Csor.00g292480 (gene) Silver-seed gourd (wild; sororia) v1

Overview
NameCsor.00g292480
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. sororia (Silver-seed gourd (wild; sororia) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCsor_Chr06: 2151624 .. 2155118 (+)
RNA-Seq ExpressionCsor.00g292480
SyntenyCsor.00g292480
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDSinitialstart_codonpolypeptideintroninternalterminalstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAACACTCTCGTCGCCGAGATTTTCGTCGTCTTCTTGTCTGGTGCTTCTCTTCTCTTCTTCCTGAGGACACAACTTTCATCTGCTTCCCATGTTCATGGATTGTCTGCATTTTACAAGGTCTGTGTTAAGTTATTCTTGTCTGCTTATTGTGTCTTTAACTTGGTTAACCTGCACTTCATTTTCTAGATTTAGAAATTCTTGTGACAATGGGAATAAATGATCTCTCCTTTATTATCATCTCTCTCTTTCTCTCCATTCTTTTGTTTCCTTTATTGGTCTTAGTTTTGATAAAATTAATAGAATTGAGCAGCTGGTGACATGAACTTGACTTTTGAGTCTCCGAGGCTATAATGGTAGAAAAGTGTTTCTTAGGCAAAGGAACTTGCAGAGTGAAGTTGGGTATCACTTAGAATGGTTCCGAGCATATTTCCACTAAGAAAATAAGAGAGTGCTTTACCGAGTGGGAATGCAGAGTACTCAATGTGCAATTTCACAAGGTCGGTCCTCCCATATGGTTGTATCTCATCAAAGAATGATAAGAAGCTGCTTGTTGACATTAGGAAAAAGCGCTATCAGTCTCAATAGAGTCAACCCGTACTAATTAGGTTGTGGTTGGATTGGCTGCAAGCGGAACATAGGCGCTTTAGGTGTGAAATTAGTAATTGTAGTTTCATAAAAGTAGAATTAACAATAATTGGGCAAACAAAAAGGATTTTCGACAAAATGCTCCTACCCCACCATGCCTGTCCCTAAGTGGTACGTGTGTAAGTCTCTTCTAAGTTTTTTAATGTTATTAAAAAAAAAAACATTATAATCTTTACAAAGGTTTAATAAGTTCATTATTTTTTTAGTTTTTTTTAAGTGTATTAAGCCTTCAAATTTAAAAATTAAATTCAAATGCTTCACAAACGTATATTTTAAATAATAATTATTATGAAATAGTTTTAACAATAATTATTATGAATTAGTTTTTAAAGGAATTTATTCCTTCAAATAAATTATGAGTAGAAATTTTGCTGAATGACAGAGATTCTCTGCCTTCGGAAAAGTGGAAGGATGCATTGATTCCTTCGTTGAAATGTTTCCTTCCATCATCTGTCACTTAATCATTATAATATTAATAATAATAATTATTATTATTATATTTTGTAAAATTAAATTCACTGAAATAAATTGAATAAATTAAACAATAATATCATATGCAAAATACAAAATACAAAAGGGATGTAATTATATTTATCAAGTCCTAGAAAAACCAACCATATTTTAAAATTTTAAGGATTATAAAAGTTATTATTTAATTTAACTATCATCCGTATTTTAGTATGATAAATATATTTTACGTACAAACATATTTTAGTATTATTATAGCAAGATATTTGTGAATGTCGCTAATAAATTAATTTGAGTTGACTTTAGCTACCACATAATACTGTTCATTAAATCGTTTTAGGAAGGTATTTATGGGTCCCACAAATCAATTTATGCAGAAAAATAATTATTATTTTAAAGGGTTTTGAAGGCCAACTACTTTGGTTTTTGGGGGACACATAGACTTTTTAATTTTCAGTGTCCTATCTTATCCAAACTACATGGGACACATTTCCAACAATATCATATAAATCAAATCATATTTATTTGCTTATATATATATATATAAATAAATAAAACTATTTAATGTATAAATTATAGCAGTACAAAATCTTATACTCATTATATATTTAAGTATTTAATTAATTTGGATCTTATACTCATTATATATTTATGTATTTAATTAATTTGGTTAGTATAGAAAAATATCTAGTTTGGACGTTTTAATTAAATCTATTTTTTTAAAAAAATTAAACAAATGAAATAGCACCTATTTTATTTGACAACATAAAAATATCTGTCATTACTTTATTGTGAAAGACCTTTTTAATTCAATAATTATAGAGATGAAGATTAAATTATGGATATTTAAAACAATTAGTAATTTATCCACCACCGTGCTAGAACTAGCCAGTTTTCCAGTTCCCAATGAACCAAAAAGAATTTATATTTGTTAATTTAATTTAAAATTTTGGGATTGTGTACAAAAATTTGAATTTTCTGGGATGAGACAAGAGGGGTCTGGCCAATGGCAGGTTCAAACAATAAAGGCGGCCGGTGCAGTGTCTTTTGTTCTTAAATTACGTGTCAACCTTGAACCAAAGCAGCACATAGTTTCCGGTGATCTGTAGGGTCAAGTTATCAAATCTTCAAAACCAATATGAATAATAAAAGGCCAAAAGATGGAAAGCTTTGAAGATTCCCTTGGGGTCAAGACTAACGGAGGCATTGACTGACGGAATCGCACCGTTTGCTAATGCAGTTAGTTTGTTTGCTTGCCGTATGCATCAGGTGAGCGTTAAATCCCCCACCGTCATCCTCTCGGTTTTCGTTAGCTCACGTGTTTGTTCCCAAACCCGACACTTAACGCGCCGTGGTAGTTAGTTATACCCTATTTTCAATTTGGCCCTTCCGTGGTTGCTTCTATCTTACTCCACATCCCCATTATCATCCTACACCAATAAATAAATAAATAAATAAAAAAGAATTATTAAGCCCAAAAAAGAAATAAATAAAAAGAAATATTCTATCGAAATCTGTTTCTATGTCTAGGCTTCCTGTTGCAATAAAAAAGAATATATATTATATAATAAAGTGATCGAGAGATAAAATAATGACTTGAAAATTATTAAAATATTTAATTTAAAAAATTTTATATCAGAATTGTAAGGACGTAACATATTAAACATGCATGATGATCTTCGTGCAAGCAAAAGAAACTATGTACAGCTCCTGATAAGGTACTGAGACATAAGAAGGTGAGAATGGGCAAGAAGAAAATAAGTAATCACCTGATCAAAGAGCTCTGCAAATATATAAAACCCACCATCTTTTTGTTTGGTTTTTCCTTTCAATTCTCCCCTTACAGAGATAAAGGGAGTGAAGGGTTGAAGGAAGATAAGGATTTCTTGGCTTTCCGGTGAGTAGTAACAACTCAGATCTGGCCGACACTGACTCAGTCCTCCGGTAACTATTCGCCTGAAAGTATGGTGATTTTTCAGTTTAATTAATTTAGTAATGGAAGGGAAAGGGAAAATTATTGTGGTTTGTTGGGATTTCTTTTTTTCCTTTCGTCTTGCCCTTCAATTCCAATGATCATTGAAGCTGTGAACTGGACCTTTCTCTCTCTCACTCTTCTTTTTCTCTCTCTACTTTCATTTTCTTTCCCCCATTTTTGAAAGCTGGGTGTTTGCTGCCATGAAAGAGCAGAAGTTTTGTAGAAGGGAGATCTTTAATTCAGATGGGCTCTTAATCGTTAAGTCTAATTTTGTACTGTATTTCAGCTACGATCTGTTTGAGCTGGAACATAAAACTGGCTTTTTGGGTTTCTCGGTGCTAAGAGACACCATGAAATTTCTAAACTTATCGCGTTTTCTCACAGTGAACGAAGAATTACGTTAA

