Csor.00g080250 (gene) Silver-seed gourd (wild; sororia) v1

Overview
NameCsor.00g080250
Typegene
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. sororia (Silver-seed gourd (wild; sororia) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCsor_Chr01: 4110583 .. 4114400 (+)
RNA-Seq ExpressionCsor.00g080250
SyntenyCsor.00g080250
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDSstart_codoninitialpolypeptideintroninternalterminalstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGTACACTATGGAAGCGCCAGCACCACGTGCAATAAATCGGAATCGAGTTTTGAATAATCACGTGTCAGTTGCCAACAAGCACGAAGCATCCACTTGCAACCCTCACTCCACTGTTAGCCTTATTGTCATTATTTAATCAAAATTTTAATTAAAAAAAATTAACATAAAAACTTTCAATAATTACAAAAACTAAAATTTAATTAAAAAAAATACAACGATAATGATGATATTTTAACGTATATTTTATTATATTAGTTATATAAAAATTATAAAATTTCAGGTTTAGTCGTGAAAACTCCAAAATTAAGCATGATTTGCTTGAAGTAATTCCATGTCGAGTGACCTTTAGAGAATTTTTTTTATGTTACTGTGAGTGAAGACAAAACATGCCAAAAGAATTTGTGTTGATCTATTGGGATACTCTTCACTCTTAGAATAACTCGTGTTGGTTTGATATTTTCCACTTTTAGAAGCGAGAAATAAGTAACGTGAGCATGTCGTGGATGCTCAAGCCATTAAGTGCCAAATTTGGATTTCGATTTCTGGGCGTGGTATTGGCTTTTTGGCCTTTAATCTCATGTTAATTAATTTTAATTAATTAAATGATTGATGTTCCGAGGATAACAAACATACTTTTAATTATTAATAATTTTCAGTATTTTGAATTGTATTAGAAATAACTATTTTTCAATCTCTCAAATCAGAGCTAAAACGAAGAAATTACAATCGATACAACATACCCGTCGTGATGAGGTGGCACTTAAATCAAAATGATGGACAAATCAAAGTATGACACTCATAATTTTGGAAGAGTAGGAAATGATGAAATTATTCTTATTATTATATTTACAAATAAAATTATTTTTACACTGACATCAGTTTTTATTATTACTATATTATATTATTGTATTATTATATTTTAAAATTTGGATGATTACTGTTTTTATTATTATTATATTATTATATTTATAATAAATTATGAAATTATAATTTACGGTTACTGCATAACGTTCTATTATTATTATATTATTATATTCTTAGTAAGTTTTGAATTTATCATTTGACTGCATTGAATTATTTTTATATTATATTATTATTATATTTAAAAAATTAAATAAAATTTTCTTATTTATTTACTTTTAATCACCACCTTTAATTACTCTCAATGGTTAATATTAATTCTTACCTTTTGCCCTTCTTTTTTCTATATATAAACTCATCAACTTCTCTACATTTTTAACACACAACTCCCATAAATTCTCTGATCCTCTGTGAAAAGTCTGGTTGTGCTCTATTCAAGCTTCTAATTTTATTTTGTATAATGAGAAAATAGTTGTGAGTGCTTCAAACGGTAAATCTACTCTCATTTTATTTTTATTATCTTATTTTTTTAGAGAGATTTTTTTTTACGTATAATAAGAAAATAGTTCTGAGTTCTTCCCATTGTAAATTTACTTTTTGAGAGAGTTGTGGTATGTTACTATCAAATTCAAATACTTAACTCGTAAAAAGAGCGGTGTAGCGTTTTGGCTCTGATCCATGGAAAGAGTCAAGAAAATTCTTTATTTAAATTTCTAAGAGGCGCTTGGGGAGTGGAGTAGATCAGTTTGACCAACCACTAGATGTCATATTTTATAACTCTTTCTTATTTAATTTAAAAATTATTATTGTGATTTATTGCATGTTTTAGTTGATTATTGTTTTGACTTGAATTATTTTCTTCTTGTAATTATCATCTTTTAGTTATTTGTAAAAAGTTTCATAATTAGAAAAATTAATTACGTTTAATTACTTTTATTGTTAAAACCCTATTCACCCCTCTAGAGTTGTCATACTGATCCAACACATGGGTCGTTACAAAGGACTTTCATGTGATAGTAACATAAAATTTGTTTGAAGAGAGAAGGACGTTGCTCGAAAAGGAAGAAAAAATTGCATACTAGTGTGGTGCTTGCCATAACAGTCTCGATACTCAAGTTAGCATAGAGAATTTGAACGTGAAAAAAGTTGTGAGAAGGAGGAAGAGCTAACGATTTCTAAGAGACTCTTTTCAAGATTTTTAACAAATCATGTTAAAAGATGAACCATATTGAACACTAACCCTACGAGAGAGTCGACCTTACAAGATTGAACGTAGAGGGTCAACGGACCCTCGACTTCTTGTAGATTAGGTTAAAGATTAACTAGACCAAACACAAAGAATACGAGTCAGGAGTGGATCGAGCCTACCATCGACCTGTTGCCGAGGTCAAGGATGTTTCCATTGATGGACAATTTTGTGTGGAAAGATTGGATATGAAGAATAAGGAATCCTATTCCATTTATATTCCCTCTTGCATCACTTGCTCTTATTTGTGGACAATAATATATATATATATATATATATATTCCAAATTTAATTTAAAAAAGTGTTTAATAGGCATGCAAATCAATATCCACGTCATTCGCAATTATTAAAATAAAATATCAATATCCACGTCAAGTAGATAATTGATGACTAATAACTTAAAAATTTTAAAATTAATTAATTTATACCCTATAAATTTAAATTTTATATTTAATAAAACTCTATAATTTTAATTTTTTATATTACAAAATCAACGCATAATAGATCATCCTCCTCTTTAAAAATACACTTAATTTTTTTAAAATTTTTAAAATATCCATATTAATATCACATTTTTTTAAATAATTTAAAAAATTTAAGAATTTTGGAAAATAAAAAAAATGTAATTTATGGGGAAGAAATAAGGGACGTTGCGCATAAAGAAATAATAAATAAATAAATAAATAAAGAAAAAATATTATTTAAAATAATGGGGAAAAAAACAATGAATGCCTCGAAAAGTATCTAAGTGGCCATAGGTCCACGAGTTCAATTCGAGACAGCAGGCTGGGCTCCGAGAGACAAAAGGGCAGTGGGAGGAGAGATAGAGAGAGAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCAAAGCGTAGCAGGCGGCAGCGACACCGCGGAAACCGCCCATCGCCGCTCTCTCGCCACCACTTCCTCTTTTACCAGCATCCTGCAGGTCCTCCCTCCTCTCTTACCATCTCCATTTTTATTTTTCGTTTGTAATTTCTCTTTTTCAGGCATGTGCCTCGTTTTAGTTTTCCCCCCTTTTTTATTTCTGTAAATAAACATACATGGTTATTGTTCTTGGGGGCGAAAGGAACAAAATCGTCAGATCCCGCTTGTTTTAGGGTTTCTGAGAATGTTTCGTTTTCGGTCGAGATGTCGTTAAGGTGGTGTCGGAATGAATTCAGCTCCATTTTATGTTGAGTCCCTTTGGATTCAGGTGATTCTGGACATCCCAATACAACGGGGTCTGTCTGCCTTTTGTCACCCAGTGCCCCATTTTCGTTCGCAATTTAAGAATCGTTGGTTGATCGGCGGTAGAAAAGGGTTTCTGGCTGGATGCGTAGGATTGTTTTGCAGCTTCGATTTTCTTACTTTTCTCACAGGAAAACGTTATTTTTCATTTGTTGAATGCTCTTTTTATGTACGGGAAGAAACATCTTTCAATTTTCTAAATCTTGGATTTCCCTTTTGTTCCACAGCGCGAGGAGACAGAATAATGTTGCCGCTGAGTTGAGCATAGTAGAAGGTCAGTTTCCTTTAATTATGGTAAAAGAATCTAGTGAAATGCCGTTATACCATGGACATATCTTCTTTATTCCCTCATTTCCTTTGCATGCAATGGAGTTACGTTTTAGTAATGTTGTGATATAATTTGTTAACATGAGTCCCATACCAACTTCAATGGCTTTGCAGATTTTTAG

