Csor.00g160220 (gene) Silver-seed gourd (wild; sororia) v1

Overview
NameCsor.00g160220
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. sororia (Silver-seed gourd (wild; sororia) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCsor_Chr13: 8764727 .. 8767539 (+)
RNA-Seq ExpressionCsor.00g160220
SyntenyCsor.00g160220
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDSinitialstart_codonpolypeptideintronterminalstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGCTCCCTCAATTTCATCCGACGTGTCGTCACTGTCTATCTTCGTTGACAATTTTACCGGCAACCGGGTTTATTGGGATTGTCGGTATGTTTTGTACTGCCATCTTTCAGCGGTTTGGTTAACAAACTATTTGTCCTTTTGTTTCGATTTAAAGTGCTTTAATTAAATTTCCCACAAGCTTCCTACGTCACTCCACTGTCCTATTCCAATTACCTCTCGATTTATGGATAAAATTTATTATTACCACATATATTTTCCAATGTGAAAGAATGGACTTTAGGGGGTTTTTATTTTAAATTATAATATAGTCTTTAACAATGTTTTAAAAAATTACAACATCATTAACTTAAATAATATAATTACCTTATAGACTTTTATATTTTAAAAAAAAGAATATATATATATATTAAATTTTAATTTATATTAAATGAGGGGCAGACATGAGATGGAAACAGGATATACAATCTCATGTCCGTCTCTATTTATCAAGTAAAGAAAAAAAAAACGTTGATCACTCCCTTCGCGATTTTGTCTAAATAGAGAATCCGCATCTCATTCATGGTGGGTTCCCACAGTATCCGACACATCTCTAATAATATACGTGTCATTTTTTAAATATTTAAATTTATTACTTTGCTAACTACCTTCACTAACTGCCATACCCAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTATTTTTTCTTCCTCCACAACCATACACGAAGCTTCTTCCTCCTTTCATTCTCCTTTCACTGGAAACGAACTGATTTTGACTCATATTCTGTTCTCATTACTTCTTTTGCAAATTTAAATTTAAAGTTGTATTATTATATAATAACCAAATTTATATTTTCTTTAAAATTTTTTTTTAAATATTAATTTACCTAATTACCAATTAATGTTAGCTTAATGAACAAGTAATTAAGTCAACCTGAAAGTCCAAACAGTTAATCCAAAATTAAAGTCGGTTGCTTCCATTTAAACGCGTAAAACATCAATTAACTTCATAAATTAAGTGATTAGATAAACATTTTGTCGTCATTTCATTTTGATTAAAAAAAAATGCCTTTATTTTGGACCCATCAATTTTGGAGCAGATTCCGACATATCCGCGCTCGACCACAATATTTTCATAATAAATATACATGTAGTTTTCACTTTTTTTTTTTTCTCATTTATTATTTTAATGTTGTTACAATTAATGCATGCAATTGAATTTTCAAAACGAAAATATATATGTTCACACTGTTTCAATATATATTTAATTCCATTATAGTAATCTTTCTAATATTCACTATGAATTTTTATTTTCATTATTTATATATGAAAAATCTTAAAGGGAAAATCTTTAACCATTAAAATGTGTTAGAAATTTATTTATTGCGTCATTAAATGCGGTCACAAAAATAGGTTCATGGTTTTTTAATATATTTATTCATTGTAAAGGTTTGAATAATGAATAATGAGATTGAAAAATAACAGCAAAATTATTTGTTTAATCTAATCTTAATATTTAATTTAAGGTATGGTAGAAAGTGATTTATTATTATATATTAACAAGGCATTACCTATTAATTAATCAAATTTATTTGTTTAACCTAATCTGACCGATTGAGATGATCTGCAATACGTGTAAATTCATTAACATTTTAATATAAAATCAATATTCTTCGAGGTTGACTTGAATGGACTTAACTAATTAATATGGCCTACGTGTACTTTATTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTGGAGAATATTTTAATTACACTCTAGATACTGATTGGGTTCATATTCTTGACATCATTTAATTTTGATTAATTAAATAGTTGTATAATGCATATTTTCAATTTTTGTGAAAATTTATAAAATATGATCGAATATAGAATTAATCCAAACTAAATACACTTAACTATTCCTTTAGGATACCTTTCGGCTTTAGTTAAAACTATTCAGGTTTATACAGTAATCTTATAAAGGAAGGACTAGTTGATCGCATTTGGCACGGAACCACATACCGGGATTCTTTATTCCCTCAAGACTACTTTTACGACCTCTTATACGTGTTAGGAATCACGACTCTCCACAATGATATGATATTGTCCACTTTGAGCATAAACTCTCGTGGCTTTGTTTTGGGCTTCCCCAAAAGACTTTATACTAATGGAGATCACTTATAACCCCATCGATCCCTAAATTAGCCTATGTGGGACTCACTTTTAATAATCCTCAACAATATACAGCATATGAGGGGATCTTCACTAAAAGCTAGCTCTTTTGGTGGATGGAGAAGGTCCCTCACTCGACATGAAAACAAAGAAAGCTGCATGAGAATATCGAGTTCAGCAGTTATTGGATTCAAATTTTAAATCTTGATTCGAATCCTATAAGAAGTTGCTTTCTCACATGCTACAGTGTACTAAATTCATGCATTTATTTATATCAAATGTTCAGGTCGATTCTCGAATGAATCTAATAATTAGAAAATATTGTGAATATAAGAATGATTAAATAATCCATATAAATAAATTATACAAATACTTCCAAAGAGGTAAATCAACAAGAAAAAAAAAAAAAGGAAAAGAAAATTATGAATCTGACATCTTTAAAAAAGTTTTTATTTTTATTTTTAATAAAGAAGAAAGCTTATCCATTGAATGCATAGAATTGAATGAAGTCCGTGGTCGGCAGGGAAGGTCGTGTGCGGTGGCGGAAGCAGTGGCACATGTGTGATGGCGGAGGAAGGCCATGGCGGAACCGGTGGGCCACCGCTTCAGGATCCTGGAACAGCCACCGGGAGTAACGGTCAATTAAACGACCGTTGA

