CmaCh01G013480 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh01G013480
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr01: 9630691 .. 9633640 (-)
RNA-Seq ExpressionCmaCh01G013480
SyntenyCmaCh01G013480
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGCCCTTTTCTAGTTGAGTCATCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGCTTCGCTTCTTGATTTTGTGCTCTTAAATTTCCTCTGCTGTAAGAGGAAATAATCGCGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCCGAGACTGCGATGAAGATTGCATGGATCTTGCTTCTTTTTCCGGATGCAGATTCTTCCAGGTTTGGATGTTTTCGTTCTTGTAATTTACTATTTTAAGATCTGGAAAAATCGTTCATAGGAGCTAGTTCGTTATCGAAAGTCGAAGGTTTGAATTCGCTTGAGCGGTCTGGATTTTATTGATCTTTGCGCGTGATGTTGTTTGTGTTAATGCGTATTTAGAATAGTTAATTGTTTTGTAAGAGTATACTTGATTACCTCGTTGAAGGTTTCTGTGTGTTTTTTACTGTTGATTTGGCGGAATCGGTTTATGTTATAGCTTGATGATGTCTCTATTCGGACTTCGGTGACGGTTTTTCTCGCCTGCTTTGATTTGAAAATTAAATGGTAATGGAAGAAACTAAAAGTGCTTTTTGTCAATGTGAACAAATCATGGTTTGTGCAGTGCGATTACTGTGGTCCACGTTTGCGTCATTGGCTTTCTTGATTCTTCTGTTATGCAATTGTTCTATGGATTCACAATGCGTTTCGAGTAAAATTCCATTAACAACGGATCACTTTGGTTGTTTCTTGTTTTACTATATATATTTATATTTTTTTAAATTTTGTCCTCCCTCCTGTTGCTTTTAGCATCTTCTTTATAGAAGTACTTCGCAGTCTGGCACCACACCGTCGTCGAATCTTTTAGTGCTCTTTTCCGACCGAGCTCAGAGGGTACTTTTTATTCTCTATATGTAGTAACTTTTATTTTGGGCATCTTTCTCAAGATGCTTATCCACTATTATTCTAATTGCAAAATTCGTAGTTACCCGTTACTCCCTTTGATGGCCATTTTAGTAAACCGTCGAGGCCATTTTCTTTTCAGAATACTTGACTTGGAATCTATTTGTTGATTGCAGAGAGTCCTAATTTCTGTATACGCTTTTTATTCATCTTTTTCTTAGTCGTTGTTAACCTGTTTGCTCATCTTGGGAATAGTAATTCATTATAACTCGATTGTTATATGGAAAATATAAATACTTTTTTTTCCTTTTTACCAATGAACTGGTTTGCTTGAATTTGTAGATTTTGTTTTTTCCGTCGGATTTTGTGCACAATCCTCCCCCTTGCATTTAGTATTGTAAGTTTTTCTAACAAACTTCTGATCTCGGCAATAAGAAATGGTGGAAACTAACCAAGGTAAGTCAGCCTTTTTCCTCTGTTTACGGCATGTGAAGTTGTTATATTTGTTAACAAATTCTGTTCATTTCTTGGAAGGTTTTGGGTAATAATGGAACCAAATCGCTCTCTGTTGCAAAAGCTGTTATTTTGATTATGCTGTGGAATGTGCCACCAATGCCTCCTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGTTATTACTTACACGCCTTTGGTCGGTCTTATTTCAGAAGTGAATATTAGAAAATAGCTGTAATGACATATATAGATGAAAAGGAAATCTTATTAAAGTTTTGTTCTGTTTCCTCGAACCTATTAAAAGCTTAGTAAGAACTGTTTGTTTTTCTTTACTTCATGTGAAAACAAACCTGAGTTGTTGAGTTATTTTTCCGTATTTCTTGAAATTTGGCTACGAACCCTTTTCTGGAAAACAAAAAACGAAATAATTGGAGATATTCTCTTCTACAGCTGCCAACTATTGCATGAGCACGCACGGTGTGGCTTGATCGAACACAGGACCATGGGAGTAGGCCTGGGCTTGGGCCCTTGGACGAGCTTTGTACAGATTGGAAGATGGGCCACAGCTCTTCGACGAGGTATGTACAGTTTGAATGCCACTGGTAAGGGATGTTTCATTGGTTTAGTCTGGTGGCTTTTATTTTATTTTTATGAAATATTTGAAACCAATCCCTTTGATATATTATAATTGACCTAAAAACATCAGAAAGCCAAACAGAATCAAACCAGTGGCGAATTAAACCACTTTAATTGTATTCAATTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGACGTTAGTCTTGCTTGATTCCATTTGGACATAAATTTAAGACAAATCAAACCATTAATAGTGGTTTGTTTGGAGATTAATATCTTTGTTCATGTAGGCCCTCTTTTTTCCATACTCTTTCAGGGTCGATTGCAACAAGATGAGTATTAATGCTTTTGTGTTTTGTTCATATGGTTTAGGGACTATAAGTATTAGTAGTAACACTCTTTTTTTTTTCATGCTTATGACACATTTATAAAAAAAAAAAGAAACTTAATTGTGCGGATATATTTGAACCTAACTATTAGTAATTGGATTATTTTAAGATAATCGTAGATAGAAATAATGCTTCAACAGATTTATAGTATGTCGCTTTTGACCGCTCGCCACTCTCCCCTTTCCAGGCCGAGGCCTCCCTCAATAGGTTCTAAGGAAGACCGCGCCCTGAATCAATTAATAAGCTTTTTTATTTGATTAAAGGGAAAAATTACTATTTATTAACTTAACTAGTGTTTCAGGAGAATCGAGTCATTTAGTCTGTTCATAATGTAAAGCAAGGGGCAAAGCTTCTACACTTTGGAGTTGCCATCCACACCACACCATAATATATGAAGTTTTCCAAAAAAAAACTTGCTAGGGAAGGAAACCATTACTCGACAAAGCTTTGTATTATTTTGTTAATTTATTGCTTGGTGGCATAAGAAGATTGGCTTAATCAGAACGACTTTTAAATAAGTCGATTTAGAGATATTCATTTAACTTATCAGGTCAAGGTTTCACCTTGTGTTCATTTAACTTATCAGGTCAAGGTCTCACCTTGT

