IVF0024007 (gene) Melon (IVF77) v1

Overview


Name	IVF0024007
Type	gene
Organism	Cucumis melo L. ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	Retrotransposon protein
Location	chr10: 7619277 .. 7626126 (+)
RNA-Seq Expression	IVF0024007
Synteny	IVF0024007

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGGTGAACGAGAAGGTGATTTCCCTAAGGCTACGTGAATGTGTTTCCATAACGCCACCTATGATCGTTAGGGGATTCCAAGACTGAAAAACGTCATGACCGGAGATCCAAGAACCTAAGTCTAGGTAAGGACATGGATGGAGGATTGTGATATGGTTTCGAGCTTAGCTTAAGCCATGGTGGGTGGCTCTATGTGCACATAGGAACGATATGGATGTTGTTACTATGGTTGTGCTAAGTATGCATGAGCTTCGTTTGGCTGTGTGTTTCCTTATGGATATGGATCACGTGTGAGCTATTCCGAGCAATGTATTTCGTATGCTATCATGGTTGGATTGGATGGATGTTGTTACTGTGGTAGGTGCTAAGTATGTGTGTGCTTCGTTTGGTCGTGTGTTTCCTTGTGGATATGAATCACATATGAGCTACTCCAGGCCGTATATTTAGTCTGCTATCATGGTTGGATTAGATTAGATGGTGGTTGCTATAATGGCAAGTACTAAATATGCGTAAGCTAGTTTTGGCTGTATGATTCTATAATGTTGGAGTTAATTATCTTAATTTTGTTTAATTAGATTTAATTTATTGGGCATTATTTTGAATTCATTTAATGAAAATTATTTGATTTATGTGGGAATTGAAATTAATTAAATATTTGTTGGATGAATATTTAATTAACTAGAGGTTTTGACATGTGGTGTTTGTTGAGTTTTGATTAAATGGTATGTTATGAAGATTAAGTAAAGTTGTGGACTTTTAGTGTTGTTGAAGTTGAATTAAATTAAATAATTATAGATGTTATTTAATTAAATTGTAGAGTAGAAAGTTTGTTGGAGATTCGATAATTATATGTATATGTGGAAATATATATATAATTATTATGTGAAAGGAAAAGATAATTCTATTTGTTGAAATATAATATTTAAAGTAAAGATAATTAATTACTTTGGAGAAAGATAAATAATAATTAATTATTGTAGAAGACAATTAATTATTTTGGAGAAAGATAAATAATAATTAATTATTGTGAAAAATAATTAATTATTCTGCAAAAAAATAAATATTAATTCTGGAGTGGAGTTGTTATGGTTGAGTTAAGATAGTTCATGTTGGAAGTTATGAGTAATTTATTGGAAAAGATTTGATTGATTAAATTAATTGAGGATTTAAGTTAATTTGCGATTTTGAAGGGAAAGTTGGTTTTGGTGGAATTGGATTTAATTGAGTATATGTATATATATATTTAATTAATAATTTGGAAAAGTGAAGTTAATTATATGATGGAATATAATTATATTTGTTTGGAAAAGAAGATAATCCATGAGGAGAGAGATGGTTAATTTGATTGGATGAAAAATTTATATATTTATTTAGAAGAGAGAATAATGGTTTAAATAAATATATATGTTTATTATATATTTTAGTGAGAGAAAAATAATAATAAAGAAGTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATGGTTATAATGCCTAAGATTTTGTGCATTTAAGGAATTTATTGAGTAAAGATAATGAGAATAAAAATATATGTATATTTTTGTATTATACATATATCCTAAAAGAAAAAGGAAATAATAATAATAATAAATATTATTGTTATTATTTGAGTCTATAAATAGCATTGAAATGCTTAAGTTAGAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAAGATTCTTCATCTTATTCTCTAAGGTAACCCTCTGCCGCTACCGCCTCACCAGTTTTAATTAAGATTGGTCTCTTTGGAAAGCTTGAGGATTTAAAGTGATGAATTTTTCCCATCAAGGATTTAAAATTAAATTAACAAGAATAAGATAATTTTTTAACCTCCATTTGAGTAACCTTGGTAAGCTAATGAAATTAAATTAATATTTTGTTAATTTAATTTTAGATCTTTTTGGGGTTTCTTTAAAGGTTCAATTGGCTAATTCTTAAAGATATAATCTTGGATTTTTCCCAATCAAGGTTGAATTGGTTTCAACCCCATCTTTTTTAGAAAGTTAATTAATCTGAGAGAATTTTTGGATGTTAGCCAATTGCAAATTTCATTAATTAAGATACTGAAATTTCCTTTTATGATTAGAATCAAATTAATTGGAGAATTTTTTACTGTCAGCTAAGGAGTACCTTGTTTGGCTAAAATCTTCAGGTAAGAGATTCTCCTACTGGACATTTGAACTAAATTTAAAAGATCGCATGTAATTATGATTATGCACTGATGGTAGCTAAAATGCATAACTTGATGCTATTGATAATGACTATTATTATATGGATGATTGATGATGATGATTGATATTATGTTTATGACGGGTAGTATATTGATGATGACGACCGCGTTATGTTTTTGATGATGATGTTTGATTAAAAATGATACTTATGCCATGTTGGTGATGTTTATGATATGTTACATGCTATGGATAGGGTTACTGTTAGCTTATTATATTAGAGTCGTACCCACATGGGTGTCCCTCGGGATAACCACCTTTTTTATGACTATGTAGTCCGATGAGATTACCAGTCCATTATGACATTGATATGACATAGACATAGACATGATTACGAGTGATTCGACGGGGTTACTCACAGCCCGATTGTCTTAGTGTTTCCTTCGGGTACACTAAAGACTAGATTGTCCTATGTGTTTCTTTGGGTTCATTGAAGACCAGATTTATTCCTATAGGATCACAGTTTGCACGTGTTCGGGAACGTGCCAGTTCAGAGGTACTTCTTTACAAGACTCTAATGGAAAGTTAATAGACACCTAGCGGAACTAGTAGTAGGTCCCTTACTGAGTATATGTTTATACTCACTCTTTCTATGTTTAATATTTTAGACGAAGGTAAAGGTAGATGAAAGCTGGCGAGCGACAGAGAAGGATCTGTGAAATGCCCATATGGGGACTTAGTTTTGCTTCCGCTATATGTATCAGTGTTTTATTATTCTGTTTTTAATAAAAATTTAGTCTTCCTTCTTTCCAAGAAAGTGTCTATTGTTATTGTTTTTTTAGTAATGACCTCAGCTTAGTATAAAAAGTTGGGTCGTTACAGATTCTTTGGTCATGTGCGAGCTATCTTTGACCATATACGTAAACGCCTTGCCATAGTTAGATTAACTACAGGTTTGTTGGTTGATTAGTGGCTATGAGATATTGACGTTTTTAACTAATATTTCATTGTTAATGCATATTTACAGATTTTCCATTTGAGCTTGATTACATTTATGAGTTTTACTTCCAAGAAACTTGCTACTCACCGAGTTTTCAACTTACGTTTTCAATGTTTTCTTCCCCCCTTAGGTAGCGATCAAGGACCAAGCATTGTTTGAATCCTCGTCATCATTTGTAGTTCTTCATTTTTTATATATAGTTAACTTTTGTATTGCATCATGGAGTGGTTAGAGGCAACGAGAGTGAGCTAGGGACTCTTGTTTTGAGAGATCCCTCATTAGATTGAAATTATTTTGTATGTAATATCTAGTCAGAGTATGAATTCTGCTTGAAACTCTAGAATAGTCTGGCTGAGTGTGTGGTGAGAGAGCACGGTGAGATCTGTGGCGTATAATAGGAGCGGAGGAGTGGCAGCGTCTTACAGTGAGAGAGCATGGTGAGATTTAGGCATGAGATGTGAGATGAAGGCTTGAGATGGATTTGGAAGAGAAAGGGGGAAAAATGAAAAGGGTTAGAAGGGAAAGTTTTAATAAATTGTTTTGTTAAAATAATTTTTAATAAGTTTATTTTAATAAGTTTATTTAATGAAAGGATGGAATAGATAGTATTTTTATACTTTTATTTTTTATTTTTTATATTTAACATTTCTAAAACATTTTTAAATAAAAATGTAAACTATACTTGGCGTTTTTTTCACGTCAAGTAAATATTACCTATACTTGACGCGACCACAACGTCAAGTAAACTCTGCACTATACTTGACGTTATTAAACCGTTAAGTACAATCTCTACTACACTTAATGCGAAATAAAACGTCAAGTAAAACTAACGTAAAATAATTTGATATTTTTAGTTTTCTTCACACTATACTTGACACGGATACAACATCAAGTAAACTCTTCTTTATACTTGACGCGGAAAAAACGTCAAGTAAAAGCCAATGCAAAAAAGTTCAAAAATTTCCGTAAAAACTCTGCTTTTTTTAGACTATACTTGATGTTTTTTCTTTAAAATTCAATATTTGTCGTTTTTTTTACTAAAACCGTCAAGTATATAAAAGTAGCTAGTGTCAAGTAAAGTAGATATTATAGTAGTGGATACACTCTTTTTCTAGATAAAAAAATTCTCATATCTATAGCATATATTTGTAAGCTCTCCTTCCGCTCTTCTTTATTTTATTTATTTAATATCTCCTAAATGGTGAAAAACAAGTTGAAATACTTTTTATACTCGTTGAAGGTTGATTTTTTTAAGAAATGGAATAAATTTAGTTTGGTGAAAGACTTGGACTTTTATTAAGTATTTGAAGGTAATTAAGATAAGGGCAAAAACTAAGTTTAATTTTAAGTGAGAGACAATATGGTCATTTTCTATGTGTTATTAATATTTTTTTTAGTAAATAAAAATAAAAAAGAAAGAGGGAAAGAAAAAAGATCTTTTTCTTCTTCATCTCACGATTTCCCCTTTCTCTCTAGAAAACTCTCAACATTGACTCCTCTCCTTTTGACGGCACACCTCCGACGACGACATACAGGTCAGGTCTCCCTACATCATCTTTGCCACATTCTACAAGTCAGTTGGTTGCACTGCTGCTCCTGTCCGCGATTTCTGTTGGTTGCGCTGCTGCAGTCGCGTCTGCTCCACTCGTTGGAGTTCGCTGTCGTTTTGGTTTCATCGGAATTGGAGCTTTACTGCAAGTGTGCTGCTCAACTCTACGTTCAGCTTACGTACACGGTGGGTCTCAAAGTCTTACGGTGGGTTGTGGTTGTTAAAAATTGGAACCTCAATGCTAGATCTCTCTCTCTTGTGTTGCTCAGTCGTTGGTACAACTCGATCTTATCGCATGAAGTTGGATCTTGAAGTTTTGGGTAAGGATTTGCTCATTTAGTTGGATTTCTTAAGGTTTTTCGAACACCCATTAACTCTCGACTTTAATTTCACAATACCAATTACATTTTGATGTTAGATTTGAGTTCTTGGAAGGATTTAGCTACTGTCCAGCCTTTAGGAAACTCAGAATTAAGCGTTTTCACTCAACTCGGGTATGATTCTAAGTTTTATGGAGTGGGTCTTGTGTACCCATCTAATTTTAGAGATAATATTGAATAGAGTAGGTCTTGAGTACCCATCTAATTTTAATGACAATATTGAATAACTCATGGTGTTGGATGATAGATTTCGAAGTTTGAAGTAATTTCGTTGAGCTTTCTTAGAGCTTCTGAATACCTATTAAGTTTAAGCATTAAAATGAAATTACCCATAATACTCGGTTTCTACAGTTGAAAGGTCAAAATGGACTTTCCATTAACTTCGAAGTTTGCTTGGGTGTTACCTCTATAAGCTTGAAACATAAAATGGTTTTAGGTACTAGATTCAAATTTAGAAAGCCGTTAATGTGTTGTCAAGGCAATTTCGATAAGCTTACAATAAGGTTTGAAGTAAATCTAGTGAGTTCTCTCATGGTTCTTGAATACCCATTCAGTTTTGACATGAACTTGATATTACCCATGACGTTGAGTGGAAAATTGGAGCTTTAAAAAACTATGAAGCATTGTTCACCACACTTAAGATCGTTTAGGACAAGTGTGGGTAATCTCTTAAGTTATTGACTTGTTAGTTTGACATTGAAATTGTTAATGGATTTAAACCTCTAAGGTATAGATATTGGATATAATAGCATATGAATTTAAAAGACTACTTAAGTTTGGGTGCTTGTGGCGTTAGGAGTTTAAGTTGAAGTTTAAGGTTGCAAAAGTGAAATTTTAGCTTAAATTAAGGTATTTGGGGAATAGTTCAATCTAAATCTTAGGAAGTGCTCAAGGTTGTTGGTCTTGTGTTGATATAATGGATATAAATCCCAAAATATCATCGATCGTGGAGTTAAAAATGTATCCACATAAAAGACCCATTGAGCTTGAACTAAGTTGGATGCTCATTGGGTTAAGTATTTAGATTTCAAGTCTAAAGGTTCACAGTGAAAAGTCTAGTATAATCTAAGGCAAATTAAGAATTTAGGGACTTTAGAAACATAAAATAGTTGTGTTGTTCTTATGAAGTGACTTGAAGATTATTGTGTCATCTTGCTTTGTAAAGCTAATTGATTGACCTTAATCTTTGCTTCAAACAAAATTGAAGTGGGAAAAGTGTATAATCTCGGGGGATCGAGTCATTGATAGTGAGCAGCTCATTTTCAAGCTTTCTTTATACTTATACATGTTATCTCATGATATCGCTTGGAAACTACCATGACTTAAACATTTTATGACCATGTTTTTGTTTATGTTTAAACGATATGCTTACTCATCATGATTTTAATAATGGATATGACTTGGATTTTATAAAATATGTGTTGATTTTTGTAGATTGAAAAATGACTTTATGGAAATATATTTATGACCCCGTTTGGCTTTTAAATATGAAATATGTGATTTTTATGAAAGTTGGTGATTACCCTAAAGGCTACTGAATGCATTTTCATAGCGCCACCTATGGTTGTTAGGGGATTCCGAGGCTGAAATAGGCCATGATCGGAGATTCGAGAACTTGAGCCGAGGTGAGGACATGGATGAAGGATGTGATTTTGGCTTTTGGCCTAGTTTAACCTATGGTGGGTGGCTCTATGTGTACATAGAAGTGGAGGTTGTTACTGTGGTAGGTGTTAAGTATGCGTGA

mRNA sequence

ATGGTGAACGAGAAGGTGATTTCCCTAAGGCTACGTGAATGTGTTTCCATAACGCCACCTATGATCGCTGAAATAGGCCATGATCGGAGATTCGAGAACTTGAGCCGAGGTGAGGACATGGATGAAGGATGTGATTTTGGCTTTTGGCCTAGTTTAACCTATGGTGGGTGGCTCTATGTGTACATAGAAGTGGAGGTTGTTACTGTGGTAGGTGTTAAGTATGCGTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGTGAACGAGAAGGTGATTTCCCTAAGGCTACGTGAATGTGTTTCCATAACGCCACCTATGATCGCTGAAATAGGCCATGATCGGAGATTCGAGAACTTGAGCCGAGGTGAGGACATGGATGAAGGATGTGATTTTGGCTTTTGGCCTAGTTTAACCTATGGTGGGTGGCTCTATGTGTACATAGAAGTGGAGGTTGTTACTGTGGTAGGTGTTAAGTATGCGTGA

Protein sequence

MVNEKVISLRLRECVSITPPMIAEIGHDRRFENLSRGEDMDEGCDFGFWPSLTYGGWLYVYIEVEVVTVVGVKYA

Homology

[Close]

BLAST of IVF0024007 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7UUF7 (Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold227G001110 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 81.6 bits (200), Expect = 1.5e-12
Identity = 44/81 (54.32%), Postives = 58/81 (71.60%), Query Frame = 0


Query: 1  MVNEKVISLRLRECVSITPPMI-----AEIGHDRRFENLSRGEDMDEGCDFGFWPSLTYG 60
          M+N+KVI LRL+ECVS+ P  +      E G+D R ENLS GEDMD G  +GF P+LT+G
Sbjct: 3  MMNKKVIFLRLQECVSVVPLKVVSGFGTERGYDWRSENLSLGEDMDGGLRYGFGPNLTHG 62

Query: 61 GWLYVYI--EVEVVTVVGVKY 75
           WLYV+I  ++E+VTVV  +Y
Sbjct: 63 QWLYVHIGADMEIVTVVVSRY 83

[Close]

BLAST of IVF0024007 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DQP8 (Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold436G00840 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 59.7 bits (143), Expect = 6.1e-06
Identity = 29/50 (58.00%), Postives = 38/50 (76.00%), Query Frame = 0


