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CsaV3_4G004260 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TGAAAATTGGGAGGGCGTTCTTGCAATTAAAGTAAAATGTTACTTTGCCCAGTTTCGCGAATGTAGTGTTCAACTTTTATCTATTTCGTTCATTGCAATCGCCGATTCCTTCCCTCGCTCTCTCTGCTCGAACCGACGTCGACAACTCTGAGCTTCAGTAGGTAAGCTTTTACTATCAATGGAGCTACGTCCATGTTTAACTTCGAAACTTTCCACTTGTTATCCCCATTTTTGCACCTCCATTTCTTACCTCCAGCTTAATTCTATGTCTGTAGTTTTGATTTTTCTGTTCAAACGTGTTCTTCCTCGAACTTTGAACTTATACAATTGTTTGAGAACTGGGTTTTCCCCGTTTTGTTAAATAGAAGCTCCTACACTCTAAATGCTTGAGCTTTGGAAGCTCACATCAGTTTATCCGAGCTCAAATTTATGGAAGTCAGTGGCGAAGCGAATAGTGGGGGTTCTTGTGTTGTTTGTTTTTTTTTGCGTAGTGATATTTTGAATTAGTGTCGAGGCTTTGTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTTTTATCGTTTAAAATGTTGCAGTGTTCTGTTGCTGATGCGTAAAAGCTTAAAGGGCATGTGTTGGGGGCGTCAAGCCTTATGAGTCTATAGTTGCCATGAGATTGTAATTGGAATTGCTGGAGAAGAATGCCTGGCATACCTCTCGTGGCTCGTGAAACTTCGTATGTGCTATTTTTTCCCCTAGTCATTTCAACTTGAGTTCTCTAATGAAATGTAAATGAAGAAAGATTTGTTTGTAGCTTTGATATTTTTTTTTTTTTAAGGATATACCATTTGAGAATTATTTTGACTTCTTCGAAATTCAGATGAGCTGTAAAAGTTAGAACTTCTTACGGCCGGATGTACTGCGTAGCTTCAAATCATAGTTCCTTGCTGGTACAAGCACTAACACATATGGGAGAACTAGTGTAAGAAGTTGTTGTGTCAGGGAGGGTTGTGATTTTGGGAGAAGAATCTGCAGTGCCTAAGTTTTATATGCTTTAGAGAGATGTGTAAATTTCGTTTTCGCATCTCTCCATGATTTCTGGCTGTCTACCTTTTTATGTGGCTGCTCTTGTTCTTCTTCTTTCTTCTTGTTCCAACCTTGTCACTGTTGTTTGCTTATTAGTAATCTTTAGTTGCTCTCCCAGCTGTTCCAGAAACGCAGATCAGATGTGCCGTGTAGAATCTCGTGTTCATCTATCTGAAGAAGAGGAAATTGCTGCAGAAGAGAGCCTCTTACTTTACTGCAAGCCAGTTGAACTCTATAACATTCTTCAGCGCCGTGCTATTAGAAATGTAACGTCTTAGCTATTTTTTTTCCTCTCCCCAATTAATAGTTAATAGATGATGGATATAATGTGGCAATACCCGAAATAACAACTTGCCATCAATATGGAAAGTTCTGTTCAGATAGTCTTAAATGGTGTTTCCATCTATCTCATGTTCATTTATCTTGAATAAATTTTTGATTGCCATACTTACATTGTTTTGCCTATTTTGTACTAATATTTGCTTTTTGTTTGTATGTAGCCACTCTTTCTTCAAAGATGTTTGAGGTACAAAATAGAGACAAAACACAAGAGAAGGTAATGGCCGTTAATTTTGTCTCTATTTCTAAAAGTTGTCTACATCAAACCATTGGAAGAATTAGCACTGGTTAGGCTAATATCATTTAGTCCTTTGGTTATCATTTTCACTATTTTTGTGTTCACTAATATTTTTTTTGGTTATGTGTGGCGCACATGTAAAAGAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAGAATATTGGTATGCTAAAGATTTAGTTTTGTGAAATATCAGATTAAGATAAATTAAAGGAATGAGGGATCTTTTAAGGGTTGTTTAGGTTGTGGCTTCAGTGAGGGGAGGCAATTGTCTGAGTGAGGGTGACAGAAACAGAAGCCTCACGAAAAGAAAAGATTTGGACTTTTTTGTTCGGCAAGTTAGGTTGCTTTAGTTAATGGCATTGCTTTATTTTTTTAGAACAAAACATCATTGAAGAACCTTGTTTAATTTTCATTTTAGCATGAAGTCTTTCTTGCCCCCTTGTTTAGATTGGTGTGCTGGTATTCCACTTGAAGCACTATGCCTCTATTGTTGGCTTTGTCTCTTGTCAATTACGTTCTTTCTATTTCATTAGCGGTGCTTGTTCTTTTTTTTTTTACAACAGATTCTGAGTCTTGAATTTATTACGTGCTGAATCTCTTGAATTTGTTATCTTTAGGATCCAGATGACTATTTCAATCTCTAGGACTTCAAGTGTAGGTGGCCAGACACAAAATCTGTTTCCTATGTATGTCATCTTGGGAAGATTAGTCTCTGATATTGCAGTTGCTGAGGTAATTTCAGCTCTGTTTGATCATTGACTGCAAATTGGTTATTAGGTGGTATCCTGAATTTTAAATGGGTGCTTACTGTGCATCCTATTGTTTGTTTTATATTTTTACTGTATCTAATTATAAATTTCCTTCATTCCTTTTCTAATCCAATAGTTCTCTGGTGTATATCGCTTCAATCGAGCTTGCCTCTTAACTGGCATTAACAGAGTGGAATGCAGTTCTCAAGTTATAGCTAATTTCATCCTTCCTGAAATTAACAAGCTAGCTGTGGAGGCAAAATCTGGGTCACTTGCTATATTATTTGTCAGCTGTGGTAGGTCTTCATATTTTAATTTTTACTGGTGGCCATATTTATACAATGAATTTTTTTATATTTGGTCTATAACTTGCAGTTGGATCTGCAAATACTTTGTCTGGAGTAGATTCAGTTGATGGGCCTTTATACATGAGATCTGTTCCTGGTATGCCTTATCCTCCATTGAGTTGCTTCTTTTATGAAATTCACTGTCCAATATGATTTCACATCTTATTTTGATTTTGGTGAGTCAAAATATAATCCATTGTTGTTGGTAGCACTAAAATTTTGGCGCTTATTGGGCTTAAAGTTAGAAGTAATTTGGTAATCAGTTATATAAAAAAAGAGTACGATAAAAATGGGATGCTACCCTTGCCACAAGCGATACTTAAGAACCATTTGGTATGTTCTTTGCTTTTAAAGTGCTATTACTTTTGTGATGAGGAACTATTGGAACCACAGAGTACAGTGCTAAACCCTTGGTTGCAAGACTGTTTGGATAAGCAAAAACCAAATAAGCGAATATTTCATTTTCCCAGACAGCAAGGAACCTCTTGGCTTCCAAGAAAGTTCTGTAGATTCTTTCCAATTTGAAAGTCCAAAGAAAGCTCTAATAAGATATATCCTTATAAGTTAGCTTCAGCATTGAAGAGATGAACATCAAAACAATTATGTAGAAGGCTAATGGAATTACTGGGAAAGATACTACGCCAGCTGAAGACATTGAAAAGGGATAACCAAAACCTAGGAGCCATTGAGCGGCGATGAAAAGGTACTCTGAGTTTGTTCATTGATCTTGCATGAAGTACATCAACTTGGGGAGAGGCGCCTCTAGTTTTTTTTTCTTGAACTTTATGATGAGAGTTCATGCTGTTAAAAAATCCCCCACATGATGATCTTAACTTTATTTGATAAAAGCTGTTCCAAATATTCTAAAAAATTTGCTGTGGTCCTCAGTTTCTTCCCTCTAATCTTAATCGGAATTCTGTTTCTAATCAAGCAGAAATCTTTCAAGTCTAGGTATATGAGTTTATCTTATTAAAAATAAAAAGGAAAAAAAAAGATAAAAAGAAGAAAAAAATGTTAGGTTTCTAGATCTTCTTTAAACAAGAAAACCCAACTATATCCAAAATAGATGGGAATATTAGCCTTCCCTGATATGTTGACGATTCTAGAAATTAGAACACTATAGTCCAAGTGGCAATGATGGTCTTGGAACAGAGAAAATGCACAAGCACAGAAAACACAATAAAAAAAGCATAAAATACCGAAGCACATTCGAGACAGCCTTTAATTCTTTTCTAGCTTCAGCCTTGTAGCCAAATTTCTCCACTCCCATTTCTTCCGTTATAAACCCTCTTTGAACTTCCCATCGTCGTCCCCATAGAATTTCCTTTGCTGAAATACGTAACCACCCAATGGTCCCTACAACCTCAATCTCCTTGACCTAGCTGAATTCCTCTCTTGCCCTTCTTTCTTTCTTGCAAATGATCAGGGGCCTCCCAGAAAGAAAACACATCTGTTTTTCTTATTACCAGAAATTAAAGAGGCTGTCCGTGTTAGAGATTTCAGACCCATTAGTCTTATAATTTCTCCTTATAAAATCATTCTAAGGTGCTTGCAATGAGACTTAAAAAGGTCCTTCCTTCTATTATTAGTGACACTCGGATGACCTTTGTGGAAGGAAGGTAAATTCTTGATGTTATCTTGACTGCCTTGGAGGCAGTGGACGAATGGCTTTTGAAAGGCTGCAAAGGAGCCCTCTTGAAGCTCAACCTTGAGAAAACCTACGACTGGGTTGACTGGTTTTTTTCTTGATATGGCTTTGAAACTAAAAGGTTTTGGTAAAAGGTGGAGGAGATGGATTTGGGGCTGTTTTTCGTCGACTAATTTTTCGATAATTGTTAATGGTAGACCTTGGGGAAAGATCATAGCCAAAAAGGGTATTCGTCAGGAAGATCTGCTTGCCCCTTTTCTCTTCACGATCGTAGGAGACGCTCTAAGTAGCCTTGTTCACTATTGCAATGAGAAGAGGACCATCAAGGGGTTCTCCTTTGGAAATTCTCCCTTTGAATTAACGCACCTTAGTATGCGGATGATACATTTCTCTTTTCTTCTTGGGATGCTGGAAACTTGGAGGCTTGGTGGACTGTGGTTAACTTTAGGGGTTTGGTTTGTCCATAACCTCTATCATAGGTATTAACCTTGCAAGCGTGGAGCTGGATGTTTTTGCTACTAAGTTTGGATGCGAAGTGGATTCCCTCCCTTTCACCTACTTAGGCTTCTCTATGGGCGGGGCCTGCAGTGTTAAG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ATGCCTGGCATACCTCTCGTGGCTCGTGAAACTTCCTGTTCCAGAAACGCAGATCAGATGTGCCGTGTAGAATCTCGTGTTCATCTATCTGAAGAAGAGGAAATTGCTGCAGAAGAGAGCCTCTTACTTTACTGCAAGCCAGTTGAACTCTATAACATTCTTCAGCGCCGTGCTATTAGAAATCCACTCTTTCTTCAAAGATGTTTGAGGTACAAAATAGAGACAAAACACAAGAGAAGGATCCAGATGACTATTTCAATCTCTAGGACTTCAAGTGTAGGTGGCCAGACACAAAATCTGTTTCCTATGTATGTCATCTTGGGAAGATTAGTCTCTGATATTGCAGTTGCTGAGTTCTCTGGTGTATATCGCTTCAATCGAGCTTGCCTCTTAACTGGCATTAACAGAGTGGAATGCAGTTCTCAAGTTATAGCTAATTTCATCCTTCCTGAAATTAACAAGCTAGCTGTGGAGGCAAAATCTGGGTCACTTGCTATATTATTTGTCAGCTGTGTTGGATCTGCAAATACTTTGTCTGGAGTAGATTCAGTTGATGGGCCTTTATACATGAGATCTGTTCCTGCGGTTGCAGGTTACTGCTTATGGGGCAAGATACCTCTGGAGTCACTTTACATTTCATGGCAGAATTCATCAAATTTTGGTCTTGGACAGAGGGCTGAGATTATGTCAAGCGTTGACATGCGCTCTTGTGTTGTGAAGACAAGTTGCGTCGATGGAGAGAAGTGTGTAGGATTTCAAATTCCATATAATTCTGATTCTATGCATACAGCACATCAAGTACAGGTAACAATATCTGCAGAAGAGCTTGGTTCTAGGGATAAATCTCCATATGATTCATACACGTACAACGAAAAACCTTCCTCATCACTGTCTAATGTGATTCGGTTGAGGGCAGGAAATGTTATTTTTAATTATAGATACTACAACAACAGATTGCAGAAAACTGAAGTAACTGAAGACTTTTCCTGTCCATTTTGCTTGATCAAATGTGCAAGCTTTAAGGGCTTGAGATGCCACTTGTTATCATTACACGATCTCTTCAACTTTGAATTTTGGGTAACCGAAGAGTACCAAGCTGTAAACGTTTCCATGAAGACTGATGTTTGGAGGTCTGAGATCATCGCAGATGGCATTGATCCAAAGCAGCAAACATTCTTCTTCTGCTCAAGGCCTCTCAGACGTAAAAAGGCTAAGAGCGCAGTTCAAAGTGCAAAGCACATACATCCTTTTGTTGTAGAGTCTGAATATTCGGACAAGGCGGATGATGCTCAATCTAGCAAAGGGCACAATGTCGCACCAACTATGCTTCAATTTGCCAAGACGAGAAAATTATCGATTGAACGTGCAGACCCGAGACACTGTACCCTCCTAAGGAAGAGACAGTTCTTTCATTCTCACAGAGCTCAGCCAATGGCATTGGAACAAGTGTTATCTGATCGAGATAGCGAAGATGAAGTTGATGATGATGTTGCAGATCTAGAAGATAGGCGGATGCTCGATGATTTTGTTGACGTAACTAGGGATGAGAAGCGAATGATGCATATGTGGAATTCATTTGTCAGGAAGCAAAGGGTGCTGGCAGATGGCCATATCCCTTGGGCTTGCGAGGCATTTTCACAATTACACGGACCAAACCTTGTCAAAACTCCAGCTCTACTATGGTGTTGGAGATTGTTTATGATCAAGTTGTGGAACCATGGTCTACTTGATGCAAACTCCATGAACAGTTGTAACATTATTCTTGAAACAATACATAGTGAAGCTGCGGATCCTAAAAGCTGA MPGIPLVARETSCSRNADQMCRVESRVHLSEEEEIAAEESLLLYCKPVELYNILQRRAIRNPLFLQRCLRYKIETKHKRRIQMTISISRTSSVGGQTQNLFPMYVILGRLVSDIAVAEFSGVYRFNRACLLTGINRVECSSQVIANFILPEINKLAVEAKSGSLAILFVSCVGSANTLSGVDSVDGPLYMRSVPAVAGYCLWGKIPLESLYISWQNSSNFGLGQRAEIMSSVDMRSCVVKTSCVDGEKCVGFQIPYNSDSMHTAHQVQVTISAEELGSRDKSPYDSYTYNEKPSSSLSNVIRLRAGNVIFNYRYYNNRLQKTEVTEDFSCPFCLIKCASFKGLRCHLLSLHDLFNFEFWVTEEYQAVNVSMKTDVWRSEIIADGIDPKQQTFFFCSRPLRRKKAKSAVQSAKHIHPFVVESEYSDKADDAQSSKGHNVAPTMLQFAKTRKLSIERADPRHCTLLRKRQFFHSHRAQPMALEQVLSDRDSEDEVDDDVADLEDRRMLDDFVDVTRDEKRMMHMWNSFVRKQRVLADGHIPWACEAFSQLHGPNLVKTPALLWCWRLFMIKLWNHGLLDANSMNSCNIILETIHSEAADPKS* Homology
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. NCBI nr
Match: KAE8649138.1 (hypothetical protein Csa_015096 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1210.7 bits (3131), Expect = 0.0e+00 Identity = 600/600 (100.00%), Postives = 600/600 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. NCBI nr
Match: XP_031740638.1 (polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 isoform X6 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1196.0 bits (3093), Expect = 0.0e+00 Identity = 600/627 (95.69%), Postives = 600/627 (95.69%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. NCBI nr
Match: XP_031740637.1 (polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 isoform X5 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1190.3 bits (3078), Expect = 0.0e+00 Identity = 600/631 (95.09%), Postives = 600/631 (95.09%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. NCBI nr
