGTCTTGTTGAAAAGTTCACTTGTTGGCATCCATTATTTGTCTGATTGCCATGTCATTGTTTTTAACTTCATGATCAGTATCATGATCTCTCATTACAAACTACTTAGTATCATTGTGATAGGTTGTTAAGTCATATCCAATAAGTGAGATATTATACCCAATAAGTCAATCAGATAATAGTCAAATGATATAGTAGTAGTTCATATAGAAATCAGATGACAATCAAAAGGTAATCAGTTGGTAATATTAGAAAGGATTATTTTTAAATATAGAAAAATGAGTCAAACTATTTACAAATATAGAAAAATTTTACCGTCTATCAGTGATAGACCGCGATAGAATTTATTTGCTTAAGTGATAGAAAGCGATAGAATTCTATCGCAGTCTATCACTGATAGACAATGAAAATTTTCTATATTTGTAAATAGTTTGATATTTTTTTCTGTTTATAGTAATTTTCCTATTAGAAACTACAATTGAAAATGCTAATTATGTGACAAAAACTAGAGGTAATCAGATGTCATTCAAATGACAATATCAGAAACAATGAGGGCATCAAGAACTGAAAGAACAAAATGTGTAAAAGAAAAGAAGAAGAACTAAAGTTCAAGTAATTGAAAGTGAAATAAAAATCAAATAATAATTGGTACAATTGACAATTAGTATCAGATAGTAATCTGTATCATTAGCAATTTTTGAGTTTTTAGTAATTGACAAAGATGGTTATCAAATGATTAAATAACACAACAATATTAGTTTTTGTCAAAAATCATAATCATAATCACAATCACAAACTATTTAGTATCAACTAGAAATCACATGGAAATTAGATGACAATCACAAACTACAGAGTATCAAATAGTAATCAGATAACATTCAGATAGTAATCACAAAGTATATCACAATAATTTCTATCGAATAACAATCAGACAGTAATCAAACAACAATTAGATAGCAATCAATTAGAGGGTAATTAGATGACAATCAGATAATAATCCGATGGTAATCAAATCCAGTCACAAATTTTTAATTATGAGGACATTTTGATCATTCGGGCATTTCAATTGGACTGAGCTTGTTAATTTTGTCATTCCTAAAAACTTTAAATTGTTGGGCTATGGGTTTGATTTTCATTTTTAATTTTGTCATTAGTGCAAGTGCCCCTTTTTTAATTATATAAATAGTTGGAAGGATTGAAACGTAAATCTACTACAACATTTGTGAAAAAAGACTAGCTCATTAAGTAGAATCGTAGAAAGTCCTAGTTCCTTTTTTCTTTGTAAAAAAGAGAAAAATGAGGATTTTTTTTTCATTTCTCTCGTTCACGCGTTATTTGGATTGACTTAAAAAAAAAATATTTTTTCAAAAAATTCAATTTTATTTGAACTCTTCTAATAAAAATGGTTTAAAATACAATTAAAAAGTTGTCAAACTCTCAAATTTATTCCCAAAATAACTGATTTTTTAAATTAAACGGTTAGTAAATATTCCAAACACACTAAGCGGATTCCACCTCCCGCTTCCATTCCATCTCTCTCTCCCGTTTTTTAAGCAACTGCCGCCCGTCGTCTCTGCCGTCCGCCGTTTGCTTTAGTCGTCAAGCGTTGCAGGTCTGTCCGGCCACGTCTGGCACAACCCGAACTGCAAGCGGTTCGGCAGCTTCGTGGTGAGTCATTCGTGACTTGAGACTTTGGGTTTAAATCTTGTCTTGCCTACTTCTCTTGGATTAAAGTATCGGTTTGTTTGGTTGCTTTGATTTTAGAATTATTGGTTTCGAGAAGCTGGTACTGTCGTTCAGCGAAGTATTGGGAGATCGTTTCTAGGGTTGTCCGGTAAGTCGAGATTTGAGTTTCAAAATCTATTTCTGTGCTGGAAATTGTGTAGAATCTGAAATTCTGACGTCTACTTAGGTTTTAAACGTTGTTGGTGGCATTGAGAAGGCTTGGAGTCTAAACTACATCTGGTTATGTATTTTAGAGATCTAAGATGGCTAGAGCAATAGCAATTTGGGACTGATTAGTTAAGTAGTGTTGATGTACTGTTTCTTTGAAATTAGATAAAGGAGTTCGTGGTGGAAGAAGGCAGTTGTTGGAATTGTATTTCATCTGAGGTAAGGGAATTTGTGGTTGGAATGCCTAATAGGACTTCGAATAATGCATATTTTTATACAAATTCTTGAAATTGTCATGTGTTATGAAAGCCATGAATTTTG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MGLSGHVWHNPNCKRFGSFVIKEFVVEEGSCWNCISSEVKNKVTQAGGRVRSLLYSMTLCFCVRASKAIATTIATYPISFKVRLLLPFSSFLHSCTLNNSIPTLSETHYRDLIFDTIEEKPWAFCNNNWVSDQFGAVIIDPHLFIRVLDSIQIRPRVALRFFRWVMGQPDFKGSEFVFCAILDILAQNNLMSSAYWVMDRVVSIEMHGVVDVLIVGHMCLETSIKLLDILLLIYTKKSMVDECLLIFDKMIRNGLLPDVKNCNRILRVLRDENLVSKAKTVYRMMEQFGIKPTIDTYNTMLDSYCKEGKVHQALELLSEMQKRGCFPNDVTYNVLVNGLSKKGELEQAKELIEEMLNSGLNVSAYTYNPLIHGFCKKGLFVEAFDLVEEMMNRRAFPTLSTYNTLMYGLCKWGQVTDARLQFSDMLKSNFTPDIVSFNILLYGYCRTGYISEAFLLFDELKCRDLVPTVVTYNTLIYGLCRLGYLDVALRLRKEMTDQGLFPDIFTYTILVNGSFKLGNLSMARGFFNEMLCKGLKPDRFAYITRIAGEMKMGDTSVVYSIREEMLAEGFPPDVVTYNVFVHGLCQQGNFEEAFDLLENIVHDGLVPDHVTYTSIINGFMKNGHLRKAREVFNEMLNKGVAPSVVTYTVLIHAHAAKGMLDLAFMYFSKMLEKDVPANVITYNAIINGLCKVRRMDEAYKYFDEMEEKGIRPNKFSYTILINENCNMDYWEEALRLYREMLDREVQPDSFTHSVLLKNLRTDYKVHALQSVESLTRIVEDNVNASRVEAEISFCWTKTLIIPQDILYRAHHCISLYDKIGRKLLLVGLYFHVAKNSSENGNLYSLSSHNYTKVATLGSKRFELNGLTSTVDPTEDDPTKVLDLIKDLVLRLLSHNPTSNSSPTSSDFQKSLRYAIRILTSRMTPSIAPDAAAIAESIKRRLATEGKSSQALTFADLYTKFASKTGPGSVNNKWAVLYLLKIVAEDRKCRQTQFESSVLLPNLVASDPVLGKKSGAAPEKEWQKGVLLVAKDPENLRDVAFKEFANLLKEENEVTEEVLVRDVLYACQGIDGKYVKFDNNSDGYVLSNLIKASRATRTMIRKLCEMGWLFRKVKGYISESMERFPAEDIGTVGHAFCAALQDELSEYYKLLAVLEAQSMNPIPLVSEAASSGNYLSLRRLAVWFSEPMAKMRLMAVLVDKCRVLKGGAMAGAIHLHAQHGDPLVLEFMRRLLRRVCSPLFEMVRSWVLEGELEDIFSEFFVVGQQVKAESLWREGYRLHAGMLPSFISQSLAQRILRTGKSINFLRVCCEDMGWADAATEAAVAAGTTTKRGGLGYGETDALESLVDGAAKRIDKHLLDVMHKRYKFKDHCLAIKRYLLLGQGDFVQYLMDIVGPELSEPANAISSFKLSGLLETAIRSSNAQYDDPDILDRLKVKMMPHGTGDRGWDVFSLEYEARVPLDTVFTESVMSKYLRIFNFLWKLRRVEHALIGTWKTMKPNCITSCSLTKLHHGVKLQLLSTLRRCQVLWVEMNHFVTNLQYYIMFEVLEVSWSDFSNEMEAAMDLDDLLAAHEKYLHSIFEKSLLGEQSQTLCKSLFVLFDLILQFRSHADRLYEGIHELQCRTIESSLPSGDKSKKNRSTEKTLETASWIADGKKALTQRAGEFLRNVEQDLASLAKEYSSLLEGFISQLPLQQHVDLKFLLFRLDFTEFYSQLQPHMYISHGLSLFVTIGRAPNKFFMAATGINHWKFHCLACNFRDEDFNGEEMGMRMPFPSPALPVNIPNCEPASKKFGSWDGLFLLQCAAFAYRIDEENVDHLFLHCSYTSGSGGWDVHLFIFEDADFICISKKRVTGGT Homology
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FG37 (Gamma-tubulin complex component 3 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=GCP3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 1274.2 bits (3296), Expect = 0.0e+00 Identity = 645/842 (76.60%), Postives = 726/842 (86.22%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P0C7Q9 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g22960, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g22960 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 661.4 bits (1705), Expect = 3.0e-188 Identity = 330/723 (45.64%), Postives = 486/723 (67.22%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O73787 (Gamma-tubulin complex component 3 homolog OS=Xenopus laevis OX=8355 GN=tubgcp3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 478.8 bits (1231), Expect = 2.8e-133 Identity = 299/917 (32.61%), Postives = 461/917 (50.27%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q96CW5 (Gamma-tubulin complex component 3 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=TUBGCP3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 472.2 bits (1214), Expect = 2.6e-131 Identity = 306/923 (33.15%), Postives = 465/923 (50.38%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P58854 (Gamma-tubulin complex component 3 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Tubgcp3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 463.4 bits (1191), Expect = 1.2e-128 Identity = 302/922 (32.75%), Postives = 461/922 (50.00%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KYU4 (Gamma-tubulin complex component OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_4G561690 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1634.0 bits (4230), Expect = 0.0e+00 Identity = 823/844 (97.51%), Postives = 838/844 (99.29%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7THP1 (Gamma-tubulin complex component OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold128G00670 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1632.8 bits (4227), Expect = 0.0e+00 Identity = 822/844 (97.39%), Postives = 839/844 (99.41%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B579 (Gamma-tubulin complex component OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103486142 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1632.8 bits (4227), Expect = 0.0e+00 Identity = 822/844 (97.39%), Postives = 839/844 (99.41%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3BUI1 (Gamma-tubulin complex component OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold1738G00840 