Cp4.1LG02g02920 (gene) Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1

Overview
NameCp4.1LG02g02920
Typegene
OrganismCucurbita pepo (Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCp4.1LG02: 3504068 .. 3506808 (+)
RNA-Seq ExpressionCp4.1LG02g02920
SyntenyCp4.1LG02g02920
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
CAGCATCCCTATTGCTCGATAGGGTTTCACAATTCTTAAATGCTCAACAATTTCTCTTTTTTCTTCTCTCTCGGTGGTGATTGTTCTTCATTTCTCTTTCTCTATGCCCTTTTCTGGTTGGGTCATCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGCTTCGCTTCTTGATTTTGTGCTCTTAAATTTCCTCTGCTGTAAGAGGAAATAATCGCGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCCGAGACCGCGATGAAGATTGCATGGATCTTGCTTCTTTTTCCGGATGCAGATTCTTCCAGGTTTGGATGTTTTCGTTCTTGTAATTTACTATTTTAAGATCTGGAAGAATCGCTCATAGGAGCTAGTTCGTTATCGAAACTCGAAGGTTTGAATTCGCTTGAGCGGTCTGGATTTTATTGATCTTTGCGCGTGGTGTTGTTTGTGTTAATGCGTATTTAGAATGGTTAATTGATTTGTACGAGTATACTTGATTACCTCGTTGAAGGTTTCTGTGTGTTTTTTACTGTTGATTTGGCGGAATCTGTTTATGTTATAGCTTGATGATGTCTCTGTTCGGACTTCGGTGACGGTTTTTATTCATCTTTTTCTTAGTCGTTGACTTGGAATCTATCTGTTGATTGCACAGAGTCCTAATTTCTGTTTACGCTTTTTATTCATCTTTTTCTTAGTCGTTGTTAACCTGTTTGCTCATCTTGGGAAGAGTAATTCATTATAACTCGATTGTTATATGGAAAATATAAATTCTTTTTTTTCCTTTTCACCAATGAACGGGTTTGCTTGAATTTGTAGATCTTGTTTTTTCCGTCGGATTTTGTGCACAATCCTCCTCCTTGCATTTAGTATTGTAAGCTTTTCTAACAACCTTCTGAACTCGGCAATAAGAAAGGGTGGAAACTAACCAAGGTAAGTCAGCTTTTTTCCTCTGTTTACGGCATGTGAAGTTGTTATATTTGTTAACAAATTCTGTTCATTTCTTGGAAGGTTTTGGGTAATAATGGAACCAAATGGCTCTCTGTTGCAAAAGCTGTTATTTTGATTATGCTGTGGAATGCCACCCATGCCTCCTGTGTATATATATATATATATAATAATATTGTTACTACTTACACGCCTTTGGTCGGTCTTATTTCAGAAGTAAATATTAGAAAATAGCTGTAATGACATATATAGATGAAAAGGAAATCTTATTAAAGTTTTGTTCTGTTTCCTCGAACCTATTAAAAGCTTAGTAAGAACTGTTTGTTTTTCTTTACTTCATGTGAAAACAAACCTGAGTTGTTGAATTATTTTTTCGTATTTCTTGAAATTTGGCTACGAACCCTTTTCTGGAAGAAAACAAAAAACGAAATAATTGGAGATATTCTCTTCTACAGTAGCCAACTATTGCACGAGCACACACGGTGTGGCTTGATCGATCACAGGACCATGGGTGTAGGCCTGGGCTTGGGCCCTTGGACGAGCTTTGTACAGATTGGAAGATGGGCCATGGCTCTTCGACGAGGTATGTACAGTTTGAATGCCACTGTTAAGGGATGTTTCATTGGTTTAGTTTGGTTGCTTTTATTTTATTTTTATGAAATATTTGAAACCAATCCCTTGATACATTATAATTGAACTAACCCAGTTTGGTTCAAGATTAGCAAGCCAAACAGAATCAAACCAGTGGCGAATTAAACCACTTTAATCGTATTCAATTCTTTTTTCTAATGACGTTAGCCTTGCTTGATTCCTTTTGGACATAAATTTAGTTTGGAGATCAATATCTTTGTTCATGTAGGCCCTCTTTTTTTCCATACTCTTTCAGGGTCGATCAAATTTAAGATGAGTATTAATGCTTCTGTGTTTTGTTCATATGGTTTAGGGACTAAAGTATTAGTATCACTCTTTTTTGTTTCATGCTTTATGACCACACTTATTAAAAAAAAAAAGAAACTATATTTGAACCTAACTATTAGTAACTTGATTATTTCGAGATAGAAACAATACGAGCTGCCATCCACACCATAATATATGAAGTTTTTTGAAAAAACTTGCTAGTGAAGGAAACCATCCCTTGACAAAACTTTGTATTGTTTTGTTAATTTATTGCTTGGTGGCCGAAGAAAATTGGCTTAATCATAACCAATATGTCGATTTAAAGATATTCATTTAACATATTAGGTGAAGGTGAGAATTATGTTCTCTATCCCTATCTCGACCTCTCTATATATATTCTCACTTCTCTATTATTTTTTATAATATTTTTGTTTTTTTTTTCCTAAAAAAATATAGATAAATTATTGATAGAATTGATAAAAGCTCAACATTCACAGAAGAATATGGAAGGCATGTGGAGGAAAAAGTGGAAATGGGCAGCCCACTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTAGCATTAAAACAAATGGGTAATGAATGAATGAATGAAAATGAAAAGCTTCTAAAAGCCAAGTCCTTTGATCATTCATCTTCACAATGCCATTGCCTTTTCTTCAACCATTTCTTTTTCTTTTCTTCTTCATTGTGTTTGTTTTCTTTGGTGAGAGGCCCTCAATCGGGATCGGACCTATGTGAATCGCTATTAAAACGTTAACATTATCAAGCTGGAATCAGTCGTGTTCGTGGGTTCGATGTAAAATTTTAGCTAAATTAATAAAATTACTCACGTTGTATTTTGTTTCAAAAATGCACTAGTTTCAATAGTACTCTTAAACTT

