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Lsi01G018320 (gene) Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGGTAAGAGAAGGCCTGACTTTAAGTGCAAGTTTTGATTATTTAGATTGATTGCTAAATAAGAGCTTTCTTTCACTCTGCTTGCATTTCTATTTCTGCAAGTGTATCCTGTTTCTTGCACATGGAAGATTCAGCCAGATTTGTTTGTCAACAAAACAAAAACGTCTGTGGTCTCAACTGAAGAGAAATTCAATGGAAATATTGAAATGACTTTTTTTATGAATTTCTTGAATCATATTCTTGGTTATATTCATATTGATCATTTTTATTGACATTTTTTTCATATAATCAATTGATGTTTATATGTTATATTAAAGTATCAACCGACTTTTAAAATGGATATTTGAAGCCTCCATTGGGTTTTGATTAGAAAGGTTGAGTTGATGGTAAGGCATTCGACTTCATTTATTTATATATATGTGTGTGTGCACACTTTGAGGCTGATTGGGAGGCTGGAATGTAATCAAAATTACTGGGAATCAAAAGAGTATTGGAATGCGTGATGTCTCGAGGGCAGAACGAAAATGAGATCGTGAAACGTAAAAACGGTGAGAAAGAGGGTTTGATTAAAAACTGTCTTGGAATGAGTTTAATATTACAAATCAGGCCCAAAACGCTTAATCTAAACATGAGTTTTAGATTACATTACGATTCAAATCTATTCCATTGCAGGTACCAAACAACCTCAATAGAAAATTAGAAATTTTGATCAGGAAATTAGAGCACAAAGCACTAGATAAGCTACTTATATTTTCTCTAGGTGCCTATCTTTATTATTATTTTTTTTTTAATTTCTAAATAAAATAATTGACATATGAATTTAGTCTCTAAACTTGTTGGCCAAGTTATTGAAGGATTTTTTTTTTTAAAAAAGAAAAAAATAATTGCATCTTTAATCAAATATATTTTTATCTTTCGATTTTGAATTTGATAAGTTTGTGTCCTTAATCAAAAAGGAGAAAAAAATGAATTGCTCACCAAAAGAATTTTCCACCCTAATTCAATTGATGATATGGAGTGGTGAAATTTCAACCTATTCAAAATTTTCTCAAATTCTACCAATACTTCAAAGAGGGGATGGAATCGAGGGAGTTTGTACGAGTCTAAAATTTTGATTCATACCCTAGGATCTGATAAATTAATTGAGATTACCTAGCAAACATCGATGTGGAAGAATGTTGTTCTTTTCGAGAGGTTGTTTGTGCTTCAAAGACTTCTAAATAGGAGCGTGAACAAGAAGTATGAATTTATAATGGTAAAGATACCGAAGGATTTGGTTTCTTCGAGCATTCGAAGAGCTTTAGGAGGTCATTTTCTTATAAATTTGGAGGGATCAAACAAAGAAGTTTGAACGATATGTTGAAGAAAAACACGATTAAGGAACACAATATTGCTTTTGTAAAAAGTGACTTACACCATTTCAAGAACATGATTGTTAGCGTTTAGAAAGCATGTACAAAATTTATTTATGTTTAATCTTGGACATTAGACAAACTTATATATTATATTATTATTTTAGCCCAATATTATTTGGAAAGATAACATAAATTGAATTTTTTTAGCCTTAAGTTGACCGTAAAGAAATACCTCTACTTTGAAATTTTTCTTCAAGTTTTTGTTACTACAATTGAATTGGTTGATATTCATTTAGGAAAACTGTATTGCAACATATCTTGTTCTTGTCAAGGACATCATGGTAGTCTATTATGTTTTTGTCTGAAAAATATATTTTTTTTCTTCTTTGTTGAATATTTCCAGAATCAGCTTTCCGTTTATGTCTTGGCGAAGATTCTCTAATTTTACAGAGTTGTTTCCTATTGTTGCTCATATATATTTGTAACCTTGGTGTTTTTTAGGATTAGCTCGTTTGTTTAATGCGCGATTTGTAAGTCTAGGGGAAGCTTAAACTCTTCACTAGGAGTTAGTTGTTTGAGAGTCACGGTAAATGATGTCTAACAAATAAGTATTTTATTGTGATCATTTTATTCTTTATTAGTGAAATTCTTTCCATTAGATACACTACCTCCAGACGTAGGTAATACTGCAACGAATTGGGTTACCAATCCCAATTATTTAGTTATCAATATTATTTTTAATTCATTTTTATTGTTAAACTATTTATTTATTTTTATTTTAACAAATTAATTAACTAATTAACCATAGATTGAATAATACTAATTTTAATTTGTGATATTAGATCTTTAATATAAGAACCTAATGAACCAATATCTGTGATCAAAATGGTAAGTTTAGATGGTAAAGTTGTAATTTAACCTACAAATTATTTGGACAATACCTTTTGTTAATTACTTTATTTTTCATTTAATTTATTCTCCACATTAGGTTTAAAATAGAGCTATTTTTAAATATAGAAAAATGAACCAAACTATTTATAAATATAGAAAATTTTTATTGTCTATCAGCGATAGACCGCGATAGAACTATCCGATAGATCGCGGTCTATCGCTGATAGACAGTGAAAATTTTCTATTTGTAAATAGTTTGATATTTTTTCTGTTTATAGTAATTTCCCTTTAAAATATAATAGATCTAAACTTTTTTATTTTTTAATTTTTTTTATATATAGTTAATAGATTTAAACTTGATACAATTTATACTCTTAAAATTTAGTAATACAATATATTTGGATTGGAATTTTAGGTTTTTTTGTTTTCCTATGAGAAAGTTCATAAACCTATTAGACACATTTTAAAATTTAGGAACTAAATAAGCACAAGTCTTAAAGTTTAAAGATTAAACTTTAACCTAAAAATAATTTGGAAATATATATATATATATATATATATATTCCAACATAAAACCTCATACATTAAAAATCACATAATGAGTGACAAAAAATAGCATTCGATTCAAGGATCGGGCGCAACCACATTGGTGGATCAAACTCCCATCTACCCCCTCCCCATTAGAAAGGCTCACTGAGCTAAACAATGAGCCACTCCATTACAAGAACGAGGAATAAAGGTAACACTCCTAGCTTGAACCCAACCCAACCAATCTCTAATTTCATCCAATAAAACCCCAATTGAGGAATTTTGCATAGAATTACAATGTATGGCCTTAACTAATACATGGGAATCAGATTCCACCTAAATATTAGTTAATCCCAATTGAAATGTCTCTTTAAGCCCAAATAATAAAGCAAGACCTTTAGCCCCAAGGAACACCAACTGACCCTACCTCCATCTTCGTAGCTGCCAGCACCACAGACCCCTAAGGATCACGTAGAACAACACCTAAACCCGATCCTACCGACGAAGCACAAGACACATCAACATTTAGTTTAAACTCGATCTCGCTCAACCGGCCTCCTCCATCGTTCCCCAACCTCTCCGTAACCTACTGATTATGTTCCCCTTCCACTACTACGCCCTTCCCCCTCCTGTTGCTTCCACTGATGGGACTGAAATTCTTGAATGTACTCTAAAACCCCTTCCACTCTCTCCTTCACCTCACGCATTGGTCGACCCATCTTGATTGAGTTCCTATCAGCCCACAACCCCCAACATCCCACACAGAATAATTTCAACTCCAATCTCGTCATCTCCGCAGCCCGACAACACACCCTTTGGAAAGGTATTCCCACCAATTCCTCCATTAGAATCGGATGATTCAACGACAATCACATCTTCTCAGCCCTTTTGCATTTAAAAAAGGTATGCTCCCTGGTTTCAACATTTTTCCCACAACACACACATCATCTATCATTTGAAATATGCCTTTTGTTAAGATTCACGTTGGAGGGCTGTTATGGTTTAACAGAGCTAGCGTGTTGATCATGCGCTATGTGAGTCAAGTTTTTCCTACTATTAGCCAAAGTATAAACTAATCGTAAGATATCTCGGTGAGAATCAAGGAATATACGGGAATTTTGTAGCTAAAAATGATGTGCAAAATATGTCTAACTCGCAGTAGTGTAACAAAGGGATTGAAGTTGTTGGTGTCATGCAAGAAGTAAACAATAAAGCAGTAAAAGATGTGGAATGGTAGTTGGGAATTTAGTGAAGTGTTATGCAAGCTAGGGAAGTGATGTTTTTTCAAATGGAGAAAAGAGGGCTGGAGAAAACTTTTCATCAATCAGTCAAGTTCTTGCTTAGTTTCTTTGTTCATGCTCCTAATCTCAACTTGTTCTTACCTCTCGGCAGATGAGCCACATAAATCATATGTCTATGATGCATGCTAGATTAGTTGAGCCTAAGAATACTCCTATGTCTAGGAATGCTTCTTGGTTATATTGATGAGTTCCACAGTTACTTGCTCTCTCAAGTAGTTAACTGTTTCTACTTAAATCAAGTTGTCAAGTGGATTTAAACAATGAGATAAAAATACATCAATATAAATGAACCAGAAACTAAACTTGAACTCTTAAAACTATTGTTTGACGATATCATGCTTTTAACTTGTCCCCAAAGGTATTTCACACAACCAGTGTAAACCAAACTGACAACAATATGCTTAGAGATGGATTTAATGATCTAGGAAGTTACTATATCATTGTTGCACAACCAAGCAATGAGAAACTACCCTAAGGTATCTTAATCTTGCCATTGGCGAACCCTAGCTTGTTCTTTCTAGATAGAGCAATCAGTATAGCCTTGCTCCAAGATATATAATTGCTCACTCCAATCAACTGATTAGAAGTAAGACAAGTTGTTAGAGTAGTTGAATAGTAATGAAGATAAAAGTTTAATTGAGTGCTACAAGATATTATATTACCTTACAATTTTTGTTGCATTCAGGACAAGTTACTCTTGAAGAAAAGTGACAAGGTTGAAATCATCGGAGGCCTTTTCTTGTTCTCCATTCCGAAGGACTTGGATTGTTCTGTACATCCAACTTTTTCCTCTTGTTCATGTCATTCATCTAATACTTGGATAGGCGTTTAGGTCACTTATCTTTTTCTCGTCTTAATACTTTGAAGGATTGTTTACAATTTTGTTCTAATAATAAGCATGAATGTCATGTGTGCTCA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MDTEGFGFFEHSKSFRRSFSYKFGGIKQRSLNDMLKKNTIKEHNIAFVKSDLHHFKNMIPTTPNIPHRIISTPISSSPQPDNTPFGKDKLLLKKSDKVEIIGGLFLFSIPKDLDCSFPIFATVAFFYVRRRLRKNKEVWIGKGSSFPEHNRMKRNLYHLKSLFLSNRRNEKNRNLPTRTKSPIVDNSSLYSNSTYCSASPHQFTMKRKIKRIELPTHYSEVNHRTLKVVVSYGPNIGHIPHDIRLKDPNKALRSENGRGQNI Homology
