Lcy11g012440 (gene) Sponge gourd (P93075) v1

Overview


Name	Lcy11g012440
Type	gene
Organism	Luffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
Description	ATP-dependent DNA helicase
Location	Chr11: 17588320 .. 17610100 (+)
RNA-Seq Expression	Lcy11g012440
Synteny	Lcy11g012440

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

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TGGGGGTATCCTATGCAATGAGTTTGCATAAGACCGGACCGCGAAATAGTTAACCACTAACTGTAACACCGTTAGTTGGCTTGGTTTCTATTTTACTAGGATGACCTAGATAACTCAGCCTCAATCCTGAGTGGATTATGGACTCCTGTTCACGAGGGGTTGTCCTTTGATTTGTATGGGTGAGAGTGGCCAGCACGCCGACTCAATAAGCCTACCATTTTGGGGATAATACCGAGTGGGGAGCTGGGAACATAATCACACAAGATGGAATTCACTCTTTCCTAACTCTAGGGTAAGTAGAGGTGTGTTCCCTTAAGTGGTGTCTCCGGGACTTGAAAAATGGGCCCAACCCTCTCTATGGCACGAGAGGGACTTCTGTTTGTTGGTTGGACCTCAAACAGGTTGTTCATTAGAGGAGCACTGGAGACTTAAGGACAAAGATGTAAACTAGGGGTAAAACGGTAATTTGACCCAGCTGGGATACGAACACACATGAAGGACTGCCTTGTAGTATTGGTCGATATCCATGGACACAGAAATATTCTGCAGTGAGAAGAGTGCAGTTGTGGGTCTTTAGTGTAGTGACCCACAGTTAACGAATGGAGACTAACTTGGTTAATGAGTTTAAGCCGATTAGTCTCGTATCGTTGGAGCTTCTGATTTGTAGGTCCATTAGGTCCCACTGGTAGCTCGTAAAAAGACTTGAAACAAATAAATATAAATTGTAAATTGAAAGTGTTCAATTTATTTGGGGAATCATATAATGTATATTGATGCATTATAATATAAAGTTTATGAAACTTTATAATATAATTTTTTAATTAATTTCAAAAATTAATTCTTGAGAAAAAATATTTGAAAGAGTTCAAATAAATTTTAGTATGAATTGGATTCATATTAATTTTAATTTTAATAAAATCCCTAAGATTAAATATATGATATTTAATTGGATAATTAATTAATTATGAAATTAATTAATTATTTATTAAAATTAGAGACATTTTCCTATTAGGAAAAAGTCTTCCTTTTCCTATTAGAAAAAAGGTCTTGGTCTTTACTATATATAGGACCCCTGGGGTGGGGTGAAAGACATCTCATTGTCTCTCCTTCTTTCAGAGATCTCTCCCAAAAGACTCCCTCAAGTCTCCTGCTTCAAGAAATCTTAGAGATATACCGGTGTAGCCGATTGGTGGTGTTCGCACAAGAGGGATGCTGCGTTTTCATTCTTATTGGCAAGAAAAAGCGAATTGATCAAGGCTTTCTACAAAAGTAAGTTTTCTATGAAATCCTTGATCACTAGGATCAATCTAGTTGATCATTTAGCATGTTTACAGCCTACATACAACCCATTAAATATAGATTTGTTGTTGTAATATTTTGCAAATTGTATTGATATTTCAATTAGAATCTAAGACTCTAAGTAGGTTCGGTAATTCTTTCCGCTGCGTGGGGCTTATATCCCTTCACGTATGTCCCCACATACTAGTCCAAGTTTCATTTAAACAACCTTGGATCTTAGTTTATTGGATTTATGGTTTATTAATGAACTCGATTATTCAATAACCAAATTATTGAATCACTCAAAGAATGACTTATTGAGATCGATTAATTTGTTTCATTTACTATCTACGAGTTTTAGGGCATAAAACCCAATATTTTTAACATTCTTTCTCTTTCGTAACTTTGAAAATTCATGCAGATACATACAATTTAAACCCAATAAAAAGTATTTATTCAAAGTTTATATTTTGCCATAAAAAAAGGTCTCAAAGATTTTTTGA

