Csor.00g220970 (gene) Silver-seed gourd (wild; sororia) v1

Overview
NameCsor.00g220970
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. sororia (Silver-seed gourd (wild; sororia) v1)
Descriptionnucleotide binding
LocationCsor_Chr02: 8770005 .. 8774889 (-)
RNA-Seq ExpressionCsor.00g220970
SyntenyCsor.00g220970
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSinitialstart_codonintroninternalterminalstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGATGTTTTTATTCCCGAAGATTACGTCAATCGCCGTCGCATCGAGAAACAAGCCGCCGCTAAGGAGAGGCGGCCGGAGCCCATCAAAGGACGCGCCCTCCGGCCAACTTCCGAGAAGGAGAAGTCTGTCGACGCTGGAAAAACGGGATTCCGGTTGAGTCACACCGGCTCAGACAACGTGGTTTACACTTGCTTCTCTGCCTGAGATTCAATTTCAAATTTTCCCTTAAAAATAGGGTTTAGTTTAAGATTAATTTATTGGTACCGTTAACAAAAGTCGAATTTAGAAAATATTTATATATTTTATTTGCTAATGCTAATTGTTATCCGTCTAAATTTATATTTAAAATATATATTACTTATGAGTTGCAATAATTTCAGACTGAGTTCTGATTTCAGATTTCAAAATTTTAAAATTAAAAAATATATATATTTTACTACCAAATAGTTGAGCTTTGGGCCCATTAGATACATTGCTGACCCAATTCCTATTAATTGGGCTTCTCGGAAATTACGCCTACTCATTTTTAGATTTGATGCATATTTCTGACCATTATGCCCCTTATTATTTTCTTTCTTAACTTGCCTATTATAATAAGTTTATGTTTTCATTTTAATTTGAAAAATTATATATATATATATTTTCTTAGGATATGGAACGGATATAAGACATAACCTTAGTAGGATCATATCAAGCAAGGAAGGACCTTGCATGCAATCACAAAAACATGTTAGGAGTAACTTTACATATGGATTCATATGGTTATGATGCGGTATTAAAAGAATAAGGATTATCCAAGCTAAGAATAAATTTATTCGTGAGATTAAAAGAGTAAATGAATAAATGATTGTTCGAGAGAAAATGGTTCGGAAGTCATTTTGGATAAAGTGGAGAAACTAAGAATATGATACCATTGAGACACATACAAAGGTGTAGATTTATCATAATTCAAAGAAAAAAGAAACTTTAAATAAAAAAGCAAATTCTTGGGGTCCGACCACCTTCACGTGATCACCTTCTCTTGTCTCTCAATTTCTCAAAAATAATATATATATATATATATAATATTATTTTTCCAATCTTAAATGATTTATGGGTTGAAGAAGAAATTTAGCACTTTATGAGATTTTAGATGATGGATTTGCCACATGGTGTGGAAATATAGGATTAAAAGCACACAATCTTACCAAACACTTCAACAATGCCCCACTTGCACATCCCAATCACAAACAAAAATGGTTTCCGATTAAGTTGTTAAGCTATATTATAAAAATCTCATAAAATTTAAATATCAAATATTTATGAGTTAGAGTGCGATATACTTAACTTTTTTATAATAGAGTAGTATTGGGTTAGACGGTAACCCAATTAAAAAAACATCTAACTCACACACTAATCGAATTTTCAATTTTTTAAAAATTCAACCAAAATTAATTTATATGGCTGAAAATTAGACCAAAAAAACATGCCACCGTGGAAGGGTTAGTAGTACGAGACAAAAGCTTCCAAAAACTTAGGATAATTGGGGTGGGGGGATAAATTGGACAAAAATATAAATTGAAAAAAAAATCCCTTTTGTGATCTTTTTGCTTGGAGAAGCTATACCATAATCATGGACAATTAGTAACACATTCAACCGAAAAATCTCATATTGTCACGTTACACAGAAAGAAATAAATAAAGTACACATTCATTATTTCAATGACAAATCATAGTCATGTGACAAAAATAAAGTTAAAAGTTTATATTTTTTTCTAAAAAGAATCAAAATCAAAGTATACGTAATTTTTGCTTGTGGATGAATTCTATTAATGGTTAAATCAATTAAGAAATGTATGGTGACACTCAATAAATGAAGAGTTTAATAATAAACAGGCCACATTTTAATGAGAGTAATCCTATCGATTGGATGACTGAGAAAGATATTAAGATGGTAATTAGACACTGGTTAAAAATGAATTATTTTTGGAAGCAAAAACGTTAATTAATTTATTTTAATTTATATAATATATTAGGTTTTTAGTGAGTGGAGGGATAATTTTATAATGGAGAATTATTGAAAGAGGCCCACTGAAAAGAAAATGGACCATAGGCATCAAAAACAGCCTTTTTTCTGAGTTACCCTCTTCTTTACACTTCCTTCAACATTCAACGTGGAAAAACAATTACCTATTAAGATGACATTATCACATGCAATAGTCTTACCAATATTTGTTACAATTTAATTAACATGACATTTTCACATCCAATAATTTTAATAACATTTATTAATCACCCATCCAAAATTTTAGACCATACTTTTTAAACTTAAATAAATATTTTAATTAATTGAATTAATATTAAACAGGTTGAAACAAACCTAAATTAATGAACCATAAATGATTCTTCTAAAAATTGGACGAATAAAACAAGGACAAGAAATACTTAATGATAACATTTTATAATTGGGATTATATTTTGCAAAATTTCACCATTTTTAAAATTATATTAGTGGTAAATTAGAGAAAGGAAGACAACAATTTTCCTATAGCGTGACAAAGGGGCATGTGCTTGCATTCGTATATGGTACAATTATATAGCCATAGGCTCCACTTGCTTTGCTTTTAATAATTGACATTGCTAGGTCCCTTTTCCATTAATTATTCCATTACCAAATTTGGGTCTTGCCCCCCCACGAGTAACCTTTCGCTTATTTTGGCTTTATATTTCAAGCTTAAAGAAATAAATAATTAATTATCGATAGTAAAAAAAATTATAATTAAAATAAAACATGATTTTGATTACGACGTAAATTACAAAATGAGAATAAAATCCGTGAAGAACGGATGACGTGGAGCTCTTACCGACAGGGCAAGGGTCACGTGGATTTCTCCGATTGACAATCCTGACCTCCTTACTTCACGCTCCTCTCATGACTCTCTTTAAAGTCAAATGGCTGCTTCTTTCTCTTTCCTCCACCTATTATTTTATTTATTAATATTATTTTTTATAGAACACTCCAAGAAGAACATTCCCCCAATTTCGTAAACTTAAATATTTGTGACCATTTTTTTCTCTAAATTCACTTGCTATTTTAATAAAAATTTAGTCTACCAATATAGTAGATCAATTATTAAATTAAATCTTCCAAACTCACAAATTTTTAAAATTATATTGGCAATTTTATAATTTTAGCGTAATAAATACTATTACACGTCAACGTTAGTGAGTTGGCTTAAGACTGCCAACGAGGCATGGATTACTCTTCCCCGTGAAACTAAAATTATTATTCCTAAATCGTGTGCCTGTGATTTTCATTTTCTGTATTTTGTCTTGAGTTGTAAATATGTGAAGTTGTGGGGGCAAAAGCGTAAATGACAAGGGCTTCAAATCAATTTTGTCATTTTAAAAATATCAAAAAATATTTAAAACAATTTCATTTAACGACCGTTGGAAACCGCTCCCTTACGTTACGTCCCTTCTGTCGTCGTCTAGTAAGCCAGCTTTTTATTTTTTATTTTCTTTTAAAAGAAACCCAACAACAAACAAAAATCAGAATGACCAGAATGCCCCATCTCTTTCTTTCCTATTTACATATAATATAAAAGTTACCCAGAATATCATTTATTTTTTATTTCCATAAACTTTAATATTTCTCATGCCCTTTCAGATATTTATTTTTAGTTTTAAGCTTTTTAAATTTTTTACAGAAATATACTAATTTAGTTTTGACAGTCAATTTCTATTTTTACTGCAAGTTAAATTTTTATTAATTTGGCCTTTTCTCCCTATATATTTTTTTAATTTTTAATTAAAAAATATACGTATTAAATTGGCAATACTTATACTTATAATATAAATATTTTCATATTTGTATAAAGTAACTATGTTGGGTCATAGAGTATTGTAAAGTATTAAAAAAAAAAAAACAAAAATTAAATATTCTTATTTTGGGAATATATTAACGTATATTATTTGTTTGTTTTCATAAGGTCAAGAGACAGATGAAAAAGTTGAAATTAAAGGAAGAAATATAGGGTAGCGCATGGGACAAGGAAATGAAAGTTGGCTCTCCTAATCATATCAATCCAAAAGAATCCTATGATATTTTATTATTTTATTTTGTCACTTTCATTTTTTTTTTTTCTGTAAAATAAAATAGACAGATAAATTTATTAGGGATGGGGCTAAAGGCTCCAATAAATGGTACTGGAATTCTTTTTTAAATATTATTTATTATATTAAAAAATAAAAAAAACCTAGATATTGTGACTTTTTGCGAGTATTTTATTAAATTATAATTTTGGATGGATTGGTGACAGAAGAAGCATTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAAAATTGTTGCCCAATAAAAGAAATTATGAATTGTATATTTAATAATAAAAGAGAACACCTCACCCTCAATATTTTCCTAGCTGGATGACACGTGGCATAAAAGTAAAATGTCACAGAAAAGTTTGAAATGCTCAGGGGCAGAACTGTCAGACCACCAATTATTTTTGCTATTTTACGAATCTCTCTGTGTTTTTGTTCAATTCCAAGAGAGAACAAACTTAAAATAAATGAATATAAATTTAAAAATAAAATATTTTTTTGCACTTTAATTTTTCTATCCATTTTTTTTTTCCCTCGAAAGAGGACAGTAAGAGAATCCCTCAGATCTCCCAAATTCCTCCGTGTCATGGTCATCTTCCATCTTTGTTGAGTTGCAGGTTCATTCTTAAGCTTTTCTAATGTGAAATTTCATTATAATTTATCTCCTTCTCCGATTCCCGCTGCCTTGCAGTTTTATCTACACTGTTAATCGCTTTGTTGTTGTTGCTCTTTAACGGCTCACTCTGCTGCAGAAATGAGGTTCCGGTCGCAGCTTGA

