Lcy10g002000 (gene) Sponge gourd (P93075) v1

Overview
NameLcy10g002000
Typegene
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
DescriptionRetrotrans_gag domain-containing protein
LocationChr10: 2574714 .. 2590857 (+)
RNA-Seq ExpressionLcy10g002000
SyntenyLcy10g002000
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
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mRNA sequence

ATGTCGTCGACCAAGCAGTTGGCGAAGACCCATGTGGAACGTTTAGTTGAGATCGAAGAGCAGTTGCTCTACTTGAGGGAAGTCCCCGATGCTATTCGGTTTGTGGAATCTCGGCTGGATGAGATTTCGACCAAGGCCGACAAAGTTGATGCGGTAGCTGGCCGCGTGGATGGAATGCCCATCCAAGAACTGATGATGAGGGTTGAGAACCTTGAAAGTAAAGCTACTCGACCTAGTAGCTACGAGCGTGGTGACAGCTCGTCGGGCTCTGCTCCCCTGATGGAGGAGCCGGTTCGTTCCGGTCTGGGGTTAGGAGCGCGGTTCACGGCGGTCTGGGCGGTTCTTGACCGGTTCCCGAGGGTTCAGGCGCGAAACAAACCCAAAACAAACCCAAGTTTCGATAAGGTTACCAACTATCTTTCATAA

Coding sequence (CDS)

ATGTCGTCGACCAAGCAGTTGGCGAAGACCCATGTGGAACGTTTAGTTGAGATCGAAGAGCAGTTGCTCTACTTGAGGGAAGTCCCCGATGCTATTCGGTTTGTGGAATCTCGGCTGGATGAGATTTCGACCAAGGCCGACAAAGTTGATGCGGTAGCTGGCCGCGTGGATGGAATGCCCATCCAAGAACTGATGATGAGGGTTGAGAACCTTGAAAGTAAAGCTACTCGACCTAGTAGCTACGAGCGTGGTGACAGCTCGTCGGGCTCTGCTCCCCTGATGGAGGAGCCGGTTCGTTCCGGTCTGGGGTTAGGAGCGCGGTTCACGGCGGTCTGGGCGGTTCTTGACCGGTTCCCGAGGGTTCAGGCGCGAAACAAACCCAAAACAAACCCAAGTTTCGATAAGGTTACCAACTATCTTTCATAA

Protein sequence

MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMPIQELMMRVENLESKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPVRSGLGLGARFTAVWAVLDRFPRVQARNKPKTNPSFDKVTNYLS
Homology
[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1D906 (Reverse transcriptase OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111018360 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 125.2 bits (313), Expect = 2.2e-25
Identity = 65/101 (64.36%), Postives = 82/101 (81.19%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
           MS+TKQL+K+HV+RLVEIEEQLLYLREVPD +R +E+R+DE S K  ++DAV  R+DG+P
Sbjct: 1   MSTTKQLSKSHVDRLVEIEEQLLYLREVPDFLRLLEARVDEFSEKFGEIDAVNARIDGLP 60

Query: 61  IQELMMRVENLESKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPVRSG 102
           IQ++ MRVE LESKATRP S+ERGDSS+   P  +  VR G
Sbjct: 61  IQDIAMRVETLESKATRPGSFERGDSSTN--PNTQIEVRMG 99

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DK29 (uncharacterized protein LOC111021829 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111021829 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 124.8 bits (312), Expect = 2.9e-25
Identity = 65/101 (64.36%), Postives = 82/101 (81.19%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
           MS+TKQL+K+HV+RLVEIEEQLLYLREVPD++R +E+R+DE S K  ++DAV  RVDG+P
Sbjct: 1   MSATKQLSKSHVDRLVEIEEQLLYLREVPDSLRLLEARVDEFSEKFGEIDAVNARVDGLP 60

Query: 61  IQELMMRVENLESKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPVRSG 102
           IQ++ MRVE  ESKATRP S+ERGDSS+   P  +  VR G
Sbjct: 61  IQDIAMRVETXESKATRPGSFERGDSSTN--PNTQIEVRMG 99

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DLQ6 (uncharacterized protein LOC111022320 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111022320 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 123.6 bits (309), Expect = 6.4e-25
Identity = 63/98 (64.29%), Postives = 79/98 (80.61%), Query Frame = 0 

Query: 1  MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
          MS+TKQL K+H++RLVEIEE+LL+LRE+PD +R+VESRLDEISTKAD +D V  R+DG+ 
Sbjct: 1  MSTTKQLGKSHIDRLVEIEERLLFLREIPDNLRYVESRLDEISTKADGIDVVNARIDGLA 60

Query: 61 IQELMMRVENLESKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPV 99
          I+ELM+RVE LE K  R  + ERG+SSS S   MEE V
Sbjct: 61 IRELMLRVETLEDKVKRTDNLERGESSSSSIAHMEERV 98

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TBW6 (Retrotrans_gag domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold84G002140 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 112.8 bits (281), Expect = 1.1e-21
Identity = 63/100 (63.00%), Postives = 78/100 (78.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
           MSS+    K   +RLVEIEEQ+LYL EVPD+IR++ESR+DEIS KAD +DAVAGRV+G+P
Sbjct: 1   MSSSNPSGKAQRDRLVEIEEQMLYLVEVPDSIRYLESRVDEISEKADTIDAVAGRVEGLP 60

Query: 61  IQELMMRVENLE--SKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPV 99
           IQEL+ RV+ LE  + A R  +YERG+SSSG A  MEE V
Sbjct: 61  IQELLARVDALEENTNARRTINYERGESSSGFAAHMEERV 100

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V4C9 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold692G00280 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 112.5 bits (280), Expect = 1.5e-21
Identity = 63/100 (63.00%), Postives = 78/100 (78.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
           MSS+    K   +RLVEIEEQ+LYL EVPD+IR++ESR+DEIS KAD +DAVAGRV+G+P
Sbjct: 1   MSSSNPSGKAQRDRLVEIEEQMLYLVEVPDSIRYLESRVDEISEKADTIDAVAGRVEGLP 60

Query: 61  IQELMMRVENLE--SKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPV 99
           IQEL+ RV+ LE  + A R  +YERG+SSSG A  MEE V
Sbjct: 61  IQELLARVDALEENTNARRTINYERGESSSGFAAHMEECV 100

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. NCBI nr
Match: XP_022150099.1 (uncharacterized protein LOC111018360 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 125.2 bits (313), Expect = 4.6e-25
Identity = 65/101 (64.36%), Postives = 82/101 (81.19%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
           MS+TKQL+K+HV+RLVEIEEQLLYLREVPD +R +E+R+DE S K  ++DAV  R+DG+P
Sbjct: 1   MSTTKQLSKSHVDRLVEIEEQLLYLREVPDFLRLLEARVDEFSEKFGEIDAVNARIDGLP 60

Query: 61  IQELMMRVENLESKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPVRSG 102
           IQ++ MRVE LESKATRP S+ERGDSS+   P  +  VR G
Sbjct: 61  IQDIAMRVETLESKATRPGSFERGDSSTN--PNTQIEVRMG 99

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. NCBI nr
Match: XP_022154605.1 (uncharacterized protein LOC111021829 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 124.8 bits (312), Expect = 6.0e-25
Identity = 65/101 (64.36%), Postives = 82/101 (81.19%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
           MS+TKQL+K+HV+RLVEIEEQLLYLREVPD++R +E+R+DE S K  ++DAV  RVDG+P
Sbjct: 1   MSATKQLSKSHVDRLVEIEEQLLYLREVPDSLRLLEARVDEFSEKFGEIDAVNARVDGLP 60

Query: 61  IQELMMRVENLESKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPVRSG 102
           IQ++ MRVE  ESKATRP S+ERGDSS+   P  +  VR G
Sbjct: 61  IQDIAMRVETXESKATRPGSFERGDSSTN--PNTQIEVRMG 99

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. NCBI nr
Match: XP_022155185.1 (uncharacterized protein LOC111022320 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 123.6 bits (309), Expect = 1.3e-24
Identity = 63/98 (64.29%), Postives = 79/98 (80.61%), Query Frame = 0 

Query: 1  MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
          MS+TKQL K+H++RLVEIEE+LL+LRE+PD +R+VESRLDEISTKAD +D V  R+DG+ 
Sbjct: 1  MSTTKQLGKSHIDRLVEIEERLLFLREIPDNLRYVESRLDEISTKADGIDVVNARIDGLA 60

Query: 61 IQELMMRVENLESKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPV 99
          I+ELM+RVE LE K  R  + ERG+SSS S   MEE V
Sbjct: 61 IRELMLRVETLEDKVKRTDNLERGESSSSSIAHMEERV 98

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. NCBI nr
Match: KAA0039111.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold84G002140 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 112.8 bits (281), Expect = 2.3e-21
Identity = 63/100 (63.00%), Postives = 78/100 (78.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
           MSS+    K   +RLVEIEEQ+LYL EVPD+IR++ESR+DEIS KAD +DAVAGRV+G+P
Sbjct: 1   MSSSNPSGKAQRDRLVEIEEQMLYLVEVPDSIRYLESRVDEISEKADTIDAVAGRVEGLP 60

Query: 61  IQELMMRVENLE--SKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPV 99
           IQEL+ RV+ LE  + A R  +YERG+SSSG A  MEE V
Sbjct: 61  IQELLARVDALEENTNARRTINYERGESSSGFAAHMEERV 100

[Close]
BLAST of Lcy10g002000 vs. NCBI nr
Match: KAA0061346.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold749G00290 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK14699.1 uncharacterized protein E5676_scaffold692G00280 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 112.5 bits (280), Expect = 3.1e-21
Identity = 63/100 (63.00%), Postives = 78/100 (78.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSSTKQLAKTHVERLVEIEEQLLYLREVPDAIRFVESRLDEISTKADKVDAVAGRVDGMP 60
           MSS+    K   +RLVEIEEQ+LYL EVPD+IR++ESR+DEIS KAD +DAVAGRV+G+P
Sbjct: 1   MSSSNPSGKAQRDRLVEIEEQMLYLVEVPDSIRYLESRVDEISEKADTIDAVAGRVEGLP 60

Query: 61  IQELMMRVENLE--SKATRPSSYERGDSSSGSAPLMEEPV 99
           IQEL+ RV+ LE  + A R  +YERG+SSSG A  MEE V
Sbjct: 61  IQELLARVDALEENTNARRTINYERGESSSGFAAHMEECV 100

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lcy10g002000 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Lcy10g002000 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A6J1D9062.2e-2564.36Reverse transcriptase OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111018360 PE=4 SV=1[more]
A0A6J1DK292.9e-2564.36uncharacterized protein LOC111021829 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111021... [more]
A0A6J1DLQ66.4e-2564.29uncharacterized protein LOC111022320 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111022... [more]
A0A5A7TBW61.1e-2163.00Retrotrans_gag domain-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 ... [more]
A0A5A7V4C91.5e-2163.00Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
BLAST of Lcy10g002000 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_022150099.14.6e-2564.36uncharacterized protein LOC111018360 [Momordica charantia][more]
XP_022154605.16.0e-2564.36uncharacterized protein LOC111021829 [Momordica charantia][more]
XP_022155185.11.3e-2464.29uncharacterized protein LOC111022320 [Momordica charantia][more]
KAA0039111.12.3e-2163.00uncharacterized protein E6C27_scaffold84G002140 [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0061346.13.1e-2163.00uncharacterized protein E6C27_scaffold749G00290 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK1... [more]
BLAST of Lcy10g002000 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (P93075) v1
Date Performed: 2021-12-06
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 73..87
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 72..97

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lcy10g002000.1Lcy10g002000.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006259 DNA metabolic process
molecular_function GO:0003824 catalytic activity
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding