Lcy07g004470 (gene) Sponge gourd (P93075) v1

Overview
NameLcy07g004470
Typegene
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
Descriptionprotein PARTING DANCERS homolog
LocationChr07: 22704920 .. 22731792 (-)
RNA-Seq ExpressionLcy07g004470
SyntenyLcy07g004470
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS
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mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

ATGTACTCATATCAATCACTTGCAGGACTTGATATTCAATTTTGGGGGCTTATCTATAGCTTTTGTTTTCACGACAATTTGGGATTGCAGCAATACATCATCAATCTTAGCAGAGTTCAAAAGTTGAAGAAGCAATTTGCAAATTTATATGTTGTTGTTGTCCTTCCAACCAAGGAGCAGAATGATTCATTTGTACAATCTTACTTCAGGTTTGCAACCAAGCATTTTGTTCAGCAAGTTGAGAGGGATGCAGCAGCTTTAGTTGTAGAAGCTGAAAAGCGTAGAGCTCGAAACAACGATTCCAACGCCTCTTGA

Protein sequence

MYSYQSLAGLDIQFWGLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFRFATKHFVQQVERDAAALVVEAEKRRARNNDSNAS
Homology
[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q6L5B5 (Protein PARTING DANCERS homolog OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=PTD PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 50.1 bits (118), Expect = 1.8e-05
Identity = 27/58 (46.55%), Postives = 35/58 (60.34%), Query Frame = 0 

Query: 17  LIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFRFATK 75
           L  +F F  N   Q      SRV  LK+Q  +LYVVV +PTKEQN+SF +SY ++  K
Sbjct: 73  LSVAFIFETNWDCQNEGAVFSRVNMLKRQLKHLYVVVAVPTKEQNESFNRSYHKYGMK 130

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: F4IDW9 (Protein PARTING DANCERS OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PTD PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 49.7 bits (117), Expect = 2.4e-05
Identity = 26/56 (46.43%), Postives = 35/56 (62.50%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFRF 72
           G+  +F F             SRV++LK QFA LYVV  L TKEQ+DSF++SYF++
Sbjct: 74  GVSIAFVFVTKWDFSNVASIFSRVKRLKGQFAQLYVVATLSTKEQSDSFMRSYFQY 129

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B3G4 (uncharacterized protein LOC103485388 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485388 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 8.1e-09
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 67  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 121

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3C5R1 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold453G00700 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 8.1e-09
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 62  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 116

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7T6P8 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold86G001440 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 8.1e-09
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 62  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 116

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B2D1 (uncharacterized protein LOC103485388 isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485388 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 8.1e-09
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 67  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 121

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B3K1 (uncharacterized protein LOC103485388 isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485388 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 8.1e-09
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 67  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 121

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. NCBI nr
Match: XP_030513044.1 (protein PARTING DANCERS isoform X2 [Rhodamnia argentea])

HSP 1 Score: 72.0 bits (175), Expect = 3.4e-09
Identity = 36/66 (54.55%), Postives = 47/66 (71.21%), Query Frame = 0 

Query: 6  SLAGLDIQFWGLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFV 65
          S +GL  Q WG +  FC ++ LG+Q + I +   +KLK++FA+ YVVV L TKEQNDSFV
Sbjct: 22 SSSGLYFQLWGSVSGFCLYNELGVQPHSIYVQ--EKLKEEFAHFYVVVTLQTKEQNDSFV 81

Query: 66 QSYFRF 72
           SYFRF
Sbjct: 82 HSYFRF 85

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. NCBI nr
Match: XP_008441175.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC103485388 isoform X3 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 1.7e-08
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 67  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 121

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. NCBI nr
Match: XP_008441174.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC103485388 isoform X2 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 1.7e-08
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 67  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 121

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. NCBI nr
Match: TYK06602.1 (uncharacterized protein E5676_scaffold453G00700 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 1.7e-08
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 62  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 116

[Close]
BLAST of Lcy07g004470 vs. NCBI nr
Match: KAA0037049.1 (uncharacterized protein E6C27_scaffold86G001440 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 1.7e-08
Identity = 38/55 (69.09%), Postives = 40/55 (72.73%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 71
           GL  +F F  +          SRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR
Sbjct: 62  GLSVAFAFLTSWDCSNTSSIFSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFR 116

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BLAST of Lcy07g004470 vs. TAIR 10
Match: AT1G12790.1 (CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RuvA domain 2-like (InterPro:IPR010994); Has 29 Blast hits to 29 proteins in 9 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 27; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). )

HSP 1 Score: 49.7 bits (117), Expect = 1.7e-06
Identity = 26/56 (46.43%), Postives = 35/56 (62.50%), Query Frame = 0 

Query: 16  GLIYSFCFHDNLGLQQYIINLSRVQKLKKQFANLYVVVVLPTKEQNDSFVQSYFRF 72
           G+  +F F             SRV++LK QFA LYVV  L TKEQ+DSF++SYF++
Sbjct: 74  GVSIAFVFVTKWDFSNVASIFSRVKRLKGQFAQLYVVATLSTKEQSDSFMRSYFQY 129

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
Q6L5B51.8e-0546.55Protein PARTING DANCERS homolog OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=PTD ... [more]
F4IDW92.4e-0546.43Protein PARTING DANCERS OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PTD PE=1 SV=1[more]
BLAST of Lcy07g004470 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A1S3B3G48.1e-0969.09uncharacterized protein LOC103485388 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC10... [more]
A0A5D3C5R18.1e-0969.09Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold... [more]
A0A5A7T6P88.1e-0969.09Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold... [more]
A0A1S3B2D18.1e-0969.09uncharacterized protein LOC103485388 isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC10... [more]
A0A1S3B3K18.1e-0969.09uncharacterized protein LOC103485388 isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC10... [more]
BLAST of Lcy07g004470 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
XP_030513044.13.4e-0954.55protein PARTING DANCERS isoform X2 [Rhodamnia argentea][more]
XP_008441175.11.7e-0869.09PREDICTED: uncharacterized protein LOC103485388 isoform X3 [Cucumis melo][more]
XP_008441174.11.7e-0869.09PREDICTED: uncharacterized protein LOC103485388 isoform X2 [Cucumis melo][more]
TYK06602.11.7e-0869.09uncharacterized protein E5676_scaffold453G00700 [Cucumis melo var. makuwa][more]
KAA0037049.11.7e-0869.09uncharacterized protein E6C27_scaffold86G001440 [Cucumis melo var. makuwa][more]
BLAST of Lcy07g004470 vs. TAIR 10
Match NameE-valueIdentityDescription
AT1G12790.11.7e-0646.43CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RuvA domain 2-like (InterPro:IPR010994); Has 29 Blas... [more]
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (P93075) v1
Date Performed: 2021-12-06
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR039172Protein parting dancersPANTHERPTHR37394PROTEIN PARTING DANCERScoord: 16..73

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Lcy07g004470.1Lcy07g004470.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0032502 developmental process
biological_process GO:0032501 multicellular organismal process
biological_process GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates
biological_process GO:0019953 sexual reproduction
cellular_component GO:0043229 intracellular organelle