CmaCh06G007860 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh06G007860
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr06: 4092229 .. 4094442 (-)
RNA-Seq ExpressionCmaCh06G007860
SyntenyCmaCh06G007860
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGTTACATTCAATTCAAATTCACCATATCGTTCCATGCATTCAAATCTCAGTCTCGGTCGTGTAGGACCTTAGAGTACCCCATTGTAAAAACTCGACCTTCTTATTGCCTTCGGTCAATCTTGCAAGAAAATAAGAACAGGACAGAAGATTGGAGTTGATAAGGGTAGCTCAGTATTTCGAAGTTTAGAAGGTTCATCTTTGCCTCATTGCCATGGCCAATTTGCTGTCAAATATGAACTGAAGTGCGTAAAGAATTGTACAGTGTCAGGTAACTTTGTTGATCCATTTTTGTGGGCTTTTGTAGAGATGACTATAGTTAATTCATCACTCTATGAGATAGGTCATTATGATCAATCATTTCTCAAAGAGAAACCCAATAAATGACTCTGAATTTGTTGATATTTTGGATATATATTGTTCAAAATTATATTATTTTAAAAAAATATATATTTAAGGAGTACTTGAAAGCGTAAAGAAATGGTGTACCTCATAATTATCATTTATTGTGGTTGCATTTAAAATACTACATTTTGACCCACAAAATAGCATATACTATATTATATATGGATTATTTTTAAGGGTTAATTGTGACATTTTCAGGATATTAGTATTATTTTATGAAATTTAAAATTAAGTAGTTAAATATTTTTATATTCTCACATGCATCTTCTTATATAAACATATGGGATTCGAGTGGTTAATTAATTTTAAAATTGAATTGGAGAGAGAAAGCACGTGTTTTTCACGTGATATATAGCCTGGAAGGCAACATTTTTTTTTTTTTTTTTATTGCATGTAAAAAAAACAATATACTAAACTAATACATTTATGGTTTGATTCTTATTTTTATGTTAATTATTTTCTTGTGTACAATCATAAGCTTCAACCGGTCGTGTTAAAGTAACTCTTTTAAGGAATTAAGGTTGTAAGTAGAATTAGTGGAAGATGGTTAGTCCTAATCCGACTTTCGGTGTGATATCCCATGTTAAAAGCGTATCTTTGAGACAAAGTCCTTATTTTATAATACATGACTTTCGTTTTATGTCAATTGTAAATATGGAAAAATGTATTCCAACGTCTCTTTTCGAGACCCACAAAATTACAGGGCTTACCACAATAGCTCTACCTGTCGTGGTGTCGTGGTATGCAGATAGTTCATTGGGTGATAATTGATGAAGTCTCTATCTCTTAACGAAGATTTGAAATTGACTTTTTAGTCGAGATAAATATTTATTTTATTGGTATGAGGATTTTTAGAATTTTTTTTTTTAAGTGTTTTAAGTGAGGATTTGAACCTCTGATCACAAATACTCATATTTTGATTTATTATTTTTTTAATAAGGTTCTAATTTTTGTAATTTTTAAACATTAAAATTTTTTTTGGAGACATAATTAAAATTTATTACAATATTTTTTAAAAAGTTTTGTAAAATATATTGGAACATAATTAAATTTAAAAAAGTAAAAATAAAATAGGTGACCGAATACGTAATTAAAGCTAACCAGAATAACAAACGTTATTGATCATTATCTAATAGCCACTTAGTTTGGTAATAAAACCACTCTAAAAAAACCCCACTAATTAATAATTACATAATTAATTCAACAAAAAAAAAAAATAATATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACACCGAAGCTCAAGGTGGGTGGGTGGTGCGAATTTCAGGGTTCTTCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCCCTGCCATTTCCTTGCGTATCCATCTGTAGATCTGTAAGTTATTATGTTTTTTTTTGTTAGAATTCACAGTTTTTCGTTTCGAACAATGCCTTGAATTCTAGTAGATATTTAGGTTTGTGTTCTATTTTTTTCGTTTCTGGTAATCCTTGTAATTTGATTTGACGTTGCTTCGTTGGGGAGGTTTCAGAGGGCCAGATCTTGCTCGTTTTAGGGTTGGATGTGTTGGATTGGAGCTTTCGTAGTTGGGGGAAGTGGTTTTGAGGTGTATTTGAGCCATTAGGGGCTGGATCTCTTGGTATATGTTGCGGTTGTAGCTCTAATCGAATTGGTAAAGGTGTGA

mRNA sequence

ATGGTTACATTCAATTCAAATTCACCATATCGTTCCATGCATTCAAATCTCAGTCTCGGTCGTAAAATAAGAACAGGACAGAAGATTGGAGTTGATAAGGGTAGCTCAGTATTTCGAAGTTTAGAAGGTTCATCTTTGCCTCATTGCCATGGCCAATTTGCTGTCAAATATGAACTGAAGTGCGTAAAGAATTGTACAGTGTCAGGTAACTTTGTTGATCCATTTTTGTGGGCTTTTGTAGAGATGACTATAGGTTCTTCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCCCTGCCATTTCCTTGCGTATCCATCTGTAGATCTAGGGCCAGATCTTGCTCGTTTTAGGGGGCTGGATCTCTTGGTATATGTTGCGGTTGTAGCTCTAATCGAATTGGTAAAGGTGTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGTTACATTCAATTCAAATTCACCATATCGTTCCATGCATTCAAATCTCAGTCTCGGTCGTAAAATAAGAACAGGACAGAAGATTGGAGTTGATAAGGGTAGCTCAGTATTTCGAAGTTTAGAAGGTTCATCTTTGCCTCATTGCCATGGCCAATTTGCTGTCAAATATGAACTGAAGTGCGTAAAGAATTGTACAGTGTCAGGTAACTTTGTTGATCCATTTTTGTGGGCTTTTGTAGAGATGACTATAGGTTCTTCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCCCTGCCATTTCCTTGCGTATCCATCTGTAGATCTAGGGCCAGATCTTGCTCGTTTTAGGGGGCTGGATCTCTTGGTATATGTTGCGGTTGTAGCTCTAATCGAATTGGTAAAGGTGTGA

Protein sequence

MVTFNSNSPYRSMHSNLSLGRKIRTGQKIGVDKGSSVFRSLEGSSLPHCHGQFAVKYELKCVKNCTVSGNFVDPFLWAFVEMTIGSSFLSLSLSLSLCPCHFLAYPSVDLGPDLARFRGLDLLVYVAVVALIELVKV
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh06G007860 vs. NCBI nr
Match: KAG6596863.1 (WAT1-related protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 64.7 bits (156), Expect = 7.1e-07
Identity = 32/38 (84.21%), Postives = 34/38 (89.47%), Query Frame = 0 

Query: 89   LSLSLSLSLCPCHFLAYPSVDLGPDLARFR----GLDL 123
            LSLS+SLSLCPCHFLAYPSVDLGPDLARFR    GL+L
Sbjct: 1640 LSLSVSLSLCPCHFLAYPSVDLGPDLARFRVGCVGLEL 1677

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh06G007860 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh06G007860 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh06G007860 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6596863.17.1e-0784.21WAT1-related protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia][more]
BLAST of CmaCh06G007860 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh06G007860.1CmaCh06G007860.1mRNA