Lcy05g017230 (gene) Sponge gourd (P93075) v1

Overview


Name	Lcy05g017230
Type	gene
Organism	Luffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
Description	la-related protein 6B
Location	Chr05: 27008975 .. 27076313 (-)
RNA-Seq Expression	Lcy05g017230
Synteny	Lcy05g017230

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

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mRNA sequence

ATGATAGAGAGAGGCAAGGAGAATTCATTAAATAGAAGCATGAAATGCTACGTACTCCCACAAGTCGTTCTAAGGCCGGAGCATTGCGGGGAAGACACTGGTCCACACACCACTCGTGATCAAAGAAACCTCAAGAAGTTGTTGAATCGGTCTCCAAAAGAGGACACTCTGTGTTCCTCTCGGACTCGATCTCCAGATTTTCAGTTCACAGAACCTCCATATTCATCTCTTTCCTTCCACCAAATGGCACAACATTCTTCCTCTTCGCCTCCCGATTCCTCTTCCCAATCCGATCCATCTCTTTCTCGCAACTCTTCTCTCAGTCGTCTCAACGCCCAGGCTCCTGAGTTCGTCCCCACTCGCCCCTCCCCTCGTCCCGATCTACAACCGCCGCAGTCCGCCCCCGGCCCCCCGCCTCCTCCGCCCAAGCAATCGCCCCGGATTCTCATCCCTTCTCCTCCTCCGCCGCCGGCCATCATGCATGTTTATCCTCCCCCTCCCCCGGGATCTCCCTTCCATGTTCCCATTCAGACCCCTGTCCCCGTCCCCACTCATGTCGTTTCCATTCAGAATCATCATCACTATCACCCTCATCACCGCCACCACCATCATTCCCATCATGTTCCTGTGCTTTATCACCCTCATAATCCTCAGTATTATGCCGATAATGGTGGATTCCATGAGCCCGACACCGTTGTGCAGCAACCTCAGAAGCCACAGGCTGAGTCCGACTATGGTGCTCCATCGAGGACTAAACTCACTGAGGAAGTCTCCCAAAAGCTTTTGAATCAGGTGGAATATTATTTCAGTGATTTAAACTTGGCAACTACTGATCATTTGATGAGGTTCATCAATAAAGATCCCGATGGATATGTGCCTATATCGGTTGTTGCATCATTCAAGAAGATTAAGGCTCTCATTAATAGTCACTCTCAGCTAGCCAATATTTTGCGCAACTCTTCTAAGCTTATGGTTGGTGAAGATGGAAAGAAAGTTAGACGTAAACAACCACTTTCAGAGTCAGATATGGAGGAGCTGCAATCTCGCATAGTAATTGCGGAGAACTTACCCGAGGATCATTGCCACCAAAACCTCATGAAGATTTTTTCTGCTGTTGGGAGTGTTAAGAATATTCGAACTTGTCAACCTCAAATCTCAGATAGTGGAGCTTCTTCAACATCTAAATCAGCAAAAGCTGATGGAATGCATTACAGTAACAAGGTATACTTATTTGCTGTAGCATAG

Coding sequence (CDS)

ATGATAGAGAGAGGCAAGGAGAATTCATTAAATAGAAGCATGAAATGCTACGTACTCCCACAAGTCGTTCTAAGGCCGGAGCATTGCGGGGAAGACACTGGTCCACACACCACTCGTGATCAAAGAAACCTCAAGAAGTTGTTGAATCGGTCTCCAAAAGAGGACACTCTGTGTTCCTCTCGGACTCGATCTCCAGATTTTCAGTTCACAGAACCTCCATATTCATCTCTTTCCTTCCACCAAATGGCACAACATTCTTCCTCTTCGCCTCCCGATTCCTCTTCCCAATCCGATCCATCTCTTTCTCGCAACTCTTCTCTCAGTCGTCTCAACGCCCAGGCTCCTGAGTTCGTCCCCACTCGCCCCTCCCCTCGTCCCGATCTACAACCGCCGCAGTCCGCCCCCGGCCCCCCGCCTCCTCCGCCCAAGCAATCGCCCCGGATTCTCATCCCTTCTCCTCCTCCGCCGCCGGCCATCATGCATGTTTATCCTCCCCCTCCCCCGGGATCTCCCTTCCATGTTCCCATTCAGACCCCTGTCCCCGTCCCCACTCATGTCGTTTCCATTCAGAATCATCATCACTATCACCCTCATCACCGCCACCACCATCATTCCCATCATGTTCCTGTGCTTTATCACCCTCATAATCCTCAGTATTATGCCGATAATGGTGGATTCCATGAGCCCGACACCGTTGTGCAGCAACCTCAGAAGCCACAGGCTGAGTCCGACTATGGTGCTCCATCGAGGACTAAACTCACTGAGGAAGTCTCCCAAAAGCTTTTGAATCAGGTGGAATATTATTTCAGTGATTTAAACTTGGCAACTACTGATCATTTGATGAGGTTCATCAATAAAGATCCCGATGGATATGTGCCTATATCGGTTGTTGCATCATTCAAGAAGATTAAGGCTCTCATTAATAGTCACTCTCAGCTAGCCAATATTTTGCGCAACTCTTCTAAGCTTATGGTTGGTGAAGATGGAAAGAAAGTTAGACGTAAACAACCACTTTCAGAGTCAGATATGGAGGAGCTGCAATCTCGCATAGTAATTGCGGAGAACTTACCCGAGGATCATTGCCACCAAAACCTCATGAAGATTTTTTCTGCTGTTGGGAGTGTTAAGAATATTCGAACTTGTCAACCTCAAATCTCAGATAGTGGAGCTTCTTCAACATCTAAATCAGCAAAAGCTGATGGAATGCATTACAGTAACAAGGTATACTTATTTGCTGTAGCATAG

Protein sequence

MIERGKENSLNRSMKCYVLPQVVLRPEHCGEDTGPHTTRDQRNLKKLLNRSPKEDTLCSSRTRSPDFQFTEPPYSSLSFHQMAQHSSSSPPDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQPPQSAPGPPPPPPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSIQNHHHYHPHHRHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLFAVA

Homology

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O80567 (La-related protein 6B OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6B PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 290.0 bits (741), Expect = 4.1e-77
Identity = 194/361 (53.74%), Postives = 238/361 (65.93%), Query Frame = 0


Query: 70  TEPPYSSLSFHQMAQHSSSSPPDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQ 129
           T PP  S        HS+SS   +SS SDPSL R+ SLSRLNA APEFVP R +      
Sbjct: 11  TPPPTQSDDLSH--SHSTSSTTSASSSSDPSLLRSLSLSRLNAGAPEFVPGRTT------ 70

Query: 130 PPQSAPGPPPPPPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSI 189
                     PP  Q PR++IP PPPP  ++H+Y   P   PF+ P+  PVP+  H+V +
Sbjct: 71  ----------PPLPQPPRMIIP-PPPPHGMLHMYHHQP---PFNTPVLGPVPIQPHLVPV 130

Query: 190 QNHHHYHPHHRHHHHSHH-----VPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQ--------- 249
           QNHH +H  H+HHHH+ H     VPV  H    Q     GG  EPD V ++         
Sbjct: 131 QNHHPHHRFHQHHHHNRHQNQQYVPVRNHGEY-QQRGGVGGEQEPDLVSKKNDRRDHSKR 190

Query: 250 ----PQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGY 309
                Q  +  +     S+T L E+  QK++NQVEYYFSDLNLATTDHLMRFI KDP+GY
Sbjct: 191 ESKNDQVTETGASVSIDSKTGLPEDSIQKIVNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFICKDPEGY 250

Query: 310 VPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIV 369
           VPI VVASFKKIKA+IN++SQLA +L+NS+KL V EDGKKVRR  P++ES +EELQSRI+
Sbjct: 251 VPIHVVASFKKIKAVINNNSQLAAVLQNSAKLFVSEDGKKVRRISPITESAIEELQSRII 310

Query: 370 IAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKS-AKADGMHYSNKVYL 412
           +AENLPEDHC+QNLMKIFS VGSVKNIRTCQPQ + SGA   ++S AK+DG  +SNKV+ 
Sbjct: 311 VAENLPEDHCYQNLMKIFSTVGSVKNIRTCQPQNNGSGAPPAARSAAKSDGTLFSNKVHA 348

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LHL3 (La-related protein 6C OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6C PE=3 SV=1)

HSP 1 Score: 147.5 bits (371), Expect = 3.3e-34
Identity = 80/176 (45.45%), Postives = 116/176 (65.91%), Query Frame = 0


Query: 213 HPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDL 272
           H H+P        F+  +  VQ P    A  +  + S+  L++++  K++ QVEY F+D+
Sbjct: 109 HVHDPA-----AAFYISNPAVQFP----ASQNSSSSSKNLLSDDLRLKIVKQVEYQFTDM 168

Query: 273 NLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKV 332
           +L   + + + I+KDP+GYVP+S +AS KKIKAL ++H  ++  LR+SSKL+V EDGKKV
Sbjct: 169 SLLANESISKHISKDPEGYVPVSYIASTKKIKALTSNHHLVSLALRSSSKLVVSEDGKKV 228

Query: 333 RRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISDS 389
           +R    ++ D EELQ R V+AENLP+DH +QNL KIF  VG+VK IR C P  S+S
Sbjct: 229 KRTSQFTDRDREELQGRTVVAENLPDDHSYQNLEKIFGVVGNVKAIRICHPPESNS 275

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q94A38 (La-related protein 6A OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6A PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 110.5 bits (275), Expect = 4.5e-23
Identity = 56/141 (39.72%), Postives = 87/141 (61.70%), Query Frame = 0


Query: 255 EEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLA 314
           +E++QK++ QVEYYFSD NL T   L+  + ++  G+VPIS +A+F K+K L   H+ + 
Sbjct: 101 DELNQKIIRQVEYYFSDENLPTDKFLLNAMKRNKKGFVPISTIATFHKMKKLTRDHALIV 160

Query: 315 NILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGS 374
           + L+ SS L+V  D KKV+R  PL E  + + +   V+ ENLPEDH ++N+ +IF   GS
Sbjct: 161 SALKESSFLVVSADEKKVKRLSPLPE--IRDPKIFTVLVENLPEDHSNENIREIFGKAGS 220

