CmoCh13G002850 (gene) Cucurbita moschata (Rifu) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTGAGCTTTGGCTTAATGGTTGCCAATGCCGTCGCCGACTCTCGCCGCTGAAATCAGTCAAGATTCGGGACTTACCTAAAGTCTACCAAACAGCAGATAAGACAACAAATTAACAGAAAAATTTACACCATCTTCCTCCCTTGCACTTCTCGAACCTTGTTGGATCGACTAACACATACGAAGCAGATACATTGCAGCCCGATCTCTGTAGATTCAACAGATCGGATTTCGGGGGAGTGTTGTCGCATCAAATGTGCGACACAAGGCGGCATGAACTTATGAGCCTGATGTGAAATGCAGCCAAATCTGTTTCCATTTGGCAGTGTTCTCGGAAACCCTTTGGCGTTCGATGGTGATTTGAGCGAAGGATTCGAGACTTCCAGGTTTCTCTTCTTTGTTCCGTTTTTTCTGCTGCAAGGAGGTGGAATGGACTTGTCCAAGGTTGGGGAGAAGATTTTGAGCTCGGTGAGGTCGGCTAGATCGCTTGGACTTCTTCATACCACTTCGGATCGTCCGGAGGTAACTCATGGCACTATTGGCGTTGTTTTGGATGATTTTAGCTAGCTGTTGTGTAGTTGTATTAGTATAAGTTGATGGTTACTAGTTCTGAGGAGTGCTTTTAAATTCAATTGAAGTATCCTTTAGCTACACAGTATTCTAACTTGACTAATCAATGGCATTGGATTGGTCGCGGGGATAATCAATAGTTTATCTATGAACTTTGATGAATTGGGTTGCAGAGTACGTAGGCTTTTAGACTTAAAATAGGAAGCATAATTGAGATGTGTACTTTTTGGGATTAGAGACAGATAATTTCACGAATCCAGAAGAGCTGGGTACAAAAGGGAGGGTAAGAGATGGGGTACCTCCCTCTCAAACCCCTGGCCGAAGGGGATTGAAAAATACATTCCCAATTTGGAATAATTAGTTTCGAATAGAAGTTATAGAATCACTATGAAAAGCTATTTAAGAGGAAGTAGTTTGTTTTGTAACATTTTTTTTAAAAAAATTGTGAGCCTAAAGAGAACTTCATTTGCTTGATTGAAAAGACGGAAGAGGTGGTGCAGGTCAAGGATTTTAGAGCTATTACCTTGGTGAATGAGACTTGAAATTACTGCAAAATTTGTTGAGGGAAGTACAAAAGACTGGGGGAAAGGACAATGTTTAGAGTATGTTGCTTTCAAAATCCTTTACCGGAGTTTGACAAATTGTGGATTATCTTCGTATTGCAAATGAAGTTTTGGAAGACTGGGGGAAGAAAAAGGCAAAAGGGTGGGGGTTTTGAAACAGATCTTGAGAAAGCAGATAATCTGGTGAGACTTTCTCAAGGTTGTTTGCGCATCAAATGGTTTTGGTAGTTGGTGGATAAGTTCTGTTTACTCTTTTCCTTGGCGGTAAGTTTTTTTTTTTTTTGAGTGGTCTACATCATGACATCTTAGGGCCAATAATGTGAGGGTGTACAATTATCATTGAACAAAAAATGATCAGGAAAATACGTGGGGTTATGCCTTGTTTTCCTGATCTTATACCTTCAACGGTGCGTTTTATGTAAAAAGAATGAGGAATCTTGAGAATATACATTCTCTGCTTAAGAAGCGGAAGGCACACTTATGGATGCATTGGATCTATGCGGATGGAGGGTACCAAAGGTTTTCTGGAGACAGAGAATAAGAATACAATGCTTTGTCGGCTCTTACTACTTTTTACTAGCTTGGAGTCGCTTTGATGAGGTGTTCGGTTTTTGTTTTACTAGCTTTCAGAGTTGCAGAGAGATGATTGATGATCTCCTTCTCCATTCACCTTTTTGCGAGAAACGTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGGTAGTTTGGGGTGTGTGCTATTTTGTGGAGTTTTTAAGAGCAAGAGAAATTGTAGAATCGTTAGGGGTCGGGAGAGGCCTTCAGGCGATGTTCGGTCTTTGGTCATATTCTATATTCTCTTTGGGCTTTAGTGTTAAAACCTTTTTGTAATTGCACTCTTAGTCTTATTGTACTTGATTGGAGCCCTTTTGAGCAGGTTAGCTCCTTTTTGTGAGCTTTATTTTTGTATGCCTCACTAAAAAAAAGGTTTTATTTGGAAAAGTGAAATTCTTCTCTTTTCTAAATAAATGTGAGCTTGAAGTATATGAAATCTTGCCACATTAGAAGCTTCAAATGCATACTCGGTTGGCTGATAAGGAAGCTTGGATTTTGAAAGAATGTAGAAAATTTTGGGAAGATGAAAGGTCTTCAATGCATTGCATTTATGAAGTAGGTAAAGAGTTTGGAGAGCCTTTCATGTAAGAATCTGGTTATTAATTCGCCTTTTGGGTAATAAGAATTTTCTTTCCCATACTATTTGATGAGGTTAGGTTAGAAGCAGTTGTTCAATCAGTCAATGGCAGCATAAAAGTCTTGGCTTCAAATCTATTTTGTTAAATCCTATTTCCTCCCTTGCTTTTGGTGTGTTTCTCATTAAAAGAGAAGCAAATATCTTTTTGCATTTTTGTTTGTCTGAAAGAAATGATTGGCTGGGAGTTCAATCATTTGTTTGTCACCTTATTGACAGGTTCCGGCACGTGCTGTGGCTGCGGCAGCTGTGGCCCGTGCACTTGCAGCATTGCCTCCTCACCAGAGATTTGGTCTCTCATCTAGCTCGGAAGAACTGAGCTCAATATATGGCAGTAGAATTCATGGTCAAGAAGTAGAGGAACTAGAGGATGTTTTCTATGAAGAGGTGCTACTTGCTATTGTTACTATCATTTACTTGGATCATTCATTTACAGGCTCGATTCTTGTAATACCGTGTTACATTTTTTAAATCCTAAAGCCTCTTATTAATTCACCTTACATATTTTATATTAAACTATAAATTAGTCCATGAACTTTAAGATATTCCAGAAAATGTCTAATAGGTCCTTGTACTTTCAATTATCTGTCAATAGGGACCTGAACTCAAAATTTGTCAAATGGGACCCTATACGTACAATTTTGTGTTCTTTATCTTTTTTTATGTCCATTGAGACTGAAATTTCATTTTGTGTCAGTAGGTCTGTATCATTTTTAAAAATTCATTGGCCTGTTAAACCCGATATTAAAAAGCTTAGAATGTTATTGGACATAAAATTTAAATTTATATCTAATAGATCAAAATGTCCCATATATAACAGACCTATTAGACACATAGTTGAAAGTTTATGGACACATTAGAACCGAACTTCAAAGTTCAAGGACTAAACTTGTAATTTAAATGTGAAATTCTCTTGTTTTATACATGAATCAAAATTTAAATATATATTATTCTTTGACTTTCTATCTTTTGCTGCATTCTGATTTGCACTTGGAGCTTTGTAAGATTCTTTTGTCTACTTGTGTCGCTTATATTTTAACGGGCGGTAAAGAGTGTTGAATTAATTCTTAATTCTTAATTCTTACTGCAGGACTTTGATCCAGTTAGGCATATATTAGAGCATGTTCCCTCAGAAGAAAGTGATCTGGAATATTTGGAGAAACAGGTAGTTTTTAGTTACTCAATATAACCCTACAAGTGTACGTGGTATCTACCTCATTTCATATAAGCCATATATCATTTGTTCTAATTGTACCTGCAACTAGGTTTCTTCGTTCTAGATATATGAGTAATTCACTAATAAAGCTGTGGTGGTACTGTCACAGCTTAATTTTATGAGGGATTATGATATAAATGCTACTTCAGTACTCCAAAAAATTCAACCACCTAGCTGGTAATTAATTTAGGGTGAGAATGCTTTTCTCTAGACAAAATTTGGTCTTCAAATAAAAATTACGTATAAATCTCCATTTTCCATTGTAGATTTATGTAGAAAGCCGTTCATCCATGTCCAACACGCCTTATCATGCATCAAGGGTTGATGGAGAGATTAGTATGAAAATGAGTCTTTTAAGTGCTACAAATGTCCTTCCATGAATTCTGAGTAAAAAGAATCTTTGACACTACCAAGAGCTTATTGTTGCAATAAGGTATCTTGCTCGTATTTTCTCATCTACATTAGTGAAGTACATAAACCTTTTAAAATAGAGAACTAACTACTTCTCTAGAGAATAGGTAATAATAAAAAATATAGAAAAGTTGATAACCTATTTAATGACATTATAAGGCTATTTCTTCAACACTCCCCTAGGGAAGAAATATCCTCCATTCTCAGATACTATATCATGAAACATTGTCCGGTGAAGTTCTTTTGTTAGCACATCTTTTTGTTGAAGCCATAAGGGCACAGACCTCATGCATACTATCCCAGCTTCTCCTTAATAATATGTGGATTGATGTCTACCTACTTTGTCCTATCATGTTCGATAGGATTATGAACAATTTGGATTACTGATTTGTTGTCGCAGCACAACTTTATCAGGTCTTCTCTCTTAATCGGTAAGTAATTAAGGATTATCTTCAATCAAAGAGCTTACACAACGTTTGTGCAATAGCCCCAAACTTTGATTCATCAAATGATCAAGCTACCACTTTTTGCTTATGTTACCACATTACCTCTGATAAAAGTACAATACCCCTTGGTAGATCTTCTGTCCACTATTGGTCTAGCATAGTCAACGTTGATGTAAGCTTCCATTACAAGGAAATTATTCCGTTTGAACAAAATTCCTTTTCTTGAAGTCCCTTTCAGGTAATGTAACATCTTATAGGTTGCTTGAAGGTGAGATTCCTGTGGATCATGCATAAATTAGCTAGTTACACTTATTGAGTATGCTATGTCTGGTCGAATGTTAGTTAGATAGATAAGCAAGCCTCCCCACTAGTCTATGATACATCTCTTTGTTCACAGTAGGTTATTCTTTTGACTCTCCCAAGTTTTGATGTGAATCCATTGGCATTGTTGCAAGTTTACATCTGCTTGTCCATATTTCCATCAATAAATCCATTAAATATTTCTTTTATGATATGAAAATGTCTTGAGGTGAGTACGTTACTTCAATGCCGAAAAAGTACT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BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8CI71 (Syndetin OS=Mus musculus OX=10090 GN=Vps50 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 109.0 bits (271), Expect = 2.8e-22 Identity = 151/718 (21.03%), Postives = 286/718 (39.83%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q96JG6 (Syndetin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS50 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 105.9 bits (263), Expect = 2.4e-21 Identity = 157/762 (20.60%), Postives = 302/762 (39.63%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: F1LSG8 (Syndetin OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Vps50 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 105.1 bits (261), Expect = 4.0e-21 Identity = 149/718 (20.75%), Postives = 287/718 (39.97%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5ZKV9 (Syndetin OS=Gallus gallus OX=9031 GN=VPS50 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 99.0 bits (245), Expect = 2.9e-19 Identity = 149/717 (20.78%), Postives = 289/717 (40.31%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1HII5 (syndetin-like isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111464715 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1525.0 bits (3947), Expect = 0.0e+00 Identity = 820/958 (85.59%), Postives = 829/958 (86.53%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I532 (syndetin-like isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111469296 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1478.0 bits (3825), Expect = 0.0e+00 Identity = 801/965 (83.01%), Postives = 820/965 (84.97%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CG39 (syndetin OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103500532 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1340.1 bits (3467), Expect = 0.0e+00 Identity = 732/965 (75.85%), Postives = 782/965 (81.04%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DF95 (syndetin isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111020518 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1312.4 bits (3395), Expect = 0.0e+00 Identity = 719/964 (74.59%), Postives = 767/964 (79.56%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DJ46 (syndetin isoform X2 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111020518 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1287.3 bits (3330), Expect = 0.0e+00 Identity = 696/898 (77.51%), Postives = 744/898 (82.85%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. NCBI nr
Match: XP_022964722.1 (syndetin-like isoform X1 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1525.0 bits (3947), Expect = 0.0e+00 Identity = 820/958 (85.59%), Postives = 829/958 (86.53%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. NCBI nr
Match: KAG6583602.1 (Syndetin, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 1516.9 bits (3926), Expect = 0.0e+00 Identity = 815/958 (85.07%), Postives = 828/958 (86.43%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. NCBI nr
Match: KAG7019305.1 (Syndetin [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]) HSP 1 Score: 1493.0 bits (3864), Expect = 0.0e+00 Identity = 788/877 (89.85%), Postives = 796/877 (90.76%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. NCBI nr
Match: XP_022970284.1 (syndetin-like isoform X1 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1478.0 bits (3825), Expect = 0.0e+00 Identity = 801/965 (83.01%), Postives = 820/965 (84.97%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. NCBI nr
Match: XP_023519395.1 (syndetin-like isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1461.8 bits (3783), Expect = 0.0e+00 Identity = 795/964 (82.47%), Postives = 811/964 (84.13%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. TAIR 10
Match: AT2G27900.1 (CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF2451, C-terminal (InterPro:IPR019514), Vacuolar protein sorting-associated protein 54 (InterPro:IPR019515); Has 316 Blast hits to 252 proteins in 92 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 200; Fungi - 2; Plants - 68; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 44 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 871.3 bits (2250), Expect = 6.6e-253 Identity = 536/1001 (53.55%), Postives = 649/1001 (64.84%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh13G002850 vs. TAIR 10
Match: AT2G27900.2 (CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF2451, C-terminal (InterPro:IPR019514), Vacuolar protein sorting-associated protein 54 (InterPro:IPR019515); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 871.3 bits (2250), Expect = 6.6e-253 Identity = 536/1001 (53.55%), Postives = 649/1001 (64.84%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucurbita moschata (Rifu) v1
Date Performed: 2021-10-25
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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