CmaCh04G026760 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh04G026760
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr04: 18160589 .. 18163627 (-)
RNA-Seq ExpressionCmaCh04G026760
SyntenyCmaCh04G026760
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGATGAGATATTTTGGAGCAGTGGGTATATAAAAATGGAAATGGGGCTTAGTTTAAACGCTTTGATTCATCGCCGAAATAGCGCGGTTCTAGCCGTTGGTGGGCCTTTTGATGGCTCTCCGCTGTTTCACAAAAGCAACTCTAAATGCCAGAATTCCAGAGGTGAGAGAGATAGGCCGCAAAAGAGAGGACTGAAAGATTGATATACAGAAATGGTGCTTAACCTCAATTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTATTTTTATTTTTATTTTATTTTATCCCTCAAATTTCCGAAAAATCCCAAAAATTCAGAAACCTTTTCGACAAAAGGGAATATCTTGTGTGCTCTCGTCTTGGTCTCTTTCTAACCGTTGGATCCAATCCCAGATGCTGATCCAATGGACTGCCAGCTAAGGGGATATTTGGCAAACCGTTATATATTATTTTTCTTTTATTCCATTTAGAATTAAATTAATAGTTACGAAAATCAACTCATTCTACATTGCATCTCCAGATATTCGAAAAGTTTGTTCTTAATTAAATTAAGGGAATATTTTTCTTTTATTATTATTAAATTTTTTATCTGGGGTTGAAATTGTATTCTATAAATTTTAGGATAAAAAATGCATTTTTAAAAATTTTAAATACTAAATAACAAACAAATTATTCAAAGTGACACGGGTACCACGTTGTTATGTGTTATTATTATTTTATAAATTATTGGCATGTGCTTTTGTCTTACGAGAGGGTGTTTTTTCAGTCTAAATTATTCAATTCATGTTAGTACGTGGAGATAATATTTATTTTTAAAAGTAATTAAATTACGAAAAGAAGCGAAATATTTAACATAAGATATTTGTCAAATAAAACGAGGAACGGGAAACTTGTCGTTTCTTCTTTGTTGGTTGCATAACTCAAGGCTACTTTTCTTTTTCTTTTTTAGGTAACTTTTTCTTGTTGCCTTTTTACTAAAATATTCATAACTGGTTGTTACTATATTAATTTATTTTAATGTCTAATTTTAAACCAAAGTTTTTACATGTAAACTTATCATATTGTATAATTTTTATTTATAGTTTAATTTAAAAATCTATTAAAACTCATTAATTTCAACAAAGGTAAAATAAAATTGTGAATAATTTAGGGGTTAAAAACATGAATGCATGTTAAAATTAAGGCGGGCACATTAGATGCCATGTGGATTCAGCTGACGTAGGATGGGCACGTGTTAGACCCGTTACCAACAGAAGTTGGGTCCGCTGTGTTTGTCAAGCGAGCTCTTCTTTGACAGCTAAGTCCACGTGGTTTTGGCTATTGTGGGGATTGTGAAATCTTAGTACTCTTCCGTTGACTTGTTCTCCCCATTCCCCTTTCTCATTTCTTATCTGTAAATTTAATTTTTAATAGTTAATTAGCTTTTTTAATTAATTGTTACTCCAAGAGGCACCAAATTTTGTGGTTTTTTTTAATATAATAATTCAACTTTTTCTTGGTCCAAACACATTTAAATGAATATTTATATGAGTTATTTCTATACTAAAAAAAATATCTAGATTTTTTAAAAATAAATATATAAATCATACATCATGCATCTGACGTTAGTTTGAATGATGCAAAATTATTGACTTTTTATATTTTTATTTAAAGAGACTTTAAGAATATTAAAGTTTATTTCAAAATAACGATGAGAGTCATATTTAATTTTTAATTAAAAAAATAGTTAAAAATAGAAAAAAACAAATAAAGGCAAAGTTTATTTATATTTTTAATTCAATTGATGACAAAAGGAGTTTAGAAAAACAAAACTATATTTACCATTATTATATGAAATAGATATATACATATGTGTTAATAATAGAAGTCAGCCCATAATTGTAAAAATGGATCGGTAGGAGAGTGTTATGCCTTAGAGGGAAGCACCTGTGCGAGCAATGGTGGACGAAGCGGTAGCGAAATTGTCAGCTTGAGTAACACAAATATTGGTGAAAATTCAATGCCCCCAAAATTGAAAGGTTCCTCTACAAAGTTCGTCTGCGGAGGGTGAGTCAAAGCCTAAGATTAAGTCGAAAGACCTAGTCGGGCTAAAAGATGGTTAACGATTCAAGAACACAAGGTACCCCTATTTTTTCAAGGTAAGAAGGGTAGAGAAAATACCTCGAGCCAATAACTTTTAGATCTAATTTTATTTTAAATAATCATCGATTACTTTTTACAATATTTGTGATTTATTAATTGAATTATTCTACATGAACGCTTACTAAGATAATTTTTTAATTGAAAAAAATGTATTTGTGATAATTAGCGTTTGAAAAATGTACTATAATTAAATATTTTATTATCTAGTTATTAAAAAAATAGTTCATAATAGTTGATGAGTTTGGTTAATTATATATTAATCATTAATACAGATTTTATTAGTAAAATGTTTAATAATTTTAATGTAATTTCTTGAAAAAATATTAATTGTGAGAATGCGTATAATTCAATACTCAATTCTAATAACGTTTTATGGAGCAAATATTATCATTGTTATTTCAAATATGAACAAAAATTAATTTTAGAACCCGTTTTATTTAATGGCAAATTTGTCCTTTTTGTTATATGTGGGCCGGGAACGTTTTTGTCTGAAGGCCCAAAATCTCAATCACAGGCCTGAATAAATGGGCCTTAAACTTGTCTTTCCCATCGAAGCCCAGCTCTTCTAATTATAATTACAGAAATCCATAATATATATAAAATGAATTAAAAAAAACCGAAAAATAAGGCTCCGTATTTCTGTTTTGGTCAAAAGACACAGAGCGCTCGTGAAGGAAATAGCAATACCACTCCATCGCTGTCAACCGGAAATCGCCAGACGCCGAGATCAGCCACTCTGTTTCTAACTTCTGGTTCGTTTCCTTTCTTCTAATCGGGATTCTGTTCCCTTTTGGGCGGCTATTTCTTCGATCGATTTCATGTATCGTTGCATTTTTTTCATCTCTAGGATTTTTAATGATTGGGTTAGAGCTCTCACTATTAGGGATTGCGTGTTAG

