CmoCh11G010220 (gene) Cucurbita moschata (Rifu) v1

Overview
NameCmoCh11G010220
Typegene
OrganismCucurbita moschata (Cucurbita moschata (Rifu) v1)
DescriptionUnknown protein
LocationCmo_Chr11: 5556982 .. 5563638 (-)
RNA-Seq ExpressionCmoCh11G010220
SyntenyCmoCh11G010220
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGTTTAAGTCTACTTTTGGCTCCTTTTTATTTTGGTTGTCCGACCATAGATTGGTGCTAGGGTAGTTGCATTTCATCTCATTTATTAATCTTAGGTTAGATTAGGCCAATGTGTTGTTTGCTACTAATTTACTTATAATCAAAGTGGACAATATCATACTTAGAGAGTCGAGCCATGCTCTAAACTTAGACATATTAATAGAATGTAAAAGTAGCACATGACTTGAATATTTTAATAAATACTCAATAAGTGTTGGGATTGGGTAATGCAAACACGTACATGATGGGACCTATCCTTTAAAACAACATAGCATGACCTTAAGCTCTTTCTAATTTCGGGTAGGGTTGAATGTGTGGTACTTCCCCAAACATGACCCATATATGTGCACATGAACCCACGAGACAGGCTCGTATACTTACCCCCTAGGCCTGGCTTGATCGGGTTAATTGCGCTAATCTGTCGTCAGACGTCACAGAAGGAAAAGGTCTTTATGATATCATAGCAAACATAAATATCGAAGGTAGGCATTCGAAATAACATAACATAATGGGTAAATATCCCAATGCACATGACATATATAAAATGTATGAGGTCCCCATGGTTTAAATCATAGCATAAAATCGTACTTTTCAACTTTGCGGCATCGTGATCTTGCACGCTCACTACCATCTTTAAAGGGAACTCAAGTCATACTCTCTTTATAGTAAGATTGTGACACACATCATGTGAGGGAGTAGCTGTGCGAGTGGGTTGAGGCATGTACGGGTCAAGGTGTAGACTTCGAGTTTCTAGGTTAAAGCATGGGTCACCTTGCGATCGACTAATACGACACGTTTAGCTGGACCAAACATTTGTCTTGGGTCACGCTTCATGAAAAGAACATTAATTTTCTCAGCCTTGGCTTAACGTGTGCTGGACCACCCAAACCAGAGCCTAGATCAGATCTCACCCATGAACTTCGTATTCTCGACCAGAAATTCTCTCACCCATGAACTTCGTATTCTCGACCAGAAATTTTAGAATCTTCTTTGTGTTTCAGATTTGTCTTTTAGGCCTAACCGCACTTTAAAGAGTTATGCAGGAGAGTTGCGAGAGTTTTAGTTTTCTTTTTTTTTTCAAAAATGTCAATCACAGAATTTTGAACACGGAGGAGCTATTTCAATCCTGTCTTTACTACTCAACCACATACATGGGAAAGTATTATTTTTAATTTTCATAAAATATGTAAGGGTGAAAGAGTGAATTTGACTTCGTCTTGTGTGGAAATGGGAGGGGATCAGGAATAAATCCCGGCCACAAACGTCTTTTGTCGTGAGACTATTATGAGTACAAAATCAGATTCATGGATAAATGTAATTGAGATATCGAATTGAGACGTTTTCCACAGAAATTCGAGTATCAATTTTGCAGTTTCAAGCAATTCTTGTGGTAGAATTGCATCCGAACCATTCAATCAAGATTTGATCAAGTTCGATTGTGGAGTGACTCAATTTAGAACAAGGTTTCCAAATTTTGCTTTTACATCTTCCTCGATTCGACGTGGGAGGTAATCTAATCCTAGCCTTATATCTCTTGTTGATCCGAATTTTATATAAGGAGTTTAATTACTTTGATTCAAAGTTTCTTATTTCAATAAAAACTTGAATCATTGGCGGAGGATTAGGGGTGTCTTCTCATAATCCTCTTATTTTCACCCGAAGAATCTATAGAGACGCGAATGAGAAGAACTATTTATCCATCTATTACCAAATTTATGTTTGAAAGGTAAGGTTAGAGATCTAAAATTTTCCACTTTACTATCTAAAATTTTCAGAAATGGTTCCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGTCAACCACAGAATTTAAATCGAATGAACTATTTTAAACCTCAACGTTGGTAAAATTTCAAACCTGTCGTGTTAGCCACTCAACCACATAGACATTGTAAAATATTATTTTTAATTTCATAAAATATGTAAGGGTCAAATGGTCAATTTGACTTCATCTTCGATGGAAATGAGAAGGGATCAGGAATAAATTCCCGCCACAAACGTTTTTCGTCGTGAGACTATTATAAGTACAAAATCATATTCATGGATCAATGTAATTGAGATCTCAAATTGAGACGTTTTCCTCATAAATCTGAGCATCAATTTTGCAGTTTCAAGTCATTCTTGTGGTAGAATTGCATCTGAGCCCTTCAATCAAGTTTAATCTAAGTTCAACTGTGGAGTAACTCAATTTAGAACGTTTTTCAAATTTTGCTTCTACATCTTCTTCGATCATGGAATATAATTATATCTCTTGTTGATCCGAATTTTATATAAGGGTGTTAATTACTTTAATTCAAAGTTTTTTGCTTCAACAAAAACTTGAATCAGATGATTAGAGATGCCTTATCATAATCCTTTTATTTTCACACACGAAGAATCTATGGAGAGGGAACTGAAGGAGAAGAAATATTTATCAATCTATTACCAAATCTACGTTTGAAAGGTCAAGGTTGAGATCTAAAATTTTCATAAATGCTCCCGTTTTTTTTTTTTCAAAAAATGTCAACAACAAAATTGAGACGGAACGAGCTATTTCAAACCTGTCGCCTTAGCCACTGAACCACATCGACATTGTAAAATATTATTTTTAATTTCATAAAATATAAGGGTCGAATGGTCAATTTGACTTCATCTTCGATGGAAATGAGAGGGGATCAGGAATAAATTCCCGCCACAAACGTCTTTCGTCGTGAGACTATTATAAGTACAAAATCATATTCATGGATCAATGTAATTGAGATGTAACGACCCGAAATTTTCCACTTAATTTAAGGTCGCTACTGTATACATACCATAAACATTGAATGCGGAAGACTTCATTTAAATTCCATAAAACATAACCTTTAACTTAAAAACACAGCCATGGACTTACGTGTTTCGAAAACATCTTTAAACGACACAACAAAAGACCCGAAATAAAATAAATAAGCGTTTAAGTTTAAAACATCCTATTCTATCCTAAGTCTAGGAAAATAAGTACCACTAGCCTATGCATGTGCCATGATCTCGAGTTGCGATGCCGTCGTCAGCCGTACAGGAATGCCTTGCCTTAACCTGAAAAATGTAGTAGCACATGGCCTGAGTATTTAAAGAAATACTCAGTAAGTGACCCCACTATTGGGGTTAAATGCAACAATCACATGCAATGAAATGATGGGACCTATCTTTCGTTTCGTTTCGTTTCGTTACGTTTCTTTTTCGTTTCGTTTCGTTTCATTTCGTTTTCCCAACGGTGTAATCCTAACAGGTAATCGTGGACGTGTACCATATACTCTACACGCAGCCCATACGTGCGAGTATGGGCTCACCAGCTAGTTCGCACACCGCTGGGCCACTGTCCCTAGCCGGTGGGCATGCTCTGGGGGCCCACCGGGACCCGTTAAAACTAAAACCGTCACGGCAGCGCTATGCGGAGCATAACGATCGTTGTCCTGCCATTTGGATGTACGCGTCCGTACCCTCGTGATGGGATAGGGGTATCCCCCCAAATGCATGAACACACAATATGCATGAGGTCCCACTAGTCCTACAGTCATCATTTAATGAGCATAACCCCGCGCCACGTTTTCATGCTTACATGTCATTCTCATTCTCATTTCGTTACGCGTATCATACATATTCCTAGCGGGGTTATGTATCGTGCAATTTACCGTATTTCATGCCATACAATTCATTCAGTTACATTCCAATACCCATACAACAAGCCATAATAGTACAAGGGCCACACATCGTCACATGCATTCATATCACATCAACTAAGCAGCATAAACAACATACATTCACGTTCACATGATTTCGTACTTGAGCACAATAATCTAGCATACAATGGATCATATCATAACCAAGTCATAACGTAAACACTTCATAGTCATATCGTTCTCTAACTTACCCTAGCTTTAACGTTCTTATACCTATCACAGACATATCATTACGTGACGTACCTTAGTCATATCATCACCAGAACGTATCCTAACGCCATCGTTCTATCAATCTATCACAAACCTATCCCTTTCTACCCATAACCTAACCGTATTCTTTCATCAATCTCTCCTATCCATAGCACTCCGGTATGTAACCTAACCTAACGTTTCGTGAACGTATCTTACTCCTATCGTTACATTTTGTTTTGTGCATCCTTCTCATATCCTATCTCAAACATCTCCTAGAGCACATCGTACCATAATTATTATCATACAATCCACATATTATATAGCATAACATAACATATAGGAAGCAAATCGATCCACAGACAATTCACACATATCAATATATATGACGCGTGCCGAACCACAGGGCACGTGTCAACATCAAATATAACCATGCCGATAGTAAGGTCACTTACCTGGCTAGCTTAAATCGTTGTCACAAATATATCTTTAATGAAAGTTCGATTCCATCCTTTGAAATCCGAGTCAACCTATATGAGTTCATGACATCAGTTTCAAGTTTGAACTCTATAAAGTTATTTCTCTAATTTAGATTGACCATCGTAAAATTCTGATATTTAGTGTTAGACAGAATTTAAAGGAGCTCACTAGAATTCAAAGGAGCTCACTACACTTGATATTTCCCTGTTTTACTTTTAAATCCTGTTCAACAAATCTTTCCGCAATCTTTCCTCTTCTTCTGTAATTATTTTTAAGAAGGTATTATTCAATTTTGTTAATCTATTTCTACTTCTCAATCTTTCCTTTTTATCTTTATTATTATTTTTCTTTTCAGTTCTGTATTTCTATCTCTATCTCATTCTCTCTTATTTCCTTTGTCTTCTTTCTGATTTAGTTAACAATTATATTCTTAGCTTTTAATTTAACCACTCATTTGGTTATATTCTTTTCCTATAATTCATATCAAATTACAACCTAAATCATTGCAACAATGCAGTAGATCTAAATCATTGCGACAATTTAATAGATCTAAAATATAATTGGTTTTGATTTCCTAAACTCATACCGAATTCTTTTCATTTAATCTCTGATTCAAAACTAAATAATTGTAACCAAATTAATATTATTTAATAAAATAAAAGGAAGATTTAACGTACTGACCTCTTCAAATGACATATCTCCTCCAGCGAAGCTAGTCTGCTTAAACCTTTTGTTTTCTTTTTCTATTTGTTTTTGTAGAAAGGAAGAATTCTGGGTAAATCTGCAGTTGTTTTTACAGGGAAGAAATTCGTGATTTGTTGCCAGATTTATTTTTAGGGGAGGAGTGGTGAGAGATTGAAGGAAGGAGGAGGGATGGTTAGGGGATGTTTTTCTTCTTTTAATTTTTATTTATTTATTTATTATTTTATTATTTTACTATTTTTTTTTATAATTATTTTTATTTGTTTATTCATTTATTTATTTTTGGGCTGTTACATGAGATCTCAAATTGAGACGTTTCCCTCGTAAATCCGAGCATCAATTTTGCAGTTTCAAGCAATTATTGTGGTAGAATTGCATCCGAGCCCTTCAATCAAGCTTTGATCAAGTTCAATTGTGGAGTGACTCAATTTAGAACAAGGTTTCCAAATTTTGCTTCTACATCTTCTTCGATCATGGGATGTAATTATATCTCTTGTTGATCCGAATTTTATATAAGGGTGTTAATTACTTTAATTCAAAGTTTCTTGCTTCAACCAAAACTTGAATCAGATAATTAGAGATGCCTTATCGTAATCCTTTTATTTTCACAAAAGAAGAATCTATGGAGAGGGAAGTGAAGGAGAAGAAATATTTATCAATCTATTACCAAATCTATGTTTGAAAGGTTAAGGTTGAGATCTAAAATTTTCAGAACCGTTTTAGTTTCTCAATCTACTATCAGATCCACGCCCGATTTTCCATTAATTAGCTTATCACAATTTTTTTATTCTTTAAAATTAAAAAAAATTTATAAACTTTTTTTTATCATTTTTCTTTTTCCCTTTAAATTTGGCTAAATTTAAAATTCTGCACGACTTTAAAAACTATCCATAATAACCTCAAACTTTTACTGTATTTTTAAAAAAAATTAGAGAATATTAATAAAAATATGAAACTTCATATATATGTTTAATAATTTCAAGAAATTTAGGAATATTTTTATTAATTTAGCTGGAAGGATAGAACAGCCAGCGGCTGAATTTATGGAGACTTTATAAGATACAGAATCAGTGGCAAAGGATTCTATCGTTGCCCTTTCGACTGTGTCCGCTCCTTCTCCATGGAGCCCAGGAATTTGGAATCATGAGCCTCCATTAATAAGCTTTTTGAAGGTTTCGAGAGCTGAGTTCTTGTGGCCTTTTGCTGTTTTTTCCGATACTCTTGAAGCCATTTCTGAATCAGAGGTTTGTTTCTTTTAGCTGTTCTTGAAACATTTTTCTTCCGCTTTTATCTGCCTCAGATTCGCTTTTCTTTTTGTTGAATCAGCCAATTTTCGGTCCTGAGCTGTTTCCTTTTGCTTTCCAGCATTGTACCATTGAATAATTTTGTCCACTCTCTAGTTCTAGTGATTATTTTGTTGTATTTATACTAATTTGCAATGTTTTCTTGATCCGATCATGAATTTGTTCCTTTAATCTTTAGGTTTTTATCTAAAAGTAAATAGCCATTGTTTCTGCCCTGTCTACACTTTTTAA