mRNA sequence

ATGGATGTTTTTATTCCCGAAGATTACGTCAATCGCCGTCGCATCGAGAAACAAGCCGCCGCTAAGGAGAGGCGGCCGGAGCCCATCAAAGGACGCGCCCTCCGGCCAACTTCCGAGAAGGAGAAGTCTGTCGACGCTGGAAAAACGGGATTCCGTAAGAGAATCCCTCAGATCTCCCAAATTCCTCCGTGTCATGGTCATCTTCCATCTTTGTTGAGTTGCAGAAATGAGGTTCCGGTCGCAGCTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGATGTTTTTATTCCCGAAGATTACGTCAATCGCCGTCGCATCGAGAAACAAGCCGCCGCTAAGGAGAGGCGGCCGGAGCCCATCAAAGGACGCGCCCTCCGGCCAACTTCCGAGAAGGAGAAGTCTGTCGACGCTGGAAAAACGGGATTCCGTAAGAGAATCCCTCAGATCTCCCAAATTCCTCCGTGTCATGGTCATCTTCCATCTTTGTTGAGTTGCAGAAATGAGGTTCCGGTCGCAGCTTGA

Protein sequence

MDVFIPEDYVNRRRIEKQAAAKERRPEPIKGRALRPTSEKEKSVDAGKTGFRKRIPQISQIPPCHGHLPSLLSCRNEVPVAA
Homology
[Close]
BLAST of Csor.00g220970 vs. NCBI nr
Match: KAG6606110.1 (hypothetical protein SDJN03_03427, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 165 bits (418), Expect = 2.12e-51
Identity = 82/82 (100.00%), Postives = 82/82 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MDVFIPEDYVNRRRIEKQAAAKERRPEPIKGRALRPTSEKEKSVDAGKTGFRKRIPQISQ 60
          MDVFIPEDYVNRRRIEKQAAAKERRPEPIKGRALRPTSEKEKSVDAGKTGFRKRIPQISQ
Sbjct: 1  MDVFIPEDYVNRRRIEKQAAAKERRPEPIKGRALRPTSEKEKSVDAGKTGFRKRIPQISQ 60

Query: 61 IPPCHGHLPSLLSCRNEVPVAA 82
          IPPCHGHLPSLLSCRNEVPVAA
Sbjct: 61 IPPCHGHLPSLLSCRNEVPVAA 82

[Close]
BLAST of Csor.00g220970 vs. TAIR 10
Match: AT1G12805.1 (nucleotide binding )

HSP 1 Score: 42.0 bits (97), Expect = 2.8e-04
Identity = 25/63 (39.68%), Postives = 37/63 (58.73%), Query Frame = 0 

Query: 1  MDVFIPEDYVNRRRIEKQAAAKERRPEPIKGRALRPTSEKEKSVDAGKTGFRKRIPQISQ 60
          MDVFI E+Y+NRRR+EK+AA        + G+++R  S   K+ +      R   P+IS+
Sbjct: 1  MDVFISEEYINRRRLEKKAAT-------VAGKSMRFGSASSKTPEK-----RNSYPRISE 51

Query: 61 IPP 64
           PP
Sbjct: 61 SPP 51

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Csor.00g220970 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Csor.00g220970 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6606110.12.12e-51100.00hypothetical protein SDJN03_03427, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of Csor.00g220970 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Csor.00g220970 vs. TAIR 10
Match NameE-valueIdentityDescription
AT1G12805.12.8e-0439.68nucleotide binding [more]
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Silver-seed gourd (sororia) v1
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 16..49
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 16..53

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Csor.00g220970.m01Csor.00g220970.m01mRNA