Query: 375 VKNIRTCQPQISDSGASSTSK 396
           +K++  C P   +       K
Sbjct: 221 IKSVSICDPNAVEESEKGGKK 239

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q93ZV7 (La protein 1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LA1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 75.1 bits (183), Expect = 2.1e-12
Identity = 47/141 (33.33%), Postives = 75/141 (53.19%), Query Frame = 0


Query: 253 LTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI----- 312
           LTEE ++ +L QVE+YFSD NL   D L + + +  DG V ++++ SF K++  +     
Sbjct: 6   LTEETAKTVLRQVEFYFSDSNLPIDDFLKKTVTESEDGLVSLALICSFSKMRGYLKLGDS 65

Query: 313 -------NSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPL--SESDMEELQSRIVIAENLPE 372
                  ++   +A+ LR SS L + +DGKKV R   L   E  +E+L +R V A     
Sbjct: 66  KGDDIPEDTIKAVADTLRTSSALKISDDGKKVGRSTELLKLEDLIEQLNARTVAASPFSY 125

Query: 373 DHCHQNLMKIFSAVGSVKNIR 380
           D   +++   FS  G V ++R
Sbjct: 126 DVKREDVESFFSQYGKVNSVR 146

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q28G87 (La-related protein 7 OS=Xenopus tropicalis OX=8364 GN=larp7 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 2.7e-12
Identity = 44/147 (29.93%), Postives = 78/147 (53.06%), Query Frame = 0


Query: 229 PDTVVQQPQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDP 288
           P   V++ +      D     R+++ +++   +  QV+++F D+NL     L   I K  
Sbjct: 9   PSNKVKEDESTDLRKDREKKKRSRV-KQLLADIAKQVDFWFGDVNLHKDRFLREQIEKTR 68

Query: 289 DGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQS 348
           DGY+ IS++ASF K+K +      +A  ++NSS + +   G K+RR+ PL E   +++ S
Sbjct: 69  DGYIDISLLASFNKMKKITTDSKLIARAVKNSSVVEINLSGTKIRRRFPLGEKP-QDVDS 128

Query: 349 RIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSV 376
           R V  E LP++  H  + ++F   G V
Sbjct: 129 RTVYVELLPKNVTHSWIERVFGKYGMV 153

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DY71 (la-related protein 6B OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111024163 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 561.2 bits (1445), Expect = 3.5e-156
Identity = 307/343 (89.50%), Postives = 316/343 (92.13%), Query Frame = 0


Query: 70  TEPPYSSLSFHQMAQHSSSSPPDSS-SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDL 129
           T P  SS S    +  SSSSP  S+ SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDL
Sbjct: 8   TAPDSSSSSSSSSSSSSSSSPSSSAPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDL 67

Query: 130 QPPQSAPGPPPPPPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVS 189
           QP QSAPGPPPPP KQSPRILIPSPPPPP ++HVYPP PPGSPFHVPIQ+PVPVPT VVS
Sbjct: 68  QPQQSAPGPPPPPQKQSPRILIPSPPPPPGVLHVYPPHPPGSPFHVPIQSPVPVPTRVVS 127

Query: 190 IQNHHHYHPHHRHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGAP 249
           IQN HHYHPHHRHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPD VVQQPQKPQ ESDY AP
Sbjct: 128 IQN-HHYHPHHRHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDAVVQQPQKPQVESDYAAP 187

Query: 250 SRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALIN 309
           SR+KLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDG VPISVVASFKKIKALI+
Sbjct: 188 SRSKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGCVPISVVASFKKIKALIS 247

Query: 310 SHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKI 369
           SHSQLANILR SSKLMV EDGKKVRRK PLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKI
Sbjct: 248 SHSQLANILRKSSKLMVSEDGKKVRRKLPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKI 307

Query: 370 FSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           FSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNK++ F
Sbjct: 308 FSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKLHAF 349

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I059 (la-related protein 6B-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111468508 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 552.7 bits (1423), Expect = 1.3e-153
Identity = 306/344 (88.95%), Postives = 313/344 (90.99%), Query Frame = 0


Query: 82  MAQHSSSSP-------PDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQPPQSA 141
           MA HSSSSP       P   SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTR SPRPDLQPPQS+
Sbjct: 1   MAHHSSSSPSPSPSPSPPLPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRSSPRPDLQPPQSS 60

Query: 142 PG--PPPPPPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQT----PVPVPTHVVS 201
            G  PPPPP KQSPRILIPSPPPPPA+MHVYPPPPPGSPFHVPIQ+    PVPVPTHVVS
Sbjct: 61  SGSQPPPPPSKQSPRILIPSPPPPPAVMHVYPPPPPGSPFHVPIQSPVPVPVPVPTHVVS 120

Query: 202 IQNHHHYHPHHR-HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGA 261
           I N HHYHPHHR HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFH+PD VVQQPQKP  ESDYGA
Sbjct: 121 IPN-HHYHPHHRHHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDNVVQQPQKPPVESDYGA 180

Query: 262 PSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI 321
           PSRTKLT EVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI
Sbjct: 181 PSRTKLTGEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI 240