mRNA sequence

ATGTTTAAGTCTACTTTTGGCTCCTTTTTATTTTGGTTGTCCGACCATAGATTGGTGCTAGGCCTTGGCTTAACGTGTGCTGGACCACCCAAACCAGAGCCTAGATCAGATCTCACCCATGAACTTCAATCAGTGGCAAAGGATTCTATCGTTGCCCTTTCGACTGTGTCCGCTCCTTCTCCATGGAGCCCAGGAATTTGGAATCATGAGCCTCCATTAATAAGCTTTTTGAAGGTTTCGAGAGCTGAGTTCTTGTGGCCTTTTGCTGTTTTTTCCGATACTCTTGAAGCCATTTCTGAATCAGAGCCAATTTTCGGTCCTGAGCTGTTTCCTTTTGCTTTCCAGCATTGTTTTTATCTAAAAGTAAATAGCCATTGTTTCTGCCCTGTCTACACTTTTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGTTTAAGTCTACTTTTGGCTCCTTTTTATTTTGGTTGTCCGACCATAGATTGGTGCTAGGCCTTGGCTTAACGTGTGCTGGACCACCCAAACCAGAGCCTAGATCAGATCTCACCCATGAACTTCAATCAGTGGCAAAGGATTCTATCGTTGCCCTTTCGACTGTGTCCGCTCCTTCTCCATGGAGCCCAGGAATTTGGAATCATGAGCCTCCATTAATAAGCTTTTTGAAGGTTTCGAGAGCTGAGTTCTTGTGGCCTTTTGCTGTTTTTTCCGATACTCTTGAAGCCATTTCTGAATCAGAGCCAATTTTCGGTCCTGAGCTGTTTCCTTTTGCTTTCCAGCATTGTTTTTATCTAAAAGTAAATAGCCATTGTTTCTGCCCTGTCTACACTTTTTAA

Protein sequence

MFKSTFGSFLFWLSDHRLVLGLGLTCAGPPKPEPRSDLTHELQSVAKDSIVALSTVSAPSPWSPGIWNHEPPLISFLKVSRAEFLWPFAVFSDTLEAISESEPIFGPELFPFAFQHCFYLKVNSHCFCPVYTF
Homology
[Close]
BLAST of CmoCh11G010220 vs. NCBI nr
Match: KAG6588340.1 (hypothetical protein SDJN03_16905, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 171.4 bits (433), Expect = 5.2e-39
Identity = 84/98 (85.71%), Postives = 88/98 (89.80%), Query Frame = 0 

Query: 10  LFWLSDHRL---VLGLGLTCAGPPKPEPRSDLTHELQSVAKDSIVALSTVSAPSPWSPGI 69
           L W++ H      L LGLTCAGPPKPEPRS+LTHELQSVAKDSIVALSTVSAPSPWSPGI
Sbjct: 18  LSWVTLHEKNINFLSLGLTCAGPPKPEPRSNLTHELQSVAKDSIVALSTVSAPSPWSPGI 77

Query: 70  WNHEPPLISFLKVSRAEFLWPFAVFSDTLEAISESEPI 105
           WNHEPPLISFLKVSRAEFLWPFAVFSDTLEAISES+ I
Sbjct: 78  WNHEPPLISFLKVSRAEFLWPFAVFSDTLEAISESQLI 115

[Close]
BLAST of CmoCh11G010220 vs. NCBI nr
Match: KAG6588333.1 (hypothetical protein SDJN03_16898, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 121.7 bits (304), Expect = 4.8e-24
Identity = 59/64 (92.19%), Postives = 61/64 (95.31%), Query Frame = 0 

Query: 41  ELQSVAKDSIVALSTVSAPSPWSPGIWNHEPPLISFLKVSRAEFLWPFAVFSDTLEAISE 100
           E +SVAKDSIVALSTVSA SPWSPGIWNHEPPLISFLKVSRAEFLWPFAVFSDTLEAISE
Sbjct: 15  ERESVAKDSIVALSTVSASSPWSPGIWNHEPPLISFLKVSRAEFLWPFAVFSDTLEAISE 74

Query: 101 SEPI 105
           S+ I
Sbjct: 75  SQLI 78

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmoCh11G010220 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmoCh11G010220 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmoCh11G010220 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6588340.15.2e-3985.71hypothetical protein SDJN03_16905, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
KAG6588333.14.8e-2492.19hypothetical protein SDJN03_16898, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CmoCh11G010220 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmoCh11G010220.1CmoCh11G010220.1mRNA