mRNA sequence

ATGCCCTTTTCTAAGGAAATAATCGCGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCCGAGACTGCGATGAAGATTGCATGGATCTTGCTTCTTTTTCCGGATGCAGATTCTTCCAGCTGCCAACTATTGCATGAGCACGCACGGTGTGGCTTGATCGAACACAGGACCATGGGAGTAGGCCTGGGCTTGGGCCCTTGGACGAGCTTTGTACAGATTGGAAGATGGGCCACAGCTCTTCGACGAGGTATGTACAGTTTGAATGCCACTGGTAAGGGATGTTTCATTGGTTTAGTCTGGTGGCTTTTATTTTATTTTTATGAAATATTTGAAACCAATCCCTTTGATATATTATAATTGACCTAAAAACATCAGAAAGCCAAACAGAATCAAACCAGTGGCGAATTAAACCACTTTAATTGTATTCAATTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGACGTTAGTCTTGCTTGATTCCATTTGGACATAAATTTAAGACAAATCAAACCATTAATAGTGGTTTGTTTGGAGATTAATATCTTTGTTCATGTAGGCCCTCTTTTTTCCATACTCTTTCAGGGTCGATTGCAACAAGATGAGTATTAATGCTTTTGTGTTTTGTTCATATGGTTTAGGGACTATAAGTATTAGTAGTAACACTCTTTTTTTTTTCATGCTTATGACACATTTATAAAAAAAAAAAGAAACTTAATTGTGCGGATATATTTGAACCTAACTATTAGTAATTGGATTATTTTAAGATAATCGTAGATAGAAATAATGCTTCAACAGATTTATAGTATGTCGCTTTTGACCGCTCGCCACTCTCCCCTTTCCAGGCCGAGGCCTCCCTCAATAGGTTCTAAGGAAGACCGCGCCCTGAATCAATTAATAAGCTTTTTTATTTGATTAAAGGGAAAAATTACTATTTATTAACTTAACTAGTGTTTCAGGAGAATCGAGTCATTTAGTCTGTTCATAATGTAAAGCAAGGGGCAAAGCTTCTACACTTTGGAGTTGCCATCCACACCACACCATAATATATGAAGTTTTCCAAAAAAAAACTTGCTAGGGAAGGAAACCATTACTCGACAAAGCTTTGTATTATTTTGTTAATTTATTGCTTGGTGGCATAAGAAGATTGGCTTAATCAGAACGACTTTTAAATAAGTCGATTTAGAGATATTCATTTAACTTATCAGGTCAAGGTTTCACCTTGTGTTCATTTAACTTATCAGGTCAAGGTCTCACCTTGT

Coding sequence (CDS)

ATGCCCTTTTCTAAGGAAATAATCGCGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCCGAGACTGCGATGAAGATTGCATGGATCTTGCTTCTTTTTCCGGATGCAGATTCTTCCAGCTGCCAACTATTGCATGAGCACGCACGGTGTGGCTTGATCGAACACAGGACCATGGGAGTAGGCCTGGGCTTGGGCCCTTGGACGAGCTTTGTACAGATTGGAAGATGGGCCACAGCTCTTCGACGAGGTATGTACAGTTTGAATGCCACTGGTAAGGGATGTTTCATTGGTTTAGTCTGGTGGCTTTTATTTTATTTTTATGAAATATTTGAAACCAATCCCTTTGATATATTATAA

Protein sequence

MPFSKEIIARIGSRLASTESETAMKIAWILLLFPDADSSSCQLLHEHARCGLIEHRTMGVGLGLGPWTSFVQIGRWATALRRGMYSLNATGKGCFIGLVWWLLFYFYEIFETNPFDIL
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh01G013480 vs. NCBI nr
Match: KAG6608014.1 (hypothetical protein SDJN03_01356, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia])

HSP 1 Score: 138.7 bits (348), Expect = 3.3e-29
Identity = 64/68 (94.12%), Postives = 64/68 (94.12%), Query Frame = 0 

Query: 24 MKIAWILLLFPDADSSSCQLLHEHARCGLIEHRTMGVGLGLGPWTSFVQIGRWATALRRG 83
          MKIAWILLLFPD DSSS QLLHEH RCGLIEHRTMGVGLGLGPWTSFVQIGRWA ALRRG
Sbjct: 1  MKIAWILLLFPDVDSSSSQLLHEHTRCGLIEHRTMGVGLGLGPWTSFVQIGRWAMALRRG 60

Query: 84 MYSLNATG 92
          MYSLNATG
Sbjct: 61 MYSLNATG 68

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh01G013480 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh01G013480 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh01G013480 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KAG6608014.13.3e-2994.12hypothetical protein SDJN03_01356, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sorori... [more]
BLAST of CmaCh01G013480 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh01G013480.1CmaCh01G013480.1mRNA