CmaCh15G003400 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh15G003400
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr15: 1570608 .. 1574957 (+)
RNA-Seq ExpressionCmaCh15G003400
SyntenyCmaCh15G003400
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGTTTCAACGGGCAAGGGTAGTGTCGAGGGCATTGAGGTGAGCTTATTGCAGCCGATGGCAAGGCGAAGCGGGGAGCTTTGACGTGTTGTCTCTAGAGGTTAATGCAATGGTCGAAGGGTTGCGGGAGGTGGTTCATTGTTCGATTCACTTTTTTTTGTGACTTGATATTTTATTATGGTTGTGTCGTAACTCAACGTGTTAATTTGAAATTACAAAAACTATAATAAAGTAGTCATTTCAATTAAAAATTAAATACGATAATAACATTTTTTTTCAGTTTCCATCCCAATCGGGCAAGAAAAGTTTGATTAATAGCCATGTTTTTTTTCAACTTGGTTGTCTTCTTCAAATGTCATTTTCATCCGTTTCAATTTTTTCCATCAATCATATTAGACATGTTGAGATATACTGTTTATGAAATATATCGTAGATATTATATTTTAATATTCTTCCATTTATGATTTGATTTTAGAGTATATTTTATTTTATTCTTGTACGTATGAGTTGCTAGCTTGTATCCTAAAGGATATCAATCTCAATGACAATACGCATCTTCCCAATTCTATTTTCTATTTCATTATTAACAAGAAAAAAGAAAAAAAACCGAACAAACTTATTAGTCTTTAATATCCCAATTTAAATTAAAAATTATAAATTTATTTAAATTAATTATATGATCGCACTAATATTAAATTCACGCTATCAATTACATTATTTCAACGTTAAATTAAAAAAAAAATCCTTCATTACAAGACAATTAACTACGTGACCATATTTTCTAAGGTGCCCGAAAAATGATAACTCAATTATCTAACTTGAATTATATTTAATTTTTAAAAAATTGAAAAATTTTCCCATGACATTTTTTTATATTTAATTAATCTAACAAAAAAAAAACTTTTAAAATTATTATGAATAAGAATTTAGTTATTATTTAAATAATTAAAAAAAAACAATCAAATAGGCTTGAGAACTCTCCAAAATATCGCCGATCCAGAAAAACGAGTGCCGATATTTTCAACCGATTAACTCGGGAGCCATTTGGCCTGCCCCAGGGGACCTAGTCCTACGTACCCCCAGCTCCACTTGCACGATCTTGTTACCATTACTATTTTTAAATTAATTTTATTTCTCTTTTTTCTCTCAAAAAAGAAAAAAAAAACGACTTCATTTGCATCAAATTAAAGTCGTATCCATTCATATTTTCTGGAATTGTTGTTAAATTCCAGAAATAAATTAATTCTGTTTTTTTTTTTTTAAATTTATTGTTTATTTTTGTTTCTGTATTTTTAATAGCGGCGACGGCGGGAGATTCGATCCCGGGAACTCAGAGTCAATAATTAGTTGGATACAGAGGGAAAAAAAGAAAGAAAAAAAAGAGGTAATATTCATTGATTCATACTCACTGGAGAGCCCAAATCTGAAGTCTGAACCTTCATCGTCTTTCTCTTCTTGGACTGCAACCTGAAAATCCACTTCGATTCACTTCTCTTTGTGCTTCTTCCACTTTTATTTTCGATTGGAGTTCGTTTTTGAGCTTCTCTCGCCTAACCCTAGGTAACTCTGACATTGTCGGAAAGTCAATTTCTGTGGTATTCTCTCGTCATCTGCTTTCTATCTTCTTATGTTTGATTCCTATCTAATGAGGGTTGGTTAATGTTCGTTTCAGCTGCTTTTCTTGTACGACATGTGTTTGTTTGTACTTTATACTAAAAGGATTCTTGCGCAAGTTGGGGAATTGTGCATCGTGGAGTTTGAATTATGTTGGTTGTTTGTTGGAGTTGAAATCCGTATGTTTGTGGCATTTGAGATTGGTTTTTGGATTGGGGAATTCGGGTTTTTATCAGTGTTTTCTGTGAATTTTAGTTTGAAGATTTGAAAATTGGGCTTGTAATCTTTGTCGAAATTCTTTTCATTTCTATTGTTGTGCTACGGATAGGATGTATTAACTAGTGAGTTATAGGAAATTGGTGAGTCATTCCGAATCCAATACTTGAGAAATTTTGTTTTGGAAACTAGGTTGGATTGGGGGACACGGCCGAAAGAAGTAAACATAATTTTGTATTTGTTTAGTAGATTGGCATTTAATTCCTGCAGTGCTTTTAGGAGAGCGTGCCAAATTAGTCGGGTCATGCATAACCGTGCTCCTAGCCTCTACCATGAGATAACCATGAAGGATTAAGTGTTTCTACTCCCTCTTCTCTCTCCCTTTTTATGTTTTTAAATTTTTTTTTACCTTTTAAATTATTTGAAAAGAAATATTTCAACGTTATTGGAATTTTGGGAATTGGTTAAAATATTGATAATATTAATTGAAGGTAATTGGGATCTTCTGGTTTTACTATGTAAGAGAGGAATTACACTTGGGCTCTTTGACTTTGGCTTTGTTATGATTGTTGATGCTATAAGTAGGTTGGACTTCTAGCTTTCAATAGGTTGCGAGGAATTAGCAGATCAATATTAATACGACCATTATCAAGGTTGGAACGAAGTTGAGGTTTCCGCTTTCCAGGCAAGATGGATGCCATTGCAGGGCGGTGCAGCTAATTTGGCAGGGGGAAGTGAGTGTAAAATTAGGGCATCTTCCTAAGCAAGCCAACATATAAAGGAATGTTGGAACTGGGTGGGATTTCCAAGAAAGATGGAAGTAGTTGGAGTTTGGTGTAGCAAATTTGATGGGGGTTGGTGCGAATGATGAACTTATGCAAGTTGGGGAATCTTCCTTAGCAAGCAATGTATAAGAAATATCATAAGTAGAAGAGAAGGAAAGAGGCTAATTACGAAGTATGTTGGATTTTCTTTATTCCTTCTTTTCTCCCTAAGGGAGATGTTATTATTACCTTTTATCTTTTCATACATTAATGAAAAATGTTTTTGTTAAAGAAAATTACAAGTGTAGCTGCAATGTGGCGGCAGCAGGATATTGCAAATTATGGCCAACTAATTGAAGATGGTGTGGTATATATCTCAATGATTGAGGGTGGCAATGGAAAGGAGCCAGATATTATTGGGTAGGAGTTGGAAGCTGGCGCTAATAGAAGGTTTAGATGATTGTATGGAAGCTGCCATTGCACTTCCATGCGAGGAAGTTCGTGAGAAAGTTGGGGCTAGAGCATCCTTTCAACCTCTTACAATTTGTTATAGTCCCCAATCAAAACCTTATTTTGTTGTCAACTGAAGGGCACCCATTCCAAAAGGATAAAAAAAATGCTGTGAGAAAGTTTTGTCAGAGCTTTTTGTTGAAATATTTGGGAAGAAAGAAATAGAAGAACCTACAAAGAAAAGGAGCTTTATTATCATAGATGTTTTGATGCTATAGTTAATTCGGTTATGACTTGGTGTAAATGTTTTCCCTTATTCCATCCCTATAGCTTTTCCACACTTCTTTCCAGTTGGAAAGGCTTTTCGTAATTTCCTCATTGGGGTTCTCTCCTTCTTTTGTAACTCCATACCATCAATGAAATTGTTTCAAATCTAAAAAGAAAAGAACCTTATCTTGTGGTCAACTGGCAAGCTTTCAAATCTGTCACCTTGAATTTGGGAGGTGGTGGTGCCAATCAATTATCAACACTTGATGCACATCTTGAGCACAAGGTGCATTTGAGTTGGTCATAAACTGGGACTTTGTTAGTCTGAAGATGATTATATGATGGTGGAGTATGTAAGATGGGTTGATGTTAGGAAAGTTTTAGTTTGTGTTGAGCTTGCTCGAGAGGGAGGCCATCCTAGTTCTTTGGATTACATGAGATTATTTTACTCTACTTTTTTGTTCTGTATGGTTTATATTCTAATCTTATAGATCCTGTCAATACTTAACATTCTTAGTTAGTGTGGCTACCAGTCCCTCATGTTTACCTTGTATGGCCTTTGGGCTTAGCTGGCTGTCTGGTGTTTTATATGTGTCAAAATACAGGCATCAGTTGCTTATTCTTTAGACCTGTTAGGATGGAAGAATTGAATGTACATTTGTGTGTTTGCACTTTTGCAATTTCTTCACATATGGTGTATGCTTAATAAAATTCACAAAAGTCATGATTATTAGTAGAATAAGCTGGGAAGAAAATTTGCCGGTTATTAGTTCTCAATCTTGGCAAATCTGATTTAGAAGTTGAAATTTTGTGTAGATTTTTTCACCCTGAACCGTTGCTTGTTGTCTTCGTTTATTTTCAGTTGTGGAAATCTGAAAGCAAGTCTTTGTTGTGAATTTTCTGCATTTCTTTCCCTTTGGAGTTTTTTACTGAACTTGTTCTTTTTTCCCCCCCTCTAATGTGTCTTGTTATTCGTCATATTTATATGGGCAGAAATTTTTTCATTGGTCTTGGAAGCTCTGTTGGTTGTTTGCTGGTAG

mRNA sequence

ATGTTTCAACGGGCAAGGGTAGTGTCGAGGGCATTGAGTCTGAACCTTCATCGTCTTTCTCTTCTTGGACTGCAACCTGAAAATCCACTTCGATTCACTTCTCTTTGTGCTTCTTCCACTTTTATTTTCGATTGGAGTTCGTTTTTGAGCTTCTCTCGCCTAACCCTAGAAATTTTTTCATTGGTCTTGGAAGCTCTGTTGGTTGTTTGCTGGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGTTTCAACGGGCAAGGGTAGTGTCGAGGGCATTGAGTCTGAACCTTCATCGTCTTTCTCTTCTTGGACTGCAACCTGAAAATCCACTTCGATTCACTTCTCTTTGTGCTTCTTCCACTTTTATTTTCGATTGGAGTTCGTTTTTGAGCTTCTCTCGCCTAACCCTAGAAATTTTTTCATTGGTCTTGGAAGCTCTGTTGGTTGTTTGCTGGTAG

Protein sequence

MFQRARVVSRALSLNLHRLSLLGLQPENPLRFTSLCASSTFIFDWSSFLSFSRLTLEIFSLVLEALLVVCW
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh15G003400 vs. NCBI nr
Match: KAG6578651.1 (hypothetical protein SDJN03_23099, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 100.1 bits (248), Expect = 7.9e-18
Identity = 55/71 (77.46%), Postives = 59/71 (83.10%), Query Frame = 0 

Query: 1  MFQRARVVSRALSLNLHRLSLLGLQPENPLRFTSLCASSTFIFDWSSFLSFSRLTLEIFS 60
          M QRAR  +RALSLNLHRLSLLGLQPENPLRFTS CASSTF+FDWSSFLSFSRLTLEIF 
Sbjct: 6  MLQRAR--ARALSLNLHRLSLLGLQPENPLRFTSFCASSTFVFDWSSFLSFSRLTLEIFQ 65

Query: 61 LVLEALLVVCW 72
             +    +CW
Sbjct: 66 WSWK----LCW 70

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh15G003400 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh15G003400 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh15G003400 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6578651.17.9e-1877.46hypothetical protein SDJN03_23099, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CmaCh15G003400 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh15G003400.1CmaCh15G003400.1mRNA