HG10006140 (gene) Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: CDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGCTCATGAATCTCCTTCTAGACCAGAGGGAAGCACAAGCGGATGTTCCGTGGTTAATAAGCATATTGATGTTCTTCGCGAAACCCCTGCTTATAGTGACGTTGAAATTTTTGCATATGAGGAGATGAAGTTTGCCACAAAGAATTTTCGGCCAGATCTAATTCTAGGAGAGGGTGGTTTTGGAGTTGTATACAAAGGATTGATTGATGAAAATGTTAGACCAAGTTTTAAGATGATGCAGGTTGCCATTAAGGAGCTTAATCGTGAAGGTTTCCAAGGTGACAGGGAATGGCTGGTAAGCTTCTTTTATGCTAGCTTTTATATTTTCCGGAAGAACTTGAGTTGCATGGAATGGTTTTGATGGTGTTGTGTTATGAGGCCAATAATTTCTTTCAAGAAGTTTGAAAAATGCACAAAAAAAAGCGATAGGAATGCTATTGGTAAATAATTAGAGTATTAAGGGCATATTAGCAATTAGTTAAGGAGTTTGTTAGGGAAGTTTGGTTATAAATACAGTGAATGGGGAAAGAGGAAGACAAACAATATTTTGTGGAATGAATTAGGGCTTAAGAGTATTCTCAACGTTGGGAGGGTTCAAGTATTCTCAACGTTGGAATGAAGTTTGGTTTATCTTGTATTTTCGTCATCTTTTATAGTTCAATACAATCGGCTCTATCAATTTGGTACTAGAGTTGTTCAGTGCTGGTCATGGAGTTCGATGAAGCGTCTGATTTCAATTCTCGATTTGTTCCTAGATTCAAGTAAGAAGAGCATTCTCTAGTTCCTTATAAACATAGTTTCAAAGAAATTAGAATGTATTTAGGAGGAGATGATATCAACAAAGACGAAAGGATTGACGTCTTGAGAATGGATGCAAACGAAGAAAGAAAATTTGGTGGAGGCTGATTTCATGGATAAAGTGGCTGAATCAGTATAGGTTGGGGAGAAAAACGCAGGAAGTAATGATGGACGTAACCAACCTATTAATCAGTGTTCCTTTGTGTGATATGCGATTGGGAAAATTAGGGTTTCCAACCTTCAAAGGTGAGGAGGGGAAAGACTCGAATGGTGAGTTGTACCTAGCTAAACATCGTATTGTGGAGTATTCAACACCAAAGAAGGAAGAGTTGGGAGAAGAATTTTCAACGAGAAATCATCAATGGTTAGTGCTAAAGATGGAAATCTGAGGGAGGGACTGACGGAGGAATCACAAAAAAGGGACGAAAGGATTGAAAAGGGGTTGAGCTTTTGGAAAACGTCAACGTGGACAAAGTGAAGAGATTGCCAGCAATCGTGGCTTCGAAAGTGGGAGATGAACACTTGGAAGAAGCGTCGGCGCAAGGGTGGAAGAGGTTGGCGGAGATCATTGCCGGAGATGAACGAATTGGTGGATGCCACTGGAAATTTTGGGAGATGGCGGCCGTGGGGGAGTTGGGTCACGGTCACGTCCTAATCGAGCATATCAACGTGGAGAAGAATCTTGTTAAATTACTATTGTTCCAAAAGCTTCAGTGGATGGGCGAAAGAAAATTCAAGTAAAAATCAATATTAATTGTAGAGAAAATAACATTACAAGGGTTTAAACACTAGATCTCATGAACTACCTTCTCTAATACCATGTTAAATCACCGATTGACCAACATGTTTAAGTTGATAGGTAAAGTTAAATTTAAATTATATCAATTAAGTTGATGGGTAAAGTTATTAAATTATATCAATTAGATTGACAAGCTATTTGTTGGGCTGGATTTTAATGAATTGGTTGAGACCCATTTGTTCAAAAGGAAGAAAAGGTGGTTGTAGTACTATTTGGGTATGCGCTGGTTCACATGGGTTAAAAAAAAGTTGAACTTTTTTCTTTTAATCATCGCCTAATTTTGAGATTTTTTAAATATTTTTTTGTATAACCATACTTTGGGGACAATATGTGTTTTAGGAGCGGGTAATGATAGAACGCTATTGATAAATAATTAAAGGTATATTAGCAATTAGTTAAGAAGATTGTTAGGGAAGGAGGAAGATAGGAAATATTTGGTGAAATGTATTAGGGCTTGTGAGTATTCTCAAGATTGGGAGGATTCAAATACCTCAAACTCCTAGTTTATCTTGTATTTCCATGATTTTTTATAGTTCAATATATTCAGGTTCTATCAGAGTGAAAAAAACAATAGTAAAGAAAAATACAAAGTAATTGCAACACATGACAAATAATAAACTTAAAAACTTAACAAAGAACTAATACATCAAATTGAATCAAGAGACTTAATATCCAACTCTCCATAGAAGTTGGAATTTATTTCTGAAAGCCCTATCAAGTATTGGCGAAGAATCTTAATCTTCCTTTTAAGAAATAACATGATTTTTATTTGACCTTACTAAGGAGTTGTTTGAGGTGCTGAGTTGAGTTCATATGTTAATTTCATATGTTAGGGATATCTAGTGCAGTTTTCCTGACATAAATAATATGATTTTATGGTAATTATTTTTGTTAGGAAACTTTTTTATGTAATAATTCTACACGCTCACACACACACACATATATATATATATATATTAATAAATTATGGATTGCATTTTGTTTTATTGTTTTTTTTTAAGTACACATTTTTGGAAAATGGGGATTAAGGTTTACTCTTGGATCATAAATAATCTTTTTTTTTTAATTTAAGCAATTATTTTACAAATTTGTGCATGTGACGTTTCTAGTTAGGTTGGACAAAATTATATTGGATTCATTGGAACAAAACAAATTTGGACTTCTAATGTAAGTGGAATATCCTCAAAATGTAATTGTACTATAATGACCTTATTAATGGTCATGTTATATGATTAGCACAAAAAATATGTAACAAATGGCCACATTCTCTTGCCCAGCTATATGATACAAAAAAAAAATTATATATGATATGGGCCAACAAATGACCAAGTTCATTTACACAAAATAATTACATAAACATTCATCCAAATCCTTTATCGGATGGATATGTTCAACAACTTTCTTCCACCTCCCAAACTCCAATTCATTTAAACACTTTTGATAAAAATTACACAAAATGTTTTCCAAAAAGTCATTTTCATTTAAACTCTTTTGATAATATTGTTTCAAATAAAAACTCATGTCTTTGGCAACTCTTTCTCAAAAGTGTTTTTATATACAAGTTTGTTTGGTTTGTTATATGCTAAAAGTATTTTTATAAATGTCAAATTACTCTAAAGAACGACTATAAAATACTATGAACTAATAATTTAAAATAATGGTCGTCAAAGTTGGAGGTGGCCATCGGCAAAGGTCGCTGGAGTTTGCTGCCAGTCGGGCATCAGCAGTGGTGGCCATTGGCAAAAGTCGCCAGAGTTAGTGTCCGGATGGGAGGTGGTGGCCGGAGTGGAACTAGGATATCGGTGGTGATGAAGGCAAAGTGCGTTGTTACCAAGTTTGCGGACTTGTTAAAATATCTGTGACATACAACATTGGGCCCCCAAATATTGAGTTGGGTTGTAGCAACTCATACCCTCACCCAAAACACCCTCTAAGTCAATTGATGGGCTTAAAAAAATGATTACACTATCATGTTCAAGTTTGCAAAGCATATAATGTCAACAAAGGGAAAGTTCTAAACTTATGAGTTGTTTTCATATTTTCATACAAAGTAAATGCAAATACACATCACTCATGGAGAACAAGTTGTGAATAAGTTAAGGTCCCATATGATCTATACACACTAATTACACATCACTGATCATAATGTATATAATTTCCCAATTTCTTCTCTGTAATTTTCTTATTTAGTCCATAATGTGTGAGCTATGTTAACAATATTAGTAATGATTTATTGATTCGAAAATAATTGATTTTTTTCTTGAACTAATATTATTCTGACTTTTTGTTAACCCTTGTAAAACAGGCAGAAGTTAACTCTCTCGGACAGCTTAGTCACCCTAATCTTGTGAAGCTAATTGGTTATTGTTGTGAGGATGAGCACAGGATGTTGGTGTATGAATATATGGCTAGTGGGAGCCTGGAGAAACACCTTTTCCGCAGTAAGTTTGGGTCAATGAATGAAATAAGAACTTAAATATACCTAATCATTATAGTACTGGATATTTTAAGTGCTATAATTTTTATCACTAATGTTGTTTTATGAAGAACACAATTGGGTCAAGTTGGGAAGTAGGAATAGGAAAGTAGGAGTTTATGAACTCCACTCCTTGTTTGGCCCAAGAAGTTGGTGGATCCTACTACTAGAAAACATCAAATTTTATATCTTATCAACTCCTTACACTGTGGACCCCAAGAGTTCACAACTCCCTCGAATTCATAACTCCTTACTTCTCACTATTCTACTCTTTACCCCAACACACTCCTAAAGAAGCATATTTGAGGGAGAAAGTTGTCGAAGGTTTTTTTTAATATTACTTTCTTTTGGTAAATATTGAAAATGGTCCCTAGGTAATTCTCAATTTGGTCTCTGATCATTAAAAATTCTCAATTTTACTCTAAATGCATCTAAATTCGCAGTTAGGTTCTTTAAAAGAAATTGTTAACAAAAAAGTTCACGTGTCAACAACATATTTGGACATATTGACAAGCCATTTGAAAGAAAATAATTTTGTTGAGGAGCACGTTCGATTTTGCTAATATATGCATGTTGGATTTCATGTGTCAAGTGGCATCAACTTTTTGTTTATACTTTTCTTATGAAATGATGATTTTTTTTTAACCAGGGAAAAAATATAAATTGCTCAAAAGAATAGGAACCACTTTGTATATTTTGCCTTTTTTTTTGTCATACTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGATGCTCAAGCATTTCATTAACCCAAATGAAATATGACACTTTTTAGATACAAGAGTCACTGAACTTACAAACAAAGTTCTCCTATTGACATAAACAAAAAAAGAAAGAATAATATTGGTATGGAAGCAGGGGAAACATTGTTAGGAACATTAGTAGTATTTGTAAAGTGCATGGGAAGTTG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MAHESPSRPEGSTSGCSVVNKHIDVLRETPAYSDVEIFAYEEMKFATKNFRPDLILGEGGFGVVYKGLIDENVRPSFKMMQVAIKELNREGFQGDREWLAEVNSLGQLSHPNLVKLIGYCCEDEHRMLVYEYMASGSLEKHLFRRVGSSLSWARRMKIALHAAKGLAFLHGAETPIIYRDFKSSNILLDTDFNAKLSDFGLAKEGPMGDQTHVSTRVMGTYGYAAPEYVMTGHLTARSDVYGFGVVLLEMLIGRRVMDKTRPSREHNLVEWARPLLNHNKKFLKILDPRIEGQYSSKTAMKVANLTYQCLSQNPKGRPLMNQVVEMLEGFQNKTVQCRCASGAGDKTIQVCKWSRCAGAGFQCSGQDLKSRPDSFLVTSRSFGQDLIDTRGMEQMICTNTITSAIHGQKFFLTLLNKATTLPQLLQIQAQLILHGIHSDLSSITKLTHKFFDLGAVRHVRQLFAKVSKPDLFLFNVLIRGFSDNSLPKYSIFLYTHLRKRTNLRPDNFTYAFAISAASRLEDERIGVLLHAHSIVDGVASNLFVGSAIVDLYFKFTRAELARKVFDVMPERDTVLWNTMISGFSRNSYFEDSIRVFVDMLDVGLPFDSTTLAAVLTAVAELQEYRLGMGIQCLASKKGLNSDVYVLTGLISLYSKCGKSDKGRLLFNQIDQPDLISYNAMISGYTFNHETGSAVTLFRELLASGRGVNSSTLVGLIPVFSPFNHLQLTRLIQNLSMKIGIILQPSVSTALTTVYCRLNEVEFARQLFDESPEKSLASWNAMISGYTQNGLTESAISLFQEMMSQLSPNPVTVTSILSACAQLGALSIGKWVHGLIKSERLESNVYVSTALVDMYAKCGSIMEARQLFDLMAEKNAVTWNAMITGYGLHGHGKEALNLFNEMLQSGIPPTGVTFLSILYACSHSGLVREGNEIFHSMVNNYGFQPMSEHYACMVDILGRAGQLKNALDFIERMPLEPGPAVWGALLGACMIHKNIDIAHVASKRLFQLDPENVGYYVLLSNIYSTDGNFPKAASVRQVVKKRKLAKTPGCTLIEIGDQQYVFTSGDQSHPQAAAIFAMLEKLTGKMREAGYQSETVTTALHDVEDEEKELMVNVHSEKLAIAFGLISTEPGTEIRIIKNLRVCLDCHTATKFISKITERVIVVRDANRFHHFKNGICSCGDYW Homology
BLAST of HG10006140 vs. NCBI nr
Match: XP_038889951.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038889952.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038889953.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038889954.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038889955.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038889956.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038889957.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1492.2 bits (3862), Expect = 0.0e+00 Identity = 749/789 (94.93%), Postives = 769/789 (97.47%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. NCBI nr
Match: XP_038889958.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X2 [Benincasa hispida] >XP_038889959.1 pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700-like isoform X2 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1490.3 bits (3857), Expect = 0.0e+00 Identity = 748/788 (94.92%), Postives = 768/788 (97.46%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. NCBI nr
Match: XP_016902152.1 (PREDICTED: pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700 [Cucumis melo] >KAA0047626.1 pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK08282.1 pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1480.3 bits (3831), Expect = 0.0e+00 Identity = 743/788 (94.29%), Postives = 762/788 (96.70%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. NCBI nr
Match: XP_004152852.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1469.9 bits (3804), Expect = 0.0e+00 Identity = 738/788 (93.65%), Postives = 759/788 (96.32%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. NCBI nr
Match: XP_022925824.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1449.1 bits (3750), Expect = 0.0e+00 Identity = 719/788 (91.24%), Postives = 759/788 (96.32%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9SUH6 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=DYW9 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 1006.9 bits (2602), Expect = 1.9e-292 Identity = 502/787 (63.79%), Postives = 612/787 (77.76%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q3E6Q1 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H40 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 606.7 bits (1563), Expect = 5.7e-172 Identity = 308/770 (40.00%), Postives = 476/770 (61.82%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O81767 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EMB2758 PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 556.2 bits (1432), Expect = 8.8e-157 Identity = 296/774 (38.24%), Postives = 457/774 (59.04%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O82380 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H33 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 531.6 bits (1368), Expect = 2.3e-149 Identity = 267/776 (34.41%), Postives = 436/776 (56.19%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q7Y211 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PCMP-H81 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 530.8 bits (1366), Expect = 4.0e-149 Identity = 296/780 (37.95%), Postives = 451/780 (57.82%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7U078 (Pentatricopeptide repeat-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold648G00560 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1480.3 bits (3831), Expect = 0.0e+00 Identity = 743/788 (94.29%), Postives = 762/788 (96.70%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4E1Q1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103492100 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1480.3 bits (3831), Expect = 0.0e+00 Identity = 743/788 (94.29%), Postives = 762/788 (96.70%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EDA0 (pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111433113 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1449.1 bits (3750), Expect = 0.0e+00 Identity = 719/788 (91.24%), Postives = 759/788 (96.32%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IEL0 (pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111471980 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1448.3 bits (3748), Expect = 0.0e+00 Identity = 719/788 (91.24%), Postives = 758/788 (96.19%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0LMK7 (DYW_deaminase domain-containing protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_2G070330 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1446.0 bits (3742), Expect = 0.0e+00 Identity = 726/773 (93.92%), Postives = 746/773 (96.51%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. TAIR 10
Match: AT4G30700.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein ) HSP 1 Score: 1006.9 bits (2602), Expect = 1.3e-293 Identity = 502/787 (63.79%), Postives = 612/787 (77.76%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. TAIR 10
Match: AT1G11290.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein ) HSP 1 Score: 606.7 bits (1563), Expect = 4.0e-173 Identity = 308/770 (40.00%), Postives = 476/770 (61.82%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. TAIR 10
Match: AT4G33990.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 556.2 bits (1432), Expect = 6.3e-158 Identity = 296/774 (38.24%), Postives = 457/774 (59.04%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. TAIR 10
Match: AT2G29760.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 531.6 bits (1368), Expect = 1.7e-150 Identity = 267/776 (34.41%), Postives = 436/776 (56.19%), Query Frame = 0
BLAST of HG10006140 vs. TAIR 10
Match: AT3G57430.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 530.8 bits (1366), Expect = 2.8e-150 Identity = 296/780 (37.95%), Postives = 451/780 (57.82%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1
Date Performed: 2022-08-01
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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