mRNA sequence

CAGCATCCCTATTGCTCGATAGGGTTTCACAATTCTTAAATGCTCAACAATTTCTCTTTTTTCTTCTCTCTCGGTGGTGATTGTTCTTCATTTCTCTTTCTCTATGCCCTTTTCTGGTTGGGTCATCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGCTTCGCTTCTTGATTTTGTGCTCTTAAATTTCCTCTGCTGTAAGAGGAAATAATCGCGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCCGAGACCGCGATGAAGATTGCATGGATCTTGCTTCTTTTTCCGGATGCAGATTCTTCCAGTAGCCAACTATTGCACGAGCACACACGGTGTGGCTTGATCGATCACAGGACCATGGGTGTAGGCCTGGGCTTGGGCCCTTGGACGAGCTTTGTACAGATTGGAAGATGGGCCATGGCTCTTCGACGAGGTATGTACAGTTTGAATGCCACTGTTAAGGGATGTTTCATTGGTTTAGTTTGGTTGCTTTTATTTTATTTTTATGAAATATTTGAAACCAATCCCTTGATACATTATAATTGAACTAACCCAGTTTGGTTCAAGATTAGCAAGCCAAACAGAATCAAACCAGTGGCGAATTAAACCACTTTAATCGTATTCAATTCTTTTTTCTAATGACGTTAGCCTTGCTTGATTCCTTTTGGACATAAATTTAGTTTGGAGATCAATATCTTTGTTCATGTAGGCCCTCTTTTTTTCCATACTCTTTCAGGGTCGATCAAATTTAAGATGAGTATTAATGCTTCTGTGTTTTGTTCATATGGTTTAGGGACTAAAGTATTAGTATCACTCTTTTTTGTTTCATGCTTTATGACCACACTTATTAAAAAAAAAAAGAAACTATATTTGAACCTAACTATTAGTAACTTGATTATTTCGAGATAGAAACAATACGAGCTGCCATCCACACCATAATATATGAAGTTTTTTGAAAAAACTTGCTAGTGAAGGAAACCATCCCTTGACAAAACTTTGTATTGTTTTGTTAATTTATTGCTTGGTGGCCGAAGAAAATTGGCTTAATCATAACCAATATGTCGATTTAAAGATATTCATTTAACATATTAGGTGAAGGTGAGAATTATGTTCTCTATCCCTATCTCGACCTCTCTATATATATTCTCACTTCTCTATTATTTTTTATAATATTTTTGTTTTTTTTTTCCTAAAAAAATATAGATAAATTATTGATAGAATTGATAAAAGCTCAACATTCACAGAAGAATATGGAAGGCATGTGGAGGAAAAAGTGGAAATGGGCAGCCCACTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTAGCATTAAAACAAATGGGTAATGAATGAATGAATGAAAATGAAAAGCTTCTAAAAGCCAAGTCCTTTGATCATTCATCTTCACAATGCCATTGCCTTTTCTTCAACCATTTCTTTTTCTTTTCTTCTTCATTGTGTTTGTTTTCTTTGGTGAGAGGCCCTCAATCGGGATCGGACCTATGTGAATCGCTATTAAAACGTTAACATTATCAAGCTGGAATCAGTCGTGTTCGTGGGTTCGATGTAAAATTTTAGCTAAATTAATAAAATTACTCACGTTGTATTTTGTTTCAAAAATGCACTAGTTTCAATAGTACTCTTAAACTT

Coding sequence (CDS)

ATGAAGATTGCATGGATCTTGCTTCTTTTTCCGGATGCAGATTCTTCCAGTAGCCAACTATTGCACGAGCACACACGGTGTGGCTTGATCGATCACAGGACCATGGGTGTAGGCCTGGGCTTGGGCCCTTGGACGAGCTTTGTACAGATTGGAAGATGGGCCATGGCTCTTCGACGAGGTATGTACAGTTTGAATGCCACTGTTAAGGGATGTTTCATTGGTTTAGTTTGGTTGCTTTTATTTTATTTTTATGAAATATTTGAAACCAATCCCTTGATACATTATAATTGA

Protein sequence

MKIAWILLLFPDADSSSSQLLHEHTRCGLIDHRTMGVGLGLGPWTSFVQIGRWAMALRRGMYSLNATVKGCFIGLVWLLLFYFYEIFETNPLIHYN
Homology
[Close]
BLAST of Cp4.1LG02g02920 vs. NCBI nr
Match: KAG6608014.1 (hypothetical protein SDJN03_01356, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 142 bits (357), Expect = 2.90e-41
Identity = 65/67 (97.01%), Postives = 66/67 (98.51%), Query Frame = 0 

Query: 1  MKIAWILLLFPDADSSSSQLLHEHTRCGLIDHRTMGVGLGLGPWTSFVQIGRWAMALRRG 60
          MKIAWILLLFPD DSSSSQLLHEHTRCGLI+HRTMGVGLGLGPWTSFVQIGRWAMALRRG
Sbjct: 1  MKIAWILLLFPDVDSSSSQLLHEHTRCGLIEHRTMGVGLGLGPWTSFVQIGRWAMALRRG 60

Query: 61 MYSLNAT 67
          MYSLNAT
Sbjct: 61 MYSLNAT 67

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Cp4.1LG02g02920 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cp4.1LG02g02920 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6608014.12.90e-4197.01hypothetical protein SDJN03_01356, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of Cp4.1LG02g02920 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cp4.1LG02g02920 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Cp4.1LG02g02920.1Cp4.1LG02g02920.1mRNA