Match: XP_031740641.1 (polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 isoform X10 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1188.7 bits (3074), Expect = 0.0e+00 Identity = 589/589 (100.00%), Postives = 589/589 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. NCBI nr
Match: XP_031740639.1 (polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 isoform X7 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1183.7 bits (3061), Expect = 0.0e+00 Identity = 597/627 (95.22%), Postives = 597/627 (95.22%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8L6Y4 (Polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EMF2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 782.3 bits (2019), Expect = 3.8e-225 Identity = 398/634 (62.78%), Postives = 476/634 (75.08%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q69KN0 (Polycomb group protein EMF2B OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=EMF2B PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 641.3 bits (1653), Expect = 1.1e-182 Identity = 321/605 (53.06%), Postives = 428/605 (70.74%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q0JF48 (Polycomb group protein EMF2A OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=EMF2A PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 535.4 bits (1378), Expect = 8.2e-151 Identity = 285/632 (45.09%), Postives = 406/632 (64.24%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8W5B1 (Polycomb group protein VERNALIZATION 2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=VRN2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 293.5 bits (750), Expect = 5.4e-78 Identity = 159/326 (48.77%), Postives = 203/326 (62.27%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 70.9 bits (172), Expect = 5.7e-11 Identity = 35/65 (53.85%), Postives = 43/65 (66.15%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P0DKJ7 (Polycomb group protein FERTILIZATION-INDEPENDENT SEED 2 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=FIS2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 156.0 bits (393), Expect = 1.3e-36 Identity = 74/172 (43.02%), Postives = 109/172 (63.37%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 87.0 bits (214), Expect = 7.7e-16 Identity = 45/135 (33.33%), Postives = 76/135 (56.30%), Query Frame = 0
