HG10011827 (gene) Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGAGTTGGGACTTTAAGAACATTAATATGGATAAAGAAGATTCAGAACGAGACTACTACTGTAGGTGGTTCTGCAAGGTTGAGGCTCTTCAACCTCAGCCAAAGGGAAGACAACCATGCCAAGACGAAACAGAACAAATGATTGAAGCCCTGGAAAATGGAATAGGCGAATCAGATCCCCATGACTCAAAATCAAAAGAACCAGGAGTTTTTAGTTTACAAGTTGAAGCAAAGAACAGAAAGAAAGATGCTGGAAGTAAGGCCGAGGTCAAGGTTAGGGTCTACGCCAAGGTTGAGGTCGGGGTTGAGGTCGAGGTTGAGGCCAGGGTCGAGACCGAGGCTGAGGTTGGGGCCGAAGAGATGGACAATAGAAGGAATGGGCAAATCAGGTCCCCGTTATCTGAAACTAAAATAACCAAGAGTTTTAAAGCTACAAGTTGAAACAATAGACAGAAAAGAAGATGTCGGAACCAAGGCTGAGGCTGAGGCCGAGCCTCCAACAATAAGCTTGCCAGAGACGAACTTGCACAGTTGGATCGAGGAAAGATGAGGTAAAGCAAAAACAGAGTAAGAGACCAACTAAGGGAACATGACACAAGGCAAAAAGGCGAAGGATAGAGGAACAAGATCCGCAATGGTTCAGCAACGGTGCTCAGCCCCAAGGCTGAGGCCGGACCTTGTTAAACACATAATGAGGCATGCTTTATGCATGCCTCGACCCAAAGTAACATTCTAGGCTTGAGATATGGCCTAATGGTGACGCTCGACCTCAGCCAAAGGCTGAGGCCGACCTTAGCCAAATACGAAGATGGACACGCTCCTTTGCCCAGAAGGTTATCTACTAATTCTAAAGCAACTTGGAAACCCTAGAGAGTACCCTATATCAACTTTCTCTATAAATACGTCATAATGGCCTCATGCAAAGACCATACCCAGGAGATAAACAACAATATTGCTTCTTTCATCAAAAGTAAAAGATGCACAAAACGACTACATGGGTAAAACATTGGAAGAATAATAGCATAAGAAAGGAAGTAAGAGAAGATCAATAAAGCTTCCCAGTTGTCTTGATTGGCAGCATCGTGGTCAGCCTCAACCCAATTATCAACGGGCTGAAAGGCTTAAGGATTATGGCACAGAGTTCCAAAATCCCAAGTTAGATAGTCGAAGTTCATCTCAAGGTATTCAATGTTAGAGAAGAGAGCATCAACCTTGTCAAGTTTGACTTTAAAGAAGGAGATGTTGGCTCGTGGTGACTCAAATTCAGCTTGGGAATAAAATAAAAGTCACTTGAGACGGGCAATATTGGCCTGGGCTTTAGTTAACTCTTCGCATAGGACGTAGGATTCCGTCAGATAGATGATACAGTTAGCCATGCTTATTGTTGGCATAGCAATTCAGGAGAAGGACTAGGACAAACCAAAGAAGCAGAAGGTTACTTAGGTGGTAAAAAAAAAAAATACCGGCCGACCATGCCCGCGTGGACCAAGGCCAACCGTACCGAAAACAGGAGGTAATTTTATCTTGGAGCCAAGGAGAAAGACGACGACTCATTGGAGGATAGAATCAGATCGTTGCCAAATGCTTAGCAAGTGCATGCTTTCCGCATGTTCTGGTGCAAAAAATCATGTTAGAACTGGAATATAGTCAAAAGAAGATACTCGACCTCAGCCAAGGCCAAGGTCAACCCTAGTCAAATGCCTAACAGGGCGTGCTTTACGCAATCCACACCCAAGAAATCATTTTAAGCCTAAAATATGGCCAAAGAAGGACGCTTGGCCTTGGCTAAGGTCACAGCCGACCCAAGCCAAACGTGAAAGTTTTAAATCTTTTCCATAACTCATTTTAAGTCATTTAAAATTTTCTTTAAATTACACTTTTCGTGTTTTTGAAAAATTAAAAATTAATATTTTATTTCAAAAAGTTTCCTAATCATTTTTTTTTCTAATAACTTGTTTCATGATCAACCAAGTGAATGGGTGGATTATGAATCCCTATGCTAGATCTTTAAATTAAATTAAGTTCATTTCAATTTTCGCTTTACTTTTATGCACACTAAATTCAAATCTTTACATTTCTTGCAAACACAACACACAAATCCCCTCGTGGCAACCCTTGAATCCAAGAAAAAGCTAAAATCATCCTAAGTTCCCTGAGGAGACTACTCGATCTTGCCACTTGTACTATGCCTTTGTAGTATAGATAGTATCGGTCGGACTTTTATAAATTTATTTAATTGGTGGGAAGAGGAATTGTGACGCCCTCTCTCCAGTCATATCGCTGATAAACTTAATAATGATGCACTCTTTTATAATGGTGATACACTCGACTAATGTATTACTGATACACTTGATTTATATTCTGTTGATAAACTTGAAATGATACACTTGACTGAGTTGATAAACTTTATAATGATACACTTAGGACATGTTTGAGAGTGATTTAAAATGGTTAAAATCACTTTTGTCATCTTCTTCTTTGCAGCAACATACTCCTCCCCACACACATCTCTCTTTCACCAACCAACACTCCTTCACACCATCTGCCGTCGCCCACTGCTCTCACCTCCCCGTCGCTTACATTCGTCAACCGCCGCACGTCGGGTTGCCGATCACCATTTTTCTCTCTCTTTATCTTTCTTTCCCCCAACATCTCTTTCACCAACTACCACAGTGGCGGATCCAGAACTTCAAGTCACGGGCACAAATGTGTATATAAAGTTAAAAGTTTAACCCATAAACTTCTAGATTTTTGTTTATATATAATTCCTAAACTTTAAAAAATGTTTAATAGATCCTTGAATTCTCGATTTTTGTATTTAATAGATTAATAAAATATCAATTATGCATTCAATAGGTCTGTTATATATTTGAAAATATTAAAAATTAAACGTTATATTAGACATTAAATTTAAATTTTTGTTTAACAAGTACTATTAGACATCTTTTTAAAATTAATTTATCTATTAAGTATAAAATTTAAAACTTAAAGTTTAATTAGACACAAACTATTTCTTTTCTCTTATGAGATTTATTAGATATAAAATTGAAGTTTATAGATTTATTAGACATTTTAAGAGCTAGAGTCAAAATTGAAGTAATATTAATTATAAAATTATTATCAATTTTATAAAATTATTCCCTTAAATTAAGCAAAAATTATTCAATCAATTTTTATAAAATAATTTTATAAAGATTAAAAAATATTTGTATATTTAAATATATATGCCAGAAAATTAAAATAGAATTAAGTTTTTCGAACATGTTTTGAGTGTATTGAAAATCAAAATATTATATATTTCGTGAATAATACATGTATAGAGAAATATTTAATATGTTGTTCAAAATTAAAATAAAAAGTGAACTTCTCAAGATTTGATCCCACGACCTGATGCCAAAAAGATGAAAATAAACACTTTACCACACCACTAGGCCCAATCTTACTCATTGAAATTAGAAAAACGAAAATTATATAAAATATAATTAAGACATTTTAATATCCAAGGAAAACCAATATACAAATTTTAATTTGAGGGGTACACCCCTTCATAGATCCGCCTTTGACCATTGTTCTACATCATCTGCTGTCAGGTCGCCATAGTTCTACTTATTTGAAATTTTTGCCATATTTACAAAATATTATATGAGTTACACACTTATTAGCATATTCAAATTGTCACCCATTGCAATTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAACCTAAATGAAATTAAAAAAGCAAAATTAGAGTCCCTCCCTCCGTCTCCCGCCAAACCAAACCTCCCCAAAGCCCTAGTCTTGTGGTCTCTTCTTCTCTAGCCTCTGCTCCTCCACATTCCGTTTCCAAAGTCCTCGAACTCTCGACTCCATAACTTTCTCTCAAGCTCCGCATTGTCTCTCATTTTATTTCTGAACATTCATTTTTCACTCTCGTAGGATGAGTTTTGCTGCTTATAGAATGATGCACTGGCCTACCGGCATCGAAAACTGCGATTCAGGCTTTATCACCCATTCTCGCGCCGACTTCGTCCCCGGTGTCACATCTCACACCGACGACCTTGACTCCGACTGGCAGCCCCGCCGAGAAATTGGTCCAGTTCCCAATCTCGTTGTCACCGCCGGCAATGTCCTCGAGGTATATGTTGTTAGGGTTCAAGAAGAAGGTGGAAGAGAATCAAGAAGTTCAGGAGAAGTCAGACGCGGTGGCATTATGGATGGAGTCTCTGGGGCCTCGCTCGAGCTTGTTTGCCACTACAGGTATGCTCCAAAGTTTTGTGAATGTACTAATTGATTTTCATGTTACCATGTTCAATCTTATACACCATGGAGCAGCTTTTTGCGAGCTCCTCAATTTTGGGTCTTTTTGTTGCGTCTCATTTTCTACTTCTCAACAAAAATTAATGTGACTAGTTATCTTGAGCAAAGGAGGTTCGTTGATTTATATTTGGTAAGCACTTGCTATTTTTGTTCAGTGATAATTTACTATTCTTGCGTTTTGCTTTGCAGGTTGCATGGTAATGTTGAGTCCATGGCGATTTTGTCTAGTAGAGGAGGTGATGGTTCCAAGAAGAGAGATTCGATTATATTAGTCTTTCAAGAAGCAAAAATTTCAGTGCTAGAGTTTGATGATTCTATCCATAGTCTCCGTACAAGGTGGGTGGAGGTGTTAAAGGAACGAGATATTTGTTTGCCTTTTTGATTGTTCTCTACAATCATTTAGTCATTCACATGTGCAGGTTTTTGAACTTTCAAACAAAGATAATGTGCATAATCAGAAATAGTTACATTTACATGGGATGTGTAAATTTTAAGCTTTTGGTATTTTCTTTTGGCTATATGTGTCATGTGTATCTACTAAAACTCTTTCTCATTGTTTGATCTATGATTAACATAATTGGGGACTAAGTCCCTAATTGTCGAATTCATATTTGTCACAATTCTTGTGATTTTTCCTTTATTTTTTTTGGAGAGAAAAACATAATTGGTGCAAGTAGAAAATC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BLAST of HG10011827 vs. NCBI nr
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BLAST of HG10011827 vs. NCBI nr
Match: KAA0049896.1 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1088.6 bits (2814), Expect = 0.0e+00 Identity = 548/566 (96.82%), Postives = 556/566 (98.23%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. NCBI nr
Match: XP_008441850.1 (PREDICTED: cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1088.6 bits (2814), Expect = 0.0e+00 Identity = 548/566 (96.82%), Postives = 556/566 (98.23%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. NCBI nr
Match: XP_011648998.1 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucumis sativus] >KGN61267.1 hypothetical protein Csa_006291 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1081.6 bits (2796), Expect = 0.0e+00 Identity = 543/566 (95.94%), Postives = 555/566 (98.06%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. NCBI nr
Match: XP_023520837.1 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023520838.1 cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo] >XP_023520839.1 cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1057.4 bits (2733), Expect = 6.1e-305 Identity = 537/566 (94.88%), Postives = 548/566 (96.82%), Query Frame = 0
