CmaCh16G003610 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh16G003610
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr16: 1711394 .. 1714840 (-)
RNA-Seq ExpressionCmaCh16G003610
SyntenyCmaCh16G003610
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGGAGAGATTAAGAAAATTAAGAAAAAATCAAGCAGTAGACGACGAACAAAACCGCTGAAGACAGGAGAATTTGATATTTACGGCCAATCAGCTGCTCATGAAAATGCCCAAAGCCGGCTGAGATTTGTAAATATCGAAGCAAGTTGACGTAGTTTACTGGCCTTGCATATGATCCATAAATGTAAAGAAAGTAAATGTTCTTTCAATAAAAGTGAGTGAAATTCCTTTTCTACCCTTTACTATTAAATTTTAATTTAAATAATATCCCTTCAGCCCTAAACTTTTAATAAATTATATTAATATACTTTTCAAATGTATCTAATAAATTTATAACATTTTCAACCATTTAAAAATTTTATAAAATTGTTTGTACATAAAATTAAAATTTTAGTGTATTAAATTAAAATAAATTGACTTAAATTATTACTAACTTTTTGGTCGTGATGTATAATAATAATAAAAATAATAATAATAATAATAATAATGGATTGTAATTTAATTTAATATTAATTGATAACAACTACATAAAATTGAATACTTTATGAGATAAATAGACCATTTTAATATTTTACAATAATATCACATCAAGTTATTATTATTATTTTTTTTTAATATGTACTATACTTAAGTGGAGGTTCAACCAGTCAACGTAAAAGACTTGCTCAGTTACTTTGGAGCGGACATATTTGTTCACTAAAAATCTTGAAGTTGCCTTGACTCGGTACTGTCATGGTCTTGGAATTATTAGATTTGAAAGGTTTTATGACAACGGTCATCTAAATATTGAGGATGCTAAATGAACACAACTCTCCACAATGATATGATATTGTCTACTTTGAGCACAAGCTCTTATAACTTTGCTTTGAGCTTTCCCAAAATGTCTATTTTCTAAATTAGCCGACGTGGGACTTTCATAGGAGAAATCCCGAGTCAATAACTTACACTGTAGAGACAAATCTTTAACGTAGACTATGCTTACCGGGTAAAACGTCCATTGAATGGAGAATTAAATAGAAAAAATGGTAACATTTTTATTTCATTCATGTATATTATTATTGTACTTAATTGTTCAAATTTAATACATTTAATTATTGAAAACTGATAGTCAAATATCGTTGACTAAAAAACCACACCATCTCACGTGCTTTCTTGATTGTGTTCGTTTTGTCAAAGTTTATTTATTTATTTATTTATATATTTATTATTAATATAAAAAATCAAATAATTTGTAGGAAAATAGAAACAATTTTGACAAATCTTATAATTTTTTTTTACGAAAATTGAAAATTTTAAAATCTCAACTTATTTTGTTTTGGTTGAGGAAGTTATACATTTATGATTAAGAAATATAAAAATTTTAATAAATTTTTATTTTAATGAAAGTTTTAAAATATTTATGAAAATATGAATATAATAGTGCAAAAAATTGAAAGAATATGATTCTTTTTTAAAAGCAAAATTAAAGAGTATTATTTATTTATTTATTTATTGTAATTTAGAGAAAATAATATACATATGGCAAATTTTGTTGGAAAATTTGTAGGTTTTATTTATTTATTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTTTGTCGAAGATAAAAATCGAAATTTCTTTCCCTCATGAACTCCCTTTCTTCATCTTGAGGTCAGGTACACACCGAACTCTTAATCTCTCTCTGAATTTGACCCTTTTTGCTTGTTCTCTTAATTTTTGTTGAATTTGTTTAGCGAACGGATCTTCTGTATCTGCTACTTACTTTAAGATCTCTTGCGAACTCTATTTTCTGTTCTTCAGGATCTTACTGAAGCTGAGGCTGCTATTACGCTGAGGACCTCTTGCATCATTGCGAGGTACATTTTTATTGGGGTTTTGTGCTAATCGTGTAGTTCAGTGGAAATTATCGCTTGAATTTGATTGGATATGATGTTTTGAGGTTATTGTTGTGTTCAATTTGATGGTCGGGTGGTCTGTAATTGGAAAATCATCGGATGGGTTTTTGATGAACTGGGCATCATTTGTTCTGTTGTTTTCTTTTTTTTTTTTTTCCATGAAGCTGCTTTCATGGAGCTTTAGGAATGCTGTTAGTTTTGGTGAAAATGTTCTTGAAATTTCGAGATGCTTTACAAAAAATATCTTCTAATTCTGCCCTGAAATCCCTTCAATTTGGATATGGCCATAAACAGTTCAATTGGTTCAGATCAAGATGTCAAGCTGCAATGAATTGACAGTAGTTTATTGGGCAGCAGATTGCAGCTTGTTTCTCTGAGTCCTCATTAGTTAGTGAAGTTTGAAATTTTTATGCTGTTTGTTGGCTGTCATCTGAGTGGATTAACCATTTGAAAGCTTTGTGGCAATGAAGTGTTAGGAATTACGAACCTCCACAATGGTATGATATTGTCCACTTTGAGCATAAGCTCTCATGGATTTGCTTTGGGCTCCCCTAAAAGACCTCATACCAATGTATTCCTTACTTATAAACCAATGATCGTTCCCTAAATTAGCCAGTATGGGACTCTCTCCCAACAATCCTCCTCTCGAACAAAGTACACTATAGAGCCTCCCTCGAGGCCTATGGAGCCTTCAAACCGTCTCCCCTTAATCAAGGCTCAACTCCTTTTCTAGAGTCCTCGAACATAGTACATCTTTTGTTTGACACTTGGGTCACTTTTGACTACACCTTCGAGGCTCACAACTTATTTGTTCGACATTTGAGGATTCTATTGACATGGCTAAGTTAAGGGCATTGCTCTGATTCCATGTTAGAAATTACGAAGCTCCACAATGATATGATATTGTCTACTTCGAGCATAAGCTCTCATGTTTTTGCTTTGGGCTTCCCCAAAAGGCCTTATACGAATGGAGATGTATTCCTTACTTATAAACTCATGATAATTCCCTAAATTAGCTAATATGGGACTCCCTCCCAACCATCCTCAACCTGAGCTGACTTTATGATTTGGGTTTCAGATTACTGAGTAGGAGTCATGAGAATTGTTAGGAAGATTAAGTCCAAATTGCTCAGATAGTGAGAAGTATACAAGAAGAAGCAAACCTCTCAGCATAATGTATCCATTGGGTCCAATAATTTTTAGTATTTAGTTTTCCTTTCCCAATCGCCTGTTTCTCGAGTAATGATATGTACAATTTCCCCCCATTTTGTGATCTACATGGGGTTTTGACACTAAAGAATAGTTGGCGCATGGTTTAATAAGTCAGTCTATGAAATTTGGGGTCGGGAAGGCTAAATTTATGCCATTGGAGTTTGGGTTGTGCATATGAATCAGCAATGAGAAACTTGGGCTCGTGTTACGTATACTATATGTAGTTTACTTTTCTAACTTTTTTCGATTGTGTTTCACGAGTTTGTATTTTAAGCATTTGATTCTGAAGGGAAATAATATCCTGGCTTGTTTAAACATGTAAAAAAACAGTGCTTGCTTAATCTGA

mRNA sequence

ATGGGAGAGATTAAGAAAATTAAGAAAAAATCAAGCAGTAGACGACGAACAAAACCGCTGAAGACAGGAGAATTTGATATTTACGGCCAATCAGCTGCTCATGAAAATGCCCAAAGCCGGCTGAGATTTGATCTTACTGAAGCTGAGGCTGCTATTACGCTGAGGACCTCTTGCATCATTGCGAGTGCTTGCTTAATCTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGGAGAGATTAAGAAAATTAAGAAAAAATCAAGCAGTAGACGACGAACAAAACCGCTGAAGACAGGAGAATTTGATATTTACGGCCAATCAGCTGCTCATGAAAATGCCCAAAGCCGGCTGAGATTTGATCTTACTGAAGCTGAGGCTGCTATTACGCTGAGGACCTCTTGCATCATTGCGAGTGCTTGCTTAATCTGA

Protein sequence

MGEIKKIKKKSSSRRRTKPLKTGEFDIYGQSAAHENAQSRLRFDLTEAEAAITLRTSCIIASACLI
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh16G003610 vs. NCBI nr
Match: KAG6576959.1 (hypothetical protein SDJN03_24533, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 107.5 bits (267), Expect = 4.6e-20
Identity = 62/73 (84.93%), Postives = 63/73 (86.30%), Query Frame = 0 

Query: 1  MGEIKKIKKKSSSRRRTKPLKTGEFDIYGQSAAHENAQSRLRF-------DLTEAEAAIT 60
          M EIKK+K KSSSRRRTKPLKTGEFDIYGQSAA ENAQSRLRF       DLTEAEAAIT
Sbjct: 1  MEEIKKMKTKSSSRRRTKPLKTGEFDIYGQSAARENAQSRLRFVNIEASQDLTEAEAAIT 60

Query: 61 LRTSCIIASACLI 67
          LRTSCIIASACLI
Sbjct: 61 LRTSCIIASACLI 73

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh16G003610 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh16G003610 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh16G003610 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6576959.14.6e-2084.93hypothetical protein SDJN03_24533, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CmaCh16G003610 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh16G003610.1CmaCh16G003610.1mRNA