CmaCh01G002610 (gene) Cucurbita maxima (Rimu) v1.1

Overview
NameCmaCh01G002610
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu) v1.1)
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr01: 1234964 .. 1239606 (+)
RNA-Seq ExpressionCmaCh01G002610
SyntenyCmaCh01G002610
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGATGCACGTATTCCATAGCGTCGAGGTACGTCTTGGCTTTCTTATGTAACGTTGAGATGCTCTTCTATAATGCCTCAATGCTACTCTCGTGGGTAGAATAGCTCGAGTGTTACAAAGTCAAACATCTAGTTGTTCTAGGAGCATTGAGAAGCTCTCCTATTTTTTGTCTCGAGCTCCACTAAAGACGTCACAACTTGTATGGTATCATCAAGCCATAAATTATAGCCTACTCATCATAAAGTTTGTAAGTAATAGACATGTGCAAGAAAAGCGTATCAACGAAGGCTCAAAGATAAAATTTATAATCTTTTTATACCTTTTCAAGGGTCGTTTTCAAAGCTATCGTGTAATTGGTTTCTTCACACGAAAAAATGACTTTAGGTACCTTTCACAAATAAGACGATATAATTGATTTAAGTAAAACATGCATAACCATGAATTTCCAATAATTGGTATATGCAGTAACTTTCATTTCTAAGTCTTTCTTAGTCATCATATCATCATATCACTCTTAGTTGAATGTGGTCCCAGTTCTCACCGAAAAATAAAGGTGCACCTTATTGATCTAGGTAGTAAATATTTTTTTATTAAATAAATAGCACTTTTTTTGTGATTTTTTAAATTAAATTACAATTTTAAATTTTTTTAGTGACTAGACTTATTCCTATCAATAAAACTTATATATTAAATATATATATATATATTAAAAAAATTTAAAGACTAATGTATCAAATTAAAAAAAAAAAAAATCAAACTCAAAATTTAGAAGAGAAAATATAATTTTTATTTTTATTTTTATTTTTATTTTTAAAAATATCGTTATTTAGTGTGAGCATTGCTTTAATGATATTGAAACAATATTGACAAATAAATATATAAAAAATCTATTAATTTTAAAATTTATGTGAAATAAAATTAATTAATTTTAGAAAATTATGAAAAAATTAGACACAAATATAAAAGTTAGGGACTAGATATGTAATTTCACTTTTTTTTTTAAACCTTTTTGTCCAATACGACAATATTTTACCTTAATTAATTAGAATAAAAATTTCTTAATTGCCATATATTTGTTAAACGACGTCGTTCTGTCTAACAAGTAGATTTATAGGTAGCAAACATAAAAATGACGTTCTATTTCTTTGAAGAATTTTCAAAGCAATATAATAATTCTTTTTTATTTTTACAAAACATATATAAATATTAAAATTTTCACTGTGTAAATTCTCCACAATTTTATTTTAAATCTTTAATTTAAGTACTTTTTCATCTATACTTAATTTTTATATCTTTAATAAATCTTAAAAATAAAAAATATATCTTTATTAGTGTTTACTATAATTTTTTTATTTAATTAATTTTCAAAATTATTAAAAATACGAGAACAAAATATAGACATTAAAAAGTACAAAGATTAAAATACAAAAAAAAAAAAAAACTAAGAGTCGATGATTTTTCTTTTCTATTTCAAACTTTTTTTAATTAAAAAAACGTTCGAGTAAGTAGCCATACAGTGTCACATGGCCACTAACTAGCCTGGTACTTGAGAAGATGGAAAAAAAAATATAAAAAATAAATAAAATTAATATTAATAAGCCATGAATTAAAGGAAATTTAATTTTGAAGTTATAATATGTTTTGATGGTACAGATTTAAAATTGATTATCCACATGGGAGATCAAGAGAACCATTTTAATAATTTTATATTTTAGTATATATTATATACTTTTAAAAATTAATTAATATTCGGTATATTTTGAAAATTTGAAGACCAAAAGTGAAAATATCAATTAACAATTGTCACTGTTTCAATTTGGATGACATCATTCTTAACTGTTGTTGTATAATAATGACACTCTAGACTGACTTTGTAATTAACGGTTGTCGTATATAGTCTAAGATGATGGTAAAAGAGTCCTGAAATACGTTTAAATTATGTGAGTTTGATCATATGTGAAGTACTGGAAAATAATGTTAATGTTCGTTTTTTGTGTAATGATTACGTTATTGAATAAGAAAGTCGTTCATTAATGAATTTATTAAATGAGAAAATAGTTTACCGACAGTAGAATTATTTAATCGTTGAGTAAATCAGTTAAAGGCACTCAAATTTATTTTTTATTATTTATTTTTATTATTATTATTATTATTGTCTTGGCTCAATCTTAAGTCACGTTCTTAAGTGAAAAATAAATAAAATTAATTTTAATTTCCATATTATTTTTTACCCGAAAAAAAAAAAAAAAACAATTTATTTATTCAATTATTGATTTTGGGTAAGTGGGGCAAGTGGGGCTGCCCGAATTAAATCGGCTGCCGCCCACCAACAGTAAATCCGACAGTAAAAACACTCCACATCAACCCAGCTAGGAATTCCGACATATTTTCCTTAATTTTTTTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTAAATGATAATGGTTATTATTTATTATTATTAGTTCAATGACGGTGCATTCAACCTACATTATGCTCTATTTAACTCTACCTTTAACTTTAATTTCCTCCTAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATTATATAATAGCTTTGGCCCATTATGAATTCACCTCTAAAAAATGTTAGATTCTAATATTTTATTTTTTTAAAACATTTTTAACTTAATAAAAAAATTCAATTCAATTTGAATAGATCCACTTAGTAAAAGAAATATTAACATTAAAATATGGTTTTGATTTACTTATGTGAACATGTGGGCGCATGCCACTCGGAATACATAGATATTGTTGATGAGTTGTATTTTATATGTCAAGCCGTATTCAAGTGGCTCTATATATGATAATAATAATAATAATAATTAAATAATATACAATGTTTAAGTTAAACAATTTCAATTTTTTTTTATTTTTTTTGTGAAATGTTCTTATTAATAGACACGATAAATTTTTGCTTAATTTTATTAATTATTTAATTTTAAAATAACTAATATATCATTGTTTTCTTTAGAAAAAAATGGCACAAATCACTCTTAATTTAAATATAAAATCTAAATTGAATAAAATATTAGAAATTTGTAATGTTTCATGACTAAAAATAAAGTATATATTTAAAATATAATAAAAATGAAAATATTATATTGAATAAATTGCAAACAAATGTTTATGATAAAATACGATAATTTGATTGGTTGTTGAAGACGTTTAGAAAAGTAACGGTCCATTTATTTTATTATTTTTCTTCAAATAATTGAGTCATCATTAATCGAATAAAAATTCTTTACTAAGTCCAATGTTTTGAGTCGGTCCACTTTCATTGATATGAAACATTATTATTTATTTTTTATATTTTTTCTTTTTAAATTTTAATTTTGGTGAGAATTTACGGATCTAATTCAACGTAATTATAATTTTTTTTGGATGGTTTGGTTAAGTCATTTATTCATAATTTTATTTTCAATAAAAATAAAACGTTAATTCATAAAACATTTATTTATTTATTTTTAACGATGTATTTTAGGTTTATTTTTCTAGAAAAATCTTCTTAAAGGAGTAATTAAAAAATAACTAATAAAAAATTATTATAAAATTAAATAAAAATATGTATATATATTTGCGCAAATATGTAAAAATTAACCATAAATTTAGGTTAATTCGATTTAATTTAATTTAGTTTTAATAGAATCTACGAACTCAGCCCAATTCGTATGATCGAGTTGATTAATTTTTTCGCATGCTATTGCTTAAATTTTTCATTCAATATATTTTAAATAAAATAAATAAAAACAGCAATTTTAATATTTTATTTGATTGTAACGCGCATTTTATTTTCTAATTAAGTTTAAACAAAAAATAATTATATATTAATCTGAAAAATTAAAAAAAGGGAAGGAAATTAAACAGGGAAATATAGGTTTTAGAAAAAGAAGTAAATAAATAAAGAAAAGCGCGAAGCAGAGGATAACTACCCTCCCTCCGGTACAAGCAACGCAAAGGGCATCTTTTGAGGCATTGGGAGAGGGAGGGTCACGCGGTGTTGCTGTGCTGGGCCCCACCATTTTGCTTCTCTCTCTTCATTCCTTTTCTTTTATTAAAAATAAATAAATATCAATAATAATTCAATTAATTTGTTTTTTTCTTGTATAAAGATTTGAAATTTGACTTTGATTCTAAAATTTTTAAGATTATTATTATTATTATTATTTAAAAAAATTTGTAACAGACTCGAACTTAATTTTTTTTAAAAAAAATTAATTTTTAGTTTTACGGTGGATAGATTATGTGAGTGATGGAAAGAAGTAGCTCATAGTTTAATCTTTCATGTGATGAATTAGCTCTTACAATTACCAAATCTTTACCATCACTACTCCCACTTCCAACACCCAATACGAATCAAAGCCCACACGCTTTTCCATTCATTCATTTCGTCATCGCCTCTCATCTTCCCCTTTTCTCCTATATCTCCGACGGATTTCTGGCGGCCGATCTCTGTTGACTCCACTCGGTATTCACTTACTCTCTTTAATTTTGCTTTCTTTCTGATTTCTCGCTTTCTGGGTCTCCATATCTCAGTGTTCTTCACATGGGTTTCTGTTTTTTGGGCTATTCAATCACTTCACCCCATTGCTTTTTGA

