Cp4.1LG01g22840 (gene) Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1

Overview
NameCp4.1LG01g22840
Typegene
OrganismCucurbita pepo (Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCp4.1LG01: 20035814 .. 20037097 (+)
RNA-Seq ExpressionCp4.1LG01g22840
SyntenyCp4.1LG01g22840
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonCDSpolypeptidethree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATTATAATGGAAAACGCAGTGTTTTGAAAGGTAAGCATTCTTCCATGAATGTCCAATTGTTAATGGAAGCTTGGAAAGTATGTCTCATGACAATGAGTAACTGCAATCGATGCATTATCTAGTCACAATGGTCGGTATCTGTTATTTCAATCAATCACTAATAATAGCATCTTCTTCAAGTTGGCTTCAAATCTTTGCCTACATTTTTCCAGATCTGAGTTGATGAAGGGTTGCTTAGCAGTTGAACACATTTGGAGCCCCAAAGATAATAGTGGGTTAGTTCATTGAAATTATTGTGTTAATAATTTTTGTCAATAAACAGATTAGCCTTATAGAGTTGTGAATGAACAGCTTTCCGAGCGGCATTGACTTTCCATCTACTAAAGAAACTGCTTGGATTATAATGCTACTCATTGGCTTTGGTACACCCAGGAAGACAGGTACTTAGGGATTTTAATTTTGTCCACCCTGCAGGGTAGACTAATAATTGGAGCGTTCATTTTTTAGCACTAATATTTAATCATATCATCAATTTTTGCTTAATTTAATTTGGCAATATGGTTTTAGAATTTTTTTTTTTTTAAATCTTTTGATACTGCACTGTTACATGATCAGCTAAATCTTGCAGAAAAATATGATTTGTTATTTGTAATTTGCAATAATTCCTAAAAATTTAACAATAATTGACATACAATCATGTGAAATAGATGGAAACTAGTTAAAACTTTATGCTCTCAAGATCTAATATTGAAATTATATATGTATTAACATTGTTTTGAATTATTGAATTTTGACTAAGCTGCCTTTAATTTACTGACCCACATCAACCAAAAGTTCTATCTTTAATCGGCATTTACTGCCGGTAATAGTTGCCTATTTCCCCACCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAAAAAACTATTTTATTCCCAACCACTAAATTTTTTTATGAGTGATTATTACTATTATTATTTTTTAAAGACCTCTAAATAATAAAAAAACATTAACTGAAAAGTAGGTTGGTAAACGATATTTATTAGCATAAAAGCTCGATTAACTCTCACGAAAAAAAATATAAAAAAAGGGATAAATAATAATAATAAAAATAAAAGATCAATTTTAATTTAAAAGAAAAAATGGTGGGTTGGAATAAAGGGTGTTCGTGGTAACTTTAAGGTTGTCCCTCCAATTTAAATTACTATTTCATAATTTCACAATTAAAAATTTGTTTCCTCTTAACTTATTTTCACACAGTCTTCATTCTAATATATATATATAATATAT

mRNA sequence

ATTATAATGGAAAACGCAGTGTTTTGAAAGGTAAGCATTCTTCCATGAATGTCCAATTATCTGAGTTGATGAAGGGTTGCTTAGCAGTTGAACACATTTGGAGCCCCAAAGATAATAGTGGCTTTCCGAGCGGCATTGACTTTCCATCTACTAAAGAAACTGCTTGGATTATAATGCTACTCATTGGCTTTGGTACACCCAGGAAGACAGGTACTTAGGGATTTTAATTTTGTCCACCCTGCAGGGTAGACTAATAATTGGAGCGTTCATTTTTTAGCACTAATATTTAATCATATCATCAATTTTTGCTTAATTTAATTTGGCAATATGGTTTTAGAATTTTTTTTTTTTTAAATCTTTTGATACTGCACTGTTACATGATCAGCTAAATCTTGCAGAAAAATATGATTTGTTATTTGTAATTTGCAATAATTCCTAAAAATTTAACAATAATTGACATACAATCATGTGAAATAGATGGAAACTAGTTAAAACTTTATGCTCTCAAGATCTAATATTGAAATTATATATGTATTAACATTGTTTTGAATTATTGAATTTTGACTAAGCTGCCTTTAATTTACTGACCCACATCAACCAAAAGTTCTATCTTTAATCGGCATTTACTGCCGGTAATAGTTGCCTATTTCCCCACCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAAAAAAACTATTTTATTCCCAACCACTAAATTTTTTTATGAGTGATTATTACTATTATTATTTTTTAAAGACCTCTAAATAATAAAAAAACATTAACTGAAAAGTAGGTTGGTAAACGATATTTATTAGCATAAAAGCTCGATTAACTCTCACGAAAAAAAATATAAAAAAAGGGATAAATAATAATAATAAAAATAAAAGATCAATTTTAATTTAAAAGAAAAAATGGTGGGTTGGAATAAAGGGTGTTCGTGGTAACTTTAAGGTTGTCCCTCCAATTTAAATTACTATTTCATAATTTCACAATTAAAAATTTGTTTCCTCTTAACTTATTTTCACACAGTCTTCATTCTAATATATATATATAATATAT

Coding sequence (CDS)

ATGAATGTCCAATTATCTGAGTTGATGAAGGGTTGCTTAGCAGTTGAACACATTTGGAGCCCCAAAGATAATAGTGGCTTTCCGAGCGGCATTGACTTTCCATCTACTAAAGAAACTGCTTGGATTATAATGCTACTCATTGGCTTTGGTACACCCAGGAAGACAGGTACTTAG

Protein sequence

MNVQLSELMKGCLAVEHIWSPKDNSGFPSGIDFPSTKETAWIIMLLIGFGTPRKTGT
Homology
[Close]
BLAST of Cp4.1LG01g22840 vs. NCBI nr
Match: KAG6602508.1 (Transcription factor MYB106, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 104 bits (260), Expect = 1.79e-24
Identity = 49/53 (92.45%), Postives = 50/53 (94.34%), Query Frame = 0 

Query: 4  QLSELMKGCLAVEHIWSPKDNSGFPSGIDFPSTKETAWIIMLLIGFGTPRKTG 56
          Q SELMKGCLAVEHIWS KDNSGF SGIDFPSTKET+WIIMLLIGFGTPRKTG
Sbjct: 7  QRSELMKGCLAVEHIWSLKDNSGFRSGIDFPSTKETSWIIMLLIGFGTPRKTG 59

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Cp4.1LG01g22840 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cp4.1LG01g22840 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6602508.11.79e-2492.45Transcription factor MYB106, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia][more]
BLAST of Cp4.1LG01g22840 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cp4.1LG01g22840 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Cp4.1LG01g22840.1Cp4.1LG01g22840.1mRNA