Lcy03g004400 (gene) Sponge gourd (P93075) v1

Overview


Name	Lcy03g004400
Type	gene
Organism	Luffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
Description	ATP-dependent helicase/nuclease subunit A isoform 1
Location	Chr03: 21280760 .. 21310363 (+)
RNA-Seq Expression	Lcy03g004400
Synteny	Lcy03g004400

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonCDSpolypeptide

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mRNA sequence

ATCTCTCATCCTATCTCTCCATTTCTCTCTTCTTGTGGCCGTGAGTTCCCAGCCCCCCTTGCCGAATCTGCCGCCGCCGCCTGAGTTCGCGCCGGCGTCGCCGTGGAGTCGCGCAACCCACCTCCCTTCGCGAGCTCTCTCTGCGCCGTCTCTCTCTCTCCCGTCGGTCTCTTTTTCTGGTGTTGTCGTGAGCCGTGAAGCTCGTCCTCGTGAGTAGTGCCACCGTTCTGATCGCGCCGCCGCCGCCCAGCTCGCGCCGTCGGTTTCCCTGTCCATCTGCCGCCGCATTCCCTCTGTTCGTGGGTTTCGTGGTTCAAGCTCTCTTCCTCTTCCGTTTTCAGCAAGAAAACCTCGTGGTTCTTGCGCGGACAGCAGCTCGAAGCACCGTCTCCTCTGCGTTTCAGAGTTAAAAATCATGGTGTTGTTAGATATTGCGTATCTAGCGATTTGAAGCCTCGTCGACCTCATTTCAGTCAATTTCGCCTCTGTCCAGAAGCGTTTTTGGATGTTTCCGGCACCGCTTGACTAGCTCGCGCCGTCTTTGCTCAGTTCGTGAGTGGTTCGACATCAATTAGTGTTTCCGCGCCGTCTAAGTGTTCGACTGAGTTCGAAACATTTCAACTTGAACACCACTGCCCAAGGAGCGTTCTGAATTGCTGGTTGTGGTTTGTATAACCCGTCTAGCGTTGAAACAGGACCGTTTGGGTAAGATTCGCTGCTGTCCTTAGTTTATTAGTATTGAGGTTTTTGGGTCGCTAAGTGTTTTAGGTTTAGAAGCATGGAATTACCTTTGCCTATTAGTTGTTTGGGTCTTAGAAGGTTCCCGACCTCTTGAAGGCCTTAGAATGTGATTAAAAAGGGGTCGAATGCTTGCTGTCCCTTCGTTTGTAGCATTGAAGTTAGGTTGCTCATTAGTGTTTTGGCCTTAGAATCATGATCTTGTTGTTACCCATTGCATATCTAGGCTCATAGGAGTTGCCTAATCTTTATAGGTCCTAGTTTATGCATTTAAACGGTTCATCATGACTGTTTTGGGTAAAAATCAAGTAGTTCTTCAATGCCCATTAAGCCTCATTGCCTTAAAATGTTTCCCGACCCTTTGTAGGTTCTTAAAGCGTGAATTTGTGAGCTTTTGCTTGCTGTCCATAGTTTAAAGAGCTTGCTAAATAGGTTTCCAATAATTACCTAGGCCTTTTTGCGTTGCGTAAGCTCTAGGAGCTCTTAGAATGTCGTTCATGCGTTTTAGGTGGTTGTTGCTTGCTGTCCAGTGGCTGTATAGCCTTAATATCGTCAACTAACAAATACCCACCGCCCGTAACACCTTAGACGTGGTTGCCCATGGTTTAATGGCGTTGGGTTTTTAATTTGGGTTATGTTTTAGATGCTGTCCAGCAAGGAAATAAACCGTTATTGGTTCAGTTTCGCCTTTAACATCTTGATTTAGGGTGCTTTCCTTTAGTATAGATTTCCTTTAATGGTTGGTAGTTTGTTTGTAGCTGGAAGCTCGTTTTGGAGTTAGATTGTGCAGTTCCAGCTAGCATTGGTATTTAAAAGCGATTTAAAATCTAAGGAAAGAGAGCTGTGAGATTGGGAAGATGATAGGCAATTCTCGTAAATGGGCTTATATTCGGATCATCAGCGGCACCATCGTCGGCGGCGTTCTCGGCTTCTATGTAATGCACCGCGTTGAACTTGGCTATAAGGAGAAGATGAAAGAGAGGTTGAAACAATACGAAAACGAACTGAAGAAGAAAGAGAAAATGAAAGAACTTGAAGATTCTCTCGCCGTCTTTGCTCAGTTCGTGAGTGGTTCGACATCAATTAGTGTTTCCGCGCCGTCTAAGTGTTCGACTGACTGGAAGCTCGTTTTGGAGTTAGATTGTGCAGTTCCAGCTAGCATTGCCGTGCAGCCCCCCCTCGTTCTTCAACTTCGCAGCCACACCCTCTCTCACTCTCTCGTTTGCGCCGCCACAGCCCACCAACTCCCTCACGTTTCTTCTCTTTTGCGCACACCAGGAGCTCCCCGCCTTGCGACGCCGCCTATTCCCTTCTCCCTCTCGTTTTCGCGCAACCAGCCACCTTTCGTTCCCTTCCTTTCGCGAGCAGCCACGACCACCTCGACGGACCGCCATAGCCGTGCGTTGCCGCCTCGTGAACGAGCTCCCCGACGAAGATTCGGCCAGGCGCGAGCGAAACCGCGGTCCCTTGTGCGTTTTCTGTCCACAACTTGGCGCACGCGATTTCGACAAGGATCCTCGCCGATTACGTGGTTCACCGATTCTCCTTGCACGCGGCTTGAGTTCCCAGCCAACTGCAACATTGGTCTTTCCTCTTTTTGGCCCTTACAACCACAAAACAACAAGGATTTGAAGCTGTACGACGAGGTTCCAGTAAGTATCAGCGTGCTATAA