mRNA sequence

ATGTACACTATGGAAGCGCCAGCACCACGTGCAATAAATCGGAATCGAGTTTTGAATAATCACGTGTCAGTTGCCAACAAGCACGAAGCATCCACTTGCAACCCTCACTCCACTCATCCTGCAGGTGATTCTGGACATCCCAATACAACGGGCGCGAGGAGACAGAATAATGTTGCCGCTGAGTTGAGCATAGTAGAAGATTTTTAG

Coding sequence (CDS)

ATGTACACTATGGAAGCGCCAGCACCACGTGCAATAAATCGGAATCGAGTTTTGAATAATCACGTGTCAGTTGCCAACAAGCACGAAGCATCCACTTGCAACCCTCACTCCACTCATCCTGCAGGTGATTCTGGACATCCCAATACAACGGGCGCGAGGAGACAGAATAATGTTGCCGCTGAGTTGAGCATAGTAGAAGATTTTTAG

Protein sequence

MYTMEAPAPRAINRNRVLNNHVSVANKHEASTCNPHSTHPAGDSGHPNTTGARRQNNVAAELSIVEDF
Homology
[Close]
BLAST of Csor.00g080250 vs. NCBI nr
Match: KAG6607396.1 (hypothetical protein SDJN03_00738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 140 bits (352), Expect = 9.30e-42
Identity = 68/68 (100.00%), Postives = 68/68 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MYTMEAPAPRAINRNRVLNNHVSVANKHEASTCNPHSTHPAGDSGHPNTTGARRQNNVAA 60
          MYTMEAPAPRAINRNRVLNNHVSVANKHEASTCNPHSTHPAGDSGHPNTTGARRQNNVAA
Sbjct: 1  MYTMEAPAPRAINRNRVLNNHVSVANKHEASTCNPHSTHPAGDSGHPNTTGARRQNNVAA 60

Query: 61 ELSIVEDF 68
          ELSIVEDF
Sbjct: 61 ELSIVEDF 68

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Csor.00g080250 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Csor.00g080250 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6607396.19.30e-42100.00hypothetical protein SDJN03_00738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of Csor.00g080250 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Csor.00g080250 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Silver-seed gourd (sororia) v1
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 29..57

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Csor.00g080250.m01Csor.00g080250.m01mRNA