CmaCh04G012030 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh04G012030
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr04: 6123803 .. 6129451 (-)
RNA-Seq ExpressionCmaCh04G012030
SyntenyCmaCh04G012030
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGAAATGGAAGTGTTGCATTTGACGGAAGACGAGAAATTCATGTCCGCCGGACTCCATTGCCAGTAAACCCCTTTTCTTTTTCCGCATTTTGCTTTGATAATACTAATTGCTCACTTGAATCATGCTTGAAATTTCGCGTTTAGGCTTCGTAATCGTTGGAATTTCGTGCCGATTCTTTTGTATTATAGTCAATCCCCTATGGTACGATTTGGTAATCGTCCTAAAATACCGCCAATGTCCAATTTCCAATTGCCTTTTGAAGTTCGCGCAAAACAGGAACTGGATTTTCTTTGTTTGAATATCACAAGTGATTTCTTTCCTGAATTAAATCATCCACCACTTTTCTCGTTTATCTCGTGTTTAAATCCCCAATTATGATGATAAGATCGCTTCCTTCTAGGTGCGGTATCAAGAAATCAGCAGGAAAGTGCACAGAAATAACCTTTGTAGTTAGTTCCATTTATACTAAGCAACAATTTCCGTAGTGGAGGGACAAATTTTGTTGCTATCAATCTGAACAGAAACAAGAACTACGCGTTGCATGAACATTTGACCATCTTTTTGTTGAACTACAGGGGAGAAGTTTGAATGCATGGTTTTGTGTTACAGCCATGTCCTGATAGTGTGGCGGCAAGTTGTTGGGTTGATGATTCATAATGGAGCTTTTCTTGTTTGACTTTGCAGTTCAAGGAAGGATGGCGTTCTTCAATTCCTACTGAACTTTTGTATTATATGCTGACTATTTGGGGTCCGTACATCACAGGTGAGGAAACTAAGCTGTTAGAATTAGTTTTATTTCGTGGAAGCTACGGAGCTTTAGATTTTCAAAGTGAAAACCAAACTTAGAAATGGTTATGCTTATGCTTATGCTTATGCCTTGTGCTATTATGGGAGCTTGGAAACTCTATATTTGGCCCCTAAGACTAAGAACTAAGAACTTTCCTTAGTCTAATAGTAAATTTAGAGTGGACCTCTTGCATTTATTTCTGATAGGTTTGTTTATCAAAAGCTACTTTTGGCCTTTGGGCCATCCAAAGTGTCACAGACAAAAACAAATCTGTTCTGGTTAGATATATGATTGAGTTTTCAATTTTGTTTATCATGTTTGTACCATTTTGTCAATTTCTGGACTTTTGAATCATTAAAGACAAAATTGAAAAATGGTGTGAAGGACTTAATTATGGGTGAAGTCTTGTGGTTTTCTAAACTAAGTAGCTTTTCTTTCAATCATTTCGAAATTGTAGGCATGTGCTGGACCATGTTCATGTACTGGGAAGTAGTATATGGCTGTGGTTGTGAAATCTGTCTCTTTTGTAATGGGAACTTAACAACAAATTTACAATTACCATTGCCATATTGGTCTTATTGTTTGCCCAATTAGAAAATTCCCTGAAGGTGGCTAAATTGTTTAACGCCATGGACTTTTGGTTTCTGTTTGTGTGAACTAGTAGTTTAAAAAAGCAGCAGCCCTTTTTGTTTGTTCTTTGTTTGTTCTTACTGTTTTCCAGGTCTGCTGCTTAACAACCCAGAATTTATATTTCAGATGCAAAACCATCCAACATCTATTCTCCTATCAACATCAGCGGTATTATGCTGAAGATCTCGAGACACCTGGTCAAATAGGTAATAATAATTCTGGTCTTTCTATTTGATGTAAATGGTTGCCTCTGTTTAAGTAGGAGTGTGAGATCCCATGTTGGTTGGAGAGGGGAATGAAATATTTCTTATAAGGGTGTGGAAATCTCTCTCTAATCGTGAGGCTGACTGCAATACGTAACAGACTAAAGTGAATATCGGCTAGCGGTGGGCTTGGACTGTTAAAAATGGTATCAGAGTTAGACACTAGATGGTGTGCCAACAAGTACACGCCTCAAAGGGGGTGGATTGTGAGATCCCAAATTGGTTGGAAAGAAGAACGAAGCATTCCTTATAGGGGTGTGGAAACCTCTTCTTAGCATACACATTTTAAAATTGTGAAGCTGATGGTGATATATAATGGGCAAAAGCAAACAACATCTGCTATCGGTAAACTTGTAAAGGGAGAGTTGAATTACAATTCGGACTCCATTTGTCATTTGAGGGAATCATGAAGATGTCATTCAGGCCTTGTAACAGTTGAGTTTGGCTAATGGGAAATGAAAGCTGCACTTGATAAACTCTTAATCTAGTGGTAAATGACACTAAAAGTCGTTACTTGCTTAAGTCAATGCATATTTCTCACCAAGCCACCAATAAATAAGATGAGAATAATATGAAGTGGACTATTCCTAATCTTGCTGATGATCATGGAGTTGACTTTTTTAGAGCATCACGTCTTTTTACCTCTACGCCATGGTACTCATCAGGTAATACGACAATACTTGACGAGTACTATGGCATAGAGGTAAAAAGATTTGAAATATCAGTATGTCTTCAAAATATACAGCGAAAAGATTAACGAATACTTTATTGTTTTTTGCAAAAGTTAATTAGAAGCTAGCCCAATGCAGTCGATAATTAAAATTTTGACATTTACAAGTATAATAACTATACTTAAAAGTCTCAAATTACGAAATTAAAACTCGAGAGTTCCAATTAGAAAATTTGAAAGACAAAATTGAGAGATTGGAGTCCAAAAAGCTATCAATTTAAAGGATCTTTAGTTGAATCTTTTGCTTATTCTATATAATTAGCAAATAATTGAATCAATTAATGCGTTTGGAAAATTTTAAATCAAAGATTTTAAGATATTAAAAAAAAAAAATCCAGGATGATTTTCTGTTTTAATATGGAAAGATTTTCAAGTATAAAGTCAACACACGTGTGAGAGCCTACTTTTGGATATTAAAATTGGCAAGAAAGTCAACTAGAGATTAGTAATTTTTTAAGTCTAATTTATAATTAATGGGCAATTGTTTTTTTTTTTAAATATTTTAATGAGGTGATGTATGTATTAACAATATTTTCTAAAATTATTATTTTATTAATATTTATTACATTAATTATTATAGAAATGGAGGAGGTGAATCCAGTCTTGAATGTAACACTTTCCAATATTTTCTTTGCGTATTTTATAATCTTCATAATATTATTAATTTTCCGCTTTCAATTTCAAAGCTTTTCCACTTTACCCACCAAAAAATAATCTCCTTTTAATTAAAGTGTAAATCAATCCACAAAATTTTAAAATAATTAGTGTTCCGCCAATCCGGTCTCGACAGATGGCGTAACCCTATTGGCTATGACTAATAATGGAATTTCAAACAATTTCATTTTGAGAATGTCTCGAGTTAGGTTGTCGTGCATCCTAAAGTTAGGCCATTTCCCGTTGTGTCCTACGGGATTTTGTTTTTCCAATTTATTTTTTCAATCAAAATTTCAAATTTAATTATATATATATATATATACTTATTATTGTAAATATTTTTTAAAGATATAATTAGGCATAATTGATTAGTGCAATTAAGCTGTATTAGTTTCTTCATTTATTTTAAATATTAGGTATCAATTATGTTACCCTAATTAACCTTCCTTCGATAATCAAATTAAACTAGTCTCAATTAAATAAAATAACTTTAAAATCAAACATAGTTCGGTACATAAGACGTTCAAAAGTCGTTCGTCTCTATTGAACTCTATTATTTTATGTAAATATAAATATTGATTTTATTAATTTTATTTATGGGCTTTTTAAAAATAAACACTTCATTATTTTATTATTATTCTTAATTTTATGTGAATGAGATTTTTATTAGTTAATATAAAATTTTCTGCTAAATTAATTTAATGGCTTTGTTTTGTTAACATAACAATGGATAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGTATACAAAATTTGAATTTATTTGTTTTTTTTTTCCTGTATTTAAAATTTATATTTAATAGTAAATTTATCATCTACTTACAATTTTTTATATAAAAAACATAGTCAAAATTTAGAAATTGAGGGAAAATGTAATTGAAAAATTTTGGTTTTTTTGAAAATAAATTGTAGATATAAGTACTTAATTAATTTATTAAAAAAATAAAAAAATTAATATAGATTATTTTAATATAATTCATTATTGTTGAACTATTTGAATATAAATTAATGGATAATATGGTTTAATTTCTATTATCCTAATTATTGATCTATAGATAAATGTATCTCTTATAAGGGTATATTGGTCTTCTTGGCACATATATTTCCGATATAAATAGATTTTTGGTCGTGTTTCTATAGGGAAATGAAAGAAATGTATGTCTTGTTGGTATAAATAGTAACTTTGATTTCCTTTAGTCCTTTCTTAGTCATTTCATTATCAAGATCACTCTTATTTAAATGTAGTCTCGATTCATTCATGTATACCTCTTTTACTAAAGTTTCACAAAAAAAATACGTTTATAATCTTCTAATTTGAAAATTAAATTACGTAATTGATTTAATAAATAAATAATTAAAATGAAAAAAAAAAAAAAAGATTGGGCAAGAGGAAAAGGGTTTGTTTTTGTTGGCGTAGGTGTGTATGGAGTCTTGTGCTACCATATACAATTTACCAATTAATTTGACAATTTATAGATTCAACTACCCTTATATTCATATTCCTCCTCTTTTAAATCAAATATATACCCAAAAAAACAATTAATTGATTAATTACTTTTTTCCCAAAAGACAAAAAAACATTGGAATATATATTTCACTAAATTATGTGTCACTACTTATTTGGGCTGATTTAATTATTAAAATATTTAATTTCATTTTTTAATATTGGCTAATTTTAAAATATATATATATATATATATATAGCTAAAGCTTTGCAAACATTTCTGTTTTTTTTTTTTAAGAAAAATCATTAATTATTATGAAAGTCTTTCGAGTTGTTATTAACAACGAAAATCAAAATTAATTAAGTCTCTAGTTATTATTACCCACTTAGCCTTATAAATTGAGTCAGTCGAGTGACTAATGTTTATTAATATTTCCGTTAATTTTGAGGGGAAAAAAAACAAGTTTATACGACGATTAATTAAAAAAAACTTAGAAACTGATTTTTTTAAAAAAAGAAATTAAAACCATTTAGCAGTTTTTTTTCTCTGTTTTGTTAAATTCACTGTTTCATGTATTAATTATTAGTCGAGATTGATGATTCTCGGAAACAAAATCCTAATTAAATAATAGATCTTAAATATTAGAAATGCTAAAGTTGTGAAATTCTGTATACATGCAATGTAATTGAAGAAGAAAGATGAAAAAATTGATTGTTCAATGGAATTATTTCTTGAAATTAATATGGACTTAAAAGTATAATGATAGAATAACAAAATTTACCGAACACCACAATGAATTAAAATTGATTTCTAAGAGATCGTGAAATGATCGCAAACCAAATTAATTGAATTATACGCTTTAATCGCCTCTGGATTTGAAATGCTTGAGCTTAGATCAATGGAGAGATAAGCCAAACTGATGTAAAGCAGATTTTCACATGAGTTATCGATGATATTGAGAAATCGAACGCAACAGAGATTGAATTGACGCATATGAAGATCTGGATTTATGTATGTACTATATGTTGTGAACGAACAAAGAGATCAAGATTACAGTATCAAAAAGGAAAAAGAAAACGCAAAAACTAGTTTAACTCATCGTGTTCGATCTGATTGA