mRNA sequence

ATGATGCACGTATTCCATAGCGTCGAGCTCTTACAATTACCAAATCTTTACCATCACTACTCCCACTTCCAACACCCAATACGAATCAAAGCCCACACGCTTTTCCATTCATTCATTTCGTCATCGCCTCTCATCTTCCCCTTTTCTCCTATATCTCCGACGGATTTCTGGCGGCCGATCTCTGTTGACTCCACTCGGTATTCACTTACTCTCTTTAATTTTGCTTTCTTTCTGATTTCTCGCTTTCTGGGTCTCCATATCTCAGTGTTCTTCACATGGGTTTCTGTTTTTTGGGCTATTCAATCACTTCACCCCATTGCTTTTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGATGCACGTATTCCATAGCGTCGAGCTCTTACAATTACCAAATCTTTACCATCACTACTCCCACTTCCAACACCCAATACGAATCAAAGCCCACACGCTTTTCCATTCATTCATTTCGTCATCGCCTCTCATCTTCCCCTTTTCTCCTATATCTCCGACGGATTTCTGGCGGCCGATCTCTGTTGACTCCACTCGGTATTCACTTACTCTCTTTAATTTTGCTTTCTTTCTGATTTCTCGCTTTCTGGGTCTCCATATCTCAGTGTTCTTCACATGGGTTTCTGTTTTTTGGGCTATTCAATCACTTCACCCCATTGCTTTTTGA

Protein sequence

MMHVFHSVELLQLPNLYHHYSHFQHPIRIKAHTLFHSFISSSPLIFPFSPISPTDFWRPISVDSTRYSLTLFNFAFFLISRFLGLHISVFFTWVSVFWAIQSLHPIAF
Homology
[Close]
BLAST of CmaCh01G002610 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0L9D4 (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_3G664540 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 72.4 bits (176), Expect = 1.3e-09
Identity = 40/54 (74.07%), Postives = 41/54 (75.93%), Query Frame = 0 

Query: 8  VELLQLPNLYHHYSHFQHPIRIKAHTLFHSFISSSP-----LIFPFSPISPTDF 57
          V L+QLPNLYHHYSH QHPIRIKAHTL HSFISSS      LIF    ISPTDF
Sbjct: 5  VPLIQLPNLYHHYSHSQHPIRIKAHTLLHSFISSSSLSSSLLIFLTFLISPTDF 58

[Close]
BLAST of CmaCh01G002610 vs. NCBI nr
Match: KGN58530.1 (hypothetical protein Csa_000893 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 72.4 bits (176), Expect = 2.7e-09
Identity = 40/54 (74.07%), Postives = 41/54 (75.93%), Query Frame = 0 

Query: 8  VELLQLPNLYHHYSHFQHPIRIKAHTLFHSFISSSP-----LIFPFSPISPTDF 57
          V L+QLPNLYHHYSH QHPIRIKAHTL HSFISSS      LIF    ISPTDF
Sbjct: 5  VPLIQLPNLYHHYSHSQHPIRIKAHTLLHSFISSSSLSSSLLIFLTFLISPTDF 58

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CmaCh01G002610 vs.
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CmaCh01G002610 vs. ExPASy TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0L9D41.3e-0974.07Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_3G664540 PE=4 SV=1[more]
BLAST of CmaCh01G002610 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KGN58530.12.7e-0974.07hypothetical protein Csa_000893 [Cucumis sativus][more]
BLAST of CmaCh01G002610 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh01G002610.1CmaCh01G002610.1mRNA


GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
cellular_component GO:0016020 membrane