Lag0040897 (gene) Sponge gourd (AG‐4) v1

Overview


Name	Lag0040897
Type	gene
Organism	Luffa acutangula (Sponge gourd (AG‐4) v1)
Description	RNase H domain-containing protein
Location	chr13: 9431719 .. 9443213 (-)
RNA-Seq Expression	Lag0040897
Synteny	Lag0040897

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

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ATGGAGGCCGCCCCTGTTAGTAAGCTTAAACTTAATATTGATGCTTCTGTCAGGCCTGACACAGGGGTGCTGTGTGCTGCGTGGGGCTGGAGGGGAGGTCTTTATGTCGGCCTGTTTGAGCTTACAAAGATGTTGGAGTGTGGATTTGGCTGAGGGCTGGGCGGTGTATAAAGGAGTTCAACTAGCTCGACAGTTGGGGTTGCAGAGTTTGTGGTGGAGACTGATTCTCTGAGGTTGGTCAAAATCCTGCATGGTGAGTTGCAGGATGTTTCGGAAGTGGGGCTGCTGATGGATGACATCCGAGGAATCCTCCGTCCTTGGGACAACGATAAGGTTTTGTTTACACCACGACAGGGAAACAAGGCGGCGCATGTCCTGGCTAGCTTGGCCTTTTCATATGTCGATCGTGTTTGGCTGGAAGAGTGGCCGAGCGAAATCTCTGATGTCCTGAGGAGTGATGTTGTTTCACCTCTGTGAGGCATTTCCCCTATGCGATGAAGGTGTACCATCTAAGCTTTTTCAGGTTCTCCCAGCCATTGTGCCTAATCAGGGAAGGTTTTCTGTTTCTCTTTTATTTTGTTGTCTCTGTACTTTATCCTGTGGATGTATGTTAGATGATGCTAGGGCCATTGTATGGAGTGGGTGGGAGGTGGTAACATATGCATGCTAGTAGAGGTTAGGTCTCAAGTTTTGATGTGTCTGAGCGTCAGATTATTTCTTCTCGCATGTTACGTTTCAGTGGTTTCTCTTTGTTGATTCTGGTTTATTGAGGTCATGTGTCAGTACACTGGTTTTGTCCTTTGAGCTTGCCTTGGTTTTTTTGACTCCTTGATGTTGAGGCTGGAGGTTGGAACTCTATGATAATCTCTGAACGTTCTGTTATGCTCTTTGTGTGGGATTGAGGTGATGGCTGGTAACATGAGCTGAGTATGGTCTTAAGCGTTGTCTTGTTTGTTCTTGCATACTTGTGCACTTTGGCCTTTCTTCTAGCTAGCTTCGAAAACCTAGGTTTGCTTTGTGAGCTCCTTAAGCCTGTTGTCACCTCGATAGGATATAGGATTGAGCTGGGAGCCTAATCGTGTTGCAGATTAGAGTTGTTTTCACGAGGCATAAGAAAGGGGTCCAAAGAGCTGCCTGTAGTGTGTTCAGTCAGGCCAGCCAAAGAGTTAAACTCAGGTTAGGGATCCCTACTCTGCAGTGCGAAAGCTAGTTCCCCGCCTCATGAGTGTGAATAAAAGTGAGGTTGAGTTGGTTTGCTGGAAAAGAAAGTTTGGAGAAGAATGAGTGAGTTGGGCCAAAATGGTCCCAAAAAAAAAAGGAAAAGGAAAAGGATAAGAAATGAGAGGATGAGTAGAAAAGAAAATTGTTTAAGTTGTAGGTAGTGTGTTAACAACCTAGTTTGTTTTCCTTTTAGCTCTTAGCGAGGCCTTTGTTCCAGTGTAGGGGGAGGATGGATGGAGGGGGTCTATAAATCTTGCCAGGGCAAGTAGGGTGGCTCTAGGGAGGGCTTTACCACACACACACGCGAGAATCTTTCGGGATATCCTTGGCTTGTTTCGCTTATGTTATCTTGCATGTTTGCTTCTCCTGGGCGAATGGTTAGCTTTCGTTGTTCAGGGCTTATCCATGGTAAGTTTCCAACCTCTGATCTTTTCTCATGGATTTTTATTGCTTAGGCTTGCTCGGGGGCTTGCATGTCTTAAGTGGGGTGTGGAAAGATGGGCTTCAATTGTCTCTGTATATCTTTTCCTGAAATGTCTATTGGATTCGAGCTATGATTTATATGTGCGAATTGCTTCATGTTGGGGGTAATGTTTTTGTAGGCTTGCAGCTATGAGTTCGGGGTTGGTCCATGGGTGGTAGTAGCCATTCTGAAGCGACCTTGGAGCGTACAGATAGCTTCCTGCTTTATAAATGGATTAGATGTACAGGAGATCATACGAGTTGCTGGTTATTGTAGATTCAATGTTTGTGCTCCAGAGCTGAATGAAGCAAGGCAATGTTTGTGCCATATCTTGCCAAAGTAGATGAGGAGCCTGTGCTTATGAGCGTGTGGCCGTCTTGATATTGTACATAAGCCAGTTCCGTGACGAATCTAGTGGCTAGTGTGTGGAAGATGCTTGATCGTGGCGATAGGTAGCTTCATTAGGAGAAGTCATTGGTGTGTTTGCTTAGTTTGGTTCTTTCCTTTGGGTGGTTTATGCCTTTTCTTTGTGTCAAAAAAAACATGAATAAAAAATAATAATAAATTGACAAAATCAAATTTCAATTCATATCACTCTAAAGTTTAATGGGTATGAATTGTTTTTTTTTTTAAAAAATTATTATTTTCCATAATCATCATGGCATCTAATATATGTTTTGGAAACCTTCAAATTTACTCAAGTTGAGCAAGAAATTGAGTCCAACATAATAAAAAAAATGGCAAATCTAAAATATATATATATATATATATATATATATACACACACATTTATGTTTAAAAATTAAAAAGATATACATTAGGATATTTTAAATATAAAATCACATATCACATAACAAAAAAGTGTGAGAAATAAGAGATTTAGCCGAAAAATTCAATAACAGAGGCATTTTCTCGATGTGAAAACCAATGGAAGAACTCGATGTGAAAACCAATAGAAGAACGTGAAATATTTATAGATGAAATTTAGATTCAAATTCTAATTTGATTAGCTTTTGGATCAAATCTACCAACCATAAAATAAAATATATAGACCATAATATTAATTTATGTTATTAAATTTCATAAGATAAAAAGAATATTAAGTTAAAAAAAAAGAATAAAATAAATAAATTTAATCTAGAGACCATAAGATATTATTCTGTTATTAAATTTCATATTTGAAAAAATAATATTTGATTTTGACAATTAAAAAAAATCTTAATTCTTTACTTTTTTATATATATATTTTTAATTAAAACTTGTTACAAAATTTGTTTTTTTAATCTTTTTTAATTAATTAATTAAAAAATTACAAAATCTAATTTCTTTTTATTTTTTCTTTTTCTAATTAATCAATTAAAATAATTACGAAATTTAATTTTTTTAAATATTTTTAAATTAAAATAATTATCTTTTCTCTTTTCTTTTTTTAATTAAAATAATTATTTTTTTAAATTTTTTTCATTAAAACAATTACGAAATTTGATTTTTTTATATTCGATTTGTTTTAATTAAAATAATTAATTTTTTATCTTTTATTTTTTTAATTAAAACAATTTTTTACCTTTTTTTAATTAAAACAATTTTTTACCTTTTTTTAATTAAAACAATTACGAAATTCGATTTTTATAATATTTTTTAATTAAAATAATTATTTTTTCATTTTTTAATTAAAACAATTACGAAATTCTATTTCGAAAATTAAAAACTAATTAATTTTAATATGTTAAAGATTAAAAAAAATAAAAGATAAAAAAATATAAAAAAAAATACCCTATTTGTTTTTATTAAAAAAAAAACAAACAAACAGAATTCGTTTTAACCATAAATACATTGTTTTTTTCCTTTTTTTTTCTAGGAAAATATTTTTTTTCAAAATTTCATATTGGTTTTTAAATTTTGTATGGATTATAGATTTTTTTTTAATTTTCTTAATCATTTATTATAGATAATTATTAAAATCTCTAGATTTTTTTTTCTTATTTTTTCTTTTTTTATATAGGAAAATATTTTTTTTTCAAAATTTCATATTCGTTTTTTAATTTTTTATAGATTACTACTTTGTAATTTTTGTATCTTTTATTTTTTTAATTCAAATAATTAGATTTTAACTAAAGTAATATTGTTTTTAAAATTTTGTAGGGATTACGAATTTTTTTATTTTCTTAATCATTTATTATAGATCATTATTGAAATCCTACGTTTGTTTTTTTTTCTTATTTTTTCTTTTTTTATATAGGAAAAGATTTTTTTTTCAAATTTCATATTCGTTTTTTTAATTTTTTATAGATTACCACTTTTTAATTTTTGTATCTTTTATTTTTGGGTAAAATACCTTTTTAGTTCCTCATGTTTCAGGTTCGTTTCTAATAGGTCCCTAGGTTTCAAAATCGAACAATCAAGTCCTACTGTTTCGAAAATACTTCTATTAAGTCCCTCCACCGCCGTTAATCTTTTTAACGGTGCTAACGTGGCACGTAAAAAATATAAAAATATTAATTTTTAAATTAAAATAATAATAAATAATTATTAAATAATAAAAATTAAAAAATAATACAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCTTCCTTTCTTCTCTCTCCCTATCTTCGAACTCCTTCTCTCTGTACAGGTTTTCTTCCCCTCTCTCTCCTCTTCTCTTTCTCTCTTCCCCACCCTTCCCTTCTCGCTGGTGATAGTCGTTGCCGCCGCCCTCCACCTCTCTTCTTCTTCTTACCCACCCAATCATCATTTTGAATCAGCTCCTTGTTTCTAAAGCTTGACCCACCATTAAAAAAAAAAGAAAACAAAATGAAGCATTCCCAACTCCCAAACCTAATCCATCTACTGGTGGAAGAACAAAAAAACCCATCCCTCACCATGAAATTAACCCTAAACCAAACAAAATTGGGGAAAATCCGAAGCAGAAAGTGAAATCCACAAGTGAATTTGTTAAGAAACGCATGAGAATTTTTCAGAAATCAATAACTTGTTCCTCTTGAGCAATTATCTAGCGTAGGTGGATTTGGGGACGAGGACTAGGGCTCTTTGCCTTCATATTCGCTGTGGTGAGTGAAATTCGAAGGAGCTTCGCGAAACAGCACCGGATCCGCTTGATGGCGAGGAGGAAGAAGGGTGGTTCGGGTGAGTGGGTGGGTGGGAGAGAGAGTAAGAGTATATTTTTTAAAAAAAATTATTATTTTTTTTATATAAAATATATTTTTATTTTAATTAAAAAATTAATATTTTAACATTTTAAAATATGCCACATCATCACCGTTACCGCCACGTCATCACCGTTAAAA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GAAATCCTAAAAGAATGAGCTGCAAAGTGGTCACAGGGAGGGATGAAAATTGAGAACCATGGTAACTGAAAAAACAACCAGTGCACATGAGCACAATAAAAAATTGGACGAAAAATTAAAAAGAAAAATGAAATTTGAAATAAATAAAAAAGGGATGAGAAAAATCTTGTGGCGAGAAAAAAGATTTAGGAAGATAAAATCTATAATAATAATAATTTATAAAGAAACAATCTACAATAATAATTTGCAAAATTTGATTTTTTACTATGGATAAAATCTGCATAAAATTTGCCCTAATTATATGAAAATATTTGTCCATCTTAGGAAAAAATGGCATCTGAATTATATTCCCCAAAATTCTTTAATTGAAAATTTGATATTTATATTCTAATATATTATTAAATTAAATTTATTTTATTCATTTAATGGAAGGGCATTTTGGTAAGAAAAATAACTCAATTAATGTGAAAAAATCTACCAATAATAATTTTGATAGACATTTTTTAAATTTGGGGATCAATTTGACCCATCCGCTATTGTTGAGGGAGAAATTTTGGCCAATCACAAATTGCCACGTCATTAATATAAATTAATGATAAAATAAATTTGTGACCAGTTACACATTTACACGTGTGCCTAAATTAAATTAATAGACATTAAAATTCGACAAATCAAAGAATGCCACTTGTCTATTAGTGATCCATCAGATAACATCAGCCAAGTTCAATCAGCCACGTGGCAATTGGACCCAAGCCCAAGCCCATATGAGGTCCATCAAACTCTATAAATAGAGGAGGTCACCATTCATTCAGAGGGGGATTCAGATTCAGAGATTTGGAAACAGAGTCAGAGAACTCAGAGTCCAGAGCATTCTGCCAGAGTCCAAAGTTGGCAGGCCGATCATCCAAGAGGATCAACAAGCTAACAAGCCGATCCAACAGATCATCAAGCCAACAGGCCGATCCAAGAGATCAACAAGCCAACCAACCGATCAAGAAGATCAAGAAGTCAGTAGACCGATCATCCAAGAGGATCAACAAGCTAACAAGTCGATCCAACAAATCAACAATCCAACAAGCCGATCCAAGAGATCAATAAGCCAACCGACCGATCAAGAAGATCAACAAGTCAGTAGGCCGATCATCCAAGGAAATCAATAAGTCAATCGACCGATCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGGCCGATCATCCAAGAGGATCAACAAGCTAACAAGCCGATTCGACAGATCAATAAGCCAATCCACCGATCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCAAACCGATCATCCGAAAGATCAACAAGTCAGTAGACCGATCATCCAAAAAGATCAACAAGTCACAACAGGCCGATCCAAGAGATCATTAAGCCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGCCAATAA

mRNA sequence

ATGGAGGCCGCCCCTGTTAGTAAGCTTAAACTTAATATTGATGCTTCTGTCAGGCCTGACACAGGGGTGCTGTGTGCTGCGTGGGGCTGGAGGGGAGAGTTTGTGGTGGAGACTGATTCTCTGAGGTTGGTCAAAATCCTGCATGGTGAGTTGCAGGATGTTTCGGAAGTGGGGCTGCTGATGGATGACATCCGAGGAATCCTCCGTCCTTGGGACAACGATAAGGTTTTGTTTACACCACGACAGGGAAACAAGGCGGCGCATGTCCTGGCTAGCTTGGCCTTTTCATATGTCGATCGTGTTTGGCTGGAAGAGTGGCCGAGCGAAATCTCTGATGTCCTGAGGAATGATGCTAGGGCCATTGTATGGAGTGGGTGGGAGGTGATTAGAGTTGTTTTCACGAGGCATAAGAAAGGGGTCCAAAGAGCTGCCTGTAGTGTGTTCAGTCAGGCCAGCCAAAGAGTTAAACTCAGGGCAAGTAGGGTGGCTCTAGGGAGGGCTTTACCACACACACACGCGAGAATCTTTCGGGATATCCTTGGCTTGTTTCGCTTATGTTATCTTGCATGTTTGCTTCTCCTGGGCGAATGGTTAGCTTTCGTTGTTCAGGGCTTATCCATGGCTTGCAGCTATGAGTTCGGGGTTGGTCCATGGGTGGTAGTAGCCATTCTGAAGCGACCTTGGAGCGTACAGATAGCTTCCTGCTTTATAAATGGATTAGATGTACAGGAGATCATACGAGTTGCTGGTTATTGTAGATTCAATGTTTGTGCTCCAGAGCTGAATGAAGCAAGGCAATGTTTGTGCCATATCTTGCCAAAGTGGATTTGGGGACGAGGACTAGGGCTCTTTGCCTTCATATTCGCTGTGGTGAGTGAAATTCGAAGGAGCTTCGCGAAACAGCACCGGATCCGCTTGATGGCGAGGAGGAAGAAGGGTGGTTCGGGTGAGTGGAGGGGGATTCAGATTCAGAGATTTGGAAACAGAGTCAGAGAACTCAGAGTCCAGAGCATTCTGCCAGAGTCCAAAGTTGGCAGGCCGATCATCCAAGAGGATCAACAAGCTAACAAGCCGATCCAACAGATCATCAAGCCAACAGGCCGATCCAAGAGATCAACAAGCCAACCAACCGATCAAGAAGATCAAGAAGTCAGTAGACCGATCATCCAAGAGGATCAACAAGCTAACAAGTCGATCCAACAAATCAACAATCCAACAAGCCGATCCAAGAGATCAATAAGCCAACCGACCGATCAAGAAGATCAACAAATCAATAAGCCAATCCACCGATCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCAAACCGATCATCCGAAAGATCAACAAGTCAGTAGACCGATCATCCAAAAAGATCAACAAGTCACAACAGGCCGATCCAAGAGATCATTAAGCCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGCCAATAA

Coding sequence (CDS)

ATGGAGGCCGCCCCTGTTAGTAAGCTTAAACTTAATATTGATGCTTCTGTCAGGCCTGACACAGGGGTGCTGTGTGCTGCGTGGGGCTGGAGGGGAGAGTTTGTGGTGGAGACTGATTCTCTGAGGTTGGTCAAAATCCTGCATGGTGAGTTGCAGGATGTTTCGGAAGTGGGGCTGCTGATGGATGACATCCGAGGAATCCTCCGTCCTTGGGACAACGATAAGGTTTTGTTTACACCACGACAGGGAAACAAGGCGGCGCATGTCCTGGCTAGCTTGGCCTTTTCATATGTCGATCGTGTTTGGCTGGAAGAGTGGCCGAGCGAAATCTCTGATGTCCTGAGGAATGATGCTAGGGCCATTGTATGGAGTGGGTGGGAGGTGATTAGAGTTGTTTTCACGAGGCATAAGAAAGGGGTCCAAAGAGCTGCCTGTAGTGTGTTCAGTCAGGCCAGCCAAAGAGTTAAACTCAGGGCAAGTAGGGTGGCTCTAGGGAGGGCTTTACCACACACACACGCGAGAATCTTTCGGGATATCCTTGGCTTGTTTCGCTTATGTTATCTTGCATGTTTGCTTCTCCTGGGCGAATGGTTAGCTTTCGTTGTTCAGGGCTTATCCATGGCTTGCAGCTATGAGTTCGGGGTTGGTCCATGGGTGGTAGTAGCCATTCTGAAGCGACCTTGGAGCGTACAGATAGCTTCCTGCTTTATAAATGGATTAGATGTACAGGAGATCATACGAGTTGCTGGTTATTGTAGATTCAATGTTTGTGCTCCAGAGCTGAATGAAGCAAGGCAATGTTTGTGCCATATCTTGCCAAAGTGGATTTGGGGACGAGGACTAGGGCTCTTTGCCTTCATATTCGCTGTGGTGAGTGAAATTCGAAGGAGCTTCGCGAAACAGCACCGGATCCGCTTGATGGCGAGGAGGAAGAAGGGTGGTTCGGGTGAGTGGAGGGGGATTCAGATTCAGAGATTTGGAAACAGAGTCAGAGAACTCAGAGTCCAGAGCATTCTGCCAGAGTCCAAAGTTGGCAGGCCGATCATCCAAGAGGATCAACAAGCTAACAAGCCGATCCAACAGATCATCAAGCCAACAGGCCGATCCAAGAGATCAACAAGCCAACCAACCGATCAAGAAGATCAAGAAGTCAGTAGACCGATCATCCAAGAGGATCAACAAGCTAACAAGTCGATCCAACAAATCAACAATCCAACAAGCCGATCCAAGAGATCAATAAGCCAACCGACCGATCAAGAAGATCAACAAATCAATAAGCCAATCCACCGATCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGTCAGCAGACCGATCATCAAACCGATCATCCGAAAGATCAACAAGTCAGTAGACCGATCATCCAAAAAGATCAACAAGTCACAACAGGCCGATCCAAGAGATCATTAAGCCAGCAGACCGATCATCCAAGAAGATCAACAAGCCAATAA

