CsaV3_6G018880 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3

Overview
NameCsaV3_6G018880
Typegene
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Chinese Long (Cucumber (Chinese Long) v3)
DescriptionUnknown protein
Locationchr6: 13601988 .. 13610467 (-)
RNA-Seq ExpressionCsaV3_6G018880
SyntenyCsaV3_6G018880
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
GCAAAGGTAATAAAAGCGGCAAACCGGCGAGGGGCAAGAAGGAAGCGTGATACCATAGGAAACGTGTTTTTGCTTCCGCTTATGGATTCTTGTGAGGTTTAAAATGAATTGAAATTTAGTTTACAAACGTTTGTTGTAAATAGTATTATTTTATGTTTTCTTGAATGTTTATAAATCAGTCCTGACTTGAAGATGTTTTTTTTTTTAAATTGCTTACGTTTTGTTTTATATTAATCAAAGTCTTTACTTGTTAAAAATTAACGATCTCGACTTACTTAGAAAAGTTGGGTCGTTACAGTTGGTATCAGAGCCTAAGTTTTAGGTTCTGTAGACTGACTTACGATGTAAGTCTATGTTTTTGTGTTCCTATGGCTAACGCGACCCTTCGTCTCTCGTCAGGTATGCTTGATGCTTATATGTATGGTTTATTTGCATGACCTTGGCTAAATTAAACTAGATTGCATGACGATAAAGACTTGCTTATGTTTATGATTAAGATTTTGTTAAAGAGTGTTGTTGGTGGATAATAGAAATTATGCCGCCAAGGGAAGACGTACGTAGAGGAGGTCGTAGAGGCCGAGGTAGAGGAGCAGGAGGCCGAGGTAGAGGAGTAGGAGGCTGAGGTAGAGGAGCAGGTCGTAATCAGCCTACTGAGGGTCAAGCTGAACAGCGAATTCCTGCTGCACCCGTGACTCACGTCGAGTTTGATGCACTGTCTGCTCACATGGAGCAGAGGTTTACGGAACTTATGACGGCTATAGCTCAAAACCAGCAGGCACCTGCGGTTCCACCTGCACCTGTAGTTCCCCCTGCACCAGCAGCCCCTCCTGCACAAGGATTTGCTGCACAACAGCCGCAGATATTACCGAACCAACTTTCTGCTGAGGCGAAACATTTGAGGGACTTTCGGAAATATGACCCTCAGACGTTTGATGGGTCATTGGAGGATCCTACTAAAGCTGAATTGTGGTTGTCTCTGTGGAAACCATATTTAATTACATGAGATGTCCCGAGGAGCACAGAGTTCACTGTGCTGCTTTTCTACTGAGGGACAGAGGCATTATCTGGTGGAGGACTACAATGCGCATGCTAGGTGGAGATGTGAGGCAGATTACGTGGGATCAGTTTAAGGACTGCTTCTATACCAAGTTTTTCTCGGCTAACCTTAGAGACGCCAAAAGCCAGGAATTCTTGGAGTTGAAGCAAGGATATATGACAGTCGAGGACTACGACCAGGAGTTTGATATGCTGTCACGTTTTGCCCCTGAGCTTGTTAGTAATGAGGCTAGAGCTGATAGGTTCGTCAAGGGATTGAGAGATGAAATTAGGGGCTTTGTGCGAGCACTAAAGCCCACTACCCAGGCTGAAGCACTGCGTCTGGCAGTGGATATAAGCATTGGGAAGGATGAAATACGGCCAAGGAGCTTTGATAAGGGATCGTCGTCGGGTCAAAAGAGAAAAGTAGAGCAGAGAACTGTAGGAGTTTCTCAGAGGAACTTGAGACCAGGCGATCCTTTTCGCAGTTTCCAGCAGAGTTCTGGCGGGGCAGGAGACGCTACTCGAGAGAAGCCACTATGTAATACGTGTGGGAAACGCCACCTGGGTCGTTGTTTGATGGGAACGAGAGTCTGTTATAAGTGCAAGCAAGAGGGACACATGGCTGATAGGTGTCCCTTGAGATCTACTGGGGCTGGATCGAGCAGTCAGGGAGAGAGACCTCCACAGCGGGGTACAATCTTTGCCACTAATAGATCAGAGGCAGAGAAGGCCGGCACAGTGGTGACAGGTACACTACCAGTGTTAGGGCATTTTGCCTTGACCTTATTTGACTCGGGATCTTCTCATTCATTTATTTCATCGCTTTTTGTGACGCATGCATGCTTAGAGGTGGAACCCTTAGACTATGTTTTGTCAGTGTCTACACCGTCTGGAGAAATTATGTTGTCTAAGGAAAAGATTAAAGCATGTGAAATTGAGATAGCTGGTCGTGTGCTGGACGTAACCTTGTTGGTATTAGATATGCGTGACTTTGATGTAATTTTAGGTATGGATTGGCTAGCTACTAATCATGCTAGTATTGATTGTTCTCGTAAGGAAGTTGTGTTCAGTCCCCCTACTGCATCTAGCTTTAAATTCAAGGGGGTAGGAACAGTAGTACTGCCTAAAGTAATCTCAGCTATGAAAGCTAGTAAACTACTCAACCAGGGTACTTGGAGTATTTTGGCAAGTGTGGTGGATACTAGGGAAGGTGAGACTTCTTTAACTTCAGAACCTGTGGTAAGAGAATACCCAGATGTATTTCCAAAAGATCTTCCAGGACTACCGCCACATAGAGAGGTTGATTTTGCCATTGAGTTGGAGCCAGACACTACTCCTATTTCTAGAGCCCCTTATAGGATGGCTCCTGCTGAGTTGAAAGAACTGAAGGTACAGTTACAGGAATTGCTTGACAAAGGCTTTATTCGACCTAGTGTGTCACCTTGGGGTGCACCAGTATTGTTTGTGAAGAAGAAGGATGGGTCGATGCGTCTTTGCATTGACTATAGAGAGTTGAATAAAGTAACAGTCAAGAACAGATATCCTTTACCCAGAATCGATGATTTGTTCGATCAGTTACAGGGAGCCACGGTGTTCTCTAAGATTGACTTACGGTCAGGTTATCACCAGTTGAGGATTAGAGACCGTGATATTCCTAAGACTGCTTTTCGTTCGAGGTATGGACATTATGAATTCATAGTAATGTCTTTTGGTTTGACTAATGCACCTGCTGTATTTATGGATTTGATGAACAGGGTGTTTAAGGATTTCTTAGACACTTTTGTGATAGTCTTCATTGATGATATTTTGGTTTATTCCAAGACTGAGGCCGAACATGAGGAACACTTACATAAGGTGTTAGAGACTCTTCGAGTCAATAAATGTATGCTAAATTCTCTAAGTGCGAATTTTGGTTGAAGCAGGTGGCTTTTCTTGGTCATGTGGTTTCCAGTGAGGGAGTTTCAGTAGACCCTGCAAAGATAGAAGCGGTTACCAGTTGGTCTCGACCCTCTACAGTTAGTGAGGTTCGTAGTTTTCTGGGTTTAGCAGGGTACTACCGGAGGTTTGTGGAGGATTTTTCACGTTTGGCTACTCCCTTGACTCAGTTGACAAGGAAGGGAACTCCGTTTGTATGGAGTCCAGCTTGCGAGGATAGTTTTCAGAACTTAAAGCAAAGGTTAGTTACTGCACCGGTCCTTACTGTACCAGATGGATGTGGAAGTTTTGTGATTTACAGTGATGCTTCCAAGAAAGGACTGGGTTGTGTTTTGATGCAGAAAGGTAAGGTGGTTGCTTATGCCTCTCGTCAGTTGAAGAGTCACGAGCAGAACTACCCCACACATGATTTGGAGTTGGCAGCAGTGGTTTTTGCATTGAAGATATGGAGACATTATTTGTACGGTGAAAAGATACAAATCTGTACTGACCATAAGAGCCTAAAGTACTTCTTCACTCAGAAGGAGTTGAATATGAGACAACGAAGGTGGCTCGAGTTGGTAAAGGATTATGACTGCGAGATATTGTACCATCCTGGTAAGGCGAATGTGGTGGCTGATGCTCTTAGTAGAAAAGTATCACATTCGGCAGCACTCATTACTAGACAGGTGCCATTGCATCGAGACTTGGAGAGAGTTGAGATTGCAGTATCTGTGGGGAGAGTCACCTCACAGTTAGCTCAATTAACGGTGCAACCGACTCTGAGGCAGAAGATTGTTGATGCTCATAGTAGTGATCCTTATTTGATAGAGAGACGTCGCCTTGTTGGAATGGGACAGACTGATGAGTTCTCCATATCCTCTGATGGTGGGTTGATGTTTGAGAGACGTTTGTGTGTGCCAGCGAACAGTACAGTTAAGATTGATTTACTAGATGAAGCCCATAATTCCCCATTTTCCATGCATCCTGGTAGTACGAAAATGTATTAGGATCTAAAACGTTTTTATTGGTGGCGGAATATGAAAAGGGAAGTGGCGGAATTTGTTAGTAAGTGTCTAGTATGTCAGCAGGTTAAGGCACCTAGACAGAAACCAGCAGGTTTGTTACAACCTTTAAGTGTGCCAGAGTGGAAGTGGGAGAATGTGTCGATGGATTTTATTTCAGGGCTGCCTAAGACCCTGAAGGGTTTCACAGTGATTTTGGTTGTCATAGACAGGCTTACGAAATCGGCACATTTTGTACCAGGGAAATCCACTTATACTGCTAGTAAGTGGGCAGAGTTGTATTTAACTGAGATTGTGAGACTGCATGGAGTGCCTGTATCGATTGTTTCTGATAGGGATGCACGGTTTACTTCCAAGTTTTGGAAGGGACTTCAGACTGCTATGGGTACGAGATTGGATTTCAGTACAGCCTTTCATCCACAGACTGATGGTCAAACTGAACGTTTGAACCAAGTTTTAGAGGATATGCTACGAGCTTGTGTTCTAGAGTTTCCAGGTAGTTGGGACTCTCATCTACATTTGATGGAGTTTGCGTATAACAACAGTTTCCAGGCTACCATCGGTATGGCACCATTTGAGGCTTTGGATGGCAAATGTTGTAGAACCCCTGTTTGTTGGAGTGAGGTTGGTGAACATAGGTTGATGGGACCTGAATTAGTTCGGTCTACTAATGAGGCTATTCAAAATATTAGAACATGTATGCAAACAACGCAGAGTAGACAGAAGAGTTATGCAGATGTACGGCGAAAAGACCTTAAGTTTGATGTGGGAGAAAAGGTATTCTTGAAGGTAGCACCAATGAAGGGTGTTATGCGTTTTGAGAAGAAAGGGAAGTTAAGTCCTCGTTTTGTTGGACCATTTGAGATCTTAGAGAGGGTTGGTGTTGTGGCGTATCGCTTGGCATTACCACCATCACTCTCTGCAGTTCATAATGTTTTCCATGTTTCGATGTTGAGGAAATATGTGGCCGATACATCTCATGTAGTGGACTATGAACCCTTGGAGATTGATGAGCATTTGAGC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mRNA sequence

GCAAAGGTAATAAAAGCGGCAAACCGGCGAGGGGCAAGAAGGAAGCGTGATACCATAGGAAACGTGTTTTTGCTTCCGCTTATGGATTCTTGCAAAGGTAATAAAGGCGGCAAACCGGCGAGGGGCAGGAAGGAAGCGCGATACCATAGGAAACGTGTTTTTGCTTCCGCTTGTGGGTTCTTGAAAGGTTAA

Coding sequence (CDS)

GCAAAGGTAATAAAAGCGGCAAACCGGCGAGGGGCAAGAAGGAAGCGTGATACCATAGGAAACGTGTTTTTGCTTCCGCTTATGGATTCTTGCAAAGGTAATAAAGGCGGCAAACCGGCGAGGGGCAGGAAGGAAGCGCGATACCATAGGAAACGTGTTTTTGCTTCCGCTTGTGGGTTCTTGAAAGGTTAA

Protein sequence

AKVIKAANRRGARRKRDTIGNVFLLPLMDSCKGNKGGKPARGRKEARYHRKRVFASACGFLKG*
Homology
[Close]
BLAST of CsaV3_6G018880 vs. NCBI nr
Match: KAE8647005.1 (hypothetical protein Csa_016978, partial [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 131.3 bits (329), Expect = 2.9e-27
Identity = 63/63 (100.00%), Postives = 63/63 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  AKVIKAANRRGARRKRDTIGNVFLLPLMDSCKGNKGGKPARGRKEARYHRKRVFASACGF 60
          AKVIKAANRRGARRKRDTIGNVFLLPLMDSCKGNKGGKPARGRKEARYHRKRVFASACGF
Sbjct: 1  AKVIKAANRRGARRKRDTIGNVFLLPLMDSCKGNKGGKPARGRKEARYHRKRVFASACGF 60

Query: 61 LKG 64
          LKG
Sbjct: 61 LKG 63

[Close]
BLAST of CsaV3_6G018880 vs. NCBI nr
Match: XP_031743704.1 (uncharacterized protein LOC116404645 [Cucumis sativus] >XP_031743705.1 uncharacterized protein LOC116404645 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 66.6 bits (161), Expect = 8.7e-08
Identity = 30/30 (100.00%), Postives = 30/30 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 32  KGNKGGKPARGRKEARYHRKRVFASACGFL 62
           KGNKGGKPARGRKEARYHRKRVFASACGFL
Sbjct: 264 KGNKGGKPARGRKEARYHRKRVFASACGFL 293

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CsaV3_6G018880 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAE8647005.12.9e-27100.00hypothetical protein Csa_016978, partial [Cucumis sativus][more]
XP_031743704.18.7e-08100.00uncharacterized protein LOC116404645 [Cucumis sativus] >XP_031743705.1 uncharact... [more]
BLAST of CsaV3_6G018880 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CsaV3_6G018880 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CsaV3_6G018880 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CsaV3_6G018880.1CsaV3_6G018880.1mRNA