HSP 3 Score: 43.5 bits (101), Expect = 9.8e-03 Identity = 18/50 (36.00%), Postives = 35/50 (70.00%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KZ77 (VEFS-Box domain-containing protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_4G024050 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1203.7 bits (3113), Expect = 0.0e+00 Identity = 600/607 (98.85%), Postives = 600/607 (98.85%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4DZU5 (polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 isoform X4 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103494459 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1174.8 bits (3038), Expect = 0.0e+00 Identity = 591/628 (94.11%), Postives = 596/628 (94.90%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4DZU1 (polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 isoform X8 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103494459 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1166.8 bits (3017), Expect = 0.0e+00 Identity = 580/592 (97.97%), Postives = 585/592 (98.82%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4DZW7 (polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 isoform X5 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103494459 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1162.5 bits (3006), Expect = 0.0e+00 Identity = 588/628 (93.63%), Postives = 593/628 (94.43%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4DZW0 (polycomb group protein EMBRYONIC FLOWER 2 isoform X7 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103494459 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1159.8 bits (2999), Expect = 0.0e+00 Identity = 580/599 (96.83%), Postives = 585/599 (97.66%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. TAIR 10
Match: AT5G51230.1 (VEFS-Box of polycomb protein ) HSP 1 Score: 782.3 bits (2019), Expect = 2.7e-226 Identity = 398/634 (62.78%), Postives = 476/634 (75.08%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. TAIR 10
Match: AT5G51230.2 (VEFS-Box of polycomb protein ) HSP 1 Score: 772.3 bits (1993), Expect = 2.8e-223 Identity = 396/634 (62.46%), Postives = 473/634 (74.61%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. TAIR 10
Match: AT5G51230.3 (VEFS-Box of polycomb protein ) HSP 1 Score: 772.3 bits (1993), Expect = 2.8e-223 Identity = 396/634 (62.46%), Postives = 473/634 (74.61%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. TAIR 10
Match: AT4G16845.1 (VEFS-Box of polycomb protein ) HSP 1 Score: 293.5 bits (750), Expect = 3.8e-79 Identity = 159/326 (48.77%), Postives = 203/326 (62.27%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 70.9 bits (172), Expect = 4.1e-12 Identity = 35/65 (53.85%), Postives = 43/65 (66.15%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_4G004260 vs. TAIR 10
Match: AT4G16845.2 (VEFS-Box of polycomb protein ) HSP 1 Score: 256.1 bits (653), Expect = 6.8e-68 Identity = 148/330 (44.85%), Postives = 196/330 (59.39%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (Chinese Long) v3
Date Performed: 2021-10-25
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
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