mRNA sequence

ATGGAAATGGAAGTGTTGCATTTGACGGAAGACGAGAAATTCATGTCCGCCGGACTCCATTGCCAGTGCGGTATCAAGAAATCAGCAGGAAAGTGCACAGAAATAACCTTTGTATTCAAGGAAGGATGGCGTTCTTCAATTCCTACTGAACTTTTGTATTATATGCTGACTATTTGGGGTCCGTACATCACAGATGCAAAACCATCCAACATCTATTCTCCTATCAACATCAGCGGTATTATGCTGAAGATCTCGAGACACCTGAGCATCACGTCTTTTTACCTCTACGCCATGGTACTCATCAGATCTGGATTTATGTATGTACTATATGTTGTGAACGAACAAAGAGATCAAGATTACAGTATCAAAAAGGAAAAAGAAAACGCAAAAACTAGTTTAACTCATCGTGTTCGATCTGATTGA

Coding sequence (CDS)

ATGGAAATGGAAGTGTTGCATTTGACGGAAGACGAGAAATTCATGTCCGCCGGACTCCATTGCCAGTGCGGTATCAAGAAATCAGCAGGAAAGTGCACAGAAATAACCTTTGTATTCAAGGAAGGATGGCGTTCTTCAATTCCTACTGAACTTTTGTATTATATGCTGACTATTTGGGGTCCGTACATCACAGATGCAAAACCATCCAACATCTATTCTCCTATCAACATCAGCGGTATTATGCTGAAGATCTCGAGACACCTGAGCATCACGTCTTTTTACCTCTACGCCATGGTACTCATCAGATCTGGATTTATGTATGTACTATATGTTGTGAACGAACAAAGAGATCAAGATTACAGTATCAAAAAGGAAAAAGAAAACGCAAAAACTAGTTTAACTCATCGTGTTCGATCTGATTGA

Protein sequence

MEMEVLHLTEDEKFMSAGLHCQCGIKKSAGKCTEITFVFKEGWRSSIPTELLYYMLTIWGPYITDAKPSNIYSPINISGIMLKISRHLSITSFYLYAMVLIRSGFMYVLYVVNEQRDQDYSIKKEKENAKTSLTHRVRSD
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh04G012030 vs. NCBI nr
Match: KAG7031624.1 (hypothetical protein SDJN02_05665, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma])

HSP 1 Score: 97.4 bits (241), Expect = 1.0e-16
Identity = 57/102 (55.88%), Postives = 64/102 (62.75%), Query Frame = 0 

Query: 3   MEVLHLTEDEKFMSAGLHCQCGIKKSAGKCTEITFVFKEGWRSSIPTELLYYMLTIWGPY 62
           MEVLHLTEDEKFMSAGL       +          +FKEGWRSSIPTELLYYMLTIWGPY
Sbjct: 1   MEVLHLTEDEKFMSAGLIIAINPLRYD--------LFKEGWRSSIPTELLYYMLTIWGPY 60

Query: 63  ITDAKPSNIYSPINISGIMLKI--SRHLSITSFYLYAMVLIR 103
           IT    +N      +      I  S   S+TSFYLYAM+L+R
Sbjct: 61  ITGVLLNNPEFAFQMQNHPTSILPSTSASLTSFYLYAMILVR 94

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh04G012030 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh04G012030 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh04G012030 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG7031624.11.0e-1655.88hypothetical protein SDJN02_05665, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyro... [more]
BLAST of CmaCh04G012030 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh04G012030.1CmaCh04G012030.1mRNA