
CmoCh09G010530 (gene) Cucurbita moschata (Rifu) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRCDSpolypeptidethree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AATATGGCACACTCTCAAGGCCGAGTCCTCCCCGTCGGCGTTGAAATAGTATGCGTTCATCAAACGGGTCTTTATCAGCATGGCCGATTGGCTAATTCCCCCATTGACTTGCCGTGCAATTCGTCTGCAATTCCTCGATTGTTCTTCTCTTTCATCTGCGCAATTCTTCAATTCTTTCTGTTGATTCATGAACCATTTCCTCTGAGAATTTGGGATCGAGATTTCTAGTGGGAGTTTCAGATTTTTTTCGACAAGAATGCCAGCGACCCCATCTTCCAATTTGATCCATGTTCATGGCTGCAATCGATTGATATCGCCGCCATCTGTTTCTTCTTCCACTTGTTCGTTGAGTGTTCTATCGATTTCTCATTTATCTGGACGGAAAATCAATGGATTCCCCTCTTCCAATCTTGTGTTCTCGTTTTCCCGTTCTTTTCTCACATCATTTCGTTCGCCTAATGAGTTCACCAGCGGTAGAACCCGGCGGAGGAGGCGGCTGAGGATTCCGATCATTTCCGCCATTTTTGAGCGGTTCACCGAACGAGCGGTGAAGGCTGTGATCTTCTCGCAGAGAGAGGCGAAGGCCCTTTCGAAGGGTTTGGTTTTCACCGAACATCTTCTTCTGGGTTTGATTGCTGAGGAAGAGCATAATCAGTCTCCTGGCGGTTTTTTGAATTCGGGTCTAACACTACATGAGGCACGTGAGGCTGTTCGCGGCATTTGGCATAGCAACGATGCGGAAGCGGATATGAGTGTTGATAGTGCGGCTGTTACGCCTCATGTTCCTTTTTCTGTCGGCACCAAGCGGGCGTTTGATTCAGCTGTTGAGTACTCCAAGAAAATGGGCCATCATTTCGTTGGACCTGAACACCTCTCCATTGCTTTACTGGCTGCTGCTGATGATGGAAACATAGAGTTGATTTTGAGGAGGTATTGTTCATTTTATTCATTCCTTTCACTAGACCATTTTTGCATAACCATGGAGGATTTCTCAGCTCCTTTTGGCTCATGAACTTGAAGAAATCGGCTGCCATTGTCTGTTCGTGGTCTGAATTGTTTTCCATTATGTTTGTTTTTTTAATATCAGAAGTTACTGTTGTTCTTGTTCATGTTTATTGTTTTTTGCGGTTTGCTTCTGATGTTTTTAGTGAGGCAATCCAATTAGTTTCATTAGCGGAGCAGATATTTTTGGGTGGACCACTTGACATATACACCTCCATTGATGAGGTGTTTGCTTCCTTGGACTAATAGTAGAGTCAATTTGATGCTGAGAAATTGGTGAAGAGTGTTAAGATTTGAGATCGATCTAGTGGTTAAAGCAACAATGGGAGATCTTACATTGATTGAAGAGCAGAACGAGTGCCAGCAAGGACACTGGGTCCCAAAGGGGAGTGGATTGTGAGATCTCACGTCGGTTGGAGAGGGGAACGAAGCATTTTTTATAAGGGTGTGAAAACCTCATATTGATTGGAGAGCGGAATGAGTGCCAGTGAGGACGCAGGGCCCCGAAGGGAAGTGGATTGTGAGATCCCATGTCGGTTGGAGAGGGGAACGAAGCATTCTTTATTAGGGTGTGAAAACCTCACATCAATTGGAGAGGGGAACGAGTGCCAACGAGGATGCTGGACCCCGAAAGGGGGTGGATTGTGAGATCCCACTTCTTTATAAGGGTGTGAAAACCTCTCTCTAGCAGACACGTTTTAAAACCTTGAGGGGAAGCTCGAAAGGTAAACCCAAAGAGGACAATATCATTCAAAAAACTTTTGTAGTTGGGAGATCGGTATAGATATTAGATGAAGTGTTCATATGCGTGCAATGAGGAACTTGTGGCTTAGCAAGGAGAATAGAAGGCAATTGTGGGAATTGAAAAAACCTTTGATCTTGTAGATTGGAACATTTTGGATAAGGTGCTTTGAAAAATGGGCTTGGTTCAAATAGAGGTTTTGGATATGGAATTGTATGTCTTCTGCCGTACATTTTATCTTTATTGATGGAAAACTTAGGGGAATATTTTTGCCTCTAGATGGCTCGAGTAGGATGTCTAGGACACCGTTCTCTAAACCAAGCTGTCATTCGGAAAACCAAAAGATCTTTAATGGTGATGGTAAAATTCATCTTACTCCTTCGTAGTTCATTGATCATACCATTTTCTTTTGGAGTGGAGGGGAATATGTTTTAACCTCCATGGAGAGATATCTCTGGTGATAGTTCTTGCTCCATTTTCTCGTCTGGTTTGTTCTCTTCTTCCAAGTCAATCCAAAATAGTTTCTTGCATTGATGGCCTCGCACAAATGTCTCATCGCAATTGAAACACAACCCTTTCTTCCATTTCTTCTCTAGTGAGTCGTTTTATCGAACAGTTGGTGCGCGTATCTACAATTGGTGAACTGTGTTTGTTATCTTGGTTGGTGGTGGCCTTGGGATATATATTCTTTTCGTACAAATGAGACATACTCATTGCGGTTATCAAGTCCTGTGGCTGGTGGAGCTCCACCTCAATTGATATAGACTCTTGCAATCCGCTAATATACAACTGAATCTTTTGAGTTTGAGTTAAAATTCCAGCTCTTGAAACCAACACTTCGAATTTGTTTTGGTACTCTTCCACTGAACCCGTTTGTTTTTAGCTTAGCGAGCCCAATATATTGCTTCGGATGGGAGGTTCAAACCGTAAATTGCATTGGTGGGCAAACACGGTCCAGGTGGGATGTGGAATATCCTGTATCATTTGTAAATACCATAGTTGAGCAATTCCCTCTAAGTGATAAGAGGCTAAGCTCATCTTTTCTTCCTCGGGTGTCGATTGATGTCGGAAAAAGTGTTGACAATGGCTAATCGAACCCAAGGAGTCTTCCAGCCCATTGAAGCGAGGAAAGTCAAGTTTCATGAATTTGGGTACTATCAAGTTTCTTCCATAATTTTCGGAAACGGTGCCCTAGAAATTCCCTTATCTCTCCTTGTTTTTGCTCGACTTTCAGCACTTGAAGAAGTCAACCTGACTTCTCTGTGGATTCCAAGTCAAGGGACATAGGCATCCAATTTGGCATGAAGCTATTCAACCTTCTCATTACGCGCTTGATTGGCCTGCTCTTAAGATAAGAGTAACTTGAAGAGTTTGGTAAACTATTCTTGTACAGACTCACCCATATTGTTGGCTCTGATACCAAATTGTTACGTGCTCAAGTTTGCGATCGAGTTATGAGTCTATCATAAGTGGAGATAGATGATATTGTGTGGGGGAAGAAGTAGAATCCTTCTTTCGACCTATTTTAAATAATTGTTTGGCTCAATGGGAGGGAACCTTAATGCCTCTGAGTTAAAGTACTCAAGACTAAATTTGACTAAATTGAAAATTTTTAGGTACCATATTCATTTGATGTTTATGACTATTTATACAAGTTGTGTAATAACCATTACTACATCAATGGAACCATGAGTCAAACACGGAGGATCATCCCCCTAAACAAAGGAAATAACTAAAAATAGAAATGAAAGTGGAGTCCTTGCAACCATTACTACATCAATGCATGACTCAATCATGGAGGACCATCCTCCTAAAACAAGGGAAATAACTAAAAATAGAAATGAAGGTCTTACAATACGGAAACTGAAAAAAAACTACATAAGAAAAATTCAACCAATGGGTTCCATACGCGATTTGTTCTTTTTTCCATGAGTGTAACGTGTGTACACTTATAGTGGCATTGTATCAATGTCATTCTTCAAAAAAGAGATTCCATGCAGTAAATCCTTAGAGACAGCCTTTAGGAAGCTCAGAATAGAAAGAAGGATCGATATGATCAATCGCACATATCACACCAACCATTAGAGTTCAATATTGGAGACAAGATCCTGCTTCATCTTCAACCATATCGCCCGTCTTTGTTAGCTTCTTGGAAAAATCAAAAGCTTGCCGCAAAATTCTCTGAGCCTTTTGAGGTATTAGAACGAATTGGTTCTATGACCTATAAGTTAAACTTACCAACCGAATCAAAATTACACCCAGTGTTCTACGTTTCCACACACAAACCATTCCATGAAGGCAATGCCAATCATAATCCAAAACTTCCTCCAATTCCAGCCCCTGACCCTCCTCAACCACTTGCTATTTTGGACCATCGATTTAAAGTTAGATAGTTAGAAGTTTTGATACACTGGAGCCACTCTTCACCAGCTGACGCCTCTTGGGAAATGTTCAAGATATGACCAAACGATTTCCATAATTCAAGTTTGAGGAGAAGCTTTCTTTGAGGTCGGGAAGTATTGTATCACAGTGCCACTATAAATGTACACATGTTACACTCATGGGAGAAAGAAGCATTTGCGTACGGAACCCATTGGTTGAATTTTTCTTTATGCTGTTTTTTTTTTCAGTGTCCGTACCGTAAGAAGTCCTCCACCTTCATTTTTATTTTTAGTTATTTCCCTTGTTTTCAGTGTCCGTACTGTAAGAAGTCCTCCACCTTCATTTTTATTTTTAGTTATTTCCCTTGTTTTAGGAGGATGATCCTCTGTGATTGAGTCATGACTGTATTGATGTAGCAATAGTCATAGGAACTCTACTTTCATTTCTATTTTCAGTTATTTCCTTCGTTTTAGGAGAGGATGTTTCTCCATGATTGAGTCTTGGTTCCATTGATGTAGCAATGATTATTATACAACTTGTATAAATAATCATAAACATCAATAAAGATGGTACTTAAAAATTTTCAATTTAGTCTTGAGTACTTTTTAACTTAGATGTATTAAGGTTCCTACAGTTTGAGCTTTACAATTATTCAAAATAGAATTCTACTTCTTCTCCCGCACAAACACCATCTACCTCCATTTACACAAAAGACCCATATCCCTAGGATGTTAAAATTTTGTAGGACATATAATGCGAACTTTGTTCAAAGATCTTCTATGGCTTTGGATTCTAGTGTTGCATTGTGCAGAAAAGCAGTGGAGAATTTTCTTTTCTTTTATGTTTATAAGTGAGAACACTATATTAA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MPATPSSNLIHVHGCNRLISPPSVSSSTCSLSVLSISHLSGRKINGFPSSNLVFSFSRSFLTSFRSPNEFTSGRTRRRRRLRIPIISAIFERFTERAVKAVIFSQREAKALSKGLVFTEHLLLGLIAEEEHNQSPGGFLNSGLTLHEAREAVRGIWHSNDAEADMSVDSAAVTPHVPFSVGTKRAFDSAVEYSKKMGHHFVGPEHLSIALLAAADDGNIELILRSLGVNVTQLVDAAISRLKGELAKDGREPSSALQQWVPKKSTSRKVLRIKPSQKEKENSALAQFCVDLTARASEGFIDPIFGRDSEVKRVVEILCRRTKNSPILIGESGVGKTAIAEGLALSIAQADAPFVLLNKQVMSLDIGRLVSGAKERGELEARVTALINEITESGNIILFIDEVHSLAELGAAGGGSKGSGLNFANLLKPSLGRGKLQCIASTTIGEYRKKFETDKALARRFQPVLIEEPSQENAVRMLLSIREKYEAHHNCRFTFEAINAAVYLSARYISDRYLPDKAIDLIDEAGSRARMEAFKKRKELQTSILSKSQDEYWQEIKAIQAMHEMNLANKLKDGEVQSLDSSGNNVVESTLSSISDNFEPVVVGLDDVAAVTSLWSGIPVQQLTVDESVLLMGLDEQLKKQVVGQDEAVSAISRAVKRSRVGLKDPDRPIAVLLFCGPTGVGKTELTKVLARCYFGSEAAMLRLDMSEYMERHSVSKLIGSPPGYLGYGDGGTLTEAIRRKPFTVVLLDEIEKAHPDVYNIVLQLFEDGHLTDSQGRRVSFKNALIVMTSNIGSTSIIKGRHHSIGFFTSEDESSSSYAGMKSLVIEELKGYFRPELLNRIDEIVVFQPLQKAQMLEILNLMLQEVKDRLMSLGVGLELSESVKDLICQVGYDQAYGARPLRRAITLIVEDPLSEAFLYGDPKPGDTFVVDLDPTGNPFVKNQISVNSVESTTLCVPFSLVLISRSSKSWILDRLFLVLLQSIMASSGSGLTFKLHPLVIVNISDHYTRVKSQMNPPSSCCSAPSPCALSNDADVADSVDPTTSPPAPRVYGCVVGVQRGRTVEIFNSFELLYDPKTQSLDRTFLEKKQELYKKVFPHFYILGWYSTGSDALESDMHIHKALMDINESPVYVLLNPSINHAQKDLPVTIYESELHVIEGIPQLIFVRSSYTIETVEAERISVDHVAHLKPSDGGSAATQLAAHLAGIHSAIKMLNSRIRILHSYLLAMQNGDVPMESSLLRQVSSLLRRLPVTESIKFQDDFLMDYNDTMLITYLAMSTNCSSIMNELIEKFNTAYDRHSRRGGRTVFI Homology
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P42762 (Chaperone protein ClpD, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=CLPD PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 1127.1 bits (2914), Expect = 0.0e+00 Identity = 601/954 (63.00%), Postives = 751/954 (78.72%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q6H795 (Chaperone protein ClpD1, chloroplastic OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=CLPD1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 1053.9 bits (2724), Expect = 1.5e-306 Identity = 550/862 (63.81%), Postives = 680/862 (78.89%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q7XL03 (Chaperone protein ClpD2, chloroplastic OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=CLPD2 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 1042.3 bits (2694), Expect = 4.5e-303 Identity = 546/864 (63.19%), Postives = 678/864 (78.47%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q2QVG9 (Chaperone protein ClpC2, chloroplastic OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=CLPC2 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 711.4 bits (1835), Expect = 1.8e-203 Identity = 418/932 (44.85%), Postives = 591/932 (63.41%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q7F9I1 (Chaperone protein ClpC1, chloroplastic OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=CLPC1 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 704.5 bits (1817), Expect = 2.2e-201 Identity = 397/864 (45.95%), Postives = 565/864 (65.39%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1F882 (chaperone protein ClpD, chloroplastic-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111443037 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1807.7 bits (4681), Expect = 0.0e+00 Identity = 942/943 (99.89%), Postives = 943/943 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IN33 (chaperone protein ClpD, chloroplastic-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111476726 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1766.9 bits (4575), Expect = 0.0e+00 Identity = 918/943 (97.35%), Postives = 930/943 (98.62%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3DHZ6 (Chaperone protein ClpD OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold142G002890 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1618.6 bits (4190), Expect = 0.0e+00 Identity = 847/955 (88.69%), Postives = 895/955 (93.72%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BIA0 (chaperone protein ClpD, chloroplastic OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103490190 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1618.6 bits (4190), Expect = 0.0e+00 Identity = 847/955 (88.69%), Postives = 895/955 (93.72%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1FJV1 (chaperone protein ClpD, chloroplastic-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111446390 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1606.7 bits (4159), Expect = 0.0e+00 Identity = 833/953 (87.41%), Postives = 892/953 (93.60%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. NCBI nr
Match: XP_022936409.1 (chaperone protein ClpD, chloroplastic-like [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1807.7 bits (4681), Expect = 0.0e+00 Identity = 942/943 (99.89%), Postives = 943/943 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. NCBI nr
Match: KAG6592132.1 (Chaperone protein ClpD, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 1790.0 bits (4635), Expect = 0.0e+00 Identity = 933/943 (98.94%), Postives = 937/943 (99.36%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. NCBI nr
Match: XP_022976284.1 (chaperone protein ClpD, chloroplastic-like [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1766.9 bits (4575), Expect = 0.0e+00 Identity = 918/943 (97.35%), Postives = 930/943 (98.62%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. NCBI nr
Match: XP_023535997.1 (chaperone protein ClpD, chloroplastic-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1761.9 bits (4562), Expect = 0.0e+00 Identity = 923/943 (97.88%), Postives = 929/943 (98.52%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. NCBI nr
Match: XP_038897556.1 (chaperone protein ClpD, chloroplastic [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1619.0 bits (4191), Expect = 0.0e+00 Identity = 847/955 (88.69%), Postives = 896/955 (93.82%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. TAIR 10
Match: AT5G51070.1 (Clp ATPase ) HSP 1 Score: 1127.1 bits (2914), Expect = 0.0e+00 Identity = 601/954 (63.00%), Postives = 751/954 (78.72%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. TAIR 10
Match: AT5G50920.1 (CLPC homologue 1 ) HSP 1 Score: 703.7 bits (1815), Expect = 2.7e-202 Identity = 410/920 (44.57%), Postives = 580/920 (63.04%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. TAIR 10
Match: AT3G48870.1 (Clp ATPase ) HSP 1 Score: 696.4 bits (1796), Expect = 4.3e-200 Identity = 405/890 (45.51%), Postives = 569/890 (63.93%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. TAIR 10
Match: AT3G48870.2 (Clp ATPase ) HSP 1 Score: 696.4 bits (1796), Expect = 4.3e-200 Identity = 405/890 (45.51%), Postives = 569/890 (63.93%), Query Frame = 0
BLAST of CmoCh09G010530 vs. TAIR 10
Match: AT5G15450.1 (casein lytic proteinase B3 ) HSP 1 Score: 585.5 bits (1508), Expect = 1.1e-166 Identity = 357/927 (38.51%), Postives = 526/927 (56.74%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucurbita moschata (Rifu) v1
Date Performed: 2021-10-25 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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