Coding sequence (CDS)

ATGATAGGCAATTCTCGTAAATGGGCTTATATTCGGATCATCAGCGGCACCATCGTCGGCGGCGTTCTCGGCTTCTATGTAATGCACCGCGTTGAACTTGGCTATAAGGAGAAGATGAAAGAGAGGTTGAAACAATACGAAAACGAACTGAAGAAGAAAGAGAAAATGAAAGAACTTGAAGATTCTCTCGCCGTCTTTGCTCAGTTCGTGAGTGGTTCGACATCAATTAGTGTTTCCGCGCCGTCTAAGTGTTCGACTGACTGGAAGCTCGTTTTGGAGTTAGATTGTGCAGTTCCAGCTAGCATTGCCGTGCAGCCCCCCCTCGTTCTTCAACTTCGCAGCCACACCCTCTCTCACTCTCTCGTTTGCGCCGCCACAGCCCACCAACTCCCTCACGTTTCTTCTCTTTTGCGCACACCAGGAGCTCCCCGCCTTGCGACGCCGCCTATTCCCTTCTCCCTCTCGTTTTCGCGCAACCAGCCACCTTTCGTTCCCTTCCTTTCGCGAGCAGCCACGACCACCTCGACGGACCGCCATAGCCGTGCGTTGCCGCCTCGTGAACGAGCTCCCCGACGAAGATTCGGCCAGGCGCGAGCGAAACCGCGGTCCCTTGTGCGTTTTCTGTCCACAACTTGGCGCACGCGATTTCGACAAGGATCCTCGCCGATTACGTGGTTCACCGATTCTCCTTGCACGCGGCTTGAGTTCCCAGCCAACTGCAACATTGGTCTTTCCTCTTTTTGGCCCTTACAACCACAAAACAACAAGGATTTGAAGCTGTACGACGAGGTTCCAGTAAGTATCAGCGTGCTATAA

Protein sequence

MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELEDSLAVFAQFVSGSTSISVSAPSKCSTDWKLVLELDCAVPASIAVQPPLVLQLRSHTLSHSLVCAATAHQLPHVSSLLRTPGAPRLATPPIPFSLSFSRNQPPFVPFLSRAATTTSTDRHSRALPPRERAPRRRFGQARAKPRSLVRFLSTTWRTRFRQGSSPITWFTDSPCTRLEFPANCNIGLSSFWPLQPQNNKDLKLYDEVPVSISVL

Homology

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BW37 (uncharacterized protein LOC103494113 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103494113 PE=4 SV=1)

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Identity = 58/63 (92.06%), Postives = 62/63 (98.41%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          M+G+SRKWAY RII+GTIVGGVLGFYVMHRVE+GYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE
Sbjct: 31 MVGSSRKWAYTRIIAGTIVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 90

Query: 61 DSL 64
          DSL
Sbjct: 91 DSL 93

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7USD3 (ATP-dependent helicase/nuclease subunit A isoform 1 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold629G00320 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 115.9 bits (289), Expect = 2.6e-22
Identity = 58/63 (92.06%), Postives = 62/63 (98.41%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          M+G+SRKWAY RII+GTIVGGVLGFYVMHRVE+GYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE
Sbjct: 1  MVGSSRKWAYTRIIAGTIVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60

Query: 61 DSL 64
          DSL
Sbjct: 61 DSL 63

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1BYI4 (uncharacterized protein LOC111006898 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111006898 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 110.5 bits (275), Expect = 1.1e-20
Identity = 54/63 (85.71%), Postives = 61/63 (96.83%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          M+GN RKWAY+RII+GTIVGGVLGFYVMHRVE+GYKEK+KERL+QYE ELKKKE+MKELE
Sbjct: 1  MVGNYRKWAYVRIITGTIVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKVKERLRQYEEELKKKEQMKELE 60

Query: 61 DSL 64
          DSL
Sbjct: 61 DSL 63

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1E2A1 (uncharacterized protein LOC111430128 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111430128 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 106.3 bits (264), Expect = 2.0e-19
Identity = 53/62 (85.48%), Postives = 60/62 (96.77%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          M+G+SR WAY+RII+GTIVGGVLGFYVMHRVE+GYKEKMKERL+QYE ELKKKE+MKELE
Sbjct: 1  MMGSSRSWAYMRIIAGTIVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKMKERLRQYEIELKKKEQMKELE 60

Query: 61 DS 63
          DS
Sbjct: 61 DS 62

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JJ44 (uncharacterized protein LOC111484905 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111484905 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 105.9 bits (263), Expect = 2.7e-19
Identity = 53/62 (85.48%), Postives = 60/62 (96.77%), Query Frame = 0


Query: 1   MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
           M+G+SR WAY+RII+GTIVGGVLGFYVMHRVE+GYKEKMKERL+QYE ELKKKE+MKELE
Sbjct: 45  MMGSSRTWAYMRIIAGTIVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKMKERLRQYEIELKKKEQMKELE 104

Query: 61  DS 63
           DS
Sbjct: 105 DS 106

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. NCBI nr
Match: KGN63809.2 (hypothetical protein Csa_013239 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 118.2 bits (295), Expect = 1.1e-22
Identity = 64/95 (67.37%), Postives = 74/95 (77.89%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          M+G+SRKWAYIRII+GT+VGGVLGFYVMHRVE+GYKEKMKERLKQYENELKKKE+MKELE
Sbjct: 1  MVGSSRKWAYIRIITGTVVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKMKERLKQYENELKKKEQMKELE 60

Query: 61 DSLAVFAQFVSGSTSISVSAPSKCSTDWKLVLELD 96
          DSL    Q         +S P+K    + L L L+
Sbjct: 61 DSLYNQKQ--------DLSVPNKIENQYTLFLPLE 87

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. NCBI nr
Match: XP_038882309.1 (uncharacterized protein LOC120073547 [Benincasa hispida])

HSP 1 Score: 116.7 bits (291), Expect = 3.1e-22
Identity = 59/63 (93.65%), Postives = 63/63 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          MIG+SRKWAY+RII+GTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKE+MKELE
Sbjct: 1  MIGSSRKWAYMRIIAGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEQMKELE 60

Query: 61 DSL 64
          DSL
Sbjct: 61 DSL 63

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. NCBI nr
Match: KAA0058058.1 (ATP-dependent helicase/nuclease subunit A isoform 1 [Cucumis melo var. makuwa] >TYK28404.1 ATP-dependent helicase/nuclease subunit A isoform 1 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 115.9 bits (289), Expect = 5.3e-22
Identity = 58/63 (92.06%), Postives = 62/63 (98.41%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          M+G+SRKWAY RII+GTIVGGVLGFYVMHRVE+GYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE
Sbjct: 1  MVGSSRKWAYTRIIAGTIVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60

