Cp4.1LG01g02930 (gene) Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1

Overview
NameCp4.1LG01g02930
Typegene
OrganismCucurbita pepo (Cucurbita pepo (MU‐CU‐16) v4.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCp4.1LG01: 2127871 .. 2138636 (-)
RNA-Seq ExpressionCp4.1LG01g02930
SyntenyCp4.1LG01g02930
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
CGCGGTGAGACTCCTGATTTCCATCTGAATCCGCGGGAAAAAGAGAGATCAAAGTCCTATGGAAAATCGATCGCGTCCAGGTTCTCTGTAGTCGATTCTCTTCTTTGTTCTCTCTCGTTGGAGTTCTTCATTGCTTTACAGGTTTTGTGCTGTGTTCCTGTTCAGAATCATCCATGTGGCGGTTTTCTGGCTCGGGGCTCGATCACTTACTTTCTTTACGAGAGCTTTGCGCTTCCAGGTAATGTCGTTTTTCCTCAGTTACCTTCTCATTTCCAATCAGTACAGATTACTGCGGTGTTTCTGTTTTTTTTCTTCCATGGTGGTAATGAATGTTTTCTTCCTTTCGTAGTAGATGATCTTGATTTTTGATCGTTGTGTGTTGTTTTTTTTAACGGAAGTTGAGTTTCTTTGTATGTAATGAATGCATGGCTGGGATACTGGCATCGGATGATTCTTAGGTGAACTATTTAAGACTTATATCATTGTTTATTTCAGGATTTTGACGCGATGTGTATAATGTTCTTGCTTAAATGTTTTATACTTCACTTGCATGACGAGCTATCTGATTTTCTCACAGAATGCAGCCTCAGGGATATTGCATCCACGCTATTTTTTTACGGCTCATTCATTTCTAAAAAAATAATTTAGCAACCTACATACTCAATATTTTCTCATTATCTTATAAAATTTTGACGTAAGATAGGTGGAATCTCGGGCTGCTGATGGCTGGCCACCACGTAAATGAATGTGAAACCAAAGGTGCCCTTACAATATTTATTTGTTTGAAATTTTACACTCATTTGACGTCTATGCGTTTTCGTGAATTTGGAACTGGATGTTAAGACACAAAGTGCACAATGGAAGGAATTGTCATATAGGAGTGAATTTCAAGTAGCCTGTTTGTGCTATTGTCTTTTACCTTTGATGTTTAGAAGACAATTGTCTATGCAGAACTTGTGATAAGATTATAGAAGATTCATCATATTTGAAAGCCAGCGGATGAAATTATATGAGTTTGCAGACATGTTCTGAAAGTAAGTCTGCATTTTATATCTGTAGGATTTTTATCATTATCTTGTATGATTTAATATTCCTGTTTAGTTTTGCACTCAATGCGTACCATTAGCTATCTTTTGTTTTGTTAACTGATCATAGCAGTAACCTCATAAGTAAGTTATTGCCTGCTTGTACCTTAGACACTTCGTTCCAAGTTTTATGTAAGGATTTTTTATATTTTTTCTAAATGTTAAATATGGACCTTAATTACCAATTTTAGGACTCTTGTTATTTTTTTGTTAATATTATTACTTGTGCTTATACGATGGATGGTTAACATGCATATCATTTTTTAGTGTGTTCAATGTCTCTTCTTATATTTCTTAAATTGTTAATAGCACTGTTTTCATCAGATATAATCATTATCTTTCAGGACCAGTTGTAATGTGGGAAATGTATATAGTATTTCTATACATTATACAGGTATATATTTAAAATATTTTTGGCTAATTGAAGAAGTTGGTGGCTGTGACCATCTGAATTGACGTTGTAATGGAGGTATCTTATCAAAAGACGATATTAGAAGTCAAAGAATAGAAAAGAACCTTGAGAAGGCATAATATTGTAGAACCCTTCACAGTTCTACGGATCCATTTAGTGTTTTCTGGCTTGAATCCACTACTGTTGATGTGCTTTTTTGTCTAGGTAGTGTTTGGGCCGCCTTCTTTTGAGCTTTTGAAATCAAGGACTTTAGTGCTTATAGTAAGGTCCCAAGGAGTCTTATTTCTTTTATCTCTTGATTTGCAAATTCAAATGTGATTAGGTCTGAGAGTTCTTTTCCTTTATCTCTTGGTAATTCCCTGATTTTTTTACATTAATCATCTAATGATTTTATCCTTCAGTTTCATAGATCGAATCTACCCAGCTTGATTTATTTTTAAAATTTATGAGTTACTGATATCTCTCTAGCAAGGTCATACCACATACTATAAATGGCAAATAGAAATGGCTGTTGATGCTCTGTTTATTCTTGTGTATGTACAGGAAAGTTTAGTGCCTAAAAGATGCATTAGCTTGCTGGTATACAAAATTTCACCCAGTAACACATAAATTTTAGGTTGCGTACCTCTCTTCAAAAGGTAAGGGGTTGAGTATGTTTATGAACAAGGGCTTAAGTTTATATTGAACCAATTTATAAAGATTGTATTAATTTTAGATGTGGAAAAGGCTTAAATGTTGTTGCAAGCTATTAAATGTGGTTGATGCTAAATTCAAAATTAGATTCTTGTTGTCTTTGATATGTAATAGCTATTTTCTTGCTTTTGTAATATTCACTCTTTAATTGGTTTAAGTAAAGCATGATTCTAGTTGAAATATCTGGCTAAATGAGGTGTAAGTGAGCCTTTTCTTTTAATATTGAATTCATGGTTTTTACGCATGTTACCAGTTAGGTACATTAGCAGTAGAGCTGTACATGGTTATAATCTGGACCTGTTTGTGATTCAAGGAGCAATATTTATTTATTCACTCTGCATTTTCTTGGGTGGTTTTGTCTATGTTTTCCTTCCACCTTTTTCTTATTTACCTGTGGGTCATAATTGCTTATCACTCATGTTATTGCTGGTGATTTCTTTTCTGTGTTAACCCTTACATTGGGCTATGGGACATGGCTGGATTTATGATTTCCACTATATTGCATATCCTACATACTTTATTATCTGTAAGAAGCCCAAGTTCTTCGTTTATATGCTGTATACTTTTGACTTCTACTTTACTAATTAGTTTGAAGTTTATTTCTGGTTAGAATGAAATTGTGTAATAGGTGCATGTATAATCTTGTGCACAAATGTTTTTGTTTTCTCAGCTTTTACTTTTTAGATAAGAAACATCATGTTTCAAGTAAAAATTACGACTAATTGTAGGCATGATTGGATAGAATACAAATATTACATCCATAGAGGGATGATCATATATGTGTGTAAATTTTTTTTAACTTCCAACTAGAGAGAATACAAGTTACATTTGTTACAGCATCAATCCATAATACATAAAATTCTATATCATCAGAGATATCATCTTTTTTTGCTGATCCACATTACATTTATTCTTGTATTTAAAGTGACAAAGTTCTTAAATAATTGAAAATAGTTATCTTATGTTTTATGTTAGTATTTGACGATCATGCCATAGGATGTTTAGGATCGTGAATGATATATCTGGACATTTGTTATTATCTTGTTTATCCAGAAGGTTAAATTTATTATATCTAATAATAATTATTAAAAAAATATGTTTTACTATATTCCTTTTGTTATGATATGGTGTCGCAAGTATGCAAGGGAAGAGGTTAGATAGAATGAACATTCCTTTCCATTAGGTGTCATTTGGTTCATGGAAAAATGGACCACTCTAGAACTGAGAATGTAGGTATGCGATTATGAGAATCAAATGTTTGAGAAAGAAAGCTAGTATGTGTTCTTATGCTTGAAAAGCTGAAGGAAAAATTATGGATTATATAACTACTAGTGATTGCAGGAGATATGCATACTTCATAAATTGATTATTAGTTTCAAATGTTAATGAAACTTCAAACCATTATTATAAAACCACATAATAACAACAAATGTGATGACGTGATGCCATATCCTCTCTGTGGAAATCCAGAGGTCCTGTAAGAGGGTTCCACATTACCATGAAGCTGAAGGAATTAGATTTCTTTTTCTACAAAAACAACTTGTATGCTAATAAAAGGAGAATCCAAACTGAGCAGCGAACACCACCCTAAAGAAGCAAACATACCCTTAGAGGCGTAACATAATTCTGGGAAAAACATGTAATATATCCTAATTACAAAATACAAAGGCATCATGGATTGACATTTTTCTATAATATTACTGGAAGTTGGGTATGCCAGGAAGAGATTACAGAATGATTAAAACATTAGATTAAATTAATCATAAGCTAACAGCTCAATTTTTGAGGATTGGTGATGATAAAAGTGAACTGAGAACTTTTGTTTCAGATTCTTTTACTGGTTTAAAATTCCGTAGTCTTATAGCTTCTTTACATTGCTGAATCTCATTCATTAATCATTATAGTAAAGTTTGGAAACACACGCAAGTGTAATATTAGCAAAGGATGTGAATGGACCCTCAAAACAGCCAACTTTTTTAGGATAAAGGACCAGTGGTTGGTTTTGGCAACTCAACAACAGGATGCCCAGATTTTAGACATCTCATATGCAATTCAGTATCTACCAACTTAGTACCACCTTATATAAGATTGTATGAACATTAATTTTCATTCAGCTAATAGGCATCAGGAGTCTGGTCTAATTAATTAACACAACAAACTTTTAATAACAGCTAGAACAACACATGGCACATATGGTGCATTGTCATTATTTGTAAACTTACATAGGTAGCTGGTCTGGCTGCTAAATTTATCGCATATATAGAGTTTGAAGAACATTGCATACCAAATGTGAGGGATCTGGTGATAACGGAAGCAGGAGACACCTTCATGTTGAACATGACTCATACTGTATGATGAGTTGTTGAAGAAATGACCATGGATAAAATATCCATGATCTAACTGCTGTTATTGCAGTTGCAATCTGTTGCAAGTTTCAATTATATCTATTCAGCTTGGGAGAAAAAATTGTCTAGTACATATTGATACTCAGATGAATGTGATTGCAATTTAATTCATATGTCATGAACATAGATTGCTAGAACATACCCCAGCTTTATCCCTGGTACTGATGTTTCACTGTTTTGTGGTTGTGGCTGTCTTAGCTGTAGAGCAGGCATACTGTATCTATTGGTGATAGTGAATTGTTGAGTTGAGCTACTGCTCGTTTTATCCACTTCCATTGGTCCATAAACCTGATATACTTAAAAAACCCACCATTAAGCTTATTTAAAAGGAAATAAAAGTCCGCTTTCAGGACAATTGAACTCCCGCTGTCGAACTAAAAAAATCTTATGACTAAACAAGAGTAG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ATAAACTGGAATTGCAGATGAATGAAGATTTTACCTGGAGTTCTGAAACAGAGTTCATCAGCTGATTTTGCTCCTCTTTCACCTTGTAGTAACGATCGGTAATTGATCTTATGCTGATAAGATAGAAACTGTTAATTCAGTTCATAACCACACCTGAAATCAAATCTTGAATTTTTAATTTCCATGTCACCATCATAAGGATTTATTACGTGAGTTGTGAATATAATCTGCTCATAGCATGCTGTAGAGTGATCGGTTTGTTCGCTATCTCATATAAGCACGTCGAATTTGGGTGCTTGTCAGTTATTGAAACTCACCCAAACTCCTATTTCACATAATATTTCAAATTAGAAAGAGAATCTCAATGCCTTTCTTTCAGAAGCCATGGAACTTTGTACAAAGACGTTACGAAGATGGATCGGTACAATTTTCCCAACTTAGCTGCAATTTATGCCGTATTTTTTCTGGTAAGGGTTGTGATCTGTGTTGCTAGAAGGCTATGATAGCTTGATTCTGATTATCGTGTTCTTTTAATATGACATAGCAACAATGCCTAATAAATGATTTTTGTAACTTAGTGTACAGAAAGCATAGTACTCTTATCTCTTATTCCTACTTGATAAATAAATAAACATCTGCAACAATAGATGGAAATTTTTGTTCTATTTTCTTGTTTCCTTTTCTTTTCTGGCTTAATAGGCAAAAATACTTGAAAAGGAAATGAGTTTAAATCATAGTGGTTAAGACAGGTGGTCGTGTAAGAATA