Protein sequence

MEAAPVSKLKLNIDASVRPDTGVLCAAWGWRGEFVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPWDNDKVLFTPRQGNKAAHVLASLAFSYVDRVWLEEWPSEISDVLRNDARAIVWSGWEVIRVVFTRHKKGVQRAACSVFSQASQRVKLRASRVALGRALPHTHARIFRDILGLFRLCYLACLLLLGEWLAFVVQGLSMACSYEFGVGPWVVVAILKRPWSVQIASCFINGLDVQEIIRVAGYCRFNVCAPELNEARQCLCHILPKWIWGRGLGLFAFIFAVVSEIRRSFAKQHRIRLMARRKKGGSGEWRGIQIQRFGNRVRELRVQSILPESKVGRPIIQEDQQANKPIQQIIKPTGRSKRSTSQPTDQEDQEVSRPIIQEDQQANKSIQQINNPTSRSKRSISQPTDQEDQQINKPIHRSRRSTSQQTDHPRRSTSQQTDHPRRSTSQQTDHQTDHPKDQQVSRPIIQKDQQVTTGRSKRSLSQQTDHPRRSTSQ

Homology

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. NCBI nr
Match: XP_022150944.1 (uncharacterized protein LOC111018973 [Momordica charantia])

HSP 1 Score: 71.6 bits (174), Expect = 2.1e-08
Identity = 42/101 (41.58%), Postives = 56/101 (55.45%), Query Frame = 0


Query: 22  GVLCAAWGWRGEFVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPW-DNDKVLFTP 81
           G+L A       F +ETDSLR+  +L  +  D SEVG+L   I+  L    +     FT 
Sbjct: 165 GILLAVEAGFIRFQIETDSLRIFNLLTTDCVDDSEVGVLCSVIKLFLSSHAERVSFSFTH 224

Query: 82  RQGNKAAHVLASLAFSYVD-RVWLEEWPSEISDVLRNDARA 121
           R GN  AH+LA LA +    ++W+EEWP EIS VL  D R+
Sbjct: 225 RNGNAXAHLLAQLALTSPHLQIWVEEWPDEISSVLAVDCRS 265

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. NCBI nr
Match: XP_024178556.2 (uncharacterized protein LOC112184522 [Rosa chinensis])

HSP 1 Score: 68.9 bits (167), Expect = 1.4e-07
Identity = 47/154 (30.52%), Postives = 70/154 (45.45%), Query Frame = 0


Query: 9    LKLNIDAS-------------VRPDTGVLCAAWGWRGEF--------------------- 68
            LKLN+D +             +R D G   AA+ +R EF                     
Sbjct: 992  LKLNVDGAFLSSIQYGGTGGVLRNDQGDFIAAFSYRAEFVLSPLHAELLALKYGLDFLHA 1051

Query: 69   ------VVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPWDNDKVLFTPRQGNKAAH 122
                  VVETD L  V+ ++   +D+SE+G L+ DI+G++    +  V FTPRQ N+ AH
Sbjct: 1052 MNVTKVVVETDCLVAVQAINSSTEDLSELGALIHDIKGLVGVVGDVTVGFTPRQANRVAH 1111

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. NCBI nr
Match: PRQ55763.1 (putative RNA-directed DNA polymerase [Rosa chinensis])

HSP 1 Score: 67.8 bits (164), Expect = 3.1e-07
Identity = 48/157 (30.57%), Postives = 70/157 (44.59%), Query Frame = 0


Query: 2    EAAPVSKLKLNIDASVRPDT---------------------------------------- 61
            E  P  +LK+NID S RP++                                        
Sbjct: 1054 ENPPTGRLKINIDGSYRPESGDGGIGVVIRDDKGSCMAAMARYFPNVLSAFHMEAEACRA 1113

Query: 62   GVLCAAWGWRGEFVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPWDNDKVLFTPR 118
            G+L A +    EF++E+D   +V  L+  L+D SEVG ++DD +  L    + K+    R
Sbjct: 1114 GLLLAIYQEWDEFILESDCSLMVAALNQNLEDRSEVGRIIDDCKSYLTSLHSIKISHVFR 1173

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. NCBI nr
Match: KAF7845245.1 (transcription factor SCREAM2-like isoform X1 [Senna tora])

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 6.9e-07
Identity = 42/130 (32.31%), Postives = 74/130 (56.92%), Query Frame = 0


Query: 35  VVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPWDNDKVLFTPRQGNKAAHVLASLA 94
           ++E D+ ++  ++HG  Q++S +G+L+DDIR  ++ +   KV + PR  N  A  +A+ A
Sbjct: 345 ILEGDAKKVADLIHGSSQNLSHLGMLVDDIRKGMKNFSRVKVQWVPRNSNAVADRIANFA 404