Query: 322 NSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMK 381
           NSHSQLANILRNSSKLMV EDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLP+DHCHQNLMK
Sbjct: 241 NSHSQLANILRNSSKLMVSEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPDDHCHQNLMK 300

Query: 382 IFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           IFSAVGSVKNIRTCQPQISDSG SSTSKSAK DGMHYSNK++ F
Sbjct: 301 IFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGTSSTSKSAKTDGMHYSNKLHAF 343

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EJ80 (la-related protein 6B-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111434957 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 552.7 bits (1423), Expect = 1.3e-153
Identity = 307/344 (89.24%), Postives = 315/344 (91.57%), Query Frame = 0


Query: 82  MAQHSSSSP-----PDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQPPQSAPG 141
           MA HSSSSP     P   SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTR SPRPDLQPP S+ G
Sbjct: 1   MAHHSSSSPSPSPSPPLPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRSSPRPDLQPPHSSSG 60

Query: 142 --PPPPPP--KQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQT----PVPVPTHVVS 201
             PPPPPP  KQSPRILIPSPPPPPA+MHVYPPPPPGSPFHVPIQ+    PVPVPTHVVS
Sbjct: 61  SQPPPPPPSSKQSPRILIPSPPPPPAVMHVYPPPPPGSPFHVPIQSPVPVPVPVPTHVVS 120

Query: 202 IQNHHHYHPHHR-HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGA 261
           I N HHYHPHHR HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFH+PD VVQQPQKP  ESDYGA
Sbjct: 121 IPN-HHYHPHHRHHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDNVVQQPQKPPVESDYGA 180

Query: 262 PSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI 321
           PSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI
Sbjct: 181 PSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI 240

Query: 322 NSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMK 381
           NSHSQLANILRNSSKLMV EDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLP+DHCHQNLMK
Sbjct: 241 NSHSQLANILRNSSKLMVNEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPDDHCHQNLMK 300

Query: 382 IFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           IFSAVGSVKNIRTCQPQISD+G SSTSKSAKADGMHYSNK++ F
Sbjct: 301 IFSAVGSVKNIRTCQPQISDTGTSSTSKSAKADGMHYSNKLHAF 343

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I3E0 (la-related protein 6B-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111470630 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 547.0 bits (1408), Expect = 6.9e-152
Identity = 301/332 (90.66%), Postives = 312/332 (93.98%), Query Frame = 0


Query: 82  MAQHSSSSPPDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQ-PPQSAPGPPPP 141
           MAQHSSSS   S SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPS R DLQ PP SA GP PP
Sbjct: 1   MAQHSSSSSL-SPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSSRSDLQPPPHSAAGPAPP 60

Query: 142 PPKQSPRILIPS-PPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSIQNHHHYHPHH 201
           PPKQSPRILIPS PPPPPA+MHVYPPPPPGSPFHVPIQ+PVPVPTHVVS+QN HHYH HH
Sbjct: 61  PPKQSPRILIPSPPPPPPAMMHVYPPPPPGSPFHVPIQSPVPVPTHVVSLQN-HHYHRHH 120

Query: 202 RHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQ 261
           RHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFH+PDTVVQQ QKPQ E+DY APSR+KLTE+VS 
Sbjct: 121 RHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDTVVQQAQKPQVETDYAAPSRSKLTEDVSL 180

Query: 262 KLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN 321
           KLLNQVEYYFSDLNL TTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN
Sbjct: 181 KLLNQVEYYFSDLNLTTTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN 240

Query: 322 SSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIR 381
           SSKLMV EDGKKV+RKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIR
Sbjct: 241 SSKLMVSEDGKKVKRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIR 300

Query: 382 TCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           TCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYS+K++ F
Sbjct: 301 TCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSSKLHAF 330

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GLH8 (la-related protein 6B-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111455073 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 543.9 bits (1400), Expect = 5.8e-151
Identity = 299/332 (90.06%), Postives = 311/332 (93.67%), Query Frame = 0


Query: 82  MAQHSSSSPPDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDL-QPPQSAPGPPPP 141
           MAQHSSSS   S SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPS R DL QPP SA GP PP
Sbjct: 1   MAQHSSSSSL-SPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSSRSDLQQPPHSAAGPAPP 60

Query: 142 PPKQSPRILIPS-PPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSIQNHHHYHPHH 201
           PPKQSPRILIPS PPPPPA+MHVYPPPPPGSPFHVPIQ+PVPVPTHVVS+QN HHYH HH
Sbjct: 61  PPKQSPRILIPSPPPPPPAMMHVYPPPPPGSPFHVPIQSPVPVPTHVVSLQN-HHYHRHH 120

Query: 202 RHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQ 261
           RHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFH+PDTVVQQ QKPQ E+DY APSR+KL E+VS 
Sbjct: 121 RHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDTVVQQAQKPQVETDYAAPSRSKLAEDVSL 180

Query: 262 KLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN 321
           KLLNQVEYYFSDLNL TTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN
Sbjct: 181 KLLNQVEYYFSDLNLTTTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN 240

Query: 322 SSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIR 381
           SSKLMV EDGKKV+RKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIR
Sbjct: 241 SSKLMVSEDGKKVKRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIR 300

Query: 382 TCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           TCQPQISDSGASST+KSAKADGMHYS+K++ F
Sbjct: 301 TCQPQISDSGASSTAKSAKADGMHYSSKLHAF 330