mRNA sequence

ATGAACACTCTCGTCGCCGAGATTTTCGTCGTCTTCTTGTCTGGTGCTTCTCTTCTCTTCTTCCTGAGGACACAACTTTCATCTGCTTCCCATGTTCATGGATTGTCTGCATTTTACAAGGCCAAAAGATGGAAAGCTTTGAAGATTCCCTTGGGGTCAAGACTAACGGAGGCATTGACTGACGGAATCGCACCGTTTGCTAATGCAGTTAGTTTGTTTGCTTGCCGTATGCATCAGATCTGGCCGACACTGACTCAGTCCTCCGTGAACGAAGAATTACGTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGAACACTCTCGTCGCCGAGATTTTCGTCGTCTTCTTGTCTGGTGCTTCTCTTCTCTTCTTCCTGAGGACACAACTTTCATCTGCTTCCCATGTTCATGGATTGTCTGCATTTTACAAGGCCAAAAGATGGAAAGCTTTGAAGATTCCCTTGGGGTCAAGACTAACGGAGGCATTGACTGACGGAATCGCACCGTTTGCTAATGCAGTTAGTTTGTTTGCTTGCCGTATGCATCAGATCTGGCCGACACTGACTCAGTCCTCCGTGAACGAAGAATTACGTTAA

Protein sequence

MNTLVAEIFVVFLSGASLLFFLRTQLSSASHVHGLSAFYKAKRWKALKIPLGSRLTEALTDGIAPFANAVSLFACRMHQIWPTLTQSSVNEELR
Homology
[Close]
BLAST of Csor.00g292480 vs. NCBI nr
Match: KAG6596539.1 (hypothetical protein SDJN03_09719, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 183 bits (465), Expect = 3.38e-58
Identity = 94/94 (100.00%), Postives = 94/94 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNTLVAEIFVVFLSGASLLFFLRTQLSSASHVHGLSAFYKAKRWKALKIPLGSRLTEALT 60
          MNTLVAEIFVVFLSGASLLFFLRTQLSSASHVHGLSAFYKAKRWKALKIPLGSRLTEALT
Sbjct: 1  MNTLVAEIFVVFLSGASLLFFLRTQLSSASHVHGLSAFYKAKRWKALKIPLGSRLTEALT 60

Query: 61 DGIAPFANAVSLFACRMHQIWPTLTQSSVNEELR 94
          DGIAPFANAVSLFACRMHQIWPTLTQSSVNEELR
Sbjct: 61 DGIAPFANAVSLFACRMHQIWPTLTQSSVNEELR 94

[Close]
BLAST of Csor.00g292480 vs. NCBI nr
Match: KAG7028072.1 (hypothetical protein SDJN02_09252, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 75.5 bits (184), Expect = 8.27e-16
Identity = 40/40 (100.00%), Postives = 40/40 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MNTLVAEIFVVFLSGASLLFFLRTQLSSASHVHGLSAFYK 40
          MNTLVAEIFVVFLSGASLLFFLRTQLSSASHVHGLSAFYK
Sbjct: 1  MNTLVAEIFVVFLSGASLLFFLRTQLSSASHVHGLSAFYK 40

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Csor.00g292480 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Csor.00g292480 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6596539.13.38e-58100.00hypothetical protein SDJN03_09719, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
KAG7028072.18.27e-16100.00hypothetical protein SDJN02_09252, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
BLAST of Csor.00g292480 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Csor.00g292480 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Csor.00g292480.m01Csor.00g292480.m01mRNA