Query: 95  FSY-VDRVWLEEWPSEISDVLRNDA---RAIVWSGWEV-----IRVVFTRHKKGVQRAAC 154
            +    +VWLE++P  ISDVL +D+    A++    E+     +R + T  + GV RAA 
Sbjct: 405 CNLDQSQVWLEDFPQFISDVLISDSGRDSAVLALSPEIAAAALLRQLQTVWRSGVVRAAF 464

Query: 155 SVFSQASQRV 156
           ++     Q V
Sbjct: 465 TMALTPLQHV 474

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. NCBI nr
Match: XP_042972969.1 (uncharacterized protein LOC122304770 [Carya illinoinensis])

HSP 1 Score: 66.2 bits (160), Expect = 9.0e-07
Identity = 37/118 (31.36%), Postives = 65/118 (55.08%), Query Frame = 0


Query: 9    LKLNIDASV---RPDTGVLCAAWGWRGEFVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIR 68
            LK+N++A+V   R   G+      +RGE  +E D+  +V+ ++    + S  G +++DI+
Sbjct: 1015 LKVNVNAAVDSKRGKVGIGVVVRDFRGEVQLEGDAKMVVEAINSRSYNSSWDGQVIEDIK 1074

Query: 69   GILRPWDNDKVLFTPRQGNKAAHVLASLAFSY-VDRVWLEEWPSEISDVLRNDARAIV 123
             ++       V+F  R+GN+AAH  A LA S   + VW+EE P E+   + +D  + V
Sbjct: 1075 AVVHAQPGWSVVFVRREGNRAAHANAKLALSLSTECVWIEEVPCEVLPAIVSDLPSYV 1132

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DBJ7 (uncharacterized protein LOC111018973 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111018973 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 71.6 bits (174), Expect = 1.0e-08
Identity = 42/101 (41.58%), Postives = 56/101 (55.45%), Query Frame = 0


Query: 22  GVLCAAWGWRGEFVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPW-DNDKVLFTP 81
           G+L A       F +ETDSLR+  +L  +  D SEVG+L   I+  L    +     FT 
Sbjct: 165 GILLAVEAGFIRFQIETDSLRIFNLLTTDCVDDSEVGVLCSVIKLFLSSHAERVSFSFTH 224

Query: 82  RQGNKAAHVLASLAFSYVD-RVWLEEWPSEISDVLRNDARA 121
           R GN  AH+LA LA +    ++W+EEWP EIS VL  D R+
Sbjct: 225 RNGNAXAHLLAQLALTSPHLQIWVEEWPDEISSVLAVDCRS 265

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BLAST of Lag0040897 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2P6SAP1 (Putative RNA-directed DNA polymerase OS=Rosa chinensis OX=74649 GN=RchiOBHm_Chr1g0328181 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 67.8 bits (164), Expect = 1.5e-07
Identity = 48/157 (30.57%), Postives = 70/157 (44.59%), Query Frame = 0


Query: 2    EAAPVSKLKLNIDASVRPDT---------------------------------------- 61
            E  P  +LK+NID S RP++                                        
Sbjct: 1054 ENPPTGRLKINIDGSYRPESGDGGIGVVIRDDKGSCMAAMARYFPNVLSAFHMEAEACRA 1113

Query: 62   GVLCAAWGWRGEFVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPWDNDKVLFTPR 118
            G+L A +    EF++E+D   +V  L+  L+D SEVG ++DD +  L    + K+    R
Sbjct: 1114 GLLLAIYQEWDEFILESDCSLMVAALNQNLEDRSEVGRIIDDCKSYLTSLHSIKISHVFR 1173

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1C467 (uncharacterized protein LOC111007775 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111007775 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 7.5e-07
Identity = 34/92 (36.96%), Postives = 53/92 (57.61%), Query Frame = 0


Query: 34  FVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPWD-NDKVLFTPRQGNKAAHVLAS 93
           F +ETDS ++  +L  + +D SE+G+L   IR I+          F  R+GN  AH LA 
Sbjct: 146 FQIETDSSQVFNLLRTDCEDESEIGVLASSIRHIVSSLHIGGGFSFVNREGNSGAHTLAR 205

