CmaCh11G007230 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview


Name	CmaCh11G007230
Type	gene
Organism	Cucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
Description	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4-like
Location	Cma_Chr11: 3522628 .. 3530158 (-)
RNA-Seq Expression	CmaCh11G007230
Synteny	CmaCh11G007230

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGTTCCATGAAGGTAAATTTCGTCCACTTAAAGGTGCATGGCCTAAGTAGTGAAGTTCATGGATTCAATTTCAAGTGCCATACGGGAAACGAATCAAGAACCTTTATATTTCCTCATGAACGATGTTATCCTAACTGTAGCGTTATCTTAGTTGCATTCACAGTGCAATTTGAATAGGTTGACTGTGCCATTTTAAGATCAGGACATGGCAAGAAGACTTTTGCATTTAAAATTTAATAGTAACTGATCGTTGTTTTGTCTTTTCAGAATTGACGAACGTTTGTAAATTAATAGCCATGGAGCAAGATCCAACCAAAAACAACGCAGCTGCTCAAAGGAAGGTATGTTCCGGCTTTCCCATCTATCTATTTGTTTGAGAAGTTATAAAATTTTATTTTGATCTGATGGAATGACCTGCTACAGATGAAATTTGCTCCAAAAGCACCTCCTCGTCGTATACCAAAGACTGAAGTCAAAGCGTAAGCACGTCACTTTCAAATTTAGTAGCACCTCCAATTATTCCGAATTTCTGCTGCAATCAAAATGTATGTTTGTTCTTTGTAGAGAAGTATCAGAGGCCGCTGATGCTGCTCAAGCCAGGGATCTACTAAAACGCTTCAATGTATGTTTGCTTTCATTTATTTTCTGTGCCTCACATTCTTGAGCATATAGATTATCGAATGTATTACATTCTTGCTCTCCTTTTATCTCTTTAATTTCTCGATGCCTCATTGCAGGAAACTACCCAGAGGGCAAAGCAAAAAGTTGGAAAAAAAGGCCAGTTCCATAAATTAGTCATGTTTATAATTAATTTTTGTTTTGGTTTCGAAGTCAATCCTACTAATGATAATATAGCAATTTGAAAGATATCCTTAAGAATTTTGGATGATAGGGGTGATTTCTTTTACATATTTTTATATCAATATTATATCCAACAATACTTGATTGCTGAAATTTAGGATTTGTATGATATTTTTAATTAAAATTGAGGCTCGTCCCTCGTACCATCTCAAGGTTTTTGCCTCACCTCTTCAAGAGGAAAAACCTCGAGGCGACCTATAGCCTTGTAAAACTTTGTTTGTTATAACAATGAATACATATATGTGTGTGTGTACTGGCTTATGTGTAACAATGTATACATCTATTTATATATGTGATTAAAATTTTGTCTAAAGATCTAAATATCTTAGGTAATTGTTGTAGGATCCTTTTCTTGAACAGATACCGATAAGAACACATGAATGTTTTAAGAAGACTTTGAGGGAAACTTTCAAATCATGAAAAATTGAGGGAGTGTAGAAACATAATCTGCTTTACTCAAAGCAGTTCTTCTATTTGGACTAAAGCAGTTCTATTACAGGATTTTCTACCATTCTATTTGGACTAAAGTTTATTAAACATATTGCCAGAGTAATAATGAAGTTGTAGGTTGATCCGTGGAGTCTGATAATATGAATCAACATATTAATTATAGATTATGTGGTTTTTCCCCAACTGTACTACCTAGCATATCAGGGGAATGGGGTGAACTTTCTGTGAACCCTACAAACATTTGAAATCTACTTGCACTATGTTTAAGGTTCTAACATGTCTCAATTTCTTGTATGTCTGTTATTTGAATGTGCAGCGGCACCTACACAAGTTGCATTTGGTACTGGAGGCACATCAAGCTCCTTAAGAACATTTGGTTTTTCAAAAGCTGGAAATAAACTCAGAAATGAAGGTTCGATACTAAACTACTAAAATCTACGCTATTCAAGATGTAATTGCTTGATTTGCCACATGTGAGATGTTTTCGATGCACTAAACTGCAAGATGATCATGCAGATGGAACTCTTCCGTCTAGGGAGTATGTAGAACCGTGGGTCAGTAAAACATACAAATCCTCAATTACTTTCCTTTGCAGTTCCTGTTCTTGCATCTGCCTTCAACATTAGTATGTCGATTTAGTAATTCGATTTCATTTCACTGCAGGATTATTACAGTTATTATCCTGTAACTCTTCCTTTACGGAGACCATATTCAGGAAATCCAGGTATCTTTATAAGTTCTTATTTACAAAAGCTAAAATTGTATTAGTCTGAAATGCACTTTTGCATATTTCTTATCACTTATAGACAGTTTTCCTATTGAATCCATGAAAAGTGTACCTGCATCTTCTGCATCAGTTATCTGCTCTAAGTTTTATGTATTACTTTATAGATTCTCTTAACGAGTATGAATTTGGAGAGGCTTCAGAATCCAGAACCTATGATGAAAATACAACAACTCCTGCAATGGATCTTGGTTTACTGGTTAGTCAATGGATTCGATGGATGACAGCATAGCGTAAGCCTCTTGTTTCCAATTTTTCGCTTCATGGTTGATTGGCAGGAGGATAATCCAGAAACAAACATCTTTTTTCTACAATTACCACCTATGGTGCCTGTGACAGAGCAATCTTCTACTGCCGAAGGCATGGAAGCAGCCAACAGCTTGGAACAAAATAAAGATTCACAACCTCCACAGAAAACTTGCTCACTGAATGAGTTCCCTTCTGGCTCCATGGGTAAATTGCTTGTGTATAGGAGTGGCGCTGTCAAGTTAAAACTCGGCGACATCGTATACGATGTGAGTATTGTTCTTCTACTTAATTATCAACTGGATTGGTCTCTTGAGATGAAGTATTTTGTATTAAAAGCATGAAATCTCCGCATCAGCTTTCTGGAAGTTTCAAATCTATTGGGTTTTTGTGTTCCTTCTCACATCAGATTTTAAATACGGGCAGGTTTCTTCTGGAATGGATTGTGGCTTTGCACAAGAGCTTGCAGCTATCAATGTGGAAGGGAAGCGTTGCTGCATTGTCGGGGAGCTCAGCAAGCGTGCCGTTTTAACACCAGATGTGGACTCCATGTTGAAAAACATCGAGGATTTATGATCGAAATTGACGGGAGTGATTTCTTTATCAAAGATTCGAGAGGGAATAACAACAAAAGATGGGTTAGTTTTTATTTATCTTTTGAGATGGTTTAGTTTTTCAAAACATCTTGGAATCCGATGCATAAGAGAATTCTATCCTCATGCATTAAGGAAAAAAAATTAATCAATCTTCCAAGGGATATATATATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATTAAATGTAAATAATTATGCTCTGGGTGATGCAATTAAATTTCTCCTATTAATATTCTGATTCTCATTCTTTTTGTTGATTTTCTTCGGTAGTCCTTTTCCTATTTTAATATTAGTCTTTAGTTGATCTTTGAAACGAACAATAATTTTATTTTTATTTTTTAGACTTTATTCTCTTTGTTATTTATTTTTCCTCTTTATTTAGCAGTTAGAATTTATTCTCTATTTAATTATCATTATTAATTTAATTCCAATTTCACATGCAAAATAATATGAATCTTAAGTTATTGGTGGATGAAGTTTTTATTTTATTTTTCATTGTTCATTTTATTTTTTTATAAAAGAAAATAATCTTTCAAATTTATTTTTGAAACGTTCAGTTTTATCCTTGTATATTAATTTTTTGTTCTAATTTTTATACATCTAAAAAATAATCGTTGAGGATTTTATTTAAGTGTATTATGCTAAACTTGTGATGGGAAGATTTAGATTAAAAAAATGTAGGTAAAAAGAATAAATCATTCACTTTTTGTAGGCATAATTTTGAAGACCAACCAGAATTCTATTTATTAAATTGGATCCAACTATATATTTCTTCTTGGATCCAACTATATATTTTTTCTTCTATAACGGTAAGTCTCTATTGTTCAACGTTGTTGTGGATCTATTGGTCGTAGTTTCTCAAGTGCAAGTTGTTCAATGTTCATTGGTACTATATCTAAAGTCCTGGGTAGTAAGTATGAGATAGTCGTTTGTGGCCTTGGGTATAACAAATCTAAATAGTTGGTTGTTTGTTCGTTGTTGTGGTAGTTGTTCACGACCAAAGGTATAAGTTATCTAAACCGAGTTGTTCGTTCACAGTCTTAATAGCAATTTATGTACATGGGTATAATAATTTAAATTATGTGTAGTTCATTCATAGGTGTAAATAGCATATCTTGGATGGTTGATTAATACTATCATAGGTTTTTAACTCTCTAATTGGTTAGATCAAAAAATGTATAATAAAAGGAATGAAGGTATATTCTCTAAGCTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAATGTTAGATATTTNNNNNNNNNNTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAATGTTAGATATTTGACTATTAAATTCATTTCATACCATCGGATATTTTTTGTCACTCTCAAAGTTAGGAATTATTAAGCTAGTAAATTACTTTTATAAGGTTATATTATTTATTTATTTTAGTTGAGACATTATTATATAATTATGTTGTAATTAATTGCCGTTTAATTATATGATTAATTTTTTATAATAAGGACTAAATATAACATAGTTGGATTAATAATATAATCCAACTAATATTTTATAGTCAATATTAATACTTTTATTAGGAGAAAAATGGCGTTTTCTGGTTGCCTAGGAATCTATAATCGAATCATCAACACCCAATAAATTTGCAGAAAATTACTAATTAGGTAGATGATAAGCATGATTAGTGCCGTTATAATCTAAGTCTAATCCACGTAATTATTTATTAAAAAAACATTATTTTATTTTGTAATGGATTTAAACCGGTAGTTGTTTATTTGGTCAAACAGGTGAATTAATTATTTTTTAATAAAATATTAGACTCTAATCTCCTTGTTTTATTCATTTGATTTTTTTTTTTTTTGTAATAAAAAAGTTAATTTAATATATGGTAAATTATAAATTTTATTTTTTTAAGTGATTTGAATATCTCCTAGAATAGATCAAGATTCTATTAAAAATAAAATTGAAATTTCATGAATTAATAATTAATTCATTTTATTTGCCTTTATATTAAAAAATAATTACCTTTCTAAATAATTATTAAAAAAGGTGTTGGGATTAACAATGGTATTAAAAATAAATTGAGTTTCTAATTTATAAGATATTATTATTATATTTTAAATTTATTATTTTACTATAAATTTTATATTATTTATGCAAATTATATAAGCCTAAATTTGATAGGTCCATTTTCATTTGTAAAAATGTAAAAACAAATATGTTATCATTGTCAATTAAAAGCATAATATTTGTAAAATTAATTAATTAAATAATCTATTTAATTTAGTTTATCGGAAAGTTAATATTATCTGAAATATTAACTTTATAACTATTATGTTTTAGCTATAGAAAGTTAATTTCAATATATTATAATTAAACAAATGATTAATAAAATTTTCTTTATTGACAATTTTATATTAGATATATTATAAAAGAATTTATTTATATTTTTCACGTTTTGAACAATAATCCACAAAAATTTTCACGAACAATTAAATATTTATTCTATAAAATAATTATAAAAAAGAAAATCGAGTCCATCATAATAGTTATATTTTAAATATAGTAATATATTGTCTAAATTACTACTAAATTAATAAAATTATCTTTGAAATTAGTACTTTATTTTAAAAATATTCTAAATTTTCAAAAATTTTAATAATCGACTAACAGTAATAATAATAAAAAAATTCATATTACAAATGGGAATAAAATAATTTTCAAGTGCTTTTGAAACTCTTTTTCGAGTGGGCCCCATGATCTGGTCAATCAGAGATTTTAATTTCCACGTGGACAGATCCCCCAACAATCCCTGATCAACCCTAGTTTTGCATCTGAGCCAGAACACACCGGATTGTAGCCCCTTCCCCGAATCAAATTGCAAAAATAATTAATTAAAAAAAAACGTAACTAATCTAGTGACGACAGCTTTAAAAATAATTTTAATAAGAAAAAATTATCCAACTTAGTCACAACAATATAAATCCCTCCTAATATAAATTAATGCAAATTTAAAATTTTAAAACTAATACCACTAAATACATCTAAGAAAAATTATTTCATAAAATTGATAATTAATTAAAAATTTTGTTTTATTCAAAAAATTCTAATAAGTAATTTCTTTAATAAAAAATACATATTAAATTAATTAGTTAGACTCAAATTGATAAATTGTTAATTTTTTAAAATTATATAAAATTGGCATTATATGTGGGGAATAATTTCTCTATAGATGGATAGAAATAGAAATAAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTATTTATTTTTTGACAGAGGGGTTGAAGCGTGACTGTCAAATCCTATATATTCCCTCTTTTTCCATTTCTCTCACTTCCCCTATCTCAGTTTCTCTCTCTAGAAGAACCTCTCTCTCTCTCCGTTGTAATTCTCAAGGATTCAGAGAGCGGGGGCGGTAGGGGCGGTAGGGGCTTGTTTCGGAGATTCCATTGAAGCCGCGAACCTTTTTTCTTCTCTTTGGATTTCTGTGTTCTTTGTGTGCTTTCCTTTTGCCCTTTTGCTTTTCTCTCTTCCTTTATACTGCGCTCCTCGTCCTTCGGAACCATTTCTTCATTTTCAATCCGTGTGTGTCTTCTTCTCTCCCGATATAATGCTCCAGATTTTCAAGGTACTCACTCTTTACCAATCTTTCTCAATCTCTTTGTACGATTATAAAAGGAATCACTAATCATAATCAATCTCTTGTCTCTTCGGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTGTTTCTGTTTCTCTGAGACATTGATTTTGATATTATCTGCCGATGTTGCTGTTCTTAGATTCTCTGATTTTGTGATTCTTTTGGAATTAGTGTTTTAATTTGACGATTCTGGCTTCTGCGTTGTGATTTTTGTCACGAATTGGGCTCTGGGTTGCGATTTGAATTCGTGTTTTGTTGATGAATTTGCCGTGTTTTGGGAGTTTGGAGAGTTCATAATCCTTCCAATCTCAAGATGTGTTGGAGGAAATTTGGGTTTAGTTTCTCTATGAATGTGTTCATGAGTTCATAGGTTGAGTATGTGTTTGAGAGGGTCAATAATGGTGTCTCGCTATTCCGATGCCTTGATGGGCTCATATTTCTGCATCATTGACTGGTTTTTTTGGGTTCTTGGAATACCTGTTTAGAACTCTGAGCCTTAGTGGGTTTTCTCTGAGCACATTAAAAAAGGTTCCCTTTTATAGAAATGTTTTCTGCTTTTTTCTCCATCTCATCATAAATCAATTAAAATACCACATAATTATTATAAACCCTCCTTCTTTGTTTATCTGATTCCTCTGTTTCAATTCTGGATTGTGGTGCTCATCATTCCTTTCTACTGTTCTTGTCTCATATGCTTAAATTTCAAATTAAACAGAAATTCATGAATTACAAACTCATGATCTTCTTGTTGTTCTTCCTCTTGTTCTTCTTCCGTGTTCTGATGCTGAGAAGGTTCTGATTTAA