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. NCBI nr
Match: XP_022157471.1 (la-related protein 6B [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 561.2 bits (1445), Expect = 7.3e-156
Identity = 307/343 (89.50%), Postives = 316/343 (92.13%), Query Frame = 0


Query: 70  TEPPYSSLSFHQMAQHSSSSPPDSS-SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDL 129
           T P  SS S    +  SSSSP  S+ SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDL
Sbjct: 8   TAPDSSSSSSSSSSSSSSSSPSSSAPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDL 67

Query: 130 QPPQSAPGPPPPPPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVS 189
           QP QSAPGPPPPP KQSPRILIPSPPPPP ++HVYPP PPGSPFHVPIQ+PVPVPT VVS
Sbjct: 68  QPQQSAPGPPPPPQKQSPRILIPSPPPPPGVLHVYPPHPPGSPFHVPIQSPVPVPTRVVS 127

Query: 190 IQNHHHYHPHHRHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGAP 249
           IQN HHYHPHHRHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPD VVQQPQKPQ ESDY AP
Sbjct: 128 IQN-HHYHPHHRHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDAVVQQPQKPQVESDYAAP 187

Query: 250 SRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALIN 309
           SR+KLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDG VPISVVASFKKIKALI+
Sbjct: 188 SRSKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGCVPISVVASFKKIKALIS 247

Query: 310 SHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKI 369
           SHSQLANILR SSKLMV EDGKKVRRK PLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKI
Sbjct: 248 SHSQLANILRKSSKLMVSEDGKKVRRKLPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKI 307

Query: 370 FSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           FSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNK++ F
Sbjct: 308 FSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKLHAF 349

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. NCBI nr
Match: XP_038888029.1 (la-related protein 6B [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 560.8 bits (1444), Expect = 9.6e-156
Identity = 308/332 (92.77%), Postives = 314/332 (94.58%), Query Frame = 0


Query: 82  MAQHSSSSPPDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQPPQSAPG-PPPP 141
           MAQHS      SSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPS R DLQPPQSAPG PPPP
Sbjct: 1   MAQHS------SSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSTRSDLQPPQSAPGPPPPP 60

Query: 142 PPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSIQNHHHYHPHHR 201
           PPKQSPRILIPSPPPPPA+MHVY PPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSIQN HHYHPHHR
Sbjct: 61  PPKQSPRILIPSPPPPPAMMHVY-PPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSIQN-HHYHPHHR 120

Query: 202 HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDT-VVQQPQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQ 261
           HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFH+PDT VVQQPQKP  ESDY APSR+KLTEEVSQ
Sbjct: 121 HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDTAVVQQPQKPLVESDYAAPSRSKLTEEVSQ 180

Query: 262 KLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN 321
           KLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN
Sbjct: 181 KLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRN 240

Query: 322 SSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIR 381
           SSKLMV EDGKKV+RKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSA GSVKNIR
Sbjct: 241 SSKLMVSEDGKKVKRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAAGSVKNIR 300

Query: 382 TCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           TCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNK++ F
Sbjct: 301 TCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKLHAF 324

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. NCBI nr
Match: XP_022928061.1 (la-related protein 6B-like [Cucurbita moschata])

HSP 1 Score: 552.7 bits (1423), Expect = 2.6e-153
Identity = 307/344 (89.24%), Postives = 315/344 (91.57%), Query Frame = 0


Query: 82  MAQHSSSSP-----PDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQPPQSAPG 141
           MA HSSSSP     P   SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTR SPRPDLQPP S+ G
Sbjct: 1   MAHHSSSSPSPSPSPPLPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRSSPRPDLQPPHSSSG 60

Query: 142 --PPPPPP--KQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQT----PVPVPTHVVS 201
             PPPPPP  KQSPRILIPSPPPPPA+MHVYPPPPPGSPFHVPIQ+    PVPVPTHVVS
Sbjct: 61  SQPPPPPPSSKQSPRILIPSPPPPPAVMHVYPPPPPGSPFHVPIQSPVPVPVPVPTHVVS 120

Query: 202 IQNHHHYHPHHR-HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGA 261
           I N HHYHPHHR HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFH+PD VVQQPQKP  ESDYGA
Sbjct: 121 IPN-HHYHPHHRHHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDNVVQQPQKPPVESDYGA 180

Query: 262 PSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI 321
           PSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI
Sbjct: 181 PSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI 240

Query: 322 NSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMK 381
           NSHSQLANILRNSSKLMV EDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLP+DHCHQNLMK
Sbjct: 241 NSHSQLANILRNSSKLMVNEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPDDHCHQNLMK 300

Query: 382 IFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           IFSAVGSVKNIRTCQPQISD+G SSTSKSAKADGMHYSNK++ F
Sbjct: 301 IFSAVGSVKNIRTCQPQISDTGTSSTSKSAKADGMHYSNKLHAF 343

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. NCBI nr
Match: XP_022969525.1 (la-related protein 6B-like [Cucurbita maxima])

HSP 1 Score: 552.7 bits (1423), Expect = 2.6e-153
Identity = 306/344 (88.95%), Postives = 313/344 (90.99%), Query Frame = 0