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Match: Q9FGR0 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=CPSF160 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 869.0 bits (2244), Expect = 4.0e-251 Identity = 428/571 (74.96%), Postives = 496/571 (86.87%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q7XWP1 (Probable cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=Os04g0252200 PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 708.4 bits (1827), Expect = 9.0e-203 Identity = 367/580 (63.28%), Postives = 437/580 (75.34%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q10570 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=CPSF1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 282.0 bits (720), Expect = 2.1e-74 Identity = 190/521 (36.47%), Postives = 288/521 (55.28%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9EPU4 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Cpsf1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 282.0 bits (720), Expect = 2.1e-74 Identity = 196/579 (33.85%), Postives = 305/579 (52.68%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q10569 (Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 OS=Bos taurus OX=9913 GN=CPSF1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 281.6 bits (719), Expect = 2.7e-74 Identity = 194/574 (33.80%), Postives = 302/574 (52.61%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. ExPASy TrEMBL
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BLAST of HG10011827 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3B4E8 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485885 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1088.6 bits (2814), Expect = 0.0e+00 Identity = 548/566 (96.82%), Postives = 556/566 (98.23%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0LKI9 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_2G074280 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1081.6 bits (2796), Expect = 0.0e+00 Identity = 543/566 (95.94%), Postives = 555/566 (98.06%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I7X9 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111472174 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1056.2 bits (2730), Expect = 6.5e-305 Identity = 537/566 (94.88%), Postives = 547/566 (96.64%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EY93 (cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111439584 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1053.5 bits (2723), Expect = 4.2e-304 Identity = 536/566 (94.70%), Postives = 547/566 (96.64%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. TAIR 10
Match: AT5G51660.1 (cleavage and polyadenylation specificity factor 160 ) HSP 1 Score: 869.0 bits (2244), Expect = 2.8e-252 Identity = 428/571 (74.96%), Postives = 496/571 (86.87%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. TAIR 10
Match: AT4G21100.1 (damaged DNA binding protein 1B ) HSP 1 Score: 65.9 bits (159), Expect = 1.7e-10 Identity = 78/351 (22.22%), Postives = 142/351 (40.46%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. TAIR 10
Match: AT4G05420.1 (damaged DNA binding protein 1A ) HSP 1 Score: 58.5 bits (140), Expect = 2.7e-08 Identity = 75/341 (21.99%), Postives = 139/341 (40.76%), Query Frame = 0
BLAST of HG10011827 vs. TAIR 10
Match: AT4G05420.2 (damaged DNA binding protein 1A ) HSP 1 Score: 53.1 bits (126), Expect = 1.1e-06 Identity = 54/229 (23.58%), Postives = 97/229 (42.36%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1
Date Performed: 2022-08-01
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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