CsaV3_3G022780 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3

Overview
NameCsaV3_3G022780
Typegene
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. Chinese Long (Cucumber (Chinese Long) v3)
DescriptionUnknown protein
Locationchr3: 20274951 .. 20287462 (-)
RNA-Seq ExpressionCsaV3_3G022780
SyntenyCsaV3_3G022780
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
AAAATATTAAACTTAATCCCCCTTTATCCTTCTCTTTTCCCATTTATTCCCCCACTTTCTCCACTTAATCCTTCCATTTTTCAACACAATCATTCTCTTTCTTCTTTTCCATCTTCTCTTTCCTCATTTATTTCTTCATTTTCTTCTTCTCACGGTCGAACAATTAACCCTTTCTCTCTTCCTCTTCTCTCAGCTAAACAATTAACCCTTCTCTCTTCCTCTTCTCACAGCTGAAGGAATTCCTCTCTTCTTCTTCTCACAGCCGAACAAATCTATTCTCCACTCTTCTTCTTCACTCTTTGTACATTCGCTTCGTCTTCTACATCCGACCAGCCAGTGGTTCTATCTTCTTCTTCACATTTTTCCTCTCACTATTTTGCCCAAATCTATTTACCCAAAATCGATATATCTCTTAACCTACTTCTCTAGATCTGATGATATTTTTACCATCTTCGACACTCACTGATTTTTCTCCATCGTTCAACACCATCTTCTTCACAGTATTTTGATCTCATTGATTTTCTAAACCACATTTTCCCCTGTTGTTTGTCGGTCTTCGATGTCCCCATGGATGTGGGTGTTGTTGACATGCCACATTTAGAAATAAACAAAGGTCTTCGATGCCTTATCTTCGGTCGGGCGTTCGTTGACTAGGTGGCTGCTTTCCTGCATAGCTTGTTCTACGAACTTGTCGCTCTCGGATGTCATTCATTGTATTTTTCTTGTCGTTCGGTTAACCTCTGTGTCCGCGACGACCTTTCATCCTCTAATGAGTGACGGATACTAACTGAGGGTTGTGGTTTCGAGCAAGGTAGGGTCGAGGTAATATTTCTTACTTTTATTCGACTGCCGATGATGAGTTAGTTTCCTGAATATGCATATTGTTTTGATTGAAATGATCATTCACATGTTCTCTTTGATATTCATTATTACTAGTTTTATTTTGTTCTACCATTTCTTTTTTTGTTCCATGTTCATTCTTGAAGTGGTTACAGTCATTTCTCTTTGTAGATGGTCATTTTTTTTCTTCATTTGTTTGGCAGTGGCTTATATTTTTTGCATTCACTTACTGTGTGTAGAAAATGGAAAAGAAGTTATTCTTATGTATACGTTTGTTGCACTGTGTCTCTAGATTAGTCTCTCTTTTTTTGTTTTCCTTTTGTTGTGCATTGTATTTGTATTTTCGACTTCTTGTTTGCCTCTAGTTTAATGAATCTATTTTCCTCCTTTGGCTGTGTATTTGTTTACTGTTTTTTCACGTCTGTTGTGTAGAAAATAATGAGTATAAGCATGGTATGAAACACAAAATAGATAGATAACTATGGGTCAAATATTTCCCCATCATTTACTAAGGAAGGGGAAGGGGAAGAGTTACGAAGAGTAAAAGATTTGTTAGGAAAATTACGAAGAAAAGGAGACATTTGTTCAATTTTGGACTAAGTAATTTTTTATTAGAAAATTTTCTAACGACATAAAAATTATATTGTTAATTGACGACGCAAAAATTGTGTTAAGAAAAATTTTGGTTTTTTATTTTTAATGATAGATTTTACTCCATCCCACCCCCTTTTCCTTGATTTTAAGTGTTATCAAAGCCCAAATTTCTAGTAATGTTTGAATATATGGTAGGTTAAAGTTTGACCTTTCAAAGTCAAAAGTCAACATTTTGACTTTTTAACATTTTGTTTCCTTTGACTAATTTAACCTCCTGAGTATGAATTCACATTCATTTTTCTGAAATTCAAATCACATTTGAGTATATAGTAGGTTAAAGTTTGACTTTTTAAAGTTAAAAGTAAACATTTTGACTTTTTTCAACTTTAACTATTTTTATTATTTATGAGTGTTCGAATATGAATCTACATTCATAATTTTTATATTTATATCACATTTAAACATAAAGCTCCATTACTAATCTAAAACCGACAACAATAACACATATACTTGTTGGTTTCTCTCTCCTCATCTAATTCAAACAATTCGAATAATTTCATCATACTGTTCTAAGTTTATTCCATATGAGCTAGTAGGGGAACCTAATGAACCTATAGATCATGGTCTCCAACAATTTGAGATTAATTGGTTAAACCCTTTTTAGACCAAGTTAATCAACATTCAATAACTAATGGGTCATTCCACTAAAGTTTTGTAGTTGTACTCCCTTCACTATAGATATATTTGTGTCCATCTGATATAAATATGATCAATAAGTTAATCTTTCATGGATTATTCGTAACCTCGGTTAAAATATTGTTTTATCCCCGAGACTACATCTCGCTTCTTAAGTCTCATTGATCCACTATTAAATAATTGGTTTAAGGTTCAATCTATAAACTGAATCCCTCTTAGGCCGATGAGAGTGCAGGGCTCGTTGTTCAAGACTTGGATTTAGTCCTTAAGGAAATGAACTATCTATCAATCTTATGCCCCAGCTACCTATTTGGTCTTACCTTTGAAATGAGAGGCTTATTGAGCCAATGTTGATGAGCTGCCATCACCTTTGCAGATTTAAAGATAATTTTGTATGAATAGTTTGCTCAAGATTAATTAAGATTAAGTTACCTAGGTCATCAATAATTGAAATAGTCAGTTTTAAACAATAAACAATGTTATAACGTAAAAATGACTATTTAATAGTTCAGTCTTATGTAAACTCTTTACATAGGATGCCTCCACTTTAATGTCTCTACATGAACAATTCAGGATTACATCATTTATACTAATTACAAATCGGGCTGCATTCATAATGTCATCATAATAAGGTGCCAAACCTTTATTCACATACTATAGATTGTTTATAGTATATACTCGAACTTGATCCATGTTGATGTCTCTACATAAAATTCAAGTTTACTCAAGATAGCCTTGAGACATTGGTTTATTGGATTCAAAATTATAGTATTAATTTTACTAACAAAATATCAATAACAACCTTATTGAATAAAATATGGTTTTAAATTACAAACTACGAGTTTTATGACATAAATTCCAACAGTCAGAGGAATGCGTACTTGTCATAATGGATGTGTTTGCATCATCTGTAACAATACATCTATCTTTAGTGCATTGAACATTTAAGTCTTGATCATATAGTTGGCTAAAGCTGATTACATTAGCATTATGACCTTCTACTACATAACATCCTTAAAAGAAGGCAAACCGAGAAAGTTTAAAGTTTCCTTTCCAACAATGTTAGCACAAACATCATAACCAAATGTTACTTTACCTAAGCTAACTGATTTCACATTAGTGATATATATTTTCTCACCAATCATACGACAGAAGCTACCATTGTTGAAGTACCAATCTCCTTTAATAGAGGACCTAAAAAAGAACAACCTTGCATTTGCTCTGAACTTCTTCGACTCTCTACATCTATTTTACATAGCTTTGGTGGCTAGGAGATGTATAGTTCATCATTCTTCCTAAGGACATATGAGGATAACCATGCAATTGATAACAAAATGGTCTTTTGTGATTAGGTTTCCCATAAAAATTATAAATTTACCTCATTCTATGAGTGTGGGCATGATATGATTTTTGCCTTTGATTAAAAGGTTTAACAATCCCATAAGATTCAGGTTGTTAAGCTCGAGCAAATTCATTTTTCTGATTTCCTTTGACTTGTTGGGATTTATTGTTTTGTCTTTTGAGGCATTACCTTCTTAGAAAATTCTTTCAAGAGTATCTATTCGAGGATTAAGCATAGATTGACTTGCACATTTCATCTTTTTTAGCTGTAACATAGTGTAACTCATGCTTAAATATGAAAAAGTTGACATCAATATATGATTATGTGATAGTAAGGTCTCTATCCATTCTTTCTGAACATTTAACACTTTCCAGTCTTCTTGCAATTGATCAAACAACATTTTGTAAGATGGATATGAGGAATCTTTTTTAGATGAATTGCTTGCAAATCCCTAAAATGCTTCATAATCAAGATTCTCATATAACGAAGTGTCATACGAGATGTTACTAACAAGAGCTTTATAACCATGTAAGTATCACTACTATCATCAAAATCCATATCAGACCAAGTATGCACATAACTTTTATTCTGTCTCATCAAAATGTTCAATACTAAGCCTGAAAATGTCTGAAACTCTCACATTCTCTACATTTAAAGGATTTTCTTTCTTTGATAAGCTAGTGGAACCAAATTTCTCATTGTCTTTACAACTTTGAACTTTAAGTGGTTGTGCATAAATACTTCCATAGGCTTTGGATGTTTGGAGCGTGAGTTTTTCAATCTTCTGTCAAGGCATTTCATCATATGACGAAATTGCTAACATAACAAAGCAGTTGATTATGAGCCTCATCTAAGTTTTTGTGAACATTCACTCATATCATCATAGATAGATTGAAGGGCAATTCTCTTATTCTTTTTATCCTGCTTTACATCAAAAGACTATTCAAATGTTAGTACATAGTCAATTACTTTATCCACTTTCATGGATGTTATATTATATCTTCCTTAATCGCTCTAACTTTCATGTCAAACCATTTGGGTAATGAACACAACACTTTTTTTATAAGCTTTTATTCTAACATCTTTTATATAAATGAAAAAGACTTATTAGCTGAATCCAGAAAACAAACATTAAATTCAACAATTGTTTCATCCTCTTGCATTATGAGGTTCTCAAACTTTGTGGACAACAACTACAATCTAGATTGTTTAACTTTGGTTGTTCCTTCATGAGCCATATATAAAATATCCCAAACAAGTTTTTCTGAGGCACATGTATTAATCAATTGATCAACTTCGTTAAATATAATGCTCAATGTTTTAGAGTTTCTCAGAGAAGTGTTGTCTTCAGCAATAGTCTACTCTACCTCAAGTTTAGGAGAAACTTTCTCATCCTCTTATGACAGTTGGAGGAGTCCATCATGTGATAATAGATTTCCAAGATATATTGTTGAGTGACTTCAAAAAGGTTGTCATATTAGCCTCCAATATGCATAGTTAGTTCCATCTAGAACAAGGGCCGGCATAT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mRNA sequence

ATGTCAATGTTCTTGATGCGATATAGATCATTTAACCATCTTATATTTAAGGAGAGCAACCTCTCGGCGGCTGAACACAAACTTGTTCTCCTTTCGGGAACCAAATGGACACAAATGATTAGAGGCAAAACTCCAGAACAAAGTTTGTTTTCAAACTCTTTTTTGTGCGCGTTTAGCAAGGGAGCAAGAGACTTTGAGGAGCACCTTAACAAAGTAGAAGAGAATAAAGAAGAAGAGGAAGAACAAAAAGACCAAGATGACGAACTAAACTTGGAATCAAGCAATCCAAAAATGCTTAGAAAAAAATGA

Coding sequence (CDS)

ATGTCAATGTTCTTGATGCGATATAGATCATTTAACCATCTTATATTTAAGGAGAGCAACCTCTCGGCGGCTGAACACAAACTTGTTCTCCTTTCGGGAACCAAATGGACACAAATGATTAGAGGCAAAACTCCAGAACAAAGTTTGTTTTCAAACTCTTTTTTGTGCGCGTTTAGCAAGGGAGCAAGAGACTTTGAGGAGCACCTTAACAAAGTAGAAGAGAATAAAGAAGAAGAGGAAGAACAAAAAGACCAAGATGACGAACTAAACTTGGAATCAAGCAATCCAAAAATGCTTAGAAAAAAATGA

Protein sequence

MSMFLMRYRSFNHLIFKESNLSAAEHKLVLLSGTKWTQMIRGKTPEQSLFSNSFLCAFSKGARDFEEHLNKVEENKEEEEEQKDQDDELNLESSNPKMLRKK*
Homology
[Close]
BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr
Match: KAE8650680.1 (hypothetical protein Csa_011068 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 194.5 bits (493), Expect = 4.5e-46
Identity = 102/102 (100.00%), Postives = 102/102 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1   MSMFLMRYRSFNHLIFKESNLSAAEHKLVLLSGTKWTQMIRGKTPEQSLFSNSFLCAFSK 60
           MSMFLMRYRSFNHLIFKESNLSAAEHKLVLLSGTKWTQMIRGKTPEQSLFSNSFLCAFSK
Sbjct: 1   MSMFLMRYRSFNHLIFKESNLSAAEHKLVLLSGTKWTQMIRGKTPEQSLFSNSFLCAFSK 60

Query: 61  GARDFEEHLNKVEENKEEEEEQKDQDDELNLESSNPKMLRKK 103
           GARDFEEHLNKVEENKEEEEEQKDQDDELNLESSNPKMLRKK
Sbjct: 61  GARDFEEHLNKVEENKEEEEEQKDQDDELNLESSNPKMLRKK 102

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAE8650680.14.5e-46100.00hypothetical protein Csa_011068 [Cucumis sativus][more]
BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CsaV3_3G022780 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucumber (Chinese Long) v3
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableCOILSCoilCoilcoord: 62..92
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 88..102
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 72..102

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CsaV3_3G022780.1CsaV3_3G022780.1mRNA