mRNA sequence

ATGTTCCATGAAGAATTGACGAACGTTTGTAAATTAATAGCCATGGAGCAAGATCCAACCAAAAACAACGCAGCTGCTCAAAGGAAGATGAAATTTGCTCCAAAAGCACCTCCTCGTCGTATACCAAAGACTGAAGTCAAAGCAGAAGTATCAGAGGCCGCTGATGCTGCTCAAGCCAGGGATCTACTAAAACGCTTCAATGATTATTACAGTTATTATCCTGTAACTCTTCCTTTACGGAGACCATATTCAGGAAATCCAGATTCTCTTAACGAGTATGAATTTGGAGAGGCTTCAGAATCCAGAACCTATGATGAAAATACAACAACTCCTGCAATGGATCTTGGTTTACTGGAGGATAATCCAGAAACAAACATCTTTTTTCTACAATTACCACCTATGGTGCCTGTGACAGAGCAATCTTCTACTGCCGAAGGCATGGAAGCAGCCAACAGCTTGGAACAAAATAAAGATTCACAACCTCCACAGAAAACTTGCTCACTGAATGAGTTCCCTTCTGGCTCCATGGGTAAATTGCTTGTGTATAGGAGTGGCGCTGTCAAGTTAAAACTCGGCGACATCGTATACGATATTTTAAATACGGGCAGGTTTCTTCTGGAATGGATTGTGGCTTTGCACAAGAGCTTGCAGCTATCAATGTGGAAGGGAAGCGTTGCTGCATTGTCGGGGAGCTCAGCAAGCAGAGCGGGGGCGGTAGGGGCGGTAGGGGCTTGTTTCGGAGATTCCATTGAAGCCGCGAACCTTTTTTCTTCTCTTTGGATTTCTGTGTTCTTTGTGTGCTTTCCTTTTGCCCTTTTGCTTTTCTCTCTTCCTTTATACTGCGCTCCTCGTCCTTCGGAACCATTTCTTCATTTTCAATCCGTGTGTGTCTTCTTCTCTCCCGATATAATGCTCCAGATTTTCAAGGTTCTGATTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGTTCCATGAAGAATTGACGAACGTTTGTAAATTAATAGCCATGGAGCAAGATCCAACCAAAAACAACGCAGCTGCTCAAAGGAAGATGAAATTTGCTCCAAAAGCACCTCCTCGTCGTATACCAAAGACTGAAGTCAAAGCAGAAGTATCAGAGGCCGCTGATGCTGCTCAAGCCAGGGATCTACTAAAACGCTTCAATGATTATTACAGTTATTATCCTGTAACTCTTCCTTTACGGAGACCATATTCAGGAAATCCAGATTCTCTTAACGAGTATGAATTTGGAGAGGCTTCAGAATCCAGAACCTATGATGAAAATACAACAACTCCTGCAATGGATCTTGGTTTACTGGAGGATAATCCAGAAACAAACATCTTTTTTCTACAATTACCACCTATGGTGCCTGTGACAGAGCAATCTTCTACTGCCGAAGGCATGGAAGCAGCCAACAGCTTGGAACAAAATAAAGATTCACAACCTCCACAGAAAACTTGCTCACTGAATGAGTTCCCTTCTGGCTCCATGGGTAAATTGCTTGTGTATAGGAGTGGCGCTGTCAAGTTAAAACTCGGCGACATCGTATACGATATTTTAAATACGGGCAGGTTTCTTCTGGAATGGATTGTGGCTTTGCACAAGAGCTTGCAGCTATCAATGTGGAAGGGAAGCGTTGCTGCATTGTCGGGGAGCTCAGCAAGCAGAGCGGGGGCGGTAGGGGCGGTAGGGGCTTGTTTCGGAGATTCCATTGAAGCCGCGAACCTTTTTTCTTCTCTTTGGATTTCTGTGTTCTTTGTGTGCTTTCCTTTTGCCCTTTTGCTTTTCTCTCTTCCTTTATACTGCGCTCCTCGTCCTTCGGAACCATTTCTTCATTTTCAATCCGTGTGTGTCTTCTTCTCTCCCGATATAATGCTCCAGATTTTCAAGGTTCTGATTTAA

Protein sequence

MFHEELTNVCKLIAMEQDPTKNNAAAQRKMKFAPKAPPRRIPKTEVKAEVSEAADAAQARDLLKRFNDYYSYYPVTLPLRRPYSGNPDSLNEYEFGEASESRTYDENTTTPAMDLGLLEDNPETNIFFLQLPPMVPVTEQSSTAEGMEAANSLEQNKDSQPPQKTCSLNEFPSGSMGKLLVYRSGAVKLKLGDIVYDILNTGRFLLEWIVALHKSLQLSMWKGSVAALSGSSASRAGAVGAVGACFGDSIEAANLFSSLWISVFFVCFPFALLLFSLPLYCAPRPSEPFLHFQSVCVFFSPDIMLQIFKVLI

Homology

[Close]

BLAST of CmaCh11G007230 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5E9Z7 (DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 OS=Bos taurus OX=9913 GN=POLR3D PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 46.2 bits (108), Expect = 7.8e-04
Identity = 28/99 (28.28%), Postives = 50/99 (50.51%), Query Frame = 0


Query: 123 ETNIFFLQLPPMV----------PVTEQSSTAEGMEAANSLEQNKDSQPPQKTCSLNEFP 182
           E  + FLQLP  +          P+  +  + +G       E++++++  + TC+L +  
Sbjct: 263 EEELLFLQLPDSLPGQPPTQDIKPIKTEVQSEDGQMVVIKQEKDREARLAENTCTLADLT 322

Query: 183 SGSMGKLLVYRSGAVKLKLGDIVYDIL--NTGRFLLEWI 210
            G +GKLL+ +SG V+L LG +  D+    T  FL E +
Sbjct: 323 EGQVGKLLIRKSGKVQLLLGKVTLDVTMGTTCSFLQELV 361

[Close]

BLAST of CmaCh11G007230 vs. TAIR 10
Match: AT5G09380.1 (RNA polymerase III RPC4 )

HSP 1 Score: 129.4 bits (324), Expect = 5.0e-30
Identity = 91/240 (37.92%), Postives = 124/240 (51.67%), Query Frame = 0


Query: 15  MEQDPTKNNAAAQRKMKFAPKAPPRRIPKTEVKAEVSE-AADAAQARDLLKRFN------ 74
           MEQ P        RKMKFAPKAPP+R+PK EVK EV E  +++AQA +LL+R N      
Sbjct: 1   MEQKP------PVRKMKFAPKAPPKRVPKPEVKPEVVEDNSNSAQASELLRRVNERSLRK 60

Query: 75  -------------------------------------------------DYYSYYPVTLP 134
                                                            DYYSYYP+TLP
Sbjct: 61  PKADKKVPASQVAWLGGVVNSTRSNKYLNRSNGAYGSTSTQEIEYKEPWDYYSYYPITLP 120

Query: 135 LRRPYSGNPDSLNEYEFGEASESRTYDENTTTPAMDLGLLEDNPETNIFFLQLPPMVPVT 194
           +RRPY+G+P+ L+  EF +A     + E++   A +LGL+ED+ E  +FF++L P VP+ 
Sbjct: 121 MRRPYAGDPEVLDVEEFMQAG---GHHEDSLNTAANLGLMEDSGEQKMFFMRL-PSVPLA 180

Query: 195 EQSSTAEGMEAANSLEQNKDSQPPQKTCSLNEFPSGSMGKLLVYRSGAVKLKLGDIVYDI 199
             S+  E +E       N      +KT  L   P G MGKLLVY+SGAVK+KLG+++YD+
Sbjct: 181 --STPTENLET----RPNIKGPVEKKTVDLKALPEGYMGKLLVYKSGAVKMKLGEVLYDV 224

[Close]

BLAST of CmaCh11G007230 vs. TAIR 10
Match: AT4G25180.1 (RNA polymerase III RPC4 )

HSP 1 Score: 94.0 bits (232), Expect = 2.3e-19
Identity = 58/174 (33.33%), Postives = 91/174 (52.30%), Query Frame = 0


Query: 34  PKAPPRRIPKTEVKAEVSEAADAAQARDLLKRFNDYY--------SYYPVTLPLRRPYSG 93
           P +P   +P   V +  +   D  +  + + R  D Y        SYYP  LPLR+P SG
Sbjct: 95  PSSPASILP--AVSSVTAAQEDGEEVHNFVTRTGDDYVEPWDYRNSYYPTVLPLRKPNSG 154

Query: 94  NPDSLNEYEFGEASESRTYDENTTTPAMDLGLLE-DNPETNIFFLQLPPMVPVTEQSSTA 153
           + + L++ EFGE +++R YDENT   A +LGL    + +  +F  ++P  +PV +Q++ A
Sbjct: 155 DIELLDQEEFGEVAKNRDYDENTINSAEELGLTSVQHSKKQMFIFKIPDCLPVVKQTTGA 214

Query: 154 EGMEAANSLEQNKDSQPPQKTCSLNEFPSGSMGKLLVYRSGAVKLKLGDIVYDI 199
               +         +            P G MGK+LVY+SGAVKLK+GD ++D+
Sbjct: 215 TTKRSVREYSSGISN-------PFEGLPEGFMGKMLVYKSGAVKLKVGDALFDV 259

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CmaCh11G007230 vs. ExPASy Swiss-Prot


Match Name	E-value	Identity	Description
Q5E9Z7	7.8e-04	28.28	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 OS=Bos taurus OX=9913 GN=POLR3D PE=...	[more]

BLAST of CmaCh11G007230 vs. TAIR 10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT5G09380.1	5.0e-30	37.92	RNA polymerase III RPC4	[more]
AT4G25180.1	2.3e-19	33.33	RNA polymerase III RPC4	[more]

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1
Date Performed: 2021-10-25


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR007811	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4	PFAM	PF05132	RNA_pol_Rpc4	coord: 125..198 e-value: 1.4E-11 score: 45.0
IPR007811	DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4	PANTHER	PTHR13408	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III	coord: 69..198 coord: 22..68
None	No IPR available	MOBIDB_LITE	mobidb-lite	disorder_prediction	coord: 139..164
None	No IPR available	PANTHER	PTHR13408:SF6	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III SUBUNIT RPC4-LIKE ISOFORM X1	coord: 22..68 coord: 69..198

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
CmaCh11G007230.1	CmaCh11G007230.1	mRNA

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0006383	transcription by RNA polymerase III
cellular_component	GO:0005666	RNA polymerase III complex
molecular_function	GO:0140098	catalytic activity, acting on RNA
molecular_function	GO:0003677	DNA binding