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1628.2 bits (4215), Expect = 0.0e+00 Identity = 819/844 (97.04%), Postives = 837/844 (99.17%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1ESD9 (Gamma-tubulin complex component OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111435547 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1600.9 bits (4144), Expect = 0.0e+00 Identity = 809/844 (95.85%), Postives = 829/844 (98.22%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. NCBI nr
Match: XP_038881746.1 (gamma-tubulin complex component 3 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1642.1 bits (4251), Expect = 0.0e+00 Identity = 829/844 (98.22%), Postives = 838/844 (99.29%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. NCBI nr
Match: XP_031740197.1 (gamma-tubulin complex component 3 isoform X1 [Cucumis sativus] >XP_031740198.1 gamma-tubulin complex component 3 isoform X2 [Cucumis sativus] >KGN54865.1 hypothetical protein Csa_011935 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1634.0 bits (4230), Expect = 0.0e+00 Identity = 823/844 (97.51%), Postives = 838/844 (99.29%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. NCBI nr
Match: XP_008442226.1 (PREDICTED: gamma-tubulin complex component 3 [Cucumis melo] >KAA0041147.1 gamma-tubulin complex component 3 [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1632.8 bits (4227), Expect = 0.0e+00 Identity = 822/844 (97.39%), Postives = 839/844 (99.41%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. NCBI nr
Match: TYK02462.1 (gamma-tubulin complex component 3 [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1628.2 bits (4215), Expect = 0.0e+00 Identity = 819/844 (97.04%), Postives = 837/844 (99.17%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. NCBI nr
Match: XP_022928720.1 (gamma-tubulin complex component 3 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1600.9 bits (4144), Expect = 0.0e+00 Identity = 809/844 (95.85%), Postives = 829/844 (98.22%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. TAIR 10
Match: AT5G06680.1 (spindle pole body component 98 ) HSP 1 Score: 1274.2 bits (3296), Expect = 0.0e+00 Identity = 645/842 (76.60%), Postives = 726/842 (86.22%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. TAIR 10
Match: AT1G22960.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein ) HSP 1 Score: 661.4 bits (1705), Expect = 2.2e-189 Identity = 330/723 (45.64%), Postives = 486/723 (67.22%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. TAIR 10
Match: AT5G39710.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 331.3 bits (848), Expect = 5.1e-90 Identity = 183/571 (32.05%), Postives = 305/571 (53.42%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. TAIR 10
Match: AT5G01110.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 315.1 bits (806), Expect = 3.8e-85 Identity = 186/620 (30.00%), Postives = 314/620 (50.65%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G019360 vs. TAIR 10
Match: AT3G53700.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein ) HSP 1 Score: 304.3 bits (778), Expect = 6.7e-82 Identity = 178/620 (28.71%), Postives = 310/620 (50.00%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Date Performed: 2021-10-18
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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