HG10019277 (gene) Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1

Overview
NameHG10019277
Typegene
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationChr04: 19685471 .. 19689151 (-)
RNA-Seq ExpressionHG10019277
SyntenyHG10019277
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAGTGTCTCTAATATGGGAAAAAATGAGGGTATCTATATGTGTTGTTTTCAACTTGGTTATTTCTCAACTCAAGACAACTTCAAAGAAATTAACTATATAAATGGTAAGAGCATTAATGTTTTTATTATTAATTTTTTTTTACAAATTTTGAAAGTTCAAGAGTATTCTTTAAACAAAGTATTAACGATTTTCTTCCATATGCAAATGGTAAAGGTAGTTTTAAAGAGTTAAGGGTATTATTAAAACTTTTGAAAGTTTAATGATATTTTTTAAACAAAATACTCATGGTTTTCCTCCAAAACACATAATAAAAATATCTTGTGAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAATTTTAAGGATATCACTAAAACTTTTGAAAATTTAAGAGTACTTTTAGTACAAAATATAAAGTTGAGAAGTATATTCTAGATCTAGCATGTTTTTATTTATTTATTAATTTTTTTCTATATATTATATAGGACAATGATTAAGTGTAGCCTTGGCTACACCTATCTCCCTATAGCCCATTCATTTATTATATGACAATAAAATAATATTTTTTTTTAAAAAAAAAGTTAAAACTTTTTGCCATATGACAATTTTTAATTGGGCAATTAGTAGCCTACCCAAAGATAAGTATAGCCAAGACAACACATAAATATTTTTCAATTGGGATAACACATAAGGTTCTAATAAATGTCCTATATTTCAATTACGTCTAAGTTTTTCATTATTTACAAAATGTGTAATTGACTTCAAAATTTTCAAAAGAATTAGAGTCCAATTACCATTTAGATCTCAACGATGAGTTAGTTACACAATTTTTTAAATAAGAAACTTAAAAGTCATGCACGCTTTTTTAGAAAAATATAATATTTTTAAAATATTTTTAATTCAATTTCCAAAAATGGTTCCATCTTCGGATTCTCACTCTCTATCTCTCCCCCCACTTTCAAAAGACGTGGAATCCTCCCTCCCCCTCAGACTTTCACTCTCTATCCCTCATTCACCGTCCGAAAAACTCCATTTTTTCTCTAAAAAAACGCGTGTTTTTGGCTTTAATGACTGTTTTTTCTCTCTCTTGTCCAATTTTGCTACTGTTCATGAGTCATAGAAAGTTTATTATGTTGTAGTGTTATCCACCATTGCCGTTGTTCTTCACCGCTTGCCAAGCTTGTTTTACCTAAAAATTATATATATATATATATGAACAGCAGTAGGAATGACATATATAAATATTAGGGTTGACCAGATAAATAGCAAATTTAGAAGTTTCATTTAAAAAAATAGCAAAAAGTTTTTAAAATTGTGAAAATAGAAAAATTGAATTAAATAATTAAAAATAATGACAAATTGTCAAAACTACCCTCACTTACAAATAAATACCTAACCTTCATAAGTTGAAGCTGGAAAATTTCAAAAACGTTCAAAAAAACTTCAAATACACTATAACTAAACAATTATCACGGTAACCAATGCAGTATACCAAAAAGAGCTAAACCAATGCAAATACACTATATTTAAGTATTCTATAGAAGATACACAACCATAAATTAAAAAAATATATTGATGCAAAAATAGATTGAGTCGAACACATTTTTAAGGCAAACAACCAATTGGTGGAGGATTGCAGCAGAAAAGTAGATTTAGCATGGTGGTTTGTGGTTGAAGTAGGGACTCAAATAAGAAGAGAAAAAAAAGAGAGAAGATGGATCTTATTGGCATTCAATAATGGGTGACAACATCAGGAGAATGTACGATTAAATGAAAAAAAAATTATAGATGGGGAGTTGTATGGCTACCGATTAGAGACCTGAACGACAAAAAAAAGAGTGAGAAAAAGAAAAAAAAACATTAACCTGCTATGCGATAATGGTAGAGCAACAAGAGTGGGAAGAGAGAAGCTGTAGGGTTATATTTTCCCTTTTTTTCCTTCATTTATTTATTTTTTATTATTATTATTTACTTTTTATTTATTAGACATTTCTAAATTTTGTTGAAATTTATTGGATTTTAAAAAAATGAAATATATATATAAAATTCAAATTAAAGTTAACTCTATAAAATTCCAATTAAGGTTGACTTTTATGTTTTTCCCTCCTAAATTTAAAATTTACAAATTTCAAATCTTTTATCAACTTAAATGTAAAATTTTCAAATCTTTTCGTAGAGATATAATGATATATGATTGAATATATTTCAAAAACTTTTAAAAAAAATATACTAACATAATAATATATCAATGATTTACAATGTGAAAATGAAAAATGAAAAATATACAATCAGTTTAATCAAAATATGTATAAAATAATAAAAAAAGATTAAAATGCAATTAAAATACGGTATATCCTTGACCAAATTTTAAATAATTGTTGAGTATTAAGATAAAATAAAATTTTAAATATAAATTAAAATTAAAAATCTAGAGAATTAGGAAGAAATTCGTTGAATTTGAATTAATTAGTAAAATAGTTATGAAAATTTATTTTAAATATTAATAATAGATTTGAATTCAATGAAATTTGATAATAAATATAAATTCAAATTAAAAGTTGAGGGAGAAATATAAGGAAGAAAATTTGAATTAATTGTAAAGTAGTTATGGAAATCTATTTTGGATACTAAAAATATATTTGAATTCAAAATTTAGGCAAAAATCAAGGGATGACGTTGAAATTCACTTTTGAAATGAATGTGTTAGGTATAATCTGATAATTTTGGCTATCAATCAACTTTCACAAGACTGTATTTCAATTTTGGTTTTCACAAGACTGTATTTCAATTTTGGTTATGAATCAATCTTGCCTTCTTGCCATTTACACTGTATTTCATTTGTCGAACATGCAAACCAATCAAGGGCAAAATAGGTATTATGAAAAATTTACCCATGTGTCTTGCACACATTTTGCCATAAATCTTATTATTCCTGATTTTTGCCATAAATCCAAACGACATCTCATTTTTTTTTTGCTATCCCATCCAATTTTCCTAAAATTATTGAATTAATTCTTTTACCTATAAGTCCACTTTTCCCATGCCTCATCGTAAAAAAAATATTATTCTTCAGTCCTATTAAAACACCACATCTCGTTAATATGAATATAACTAACTTACATAAATGTACTCTCGACTAAAAATTAAAAATTTAAATCCCTCACCTTACATGTCGTTGAACTTGAAAAAAAAAAGTGGAAAAAAAATACATCATATCACCAACTAAGCAATGATGTCAAAAATAAATCCTTACTAAAACCTCCCAAAAAAAAATAAACTCAACAACATATCAAAGTTTTGGCCAAAATATACACATGAATATTTTTCTAAGTTGGATTATCGCCATTGTTCCAAGTGCAAGGGACCTTGCCTCACCCTCTTTGGGTGGAGTTAGACTCAACATATATTCTTCATGCATTCAACGAGTCGTTCACTAACCAGTCTGAGACTAAGAATGAGATTGAAGTTTCATCGGAGATCGCTCATAGTTTGGACATTGTTAATTTTGTCCATTGTACATGTACGTGTAATTTTGTCGCCCACTCTCTGGTGCAGGATGTAGTTATTCGTTTTGATTTTAGGGCTCTTATCTTTGAGGAGGTTGTCAAAGAGGCTTGTTCGGACTCTATTTATCTTGATCGAGCATCCTCTAACCTTAATGAGGACTTTGATTGTAGTTAA

mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

ATGAGTGTCTCTAATATGGGAAAAAATGAGGGTATCTATATGTGTTGTTTTCAACTTGGTTATTTCTCAACTCAAGACAACTTCAAAGAAATTAACTATATAAATGTTGGATTATCGCCATTGTTCCAAGTGCAAGGGACCTTGCCTCACCCTCTTTGGGTGGAGTTAGACTCAACATATATTCTTCATGCATTCAACGAGTCGTTCACTAACCAGTCTGAGACTAAGAATGAGATTGAAGTTTCATCGGAGATCGCTCATAGTTTGGACATTGTTAATTTTGTCCATTGTACATGTACGTGTAATTTTGTCGCCCACTCTCTGGTGCAGGATGTAGTTATTCGTTTTGATTTTAGGGCTCTTATCTTTGAGGAGGTTGTCAAAGAGGCTTGTTCGGACTCTATTTATCTTGATCGAGCATCCTCTAACCTTAATGAGGACTTTGATTGTAGTTAA

Protein sequence

MSVSNMGKNEGIYMCCFQLGYFSTQDNFKEINYINVGLSPLFQVQGTLPHPLWVELDSTYILHAFNESFTNQSETKNEIEVSSEIAHSLDIVNFVHCTCTCNFVAHSLVQDVVIRFDFRALIFEEVVKEACSDSIYLDRASSNLNEDFDCS
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1
Date Performed: 2022-08-01
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR002156Ribonuclease H domainPFAMPF13456RVT_3coord: 50..110
e-value: 1.3E-5
score: 25.0

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
HG10019277.1HG10019277.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
molecular_function GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity