Cucsat.G8864 (gene) Cucumber (B10) v3

Overview


Name	Cucsat.G8864
Type	gene
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv B10 (Cucumber (B10) v3)
Description	Unknown protein
Location	ctg1635: 736756 .. 743941 (-)
RNA-Seq Expression	Cucsat.G8864
Synteny	Cucsat.G8864

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

GCTTTATTATGTTCATTAAGAATCTTCAATTTCACTAACTTTACTTTTAATTCTCTAATTTCAGTTTTAATTTCAATAGTTTTCTTGATCTTCTTGAAGTTTTATTTATTTATTTATTTTTCTATGTATGGATTTGGGGTTGGTGTATTTTTTAGGTGTCAAATGCAAATTATCTATGTGAGTCTGTAATTGGTTCATTTTATATACATTTGGACTATTTTCAACTCTAGTAAACAATGCACTCTATTGGGAAACTTATTGGAAAAAATCTATAGAAACTTTTTAGGTTGTTAATCAAAGTGAATGTCATGAACCATTTACTTCTTGCGTATTTTATAGGTTTTTTTTTAAAGTTTTGATAGTTAAAGAGGCACTTAGATACTTCTTAGGTACTTTTTAAGTTGGTTTGAGGGTGAAATTGTTGTTGAAGTAATTTTGAGACTTGAAATGCTACTTTCACAAAAGCCCATGGGATGCTCGAATCCGAAGCAGCCACCTAGCAAATCCCTATCCCAAGTTGGAGTTCCCAAATCCAACCCTAGCCTGCCCGATTTCCTTCCATTCTTTTCCTCTATGTAGATCTTCCTACAGTTTCCCAGATTTTTATGAGGATCTATATTGTTCATCGTTAATGCCTTCACAATCTATTGGATGTGGCAGAAACCTTAAACCTGGTTCTTTGGTGAAGAGATCCTTTGTAATAACGGATGATTTCAGCTTTAGTTGAGATGTTAACCTTTATTACTTATTAGGACACTATTTTTGGTTTGTTTACCAGTAATTTTTTTTTAAAATTTTGTTCACGGTTTAGTTTGTTTAAATTTCTTTTTGCTGTGTGATTTATCACAGCCAGCATAGCTCTTGATGGATCCGCCGGCCCATAATACTTCATTGCAGCGCCTCCAAAATGTGGAGAAGGTTGGAATTACTTTCAATATCACAAACGTTTTGTTTCTAGTTCTTTGCATGGTCTTTATTGCAGCACCATGTTGATATAATTTTTTGGCCAACTTTTGTGTTTCATTCCTGCAGAGAATTGTGAGGGTTTTAGAACTAGCAGGAGGAGTCATGGAAGAGCTTGCCAACCCTGCTGGTCCAAGAAAGGAATTTGTCAACAATCATTGCAGTGAGTTCATGCAATTCATCAAGGTGAGCCTTCTGTTCAGATAGGTTTATTGCCTCGCGTTGGGCGTCTGTGTTTAATGACGTTTGTACTTATTCACTGGGTTTTTTTCTTAAGCCTTTTATTTCTCAATAGGTTAGGATCTGTTCGGTTCCTTCTGTGCTGTCATGTTTGTATGTCAAACAGTTTTTCTGTTGCAATTGTTTATTTTTATTATTTTGGTTGACCCTACTTTCTTTCATCTTGTTCTCTCCATGAAAGTTCGGTTCCTTCAGGGTAGTCACTTTTGTATGTAAATTTGAAAGTTTAGGTTCTTCGATTCAATGATCCTTCGTCTTCTTTCTATTTTTCCCAAAGAAGTGTTCCATCATGGGTGAAGGGATTCCAAATTTTGGGCTCCCAAGCCATCTAAGGGTTTCTCTTGTAACACTTTTTTTTTCATGTATTCTTTGCTCCCTTCCTCTCTGTTTGGGTGCGTTTGCATTCTCCTCTCTTTGGCCAGCTAAAACTTCTAATGATGTTGAAGTCTTTGTTTGACAAGTTCTTGATGGGAAAGTAAACACACAAGATCTTCTACAAAGACATTATCATTCACTCAATTGCAATAGTATATTTTTTGTTGTAAGGAGGATGAGCATGAATATTTTTTAGTCTTTTTATTTTGTGTGTGTCCAGTCTAGCTTACACACATACCGACTAATCTTGCAAGACAACTTGTCTAACCCTACAGTATTTGGATAGAGGAACAATAGGATTTCTGGAAGGTCTTGTGGAGTGTAGTTGGGGTATCTTTTTGCTACACCCCAACTAAACGTGTAGGATATTAAAACTTCAGTAGGCGACTACCATGGATTGAACCTATAGTCTCTTAGTCTTAGAAGCATCTTATGGCATAGTTGTTTTTGTTCATTTTGTGGGAATTCAGATAGAGGAACAATAGGATTTTTAGAGGGTCTAAAAGATCTGGAGATGATCCCTGTTTGGGTGTTTGTTCGCTTTAATTCCTCATTATGGGTGTTTGATATTCGAGCTTTTTGTAATCGCCAACATCATTTCATTCTTTTTGATTGGAATCCTTTCTTGTATTTGTGCTGAGGCTGTTTTCTTTTTTATTTGTTTTTGTGGTATGCCCTTTACCTCCATTCCTCTCAATAAAAGCTTGGTTTCTTATGTAAAAAAGAAAAAAGAAAATTTTATGGCAAGGCTTCATTGTATAATTGCATTATTCTAACAATTCAAGCATGTAATAGATTTTCTTTTTCATGGTAACTTCACCGGAAATTATCATGGAAAGCTTACATTCAAGCAACTAATTTATAGAAATTTGAACTCTGATTAATTGTCATATTTAAAGAATGTTATTATAATAAATTTCATCCTATCAAAAGTTCAGAATCAGAGGAATCTAACAAAGGAGGAAGAGTGGAGGAGTAAGGTAGGTCTGCTCTCTCCTCTCTCCTCTCTCCTCTTTCTACTGGCTTATCCTTTGATTTTCTGTACCTTTCTGTGATTTCTCCGACATCTTCTTCAATCCTTGGCTTCACTTTTAGTCTTCTCTGGGGTTTCTTCAACTTAGTTCTTGCTCATGGAAGTAGCAAGTTGCAAAATACTAAATATGCACTTTTGCGTTTGGCTGGATAACGGCCACTTTCACGTGGAGGACGTGGAAGCTCAACGATCCCTATTCATCCCAGAAGCCCATCTGAATTGGTTCCTTGTAGCGATAGCAGAGTTAGTCCGAGGCTTGAAGGATCGGTTCTTTCTGAAATTTGGGGAGTTAGACCGTGGGAGAACGAAGATCTTAAATTTCAGATTTGAAATTGGCGGGGTTTTATGTTGCGATTTTTGGCCGGCTTCAGGTGGGCGTTCAACCATCAAGGTTTCTTCAAAGGAAGACAAAGAGGGGTGGTCGTCCTTCCTCTAGATGTGGGAACAGTTTATCAAACTTGGAGAATAAGAAATGGTTCTCAAGTCATCGGCTTCCAACTCAACTCCCTTCGCAGTTCCAGAGATTGTCTAATGCTGATGGAGTTAAGACCGGATTTTTTTTAGCTAATGAGCAGAAGTTAGGAAACCCAAGCCATAACAAAGGTAAGCTTGAATCCTTACAGCCTCCCATGTTTTGAAGTCAGGAATTCAAAACCCCTTGACCTTTGTTTGAGCACTAGCAAAACAGAGCGTTCACTGGGGTCATTTGCATTTCTACCACTCAAGTAGCTGACGTCTCCTTATTGGGTGCACAAGAATGAAGAGGTTATTGAGGAAGATTTTAGCACTATGTGGATCATTTCCAGGCTCTTCGTATATAATGATTGGGGAAGGATATTGCCAAAACTCTGGAGGCTCACTTTCAAGACAAAATCAGCATCAATCCTTTGTATGCTGATAAGGCATTAATCCGCCTCTCTCGAAGGAATTTGGAAGATTTGGTTGAGACTCCTAGTAAATGCCAGCATATTGGAATCTTCCATCTTTTAGTCAAAAAATGGAACAAGTTCAAACATGGCAGGCCATTTATTCGAGGATTTGGAGGGTGGTTGTTCATCAACAACTTACTGTTAGATTATTGGAAAAATGATGTCTGTCTTTGTTGCAATTAGGAATTATTTCGGTGGCCTTGAGAGCATATCCTTGGATACATTGAATATGGTTGATGTGTCTAAAGATAAAATTAAGGTGAGAAAATCTCTGTGGTTTTTTACCAACAATGATAATAGTAGGATGCTTTTTTTGGAAAATTTTATCTCAACTTTGGAGATATTGAAATTATTGAAGAGCCCTCAGCCGTTCAAGATGCCCTCTTTATTAAGTATTTCTCAAATCCGATAGACTTAGCAAGAATTGTTCTTGTCTTAAAAGATGAAGGCTAGATTTGAATGTTTCTAACCAGGAATGAGATCTTCTCAATTTTTCTCTTTCAAAGCCAAGCTTCTCAAGGAACCCATGCGTTGACTTCAATAGTAATCTCGACCAAGCTTTACCGGTCAGGGCTCCTTGCTCATTTTGTCGCAATCTTCCTCCCATTGCAGTAAATTTGGTTAATCAATTCAAACTAAGAGGGAACAAGAGAGAAAAATGTGACTGAATCCCTTGCTTTGCCCAATAAGAATCAATGCGGCCACACAACAACCAAGCAATTAAACTCCTCTCAAATTAATTCGGCTGACATCTTTTTAAATAAAGGACAGATGGCACCTCTCACACGTCAGACACTAATAACCTGCAAAATTTTCGGCAGCTGCTCACTAGGCCATAAGAACTTTTAGTTCCCTCAACGGCTGCTCTAGAACCCTTAAAAATACCTTCAAACTAAGCTCATTTCAACTCATCTTTAGGTTCTCTCTCATCTTCTTCTCTCCAACATTCCTCAGCAAAGTCAGGCCCAAGAGCAAAATAAAAAAAGAAAGAAACATTACAAAATCTTCCCACATTACCTCAAGCCATTCCCAAATTTTTTCATTGAAAGAAAAAATCTAAGAGGTCTTAGGCTAAACAATCCTTAAAAGCCAAGATAATAGGAGATCAAGCTCTTGATTTGATAAAAACAATCCGCGCCCACTCTCATTCCTTAGTCCAATCCAGCATATCCAAGTTTTTAGAGGCTAATCCAGACTTGTTTGAATGTTAGTTGTACCCAGATTCTAGCTCCAACTCGTCCTACTAATTGAATTGGTCATGACTCTCACCCTACACAGTTTAAGTACTTAGAGCTCTATTTGCCCAACTTGAAGGTAAAACTTTTTAGGGGCTCTTTGAGCAAAACCCCTATCAATCCCTCTAGAAAGAAGGGTGAGTCTTCCTTTGACTCCCCTTTCAACGTTAGCAATGAGAAATTCGAGTTTTATGCTAAGTAAGTCATCCGAGCTTGAGAGGCAGA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Coding sequence (CDS)