mRNA sequence

ATGGAATTCATAAGAAAGACATATCCAGATATACAACTTCATGCTACATCAATGGAATACATGATCAACAGAGCAATTTTAGCTACAACAAATGATCATGTCGATTATTTGAATGAACTTTTGATAGATATCTTTCCCGGAGAAGTTAAAACCTTCAAAAGCTTCGATGAGGCAATGGATGATACAAATGCCTACTATCAGGAAGAATTTTTAAATTCTTTGCTACCAAATGGAATACCACCACATAAGCTTATACTAAAGGTCTCAAAGATTTTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGAATTCATAAGAAAGACATATCCAGATATACAACTTCATGCTACATCAATGGAATACATGATCAACAGAGCAATTTTAGCTACAACAAATGATCATGTCGATTATTTGAATGAACTTTTGATAGATATCTTTCCCGGAGAAGTTAAAACCTTCAAAAGCTTCGATGAGGCAATGGATGATACAAATGCCTACTATCAGGAAGAATTTTTAAATTCTTTGCTACCAAATGGAATACCACCACATAAGCTTATACTAAAGGTCTCAAAGATTTTTTGA

Protein sequence

MEFIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMDDTNAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVSKIF

Homology

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BZY9 (ATP-dependent DNA helicase OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103495040 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 132.9 bits (333), Expect = 6.9e-28
Identity = 62/87 (71.26%), Postives = 71/87 (81.61%), Query Frame = 0


Query: 3   FIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMDDT 62
           FIRK YPD++LHA    Y+ NR ILATTN HVD LNE +I +FPGE  TF SFD+ +DDT
Sbjct: 228 FIRKIYPDLELHAEESNYVTNRTILATTNAHVDSLNEEMIKLFPGESTTFISFDQTIDDT 287

Query: 63  NAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
           N+YYQEEFLNSLLPNGIPPHKLIL V+
Sbjct: 288 NSYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILNVN 314

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DFU4 (ATP-dependent DNA helicase OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111020055 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 124.0 bits (310), Expect = 3.2e-25
Identity = 56/89 (62.92%), Postives = 72/89 (80.90%), Query Frame = 0


Query: 1   MEFIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMD 60
           M+ +   YPD++ +ATS EYM NR IL+TTN++VD +NE +I +FPG+   F SFDEA+D
Sbjct: 119 MKLLNVVYPDLEQNATSSEYMTNRVILSTTNEYVDQINEKMIQLFPGKFFEFMSFDEAID 178

Query: 61  DTNAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
           DT+ YYQEEFLNSLLPNGIPPHKL+LK +
Sbjct: 179 DTHNYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLMLKAN 207

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5B7A9C3 (ATP-dependent DNA helicase OS=Davidia involucrata OX=16924 GN=Din_021512 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 122.9 bits (307), Expect = 7.2e-25
Identity = 56/88 (63.64%), Postives = 72/88 (81.82%), Query Frame = 0


Query: 2    EFIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMDD 61
            + I   YP ++ +A S EYM  RAILAT N++VD LNE LI++FPG+V+TF SFDEA+DD
Sbjct: 1260 KLIDDIYPSLEQNAKSAEYMTKRAILATKNEYVDKLNEKLIEMFPGDVRTFNSFDEAIDD 1319

Query: 62   TNAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
            T+ YYQEEFLNSL PNG+PPH+L+LKV+
Sbjct: 1320 THNYYQEEFLNSLTPNGLPPHRLVLKVN 1347

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5B7A5M4 (ATP-dependent DNA helicase (Fragment) OS=Davidia involucrata OX=16924 GN=Din_021511 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 121.7 bits (304), Expect = 1.6e-24
Identity = 56/88 (63.64%), Postives = 72/88 (81.82%), Query Frame = 0


Query: 2   EFIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMDD 61
           + I   YP ++ +A S EYM  RAILAT N++VD LNE LI++FPG+V+TF SFDEA+DD
Sbjct: 234 KLIDDIYPFLEQNAKSAEYMTKRAILATKNEYVDKLNEKLIEMFPGDVRTFNSFDEAIDD 293