mRNA sequence

ATGGATGAGATATTTTGGAGCAGTGGGTATATAAAAATGGAAATGGGGCTTAGTTTAAACGCTTTGATTCATCGCCGAAATAGCGCGGTTCTAGCCGTTGGTGGGCCTTTTGATGGCTCTCCGCTGTTTCACAAAAGCAACTCTAAATGCCAGAATTCCAGAGGAAATAGCAATACCACTCCATCGCTGTCAACCGGAAATCGCCAGACGCCGAGATCAGCCACTCTGTTTCTAACTTCTGGATTTTTAATGATTGGGTTAGAGCTCTCACTATTAGGGATTGCGTGTTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGATGAGATATTTTGGAGCAGTGGGTATATAAAAATGGAAATGGGGCTTAGTTTAAACGCTTTGATTCATCGCCGAAATAGCGCGGTTCTAGCCGTTGGTGGGCCTTTTGATGGCTCTCCGCTGTTTCACAAAAGCAACTCTAAATGCCAGAATTCCAGAGGAAATAGCAATACCACTCCATCGCTGTCAACCGGAAATCGCCAGACGCCGAGATCAGCCACTCTGTTTCTAACTTCTGGATTTTTAATGATTGGGTTAGAGCTCTCACTATTAGGGATTGCGTGTTAG

Protein sequence

MDEIFWSSGYIKMEMGLSLNALIHRRNSAVLAVGGPFDGSPLFHKSNSKCQNSRGNSNTTPSLSTGNRQTPRSATLFLTSGFLMIGLELSLLGIAC
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh04G026760 vs. NCBI nr
Match: KAG6602409.1 (hypothetical protein SDJN03_07642, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 171.4 bits (433), Expect = 3.8e-39
Identity = 93/113 (82.30%), Postives = 95/113 (84.07%), Query Frame = 0 

Query: 1   MDEIFWSSGYIKMEMGLSLNALIHRRNSAVLAVGGPFDGSPLFHKSNSKCQNSR------ 60
           MDEIFWSSGYIKMEMGLSLNALIHRRNSAV+AVGGPFDGSPLFHKSNSK QNSR      
Sbjct: 1   MDEIFWSSGYIKMEMGLSLNALIHRRNSAVVAVGGPFDGSPLFHKSNSKFQNSRDADPMD 60

Query: 61  -----------GNSNTTPSLSTGNRQTPRSATLFLTSGFLMIGLELSLLGIAC 97
                      GNSNTTPSLSTGNR+TPRSATLFLTSGFLMIGLELSLLGIAC
Sbjct: 61  CQLWGYLSACEGNSNTTPSLSTGNRRTPRSATLFLTSGFLMIGLELSLLGIAC 113

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh04G026760 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh04G026760 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh04G026760 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6602409.13.8e-3982.30hypothetical protein SDJN03_07642, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CmaCh04G026760 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Cucurbita maxima (Rimu) v1.1
Date Performed: 2021-10-25
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableMOBIDB_LITEmobidb-litedisorder_predictioncoord: 44..69

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh04G026760.1CmaCh04G026760.1mRNA