Cp4.1LG19g09230 (gene) Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1

Overview


Name	Cp4.1LG19g09230
Type	gene
Organism	Cucurbita pepo (Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1)
Description	Unknown protein
Location	Cp4.1LG19: 6082808 .. 6088661 (-)
RNA-Seq Expression	Cp4.1LG19g09230
Synteny	Cp4.1LG19g09230

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGTTCTCTAATCGATCTTCTCGCGCAGTTCTTCGAGGAAATAGCTTGCGAATTTCCTTCGGTACTCCTTATATGAAGGTAAACGCTTCGAGCGCAAGTTTTAGTGTATTTCGTGGTGCTTGATGCCTTTTTGGCTCCAGAAAAGAGAAGGGCGCTCTTCTCGATTAGTGCATGTGATTCAAAGATCATTGTTAATTAATGCGAGTTCGTTCTACATATCTCGATGCAAATTACATGATTATTCTCATCATAAATTCTTCAATTGCAGTATTGTTTAATGGTTTCGCTCATGCGTTTGAGGATCATTTTATTTCATTTTATTTTACCGAAGGAATAGGCCACAATCATTTACTAATTACGAAACTATATTTTAGCACACTTAAGAATGGATTAAAAATACTTAGAAACTGAGATCTGAGGAACTGGCTCAAGAACAATCATGGAGATTATTCACGAAATTTTTATCAAATCGTAAGAGTCGTTTATAAGGTCTTATAAAACTAGGGTTTAAGACGTAAAAAATTAAGGTGTTGTCTGTTAACTAGGGTTTAAGGCATAAATTGTTTTTGCATAATTGTGCTTGTTTACGTTACATGAAAGATGTTATGGAAGTAATGATTAACGATTTGATTGATCTTTCCAGCAGGAAAAGTTTGTGCTCCCAAACTGTTGCAAGAAAATGGAAATTTCTTGTGGTTCTAGTGGTTTTTATTTTATAATTGTTTATTATTCCGTCCGTTGGGGATATTTGTTTTCCTTTTGTCGCTTTCCGAAGGTCTCGAAAGCAGATTGGAGAGCGAGGGCTCAATCTCATTATACGGTGGGCGGTGGATAAAGCTGAGGAGATGCTGCCGCCGCAGCGAGGTCAGTAGAAAAAAGTTGAAATTGCTGCAGCAGCTGCTGTTGCTGGTGTGGAAAGGACATCAAAATTCAAAAGAAGTATGCTCCCGAAAGGTCAGAATGACTTCTAATAAAGCTGAAAATGCATTAATATGATGGTTGCCTGTCAGAACTCAGCAGTAGTGCCGCTTGGTAAAGTTGAAGCATCCCCATTTTTTGAAGCCTAACCCCATTTCACAAACTTCCCAGCTTGTCTCCAACACTCTGGAGAGTACCAGACGCCCTAGAGACCTTGGGTATGGGCTATTGATTTCAGGTAAGATTTCTTGCTCATTATTATTTGTATTTGTAACGTGTTTTTCTAAGGCATGATTGATCGAGTAAATTGATTTATTATACTGCTGCAGAGACGAACTCGGTAAGAAATGGGCTTAGCCCATTGAAATTTTCCCCAGCTTTCACGTCTGCGTACATTAGATGCCTGTAATAAGAGAAGATCTGAACATTTGCTCTTCCATTTTGTAGCAAACTATATGGAGCAATGCCATAGATGGAAGCATTCAAAAGCTTGTCGTCTGGAGACCGCTTTAGATGATTCATTGACGTAATTAAAAGAGGTAACTATTATTATTTTGTGTTTCCCTTCAGAATTTATTTTGTATTGTTGGATTTGATAAATGCTTCATATTTTTTCATTTCAATAATACTTTACGTTGAAGACACTCATTGCAGAACACACCGCTGTAGCCTTTAATTGCATTGTACATTAAAGACATAAGAACATATCTGTTCCTCAATTTTCCAAGCATATTCCCGCAGTAAAAAATTTAAGAGCTTCTTTCTTATCAATGTTTAACTGTCTGGGGTCATCTATTTACTCGAAATCTGAGATTTCCAGACCCTTTTCTCTACCAGACAGAGGGGCAGGGTACCATTTCAGATAATCCAATTCCCAAAGCTCCATAGCTGATTTAAAGCCTTCGCTGTTATAAATGTATTTTATATGTTTATAATTTTTATTAATCTGGGTTTATCTAACTAGCAAATTTCTATTTCTGAAGAAACAAAGTTGTAGTCCTGAAAGAACAAATTTATATATTGAACATATTTAATTCCTTAATCATGAGTAGAATGCAACGAAGACTAATTCCTGAAAATTTAAGTTGCAATTCCAGGATTGAAATAGATTCGTCCTTTTTTTTTCTCCACCAGTTTCTAGGGGCAAAAAAATATGGAAATGTAAGCGGACTACGCTTTTTCTGATATTATGAACAAACACACTCTCATAGTACTTCTTGGATTATAGGTTTCCAACAAAATCAAAGCCTTCTTTAATGAGGGTTTCACCTCTCATTCGCTGTTCTGTCTCAGGGTTAACGAAGATTATAATTTGTAGATAATGACAAAAAAGAAAAAAAGACATTGTATCAGTCTACATTCTAGCCACAGAATTGAAATATTGGTATTATAGATGTAAATCTAACAGCCTACCATACACTTTCCTTTCGCATCTTCCGCGACGGCCATCTCTTTTTTTTACTTCTGCTGATACAGTTTCATTGGTTTTGTTTTGGGGAGGAGTTACTCAACTTATTTCAGTTGATTTTGGTAACATTGATGCTTAAAACATCCAGGTAAGAGGTAGAAGTAACACGACAAAGTGTAATGAGATATATTCGTTCAAGAACTGAATATTGCCTCTCTCCCTTGTTCGATGCTACTAATATTGGTCTGTGTCACATGCACTTACTCTAAAATCTATCTTCTTAGAACTTAGTCAACAAGGATACATTATTTCACGAAATGGGTTTGAAGTAAAACTTCTAACAAGTTCTTACGTTTGTTTCTTCTTCATGGCTTGTTTGTTGTTGTGCATCCAAACCTTGAAAACTTGCCTCCTTACGCCCACCTCAGCGCAGAACTGCTGCACTTCCAATTCATCGTGTTTCTGAATTCTCCACCCCAGTTTTTCAGCAAACTCTTCCATCTTGTCCTTCTGTCCCTGTGTGAACTTTGTTCTAAATCGTTTTTTCATTAATTGTTGCTGCTGACCGAACAGGTCCCGGGCTCCATTATTGGACTGGTGAAACATGTTTAGATCTTCACTTGAAGACTCGTCCGGAGCTCCATTGCTTCCTCCAAATGCCATCATCGAAGAAATTGGAACTGCCGGCAATTGATGGTGGCGGGAGAGTGGAACTGGTGACCTATCAGTGCGATGGCCATTGTTTCTGATGGTGTTGGAGATGAAAAAACCACTGGGTACAGCTAGCTGTGTGGGCTCGTGATCTTTCACCTCTTTCCGGTGAAAGTTCCGATGGCATTCACAGGCTGCACACTTCAAGGCCTCGGGCGTTCCAGTTTCTCCACCAGGCATGAACTCGCCACAACCATCGAGAACATGGCCTCCAGTACTCGCTGCGTGGTTCTTCAAACATTCTCGATACCGAACTGAAGGAATAACATTATTACTTGCAGGTGGTGTTCTTGAGATTGATCTGCTGCTTGCGATCGGCTGAGTATCTGCAGAGGGTGAGGCAGTAACGGAGGTCTGGACTGGATCTGGGGTTGCTACAGGATGGTCTGTTGTGTGTTTGTGTAAATACTGATGCAGACTCAGTTTGTGATGGTTTTGATTCAGTTGATGAGAGAAATGGAGCTGGGGTACTGTGTGATCTCTTCTGGTATCAGCTGGTGTTAGATGTGTATGATCAGAATTAGGCAGTTTGGTTGAAGATTCCGTATTTGATTGATAGCACAAAGGGGAAGGAGTTCCTATTTCCTCATCTTCACCTCTCATCTCCATTAATATCTGATCTCCAAAAAAAAGGTAACAAATCTAAACTAGCTTACTTTTGGGTGCCAATAACTAAGCCACCTTCCACATCATTACCCTTCTATATCCTAGACATTCATTTGGATCTTCCACGAACTAAGCAACGCTAAGCTCCCTCTGATCATGATCTCAATTAGCCAGGTAGCTAATTAATCTCCAGATTCCTTTGCTAATTCCTGGTGCTTTCTTGCGTCCTCCATCACTCCCAATCCGTTCTCGGAAGTGCTACAAACTGTTGGGTAACAGGAAATAAATGGATTACTGGGGACGGAAAGACAAAAGAGGAGAAATTTTCAACATCTATGAATTCTTGAATTCATACAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGGGACCTACCAGCGTCTGCTATCAAAATCTTACCTTTGTTAAATTGGGGAGGGAGGGGAATATGAAGAAATATGCAGTAAGTAAGTAAGAGCAGCAGGAAAACGACAATAGTGAATATGGAAGCTGCTGGGGGATGGATGCAATCAGAAGAAAGAGAGTATAAGAAGAAAGAAAGATGGTGTGTAGGAAGAAGGTAAAGAGAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTNCTACCACCCGCCCAAACCCAAGATCGGAAGCCGCAGGTGTGGGGGTTTGGAGAATAAAGTGATGACTGCAGAAGAGGACTATTCCAGCAAAACAACCGACAAGGTCATGTTAGTCATCTCCCACAGCCTGCAGCTTTGGTCCTGTTTCTAATAATTGCCTTTCTGGGCACTTTCTGAAACCCTAAACCACTCCCCACTTCCCTAATAAATGTATTCAAATATGCAAGACAGCAGGAGATTAGATTAGATTAGTGACGAAGCCCAAGCTGGTTTTCTGACTAGACTCCTAACTCGGCTGCCCCTTGCCTGGAATGGGATTCTCCCAAAGACAAAACAATACCTCTAAACAAGGGATTATTATGAGCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTTTTATGAGGGGTGGGGTTATAAAGTGAAGGAAGGGAAGGATGGTCCACTTATGTTTGTAGTGTCAGATTCTCTTTCCCCCTTTCCCCATCAAGGCTGTGGCTGTCTTAATGTTTCTGCAACTCCACTCATCCCCTAACACAACACTTTGCTACGTCTCCACTCTTTTCCATTTATATCAATCGCTAACTTTTGGGGCATTTGGTGGATATCTAACACTGCACGCCAATTTGTACAACACTCACTCACCACTCTGGTTTTTCACCCTTTTCTCTCTTTCTTCATTATACCTCTCCTTTATTTGGTCCACCCCACTTTCCATACCTCTCGCTCTAGGCCTGTCTTCTTTGTTTTTTTACCACGCCCCCTCAGTCCCTGCTCATTTTGACCAGATCTTAACGCATTCAATTCACTGATTTCTTTGTACCAACGCAGCTGAAGTTTGCTTTTGTTCCTGTTCTACCGTCAACTTTCAACAGTTCTCTGCTCCTCCTTTCTCGGTAACTTTTTTTTTCTACCAATCCCTACATATGAATGATACAATTCCTTTTGATTTACTGAGCTTGTATGAGTAAGTTTTCAGCTAAGTTTAGTTTTGATTATCTAACAAACTCTCCCTTACATTAAATAAGTTTAAATACATTCAAAGTTTAGGAGAAAAAATGGAGCTTTGTCAGTCTACCTCTATTATTTTGTTTCTTTAGGAGAAAAAAATGGAGGTTACCTATCTCTATTATTCTGTTTTTTTCTGGGTGGGAAACGCTAGAAGTTTCTTAATCCTTATTAATTAATTTGTATAATGCAGATCAGCTATTGCAAACTAATCAAAGAATAATTTTCTTGGATTAGCAACCTTATAGGATGTTAACCTTTTAGAAAAAAATCTCGCCTATATTTAGTTAAGTAGAAATGATTACTTATGTATTTATTAAGCCTTTGCAAGCTGATTAATTGTTGCCCAACGTCTCTAACTACTAAGGTTAGCAATTAATTGTAATTAATAGCATAAATAATTTATGTTAACATATGAACTTAATTTTCTTCATTAGGTATCACATTTAATGTTAGCTATTTGATTTCCCTCTTTTGTACTAAATTTATGGTAATTCACTTGATGGAATGGACTTTTCTTTTCCCAATGTTGGCACTTTGACAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT

mRNA sequence

ATGTTCTCTAATCGATCTTCTCGCGCAGTTCTTCGAGGAAATAGCTTGCGAATTTCCTTCGGTACTCCTTATATGAAGGAAAAGTTTGTGCTCCCAAACTGTTGCAAGAAAATGGAAATTTCTTGTGGTTCTAGTGGTCTCGAAAGCAGATTGGAGAGCGAGGGCTCAATCTCATTATACGGTGGGCGGTGGATAAAGCTGAGGAGATGCTGCCGCCGCAGCGAGGTCAGTAGAAAAAAGTTGAAATTGCTGCAGCAGCTGCTGTTGCTGGTGTGGAAAGGACATCAAAATTCAAAAGAAGTATGCTCCCGAAAGCCTAACCCCATTTCACAAACTTCCCAGCTTGTCTCCAACACTCTGGAGAGTACCAGACGCCCTAGAGACCTTGGGTATGGGCTATTGATTTCAGCAAACTATATGGAGCAATGCCATAGATGGAAGCATTCAAAAGCTTGTCGTCTGGAGACCGCTTTAGATGATTCATTGACGTAATTAAAAGAGGTCCCGGGCTCCATTATTGGACTGGTGAAACATGTTTAGATCTTCACTTGAAGACTCGTCCGGAGCTCCATTGCTTCCTCCAAATGCCATCATCGAAGAAATTGGAACTGCCGGCAATTGATGGTGGCGGGAGAGTGGAACTGGTGACCTATCAGTGCGATGGCCATTGTTTCTGATGGTGTTGGAGATGAAAAAACCACTGGGTACAGCTAGCTGTGTGGGCTCGTGATCTTTCACCTCTTTCCGGTGAAAGTTCCGATGGCATTCACAGGCTGCACACTTCAAGGCCTCGGGCGTTCCAGTTTCTCCACCAGGTGGTGTTCTTGAGATTGATCTGCTGCTTGCGATCGGCTGAGTATCTGCAGAGGGTGAGGCAGTAACGGAGGTCTGGACTGGATCTGGGGTTGCTACAGGATGGTCTGTTGTGTGTTTGTGTAAATACTGATGCAGACTCAGTTTGTGATGGTTTTGATTCAGTTGATGAGAGAAATGGAGCTGGGGTACTGTGTGATCTCTTCTGGTATCAGCTGGTGTTAGATGTGTATGATCAGAATTAGGCAGTTTGGTTGAAGATTCCGTATTTGATTGATAGCACAAAGGGGAAGGAGTTCCTATTTCCTCATCTTCACCTCTCATCTCCATTAATATCTGATCTCCAAAAAAAAGCTGAAGTTTGCTTTTGTTCCTGTTCTACCGTCAACTTTCAACAGTTCTCTGCTCCTCCTTTCTCGGTAACTTTTTTTTTCTACCAATCCCTACATATGAATGATACAATTCCTTTTGATTTACTGAGCTTGTATGAGTAAGTTTTCAGCTAAGTTTAGTTTTGATTATCTAACAAACTCTCCCTTACATTAAATAAGTTTAAATACATTCAAAGTTTAGGAGAAAAAATGGAGCTTTGTCAGTCTACCTCTATTATTTTGTTTCTTTAGGAGAAAAAAATGGAGGTTACCTATCTCTATTATTCTGTTTTTTTCTGGGTGGGAAACGCTAGAAGTTTCTTAATCCTTATTAATTAATTTGTATAATGCAGATCAGCTATTGCAAACTAATCAAAGAATAATTTTCTTGGATTAGCAACCTTATAGGATGTTAACCTTTTAGAAAAAAATCTCGCCTATATTTAGTTAAGTAGAAATGATTACTTATGTATTTATTAAGCCTTTGCAAGCTGATTAATTGTTGCCCAACGTCTCTAACTACTAAGGTTAGCAATTAATTGTAATTAATAGCATAAATAATTTATGTTAACATATGAACTTAATTTTCTTCATTAGGTATCACATTTAATGTTAGCTATTTGATTTCCCTCTTTTGTACTAAATTTATGGTAATTCACTTGATGGAATGGACTTTTCTTTTCCCAATGTTGGCACTTTGACAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT

Coding sequence (CDS)

ATGTTCTCTAATCGATCTTCTCGCGCAGTTCTTCGAGGAAATAGCTTGCGAATTTCCTTCGGTACTCCTTATATGAAGGAAAAGTTTGTGCTCCCAAACTGTTGCAAGAAAATGGAAATTTCTTGTGGTTCTAGTGGTCTCGAAAGCAGATTGGAGAGCGAGGGCTCAATCTCATTATACGGTGGGCGGTGGATAAAGCTGAGGAGATGCTGCCGCCGCAGCGAGGTCAGTAGAAAAAAGTTGAAATTGCTGCAGCAGCTGCTGTTGCTGGTGTGGAAAGGACATCAAAATTCAAAAGAAGTATGCTCCCGAAAGCCTAACCCCATTTCACAAACTTCCCAGCTTGTCTCCAACACTCTGGAGAGTACCAGACGCCCTAGAGACCTTGGGTATGGGCTATTGATTTCAGCAAACTATATGGAGCAATGCCATAGATGGAAGCATTCAAAAGCTTGTCGTCTGGAGACCGCTTTAGATGATTCATTGACGTAA

Protein sequence

MFSNRSSRAVLRGNSLRISFGTPYMKEKFVLPNCCKKMEISCGSSGLESRLESEGSISLYGGRWIKLRRCCRRSEVSRKKLKLLQQLLLLVWKGHQNSKEVCSRKPNPISQTSQLVSNTLESTRRPRDLGYGLLISANYMEQCHRWKHSKACRLETALDDSLT

Homology

[Close]

BLAST of Cp4.1LG19g09230 vs. NCBI nr
Match: KAG6594824.1 (hypothetical protein SDJN03_11377, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 291 bits (744), Expect = 1.15e-98
Identity = 147/163 (90.18%), Postives = 149/163 (91.41%), Query Frame = 0


Query: 1   MFSNRSSRAVLRGNSLRISFGTPYMKEKFVLPNCCKKMEISCGSSGLESRLESEGSISLY 60
           MFSNRSSRAVLRGNSLRIS GTPYMKEKFVLPNCCKKMEISCGSSGLESRLESEGSISLY
Sbjct: 1   MFSNRSSRAVLRGNSLRISLGTPYMKEKFVLPNCCKKMEISCGSSGLESRLESEGSISLY 60

Query: 61  GGRWIKLRRCCRRSEVSRKKLKLLQQLLLLVWKGHQNSKEVCSRKPNPISQTSQLVSNTL 120
           GGRWIKLRRCCRRSE SRKKLKLLQQLLLLVWK HQNSKEVCSRK         LVSNTL
Sbjct: 61  GGRWIKLRRCCRRSEDSRKKLKLLQQLLLLVWKRHQNSKEVCSRK---------LVSNTL 120

Query: 121 ESTRRPRDLGYGLLISANYMEQCHRWKHSKACRLETALDDSLT 163
           ES RRPRD+GYGLLIS+NYMEQCHRWKHSKAC LETALDDSLT
Sbjct: 121 ESARRPRDVGYGLLISSNYMEQCHRWKHSKACHLETALDDSLT 154

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Cp4.1LG19g09230 vs.


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Cp4.1LG19g09230 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
KAG6594824.1	1.15e-98	90.18	hypothetical protein SDJN03_11377, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori...	[more]

BLAST of Cp4.1LG19g09230 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Cp4.1LG19g09230 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Cp4.1LG19g09230.1	Cp4.1LG19g09230.1	mRNA