Query: 82  MAQHSSSSP-------PDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQPPQSA 141
           MA HSSSSP       P   SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTR SPRPDLQPPQS+
Sbjct: 1   MAHHSSSSPSPSPSPSPPLPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRSSPRPDLQPPQSS 60

Query: 142 PG--PPPPPPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQT----PVPVPTHVVS 201
            G  PPPPP KQSPRILIPSPPPPPA+MHVYPPPPPGSPFHVPIQ+    PVPVPTHVVS
Sbjct: 61  SGSQPPPPPSKQSPRILIPSPPPPPAVMHVYPPPPPGSPFHVPIQSPVPVPVPVPTHVVS 120

Query: 202 IQNHHHYHPHHR-HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGA 261
           I N HHYHPHHR HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFH+PD VVQQPQKP  ESDYGA
Sbjct: 121 IPN-HHYHPHHRHHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDNVVQQPQKPPVESDYGA 180

Query: 262 PSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI 321
           PSRTKLT EVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI
Sbjct: 181 PSRTKLTGEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALI 240

Query: 322 NSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMK 381
           NSHSQLANILRNSSKLMV EDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLP+DHCHQNLMK
Sbjct: 241 NSHSQLANILRNSSKLMVSEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPDDHCHQNLMK 300

Query: 382 IFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           IFSAVGSVKNIRTCQPQISDSG SSTSKSAK DGMHYSNK++ F
Sbjct: 301 IFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGTSSTSKSAKTDGMHYSNKLHAF 343

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. NCBI nr
Match: KAG6588510.1 (La-related protein 6B, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 550.4 bits (1417), Expect = 1.3e-152
Identity = 307/350 (87.71%), Postives = 315/350 (90.00%), Query Frame = 0


Query: 82  MAQHSSSSP-------PDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQPPQSA 141
           MA HSSSSP       P   SQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTR SPRPDLQPP S+
Sbjct: 1   MAHHSSSSPSPSPSPSPPLPSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRSSPRPDLQPPHSS 60

Query: 142 PG--PPPPPP--KQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQT--------PVPV 201
            G  PPPPPP  KQSPRILIPSPPPPPA+MHVYPPPPPGSPFHVPIQ+        PVPV
Sbjct: 61  SGSQPPPPPPSSKQSPRILIPSPPPPPAVMHVYPPPPPGSPFHVPIQSPVPVPVPVPVPV 120

Query: 202 PTHVVSIQNHHHYHPHHR-HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQA 261
           PTHVVSI N HHYHPHHR HHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFH+PD VVQQPQKP  
Sbjct: 121 PTHVVSIPN-HHYHPHHRHHHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDNVVQQPQKPPV 180

Query: 262 ESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFK 321
           ESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFK
Sbjct: 181 ESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFK 240

Query: 322 KIKALINSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHC 381
           KIKALINSHSQLANILRNSSKLMV EDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLP+DHC
Sbjct: 241 KIKALINSHSQLANILRNSSKLMVNEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPDDHC 300

Query: 382 HQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKSAKADGMHYSNKVYLF 412
           HQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISD+G SSTSKSAKADGMHYSNK++ F
Sbjct: 301 HQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISDTGTSSTSKSAKADGMHYSNKLHAF 349

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. TAIR 10
Match: AT2G43970.1 (RNA-binding protein )

HSP 1 Score: 290.0 bits (741), Expect = 2.9e-78
Identity = 194/361 (53.74%), Postives = 238/361 (65.93%), Query Frame = 0


Query: 70  TEPPYSSLSFHQMAQHSSSSPPDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQ 129
           T PP  S        HS+SS   +SS SDPSL R+ SLSRLNA APEFVP R +      
Sbjct: 11  TPPPTQSDDLSH--SHSTSSTTSASSSSDPSLLRSLSLSRLNAGAPEFVPGRTT------ 70

Query: 130 PPQSAPGPPPPPPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSI 189
                     PP  Q PR++IP PPPP  ++H+Y   P   PF+ P+  PVP+  H+V +
Sbjct: 71  ----------PPLPQPPRMIIP-PPPPHGMLHMYHHQP---PFNTPVLGPVPIQPHLVPV 130

Query: 190 QNHHHYHPHHRHHHHSHH-----VPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQ--------- 249
           QNHH +H  H+HHHH+ H     VPV  H    Q     GG  EPD V ++         
Sbjct: 131 QNHHPHHRFHQHHHHNRHQNQQYVPVRNHGEY-QQRGGVGGEQEPDLVSKKNDRRDHSKR 190

Query: 250 ----PQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGY 309
                Q  +  +     S+T L E+  QK++NQVEYYFSDLNLATTDHLMRFI KDP+GY
Sbjct: 191 ESKNDQVTETGASVSIDSKTGLPEDSIQKIVNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFICKDPEGY 250

Query: 310 VPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIV 369
           VPI VVASFKKIKA+IN++SQLA +L+NS+KL V EDGKKVRR  P++ES +EELQSRI+
Sbjct: 251 VPIHVVASFKKIKAVINNNSQLAAVLQNSAKLFVSEDGKKVRRISPITESAIEELQSRII 310

Query: 370 IAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKS-AKADGMHYSNKVYL 412
           +AENLPEDHC+QNLMKIFS VGSVKNIRTCQPQ + SGA   ++S AK+DG  +SNKV+ 
Sbjct: 311 VAENLPEDHCYQNLMKIFSTVGSVKNIRTCQPQNNGSGAPPAARSAAKSDGTLFSNKVHA 348

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. TAIR 10
Match: AT2G43970.2 (RNA-binding protein )

HSP 1 Score: 287.3 bits (734), Expect = 1.9e-77
Identity = 193/358 (53.91%), Postives = 236/358 (65.92%), Query Frame = 0


Query: 70  TEPPYSSLSFHQMAQHSSSSPPDSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSPRPDLQ 129
           T PP  S        HS+SS   +SS SDPSL R+ SLSRLNA APEFVP R +      
Sbjct: 11  TPPPTQSDDLSH--SHSTSSTTSASSSSDPSLLRSLSLSRLNAGAPEFVPGRTT------ 70

Query: 130 PPQSAPGPPPPPPKQSPRILIPSPPPPPAIMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSI 189
                     PP  Q PR++IP PPPP  ++H+Y   P   PF+ P+  PVP+  H+V +
Sbjct: 71  ----------PPLPQPPRMIIP-PPPPHGMLHMYHHQP---PFNTPVLGPVPIQPHLVPV 130

Query: 190 QNHHHYHPHHRHHHHSHH-----VPVLYHPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQ--------- 249
           QNHH +H  H+HHHH+ H     VPV  H    Q     GG  EPD V ++         
Sbjct: 131 QNHHPHHRFHQHHHHNRHQNQQYVPVRNHGEY-QQRGGVGGEQEPDLVSKKNDRRDHSKR 190

Query: 250 ----PQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGY 309
                Q  +  +     S+T L E+  QK++NQVEYYFSDLNLATTDHLMRFI KDP+GY
Sbjct: 191 ESKNDQVTETGASVSIDSKTGLPEDSIQKIVNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFICKDPEGY 250

Query: 310 VPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIV 369
           VPI VVASFKKIKA+IN++SQLA +L+NS+KL V EDGKKVRR  P++ES +EELQSRI+
Sbjct: 251 VPIHVVASFKKIKAVINNNSQLAAVLQNSAKLFVSEDGKKVRRISPITESAIEELQSRII 310

Query: 370 IAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISDSGASSTSKS-AKADGMHYSNKV 409
           +AENLPEDHC+QNLMKIFS VGSVKNIRTCQPQ + SGA   ++S AK+DG  +SNKV
Sbjct: 311 VAENLPEDHCYQNLMKIFSTVGSVKNIRTCQPQNNGSGAPPAARSAAKSDGTLFSNKV 345

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. TAIR 10
Match: AT3G19090.1 (RNA-binding protein )

HSP 1 Score: 147.5 bits (371), Expect = 2.3e-35
Identity = 80/176 (45.45%), Postives = 116/176 (65.91%), Query Frame = 0


Query: 213 HPHNPQYYADNGGFHEPDTVVQQPQKPQAESDYGAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDL 272
           H H+P        F+  +  VQ P    A  +  + S+  L++++  K++ QVEY F+D+
Sbjct: 109 HVHDPA-----AAFYISNPAVQFP----ASQNSSSSSKNLLSDDLRLKIVKQVEYQFTDM 168

Query: 273 NLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRNSSKLMVGEDGKKV 332
           +L   + + + I+KDP+GYVP+S +AS KKIKAL ++H  ++  LR+SSKL+V EDGKKV
Sbjct: 169 SLLANESISKHISKDPEGYVPVSYIASTKKIKALTSNHHLVSLALRSSSKLVVSEDGKKV 228

Query: 333 RRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGSVKNIRTCQPQISDS 389
           +R    ++ D EELQ R V+AENLP+DH +QNL KIF  VG+VK IR C P  S+S
Sbjct: 229 KRTSQFTDRDREELQGRTVVAENLPDDHSYQNLEKIFGVVGNVKAIRICHPPESNS 275

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. TAIR 10
Match: AT5G46250.1 (RNA-binding protein )

HSP 1 Score: 110.5 bits (275), Expect = 3.2e-24
Identity = 56/141 (39.72%), Postives = 87/141 (61.70%), Query Frame = 0


Query: 255 EEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLA 314
           +E++QK++ QVEYYFSD NL T   L+  + ++  G+VPIS +A+F K+K L   H+ + 
Sbjct: 101 DELNQKIIRQVEYYFSDENLPTDKFLLNAMKRNKKGFVPISTIATFHKMKKLTRDHALIV 160

Query: 315 NILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGS 374
           + L+ SS L+V  D KKV+R  PL E  + + +   V+ ENLPEDH ++N+ +IF   GS
Sbjct: 161 SALKESSFLVVSADEKKVKRLSPLPE--IRDPKIFTVLVENLPEDHSNENIREIFGKAGS 220

Query: 375 VKNIRTCQPQISDSGASSTSK 396
           +K++  C P   +       K
Sbjct: 221 IKSVSICDPNAVEESEKGGKK 239

[Close]

BLAST of Lcy05g017230 vs. TAIR 10
Match: AT5G46250.2 (RNA-binding protein )