BLAST of Lsi01G018320 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q31708 (Ribosomal protein S4, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RPS4 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 176.8 bits (447), Expect = 3.2e-43 Identity = 96/122 (78.69%), Postives = 100/122 (81.97%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A7D6BZG8 (Ribosomal protein S4 OS=Luffa acutangula OX=56866 GN=rps4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 226.1 bits (575), Expect = 1.7e-55 Identity = 112/120 (93.33%), Postives = 113/120 (94.17%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2H4YAC6 (Ribosomal protein subunit S4 OS=Faramea multiflora OX=58421 GN=rps4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 222.6 bits (566), Expect = 1.9e-54 Identity = 110/120 (91.67%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2H4YAD8 (Ribosomal protein subunit S4 OS=Kohautia caespitosa OX=58415 GN=rps4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 222.6 bits (566), Expect = 1.9e-54 Identity = 110/120 (91.67%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2H4YAG7 (Ribosomal protein subunit S4 OS=Cinchona pubescens OX=50278 GN=rps4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 221.1 bits (562), Expect = 5.5e-54 Identity = 109/120 (90.83%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2H4YAE2 (Ribosomal protein subunit S4 OS=Coptosapelta flavescens OX=86988 GN=rps4 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 221.1 bits (562), Expect = 5.5e-54 Identity = 109/120 (90.83%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: YP_009913620.1 (ribosomal protein S4 [Luffa acutangula] >QLJ93050.1 ribosomal protein S4 [Luffa acutangula]) HSP 1 Score: 226.1 bits (575), Expect = 3.5e-55 Identity = 112/120 (93.33%), Postives = 113/120 (94.17%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: WP_131747055.1 (hypothetical protein [Candidatus Frankia meridionalis]) HSP 1 Score: 225.3 bits (573), Expect = 6.0e-55 Identity = 111/120 (92.50%), Postives = 112/120 (93.33%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: AUD56954.1 (ribosomal protein subunit S4 [Kohautia caespitosa]) HSP 1 Score: 222.6 bits (566), Expect = 3.9e-54 Identity = 110/120 (91.67%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: AUD56944.1 (ribosomal protein subunit S4 [Faramea multiflora]) HSP 1 Score: 222.6 bits (566), Expect = 3.9e-54 Identity = 110/120 (91.67%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. NCBI nr
Match: WP_131796643.1 (hypothetical protein [Candidatus Frankia datiscae]) HSP 1 Score: 221.5 bits (563), Expect = 8.7e-54 Identity = 110/120 (91.67%), Postives = 111/120 (92.50%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. TAIR 10
Match: AT2G07734.1 (Alpha-L RNA-binding motif/Ribosomal protein S4 family protein ) HSP 1 Score: 190.7 bits (483), Expect = 1.5e-48 Identity = 101/122 (82.79%), Postives = 104/122 (85.25%), Query Frame = 0
BLAST of Lsi01G018320 vs. TAIR 10
Match: ATMG00290.1 (mitochondrial ribosomal protein S4 ) HSP 1 Score: 190.7 bits (483), Expect = 1.5e-48 Identity = 101/122 (82.79%), Postives = 104/122 (85.25%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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