ATGGATCCGCCGGCCCATAATACTTCATTGCAGCGCCTCCAAAATGTGGAGAAGAGAATTGTGAGGGTTTTAGAACTAGCAGGAGGAGTCATGGAAGAGCTTGCCAACCCTGCTGGTCCAAGAAAGGAATTTGTCAACAATCATTGCAGTGAGTTCATGCAATTCATCAAGGATATCCAAGTTACATTGCGGGATGAAATCAAAAGTGCATGTGAATATCGTCCATTTGAGAAATGTGATTATAGTTCAAGGATTACTAACGAACTTTGCTGCAAGAAACTGGAATATATGGTTTCGAAGTTGGATGGAATGAAACAAACTATTGATGATTATCAAGTGAAAATAGAAGATTCTTGA

Protein sequence

MDPPAHNTSLQRLQNVEKRIVRVLELAGGVMEELANPAGPRKEFVNNHCSEFMQFIKDIQVTLRDEIKSACEYRPFEKCDYSSRITNELCCKKLEYMVSKLDGMKQTIDDYQVKIEDS

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Cucsat.G8864 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Cucsat.G8864 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Cucsat.G8864 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (B10) v3
Date Performed: 2021-10-25


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	GENE3D	1.10.287.3490		coord: 7..75 e-value: 1.1E-6 score: 31.0
None	No IPR available	PANTHER	PTHR22890:SF2	MEDIATOR OF RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION SUBUNIT 11	coord: 1..114
IPR019404	Mediator complex, subunit Med11	PFAM	PF10280	Med11	coord: 8..102 e-value: 1.1E-13 score: 51.8
IPR019404	Mediator complex, subunit Med11	PANTHER	PTHR22890	UNCHARACTERIZED	coord: 1..114

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Cucsat.G8864.T3	Cucsat.G8864.T3	mRNA
Cucsat.G8864.T2	Cucsat.G8864.T2	mRNA
Cucsat.G8864.T1	Cucsat.G8864.T1	mRNA
Cucsat.G8864.T6	Cucsat.G8864.T6	mRNA
Cucsat.G8864.T8	Cucsat.G8864.T8	mRNA
Cucsat.G8864.T7	Cucsat.G8864.T7	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0006357	regulation of transcription by RNA polymerase II
cellular_component	GO:0016592	mediator complex
cellular_component	GO:0016020	membrane
molecular_function	GO:0003712	transcription coregulator activity