mRNA sequence

ATGCTCCCTCAATTTCATCCGACGTGTCGTCACTGTCTATCTTCGTTGACAATTTTACCGGCAACCGGGTTTATTGGGATTGTCGGGAAGGTCGTGTGCGGTGGCGGAAGCAGTGGCACATGTGTGATGGCGGAGGAAGGCCATGGCGGAACCGGTGGGCCACCGCTTCAGGATCCTGGAACAGCCACCGGGAGTAACGGTCAATTAAACGACCGTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGCTCCCTCAATTTCATCCGACGTGTCGTCACTGTCTATCTTCGTTGACAATTTTACCGGCAACCGGGTTTATTGGGATTGTCGGGAAGGTCGTGTGCGGTGGCGGAAGCAGTGGCACATGTGTGATGGCGGAGGAAGGCCATGGCGGAACCGGTGGGCCACCGCTTCAGGATCCTGGAACAGCCACCGGGAGTAACGGTCAATTAAACGACCGTTGA

Protein sequence

MLPQFHPTCRHCLSSLTILPATGFIGIVGKVVCGGGSSGTCVMAEEGHGGTGGPPLQDPGTATGSNGQLNDR
Homology
[Close]
BLAST of Csor.00g160220 vs. NCBI nr
Match: KAG6584023.1 (hypothetical protein SDJN03_19955, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 152 bits (385), Expect = 1.13e-46
Identity = 72/72 (100.00%), Postives = 72/72 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MLPQFHPTCRHCLSSLTILPATGFIGIVGKVVCGGGSSGTCVMAEEGHGGTGGPPLQDPG 60
          MLPQFHPTCRHCLSSLTILPATGFIGIVGKVVCGGGSSGTCVMAEEGHGGTGGPPLQDPG
Sbjct: 1  MLPQFHPTCRHCLSSLTILPATGFIGIVGKVVCGGGSSGTCVMAEEGHGGTGGPPLQDPG 60

Query: 61 TATGSNGQLNDR 72
          TATGSNGQLNDR
Sbjct: 61 TATGSNGQLNDR 72

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Csor.00g160220 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Csor.00g160220 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6584023.11.13e-46100.00hypothetical protein SDJN03_19955, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of Csor.00g160220 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Csor.00g160220 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Silver-seed gourd (sororia) v1
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 58..72
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 44..72

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Csor.00g160220.m01Csor.00g160220.m01mRNA