mRNA sequence

CGCGGTGAGACTCCTGATTTCCATCTGAATCCGCGGGAAAAAGAGAGATCAAAGTCCTATGGAAAATCGATCGCGTCCAGGTTCTCTGTAGTCGATTCTCTTCTTTGTTCTCTCTCGTTGGAGTTCTTCATTGCTTTACAGGTTTTGTGCTGTGTTCCTGTTCAGAATCATCCATGTGGCGGTTTTCTGGCTCGGGGCTCGATCACTTACTTTCTTTACGAGAGCTTTGCGCTTCCAGGTGGAATCTCGGGCTGCTGATGGCTGGCCACCACGTAAATGAATGTGAAACCAAAGAACTTGTGATAAGATTATAGAAGATTCATCATATTTGAAAGCCAGCGGATGAAATTATATGAGTTTGCAGACATGTTCTGAAAGAAAGTTTAGTGCCTAAAAGATGCATTAGCTTGCTGGTATACAAAATTTCACCCAGTAACACATAAATTTTAGGTTGCGTACCTCTCTTCAAAAGGTAAATACAAGAAGTAAACATCTGTATTCAAGAGGCTTTATCAGATTTTGTAGATCTTTGACACTCAGGCCAGATAGTTCTTCGCCCATCAATTGTCTGCAAATATAGAAGCACAAGATATATTATGAATTCTTTTGCGTATTTGTTTGAAGTGTTGGATTATATTACCATTTCCAATGGATCAGTACAGCAGGGTTGGAGTACCTGTGACATTCTTGCAAGTAATGCAGTTGTTGCTTCAAAGCAGCTGCCTCTCTTTTCCAAAACTAGCAATTATAGAACAGATGATCAGCATTGCAGTTTTACTTGTAGCATGATGAATGAAGATTTTACCTGGAGTTCTGAAACAGAGTTCATCAGCTGATTTTGCTCCTCTTTCACCTTGTAGTAACGATCGGTAATTGATCTTATGCTGATAAGATAGAAACTGTTAATTCAGTTCATAACCACACCTGAAATCAAATCTTGAATTTTTAATTTCCATGTCACCATCATAAGGATTTATTACGTGAGTTGTGAATATAATCTGCTCATAGCATGCTGTAGAGTGATCGGTTTGTTCGCTATCTCATATAAGCACGTCGAATTTGGGTGCTTGTCAGTTATTGAAACTCACCCAAACTCCTATTTCACATAATATTTCAAATTAGAAAGAGAATCTCAATGCCTTTCTTTCAGAAGCCATGGAACTTTGTACAAAGACGTTACGAAGATGGATCGGTACAATTTTCCCAACTTAGCTGCAATTTATGCCGTATTTTTTCTGGTAAGGGTTGTGATCTGTGTTGCTAGAAGGCTATGATAGCTTGATTCTGATTATCGTGTTCTTTTAATATGACATAGCAACAATGCCTAATAAATGATTTTTGTAACTTAGTGTACAGAAAGCATAGTACTCTTATCTCTTATTCCTACTTGATAAATAAATAAACATCTGCAACAATAGATGGAAATTTTTGTTCTATTTTCTTGTTTCCTTTTCTTTTCTGGCTTAATAGGCAAAAATACTTGAAAAGGAAATGAGTTTAAATCATAGTGGTTAAGACAGGTGGTCGTGTAAGAATA

Coding sequence (CDS)

ATGAATTCTTTTGCGTATTTGTTTGAAGTGTTGGATTATATTACCATTTCCAATGGATCAGTACAGCAGGGTTGGAGTACCTGTGACATTCTTGCAAGTAATGCAGTTGTTGCTTCAAAGCAGCTGCCTCTCTTTTCCAAAACTAGCAATTATAGAACAGATGATCAGCATTGCAGTTTTACTTGTAGCATGATGAATGAAGATTTTACCTGGAGTTCTGAAACAGAGTTCATCAGCTGA

Protein sequence

MNSFAYLFEVLDYITISNGSVQQGWSTCDILASNAVVASKQLPLFSKTSNYRTDDQHCSFTCSMMNEDFTWSSETEFIS
Homology
[Close]
BLAST of Cp4.1LG01g02930 vs. NCBI nr
Match: KAG6600252.1 (hypothetical protein SDJN03_05485, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 122 bits (306), Expect = 2.98e-34
Identity = 58/59 (98.31%), Postives = 58/59 (98.31%), Query Frame = 0 

Query: 21 VQQGWSTCDILASNAVVASKQLPLFSKTSNYRTDDQHCSFTCSMMNEDFTWSSETEFIS 79
          VQQGWSTCDILASNAVVASK LPLFSKTSNYRTDDQHCSFTCSMMNEDFTWSSETEFIS
Sbjct: 33 VQQGWSTCDILASNAVVASKLLPLFSKTSNYRTDDQHCSFTCSMMNEDFTWSSETEFIS 91

[Close]
BLAST of Cp4.1LG01g02930 vs. NCBI nr
Match: KAG7014909.1 (hypothetical protein SDJN02_22540 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 4.86e-11
Identity = 30/42 (71.43%), Postives = 33/42 (78.57%), Query Frame = 0 

Query: 23  QGWSTCDILASNAVVASKQLPLFSKTSNYRTDDQHCSFTCSM 64
           + WSTCDILA NA VAS QLPLFSKT+N RTD QH S TC +
Sbjct: 95  KSWSTCDILACNAAVASNQLPLFSKTNNCRTDGQHYSITCGI 136

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Cp4.1LG01g02930 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cp4.1LG01g02930 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6600252.12.98e-3498.31hypothetical protein SDJN03_05485, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
KAG7014909.14.86e-1171.43hypothetical protein SDJN02_22540 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma][more]
BLAST of Cp4.1LG01g02930 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of Cp4.1LG01g02930 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Cp4.1LG01g02930.1Cp4.1LG01g02930.1mRNA