Query: 94  LAF-SYVDRVWLEEWPSEISDVLRNDARAIVW 124
           +   S    VW+EEW S++S+V+  D +A+V+
Sbjct: 206 MGMVSESFHVWVEEWLSDLSEVIAADRQAVVF 237

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2P6QIV4 (Putative ribonuclease H-like domain-containing protein OS=Rosa chinensis OX=74649 GN=RchiOBHm_Chr5g0065261 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 9.7e-07
Identity = 38/97 (39.18%), Postives = 56/97 (57.73%), Query Frame = 0


Query: 22  GVLCAAWGWRGEFVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPWDNDKVLFTPR 81
           G+L A +    EF++E+D   +V  L+  L+D SEVG ++DD +  L    + K+    R
Sbjct: 25  GLLLAIYQEWDEFILESDCSLMVAALNQNLEDRSEVGRIIDDCKSYLTSLHSIKISHVFR 84

Query: 82  QGNKAAHVLASLAFS-YVDRVWLEEWPSEISDVLRND 118
           + N  A+ LA LA S +++ VWLEE P  I DVL  D
Sbjct: 85  EANGVANRLAHLASSKFLNDVWLEEAPVIIQDVLYED 121

[Close]

BLAST of Lag0040897 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A2P6PVI0 (Putative ribonuclease H-like domain-containing protein OS=Rosa chinensis OX=74649 GN=RchiOBHm_Chr6g0288751 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 1.3e-06
Identity = 38/97 (39.18%), Postives = 56/97 (57.73%), Query Frame = 0


Query: 22  GVLCAAWGWRGEFVVETDSLRLVKILHGELQDVSEVGLLMDDIRGILRPWDNDKVLFTPR 81
           G+L A +    EF++E+D   +V  L+  L+D SEVG ++DD +  L    + K+    R
Sbjct: 25  GLLLAIYQEWDEFILESDCSLMVAALNQNLEDRSEVGRIIDDCKSYLTSLHSIKISHVFR 84

Query: 82  QGNKAAHVLASLAFS-YVDRVWLEEWPSEISDVLRND 118
           + N  A+ LA LA S +++ VWLEE P  I DVL  D
Sbjct: 85  EANGVANRLAHLARSKFLNDVWLEEAPVIIQDVLYED 121

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Lag0040897 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_022150944.1	2.1e-08	41.58	uncharacterized protein LOC111018973 [Momordica charantia]	[more]
XP_024178556.2	1.4e-07	30.52	uncharacterized protein LOC112184522 [Rosa chinensis]	[more]
PRQ55763.1	3.1e-07	30.57	putative RNA-directed DNA polymerase [Rosa chinensis]	[more]
KAF7845245.1	6.9e-07	32.31	transcription factor SCREAM2-like isoform X1 [Senna tora]	[more]
XP_042972969.1	9.0e-07	31.36	uncharacterized protein LOC122304770 [Carya illinoinensis]	[more]

BLAST of Lag0040897 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Lag0040897 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A6J1DBJ7	1.0e-08	41.58	uncharacterized protein LOC111018973 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111018...	[more]
A0A2P6SAP1	1.5e-07	30.57	Putative RNA-directed DNA polymerase OS=Rosa chinensis OX=74649 GN=RchiOBHm_Chr1...	[more]
A0A6J1C467	7.5e-07	36.96	uncharacterized protein LOC111007775 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111007...	[more]
A0A2P6QIV4	9.7e-07	39.18	Putative ribonuclease H-like domain-containing protein OS=Rosa chinensis OX=7464...	[more]
A0A2P6PVI0	1.3e-06	39.18	Putative ribonuclease H-like domain-containing protein OS=Rosa chinensis OX=7464...	[more]

BLAST of Lag0040897 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Sponge gourd (AG-4) v1
Date Performed: 2022-08-01

Position :

Zoom :

x 1


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR002156	Ribonuclease H domain	PFAM	PF13456	RVT_3	coord: 25..94 e-value: 4.5E-7 score: 29.7
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 346..506
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 475..506
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 353..422
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 423..474

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Lag0040897.1	Lag0040897.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
molecular_function	GO:0003676	nucleic acid binding
molecular_function	GO:0004523	RNA-DNA hybrid ribonuclease activity