HSP 1 Score: 110.5 bits (275), Expect = 3.2e-24
Identity = 56/141 (39.72%), Postives = 87/141 (61.70%), Query Frame = 0


Query: 255 EEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLA 314
           +E++QK++ QVEYYFSD NL T   L+  + ++  G+VPIS +A+F K+K L   H+ + 
Sbjct: 101 DELNQKIIRQVEYYFSDENLPTDKFLLNAMKRNKKGFVPISTIATFHKMKKLTRDHALIV 160

Query: 315 NILRNSSKLMVGEDGKKVRRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGS 374
           + L+ SS L+V  D KKV+R  PL E  + + +   V+ ENLPEDH ++N+ +IF   GS
Sbjct: 161 SALKESSFLVVSADEKKVKRLSPLPE--IRDPKIFTVLVENLPEDHSNENIREIFGKAGS 220

Query: 375 VKNIRTCQPQISDSGASSTSK 396
           +K++  C P   +       K
Sbjct: 221 IKSVSICDPNAVEESEKGGKK 239

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy Swiss-Prot


Match Name	E-value	Identity	Description
O80567	4.1e-77	53.74	La-related protein 6B OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6B PE=1 SV=2	[more]
Q9LHL3	3.3e-34	45.45	La-related protein 6C OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6C PE=3 SV=1	[more]
Q94A38	4.5e-23	39.72	La-related protein 6A OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6A PE=2 SV=1	[more]
Q93ZV7	2.1e-12	33.33	La protein 1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LA1 PE=1 SV=1	[more]
Q28G87	2.7e-12	29.93	La-related protein 7 OS=Xenopus tropicalis OX=8364 GN=larp7 PE=2 SV=1	[more]

BLAST of Lcy05g017230 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A6J1DY71	3.5e-156	89.50	la-related protein 6B OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111024163 PE=4 SV=1	[more]
A0A6J1I059	1.3e-153	88.95	la-related protein 6B-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111468508 PE=4 SV=1	[more]
A0A6J1EJ80	1.3e-153	89.24	la-related protein 6B-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111434957 PE=4 SV...	[more]
A0A6J1I3E0	6.9e-152	90.66	la-related protein 6B-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111470630 PE=4 SV=1	[more]
A0A6J1GLH8	5.8e-151	90.06	la-related protein 6B-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111455073 PE=4 SV...	[more]

BLAST of Lcy05g017230 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_022157471.1	7.3e-156	89.50	la-related protein 6B [Momordica charantia]	[more]
XP_038888029.1	9.6e-156	92.77	la-related protein 6B [Benincasa hispida]	[more]
XP_022928061.1	2.6e-153	89.24	la-related protein 6B-like [Cucurbita moschata]	[more]
XP_022969525.1	2.6e-153	88.95	la-related protein 6B-like [Cucurbita maxima]	[more]
KAG6588510.1	1.3e-152	87.71	La-related protein 6B, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]	[more]

BLAST of Lcy05g017230 vs. TAIR 10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT2G43970.1	2.9e-78	53.74	RNA-binding protein	[more]
AT2G43970.2	1.9e-77	53.91	RNA-binding protein	[more]
AT3G19090.1	2.3e-35	45.45	RNA-binding protein	[more]
AT5G46250.1	3.2e-24	39.72	RNA-binding protein	[more]
AT5G46250.2	3.2e-24	39.72	RNA-binding protein	[more]

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (P93075) v1
Date Performed: 2021-12-06

Position :

Zoom :

x 1


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	COILS	Coil	Coil	coord: 411..414
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 26..164
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 119..164
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 29..60
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 214..252
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 61..113
None	No IPR available	PANTHER	PTHR22792	LUPUS LA PROTEIN-RELATED	coord: 190..411
None	No IPR available	PANTHER	PTHR22792:SF112	LA-RELATED PROTEIN 6B-LIKE	coord: 190..411
None	No IPR available	CDD	cd08033	LARP_6	coord: 259..334 e-value: 3.93034E-37 score: 127.784
IPR002344	Lupus La protein	PRINTS	PR00302	LUPUSLA	coord: 321..334 score: 38.96 coord: 343..359 score: 21.39 coord: 264..281 score: 50.51 coord: 290..305 score: 32.95
IPR006630	La-type HTH domain	SMART	SM00715	la	coord: 255..335 e-value: 1.9E-35 score: 133.8
IPR006630	La-type HTH domain	PFAM	PF05383	La	coord: 261..319 e-value: 2.3E-18 score: 65.9
IPR006630	La-type HTH domain	PROSITE	PS50961	HTH_LA	coord: 251..342 score: 25.485367
IPR036388	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily	GENE3D	1.10.10.10		coord: 249..339 e-value: 7.9E-27 score: 95.1
IPR036390	Winged helix DNA-binding domain superfamily	SUPERFAMILY	46785	"Winged helix" DNA-binding domain	coord: 253..345

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Lcy05g017230.1	Lcy05g017230.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0006396	RNA processing
cellular_component	GO:0005634	nucleus
cellular_component	GO:1990904	ribonucleoprotein complex
molecular_function	GO:0008168	methyltransferase activity
molecular_function	GO:0003723	RNA binding