Query: 62  TNAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
           T+ YYQEEFLNSL PNG+PPH+L+LKV+
Sbjct: 294 THNYYQEEFLNSLTPNGLPPHRLVLKVN 321

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1E1J0 (ATP-dependent DNA helicase OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111025574 PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 120.9 bits (302), Expect = 2.7e-24
Identity = 53/89 (59.55%), Postives = 73/89 (82.02%), Query Frame = 0


Query: 1   MEFIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMD 60
           ++ +   YPD+  +A S EY+ NRAIL+TTN++VD +N  +I +FPG ++ F SFDEA+D
Sbjct: 47  LKLLNIVYPDLPQNAMSAEYITNRAILSTTNEYVDEINNKMIRLFPGNIEEFMSFDEAID 106

Query: 61  DTNAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
           DT++YYQEEFLNSLLPNGIPPHKL+LK++
Sbjct: 107 DTHSYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLMLKIN 135

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. NCBI nr
Match: XP_008454685.1 (PREDICTED: ATP-dependent DNA helicase PIF1-like [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 132.9 bits (333), Expect = 1.4e-27
Identity = 62/87 (71.26%), Postives = 71/87 (81.61%), Query Frame = 0


Query: 3   FIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMDDT 62
           FIRK YPD++LHA    Y+ NR ILATTN HVD LNE +I +FPGE  TF SFD+ +DDT
Sbjct: 228 FIRKIYPDLELHAEESNYVTNRTILATTNAHVDSLNEEMIKLFPGESTTFISFDQTIDDT 287

Query: 63  NAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
           N+YYQEEFLNSLLPNGIPPHKLIL V+
Sbjct: 288 NSYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILNVN 314

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. NCBI nr
Match: XP_031737538.1 (uncharacterized protein LOC116402430 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 124.8 bits (312), Expect = 3.9e-25
Identity = 54/87 (62.07%), Postives = 72/87 (82.76%), Query Frame = 0


Query: 1   MEFIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMD 60
           ++ +   YPD++ H TS EYM NRAIL+TTN++VD +NE +I++FPG+++ F SFDEA+D
Sbjct: 119 LKLLNIVYPDLKTHTTSAEYMTNRAILSTTNEYVDQINERMIEMFPGKMEEFMSFDEAID 178

Query: 61  DTNAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILK 88
           DT+ YY EEFLNSLLPNG+PPHKL LK
Sbjct: 179 DTHNYYHEEFLNSLLPNGVPPHKLFLK 205

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. NCBI nr
Match: XP_022152307.1 (ATP-dependent DNA helicase PIF1-like [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 124.0 bits (310), Expect = 6.6e-25
Identity = 56/89 (62.92%), Postives = 72/89 (80.90%), Query Frame = 0


Query: 1   MEFIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMD 60
           M+ +   YPD++ +ATS EYM NR IL+TTN++VD +NE +I +FPG+   F SFDEA+D
Sbjct: 119 MKLLNVVYPDLEQNATSSEYMTNRVILSTTNEYVDQINEKMIQLFPGKFFEFMSFDEAID 178

Query: 61  DTNAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
           DT+ YYQEEFLNSLLPNGIPPHKL+LK +
Sbjct: 179 DTHNYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLMLKAN 207

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. NCBI nr
Match: XP_022159149.1 (ATP-dependent DNA helicase PIF1-like [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 120.9 bits (302), Expect = 5.6e-24
Identity = 53/89 (59.55%), Postives = 73/89 (82.02%), Query Frame = 0


Query: 1   MEFIRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMD 60
           ++ +   YPD+  +A S EY+ NRAIL+TTN++VD +N  +I +FPG ++ F SFDEA+D
Sbjct: 47  LKLLNIVYPDLPQNAMSAEYITNRAILSTTNEYVDEINNKMIRLFPGNIEEFMSFDEAID 106

Query: 61  DTNAYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
           DT++YYQEEFLNSLLPNGIPPHKL+LK++
Sbjct: 107 DTHSYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLMLKIN 135

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. NCBI nr
Match: XP_020275438.1 (ATP-dependent DNA helicase pfh1-like [Asparagus officinalis])

HSP 1 Score: 120.6 bits (301), Expect = 7.3e-24
Identity = 54/82 (65.85%), Postives = 70/82 (85.37%), Query Frame = 0


Query: 8   YPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMDDTNAYYQ 67
           +P +Q +++S EYM  RAIL+T N++VD LNE LI +FPGE +TF SFDEA+DDTN YYQ
Sbjct: 152 FPSLQANSSSAEYMTQRAILSTRNEYVDGLNEKLIALFPGEARTFFSFDEAVDDTNNYYQ 211

Query: 68  EEFLNSLLPNGIPPHKLILKVS 90
           EEFLN+L+PNG+PPHKLILK++
Sbjct: 212 EEFLNTLMPNGLPPHKLILKIN 233

[Close]

BLAST of Lcy11g012440 vs. TAIR 10
Match: AT3G51690.1 (PIF1 helicase )

HSP 1 Score: 43.5 bits (101), Expect = 1.1e-04
Identity = 26/87 (29.89%), Postives = 44/87 (50.57%), Query Frame = 0


Query: 4   IRKTYPDIQLHATSMEYMINRAILATTNDHVDYLNELLIDIFPGEVKTFKSFDEAMDDTN 63
           +++ Y +    + + ++  + AIL   +D VD +N+ ++ + PGE K   S D      N
Sbjct: 100 LKEVYGEYFAKSYNPDFCHDSAILCHRDDDVDQINDYMLSLLPGEEKECLSTDSISPSPN 159

Query: 64  --AYYQEEFLNSLLPNGIPPHKLILKV 89
              +   E LNS+   G+P  KL LKV
Sbjct: 160 DDMFVPLEVLNSIKVPGLPDFKLRLKV 186

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Lcy11g012440 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Lcy11g012440 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A1S3BZY9	6.9e-28	71.26	ATP-dependent DNA helicase OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103495040 PE=3 SV=1	[more]
A0A6J1DFU4	3.2e-25	62.92	ATP-dependent DNA helicase OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111020055 PE=3 S...	[more]
A0A5B7A9C3	7.2e-25	63.64	ATP-dependent DNA helicase OS=Davidia involucrata OX=16924 GN=Din_021512 PE=3 SV...	[more]
A0A5B7A5M4	1.6e-24	63.64	ATP-dependent DNA helicase (Fragment) OS=Davidia involucrata OX=16924 GN=Din_021...	[more]
A0A6J1E1J0	2.7e-24	59.55	ATP-dependent DNA helicase OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111025574 PE=3 S...	[more]

BLAST of Lcy11g012440 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_008454685.1	1.4e-27	71.26	PREDICTED: ATP-dependent DNA helicase PIF1-like [Cucumis melo]	[more]
XP_031737538.1	3.9e-25	62.07	uncharacterized protein LOC116402430 [Cucumis sativus]	[more]
XP_022152307.1	6.6e-25	62.92	ATP-dependent DNA helicase PIF1-like [Momordica charantia]	[more]
XP_022159149.1	5.6e-24	59.55	ATP-dependent DNA helicase PIF1-like [Momordica charantia]	[more]
XP_020275438.1	7.3e-24	65.85	ATP-dependent DNA helicase pfh1-like [Asparagus officinalis]	[more]

BLAST of Lcy11g012440 vs. TAIR 10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT3G51690.1	1.1e-04	29.89	PIF1 helicase	[more]

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (P93075) v1
Date Performed: 2021-12-06


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR010285	DNA helicase Pif1-like	PFAM	PF05970	PIF1	coord: 3..88 e-value: 4.5E-18 score: 65.6
None	No IPR available	PANTHER	PTHR10492:SF76	ATP-DEPENDENT DNA HELICASE	coord: 6..88
None	No IPR available	PANTHER	PTHR10492	UNCHARACTERIZED	coord: 6..88

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Lcy11g012440.1	Lcy11g012440.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0032508	DNA duplex unwinding
biological_process	GO:0006310	DNA recombination
biological_process	GO:0006281	DNA repair
biological_process	GO:0000723	telomere maintenance
molecular_function	GO:0005524	ATP binding
molecular_function	GO:0016887	ATP hydrolysis activity
molecular_function	GO:0003678	DNA helicase activity