Query: 23 AEIGHDRRFENLSRGEDMDEGCDFGFWPSLTYGGWLYVYI--EVEVVTVV 71
          A+ GH+RR ENLS GEDMD G  +G  PSL +G WLYV+I  +++VVT+V
Sbjct: 47 AKRGHNRRSENLSLGEDMDGGLRYGIGPSLIHGAWLYVHIGADMDVVTIV 96

[Close]

BLAST of IVF0024007 vs. NCBI nr
Match: KAA0058838.1 (retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK11255.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 79.7 bits (195), Expect = 3.28e-16
Identity = 44/81 (54.32%), Postives = 58/81 (71.60%), Query Frame = 0


Query: 1  MVNEKVISLRLRECVSITPPMIA-----EIGHDRRFENLSRGEDMDEGCDFGFWPSLTYG 60
          M+N+KVI LRL+ECVS+ P  +      E G+D R ENLS GEDMD G  +GF P+LT+G
Sbjct: 3  MMNKKVIFLRLQECVSVVPLKVVSGFGTERGYDWRSENLSLGEDMDGGLRYGFGPNLTHG 62

Query: 61 GWLYVYI--EVEVVTVVGVKY 74
           WLYV+I  ++E+VTVV  +Y
Sbjct: 63 QWLYVHIGADMEIVTVVVSRY 83

[Close]

BLAST of IVF0024007 vs. NCBI nr
Match: TYK25868.1 (hypothetical protein E5676_scaffold436G00840 [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 58.9 bits (141), Expect = 6.48e-08
Identity = 29/50 (58.00%), Postives = 38/50 (76.00%), Query Frame = 0


Query: 23 AEIGHDRRFENLSRGEDMDEGCDFGFWPSLTYGGWLYVYI--EVEVVTVV 70
          A+ GH+RR ENLS GEDMD G  +G  PSL +G WLYV+I  +++VVT+V
Sbjct: 47 AKRGHNRRSENLSLGEDMDGGLRYGIGPSLIHGAWLYVHIGADMDVVTIV 96

[Close]

BLAST of IVF0024007 vs. NCBI nr
Match: XP_031740114.1 (uncharacterized protein LOC105435219 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 52.8 bits (125), Expect = 1.18e-06
Identity = 25/43 (58.14%), Postives = 30/43 (69.77%), Query Frame = 0


Query: 23 AEIGHDRRFENLSRGEDMDEGCDFGFWPSLTYGGWLYVYIEVE 65
          AE   D+R ENLS  EDMD G  +GF PSLT+ GWLYV+I  +
Sbjct: 56 AERDRDQRSENLSLSEDMDGGLRYGFRPSLTHCGWLYVHIGAD 98

[Close]

BLAST of IVF0024007 vs. NCBI nr
Match: KAA0055819.1 (carboxypeptidase Y-like [Cucumis melo var. makuwa] >TYK10070.1 carboxypeptidase Y-like [Cucumis melo var. makuwa])

HSP 1 Score: 45.8 bits (107), Expect = 9.72e-04
Identity = 21/34 (61.76%), Postives = 25/34 (73.53%), Query Frame = 0


Query: 22 IAEIGHDRRFENLSRGEDMDEGCDFGFWPSLTYG 55
          +AE G D+R ENLS GED+D    +GF PSLTYG
Sbjct: 13 LAERGRDQRSENLSLGEDVDGEFSYGFEPSLTYG 46

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of IVF0024007 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of IVF0024007 vs. ExPASy TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A5A7UUF7	1.5e-12	54.32	Retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold...	[more]
A0A5D3DQP8	6.1e-06	58.00	Uncharacterized protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold...	[more]

BLAST of IVF0024007 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAA0058838.1	3.28e-16	54.32	retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK11255.1 retrotransposon p...	[more]
TYK25868.1	6.48e-08	58.00	hypothetical protein E5676_scaffold436G00840 [Cucumis melo var. makuwa]	[more]
XP_031740114.1	1.18e-06	58.14	uncharacterized protein LOC105435219 [Cucumis sativus]	[more]
KAA0055819.1	9.72e-04	61.76	carboxypeptidase Y-like [Cucumis melo var. makuwa] >TYK10070.1 carboxypeptidase ...	[more]

BLAST of IVF0024007 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
IVF0024007.1	IVF0024007.1	mRNA