Query: 61 DSL 64
          DSL
Sbjct: 61 DSL 63

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. NCBI nr
Match: XP_008453375.1 (PREDICTED: uncharacterized protein LOC103494113 [Cucumis melo] >XP_008453376.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103494113 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 115.9 bits (289), Expect = 5.3e-22
Identity = 58/63 (92.06%), Postives = 62/63 (98.41%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          M+G+SRKWAY RII+GTIVGGVLGFYVMHRVE+GYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE
Sbjct: 31 MVGSSRKWAYTRIIAGTIVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 90

Query: 61 DSL 64
          DSL
Sbjct: 91 DSL 93

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. NCBI nr
Match: XP_004138234.1 (uncharacterized protein LOC101217575 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 115.9 bits (289), Expect = 5.3e-22
Identity = 57/63 (90.48%), Postives = 63/63 (100.00%), Query Frame = 0


Query: 1  MIGNSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKELE 60
          M+G+SRKWAYIRII+GT+VGGVLGFYVMHRVE+GYKEKMKERLKQYENELKKKE+MKELE
Sbjct: 1  MVGSSRKWAYIRIITGTVVGGVLGFYVMHRVEVGYKEKMKERLKQYENELKKKEQMKELE 60

Query: 61 DSL 64
          DSL
Sbjct: 61 DSL 63

[Close]

BLAST of Lcy03g004400 vs. TAIR 10
Match: AT3G18510.1 (unknown protein; Has 15 Blast hits to 15 proteins in 9 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 15; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). )

HSP 1 Score: 66.2 bits (160), Expect = 4.5e-11
Identity = 29/56 (51.79%), Postives = 44/56 (78.57%), Query Frame = 0


Query: 4  NSRKWAYIRIISGTIVGGVLGFYVMHRVELGYKEKMKERLKQYENELKKKEKMKEL 60
          +S  W Y RII+GT++GG LGFYVMHR+E+ YK +M+E L QYE +++K+++ + L
Sbjct: 4  SSMTWGYARIIAGTLLGGALGFYVMHRIEVSYKMRMEEALNQYEKDMQKRQEEENL 59

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Lcy03g004400 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Lcy03g004400 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A1S3BW37	2.6e-22	92.06	uncharacterized protein LOC103494113 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103494113 PE=...	[more]
A0A5A7USD3	2.6e-22	92.06	ATP-dependent helicase/nuclease subunit A isoform 1 OS=Cucumis melo var. makuwa ...	[more]
A0A6J1BYI4	1.1e-20	85.71	uncharacterized protein LOC111006898 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111006...	[more]
A0A6J1E2A1	2.0e-19	85.48	uncharacterized protein LOC111430128 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC1114301...	[more]
A0A6J1JJ44	2.7e-19	85.48	uncharacterized protein LOC111484905 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111484905...	[more]

BLAST of Lcy03g004400 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KGN63809.2	1.1e-22	67.37	hypothetical protein Csa_013239 [Cucumis sativus]	[more]
XP_038882309.1	3.1e-22	93.65	uncharacterized protein LOC120073547 [Benincasa hispida]	[more]
KAA0058058.1	5.3e-22	92.06	ATP-dependent helicase/nuclease subunit A isoform 1 [Cucumis melo var. makuwa] >...	[more]
XP_008453375.1	5.3e-22	92.06	PREDICTED: uncharacterized protein LOC103494113 [Cucumis melo] >XP_008453376.1 P...	[more]
XP_004138234.1	5.3e-22	90.48	uncharacterized protein LOC101217575 [Cucumis sativus]	[more]

BLAST of Lcy03g004400 vs. TAIR 10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT3G18510.1	4.5e-11	51.79	unknown protein; Has 15 Blast hits to 15 proteins in 9 species: Archae - 0; Bact...	[more]

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (P93075) v1
Date Performed: 2021-12-06


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	COILS	Coil	Coil	coord: 36..63
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 180..194
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 171..196

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Lcy03g004400.1	Lcy03g004400.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
cellular_component	GO:0016021	integral component of membrane
molecular_function	GO:0004386	helicase activity