
CmUC02G030920 (gene) Watermelon (USVL531) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTCAAGCAGCCATATGGGGAAGAACAAGAAACATAAGGACGGCGGCGAGAAGGGAGCCGCCGCCGGCGACCACTGCCCTTCCAAGGTCTTCGTCAAGAACTTGCCGTACTCGTTCACCAACTCACAGGTTCGTACTTCCTCTATTGCCTGCTTGTTTTCTGAGAAAAATACTGAGCTGAATAGTATGAACGTAGGAATTTCTTTTTGTTCTTTTCTTTTTAAACTCGACTTATAGAAGCAAGCAATCCAATATTATTTTGATTATGCAAGCAGTTCAGGCAATGTTTTGATTTGATTTCTTTCGGATTGTTTTGCTGTTCAATGCAATGTTAGTAAGCTTTTCTGTGTTTTCTATGTGCATTAGCTTGAAGAAACATTCAGTGATGTTGGTCCGGTCCGGCGGTGCTTCATGGTTACTCAAAAGGGTAAGTACCTCTATGCATGATTATCTCGGATTGGCTTGTCTGTTTATTTATTTGCATTTAGTGTACTTTCTTGAAATTTGAATTATGAATACATGAAAGAGCATTTGGTCGAATAGATGGGGTGCTGTTACGAGAGAATTGGAGGGTGGATAGAGTTATTGTTATTTTTATCTTTTCATTGCGTGAACTTCATTCTGCATTGTGTTTTTTAGCGATTGTATAGAAACTGAGTATTGTGTTTTACTGTTCTAAATCTTCAGATGATATTTTGAGATATTTTCATTGAGAATTATTTTGAACTTATCTTATTTTATGTCATCAGGTTCAACTGAGCATTGCGGTTTTGGATTCGTGCAGTTGTAAGCCAGATTACTATCAACTCTATTCTTTTTGTTATTGTCCTTGTAGTTTTTCCTCTACTTCTTTGTCCAAATGTTTTGTTCTATTCATTCCAATGATATCTGTCTGACTATGGTTAGGTTCTATGCAGGCGCTTTAGTTTGATGGGTGATAGCTATGGATGAGCTACTATTGTTAGTTGTAAAAATGTTATCATTTACTTAGAAGCTAGAGCTTCTGTCAGAATGGAAAATGCTTCGGTTTCCTCTATATAGTTATTCTAGATGCTTATGTATATCTCCTTTCTATGGATACTAAACAGATTTAATTTTTCCTTGTTTTTGTTGTTCCATTTTCTATGCAATTGATGGCGCTTTCAGTTTTGATTGTATTAATTGCTTGCTTGTCTATTAGAGCGAAGTGCGTTCGAAGCATCTATACGTTTGTTGAAGCTACTTATTCTCTTGTTTTATCTTGGAGTGTATTATTTTTTCCACTTTTCAATTACAGCTTATCTACCCTCAATCAACTCTGTAGGTGTTTTTTTGTAATTATTCACTGATAGGAAATTCTTTTGTAATCTACTTCATATTTTCTATGAGCAATCCTGTAATAATCAACATTGCTTGATGGTTGCCATAATGCACATTAATTTCTTATTCTTTTTTAAGTCTTCTTGTTAAATTGCCATTACCCATGGTTATCCTCCAAAGGCTTTTATTTCTTAATATCACTGGATTCTTTGAATATGATTGCAGTGCTGTAGCTGAAGATGCAAATCGAGCAATTGAGCTGAAGAATGGGATGTCTGTTGAAGGACGCAAAATTACTGTTAAACATGCTATGCATCGAGCTCCCCTTGAGCAGCGGCGGTCTAAAGAAAATCAAGGTTGATGTGATGCATGAGATTTTGGAAGCTAATCCACCTGTTGCAGGACTGCTAGAATTTTATTTATTCCCTCCTTTCTTTCTTGTTTTTCTCAGTTTTGGTAGAATGAGGGGGATCCTCCGGTTTGGATTATAAAAATTTCTTCAATAATGTTTTTTAACGCAGCTACTGCATCTAAGTCAACAATTAACGAGGAAGGAGATACTTCTAAAAGGGAAGAGCAAACAATTAACGAGGATAGAGATACTTCTAAAAGGGAAGAACAAACAACTAATGAGGATAGAGATACTTCTGAAAAGGCAGAACAAACAACTTCAAATTCCGAGGGGAAAGGTTACTGATTTATCTGACATATTTACTACTTTTTTCCCAACATATCTGGCAATCTTGTTTTTGAATGTTTTCTAACGATGTAACAGAGAGACATTTGAATGCTCGGAAATTAGCTTCACTTTCTAGTTATCTAGAGGATAAAGAGGGTCATTCAGGAAAGCAAAGGTAATGAATGCCTTTTTCATTCTTTCTCTATTTTGTTCTTTTTGCATAGATTTTGAGTGCAAGCTCTGGAATAATGGCTTGGATAATAAAGTAGTTGAGTTTACTTGACCTCTTGGTTATTTTAAGAAAATGCATTCCATTACCTGTCCTTCCACAAGATAGAATTATACTTGCTTGACGTGTTACTAAAAAAAATCCAAACGCTCCTAAATAATAATAAGGTTTAAAGGTTAAAACTAAATACTAAAACCTTGATCCATGTTGAGAGGTGTTCAAAAGGATTTACCAACAATTTACTACAATAATTAGGATGTCTATTTGGAGTGTCATATAGTTACTCTCAGAAAGCCTGCAAAGAAGACACCCTTGCTTAAATTGCACAAAGTATAAAACATATATTTACACAAACCACCAAAGCATGAAACAAACCCGTTTGCTTGCTAGAAAAACCTCAAGAGACTACTTTACATTCCTATAGCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAACATATAAACCATGTATTGAAAAATAGAAAGGAAATAAAAATAACAAATGTTGTATAATTAATTTCTATTGTACCATCTATATCAAGTGTGGTTTCATACCAAGAGACCTTCAAAACAAAAGGTATGCTTACGAAATGATTAGAAAAATTATTAAAATAAAAGCCTTGAGTGGTCACAAGTTCAAAAGATATCTCAAGAAACCTAATAAACTCAACAATATATTAACCCAATTTTCAAGTAAAAAGTATGTTTATAAGGAAGTGGGAAGAGGTAAAAGGGGTTGGGTTAAAATTGAAACTCACCAAAAGAGGAACACGTTGAATCATACCTCTCACGAAATCAAAGTGATTCAAAGTCTAGCTTCGAATGGGTAAAATCTACTGAAAATTGCAAAATTGTTCAAAAAATAAGTACCCATAGTTTGTGCATTCTACCTTCTCTTGATTTCCCTTATTTTGGTTGTTTAGGATTGCCAGGACTGTTGTATTCGGTGGTCTTCTTAATGCTGACATGGCTGAAGATGTTCACCGCCAAGCAAGAGATGTTGGCGACATATGCTCTATTGTTTATCCTCTTCCCAGAAAAGAAGTTGAACAACATGGTACATGAAAATCATGTCTTTTGTTTTTATCTACATGGGTAGTAGTTATTATTTATTATTAGTTTTTTGTATGCACATAAAAGGGGGAAAAAGAATTAGAGCATCATTATTCCCTCTTGCTCTTGAGCATAGGAATAGGTTGAATTTATTTCTGATGATGAAGTAGTCAATTGGATTTGCTTAAGTTATTGTTCATGACGTCAGGTGCATGTTAATGTGTCACTACAATTATGGTTGAATGAATTATACCCTGAGCAGTGTTTGCCCAACATTTCAGTTGCCTGTTGTACTTGATAGATTGGCTCTGCGGTATGTTGTTTTGTGAATTTGTTTTTGGTCTGAAGTTTTTCCAGAATGCATTTTTCTCATCGATTGATTGATTATATCATTTTTCTCGAGGCTCTCATTACAGAAGACAAATTTTCTTTACTTATTATACCAATATATCTTGAGTGTCTATCTAGTTTGTGAAGTTCATTATGGTGGTGGCTTTATTATCTCGATGGTTGATGAAGTTGCAAGTAAAAATGATTCCTCATGCTTAATAAATTTTTATCTCTATTCATCATGATTTCATCAATTAGTTTCAAATGAAATTTCAGGTCTTTTACGAGATGGATGCAAAATGGATGTTTCAGCTGTACTTTTTGCTAGTGTGAAGTCTGCACGTGCTGCTGTTACCATATTACACCAGAAAGAGATGAAAGGAGGTGTTGTATGGGCCCGACAACTGGGTGGAGAGGTGAATCATACATAAGACTTTACTAACTATGAATATATTTTTGTATCTTTATTAAGTATGTACATATTTTTAAATGGGTTACACTAACTTTATATGCCCTTAAAATAGTACAAGGCCATGGTCAACCCATTTGATTGTGTACTCTCTTTTCTCTTCAATTTATTTGCATATCTTTTTTTTTTATTTTTTATTTATTTTTTTATTTTTATTGAAATCACTCTTTGTTGGTAACATCCTCAAGAACCCTTTATTCTCCTTGAAATATTAAGGGGCCATTACAATTAACTCAAAGAATATCTATCTGTGACACCTTAGGCTTGTCCATAAATAGGGTGTCCGTTAGCTTTTGGAAAATCTATCATCGTTTGTTTGGTGAGACCAGCTGGAAATTGAAGATAATGGAGTACTCCAAAAATTTTAAGAAAAGAGAGAGTTGGATGAATCATGACCTTACTTGAATAGGATTTGGTCTATAGGTTGTACAACTGTGTCCTTGAGTTATAAGGAGAGCATTGGATGAATCAATTCCAAGCATTTGTTTTTGTCATTAGCTCCTATATAGGGAGCACCACTTTGGTAAGAGAGAAGGATGTCTTGTTTGAATTTGATCTTACACTAGTCCTATTAAAATAAAAAGTACATGAAAATTTTGATTTTTTGGGCTTTTATCCAAATCAGCTTTTAAATATTGGAAGAAGTGACCTCCTGATCGGCTATAAGATTGTGGAGGACAGATTTGCGTTCACTGGAAGATCCAAGTTCCGTCTTTTGTTGTCCCTTATGGAACTTGGTCCAAAGGTCCACTATAAGCATCATCTCTTCCCATCCACCACATTCTATATCATTTTTAATTTCTTCTGAAACCAATAGACCGGCAATTCTTCCTAGTATTTAAGTAGTTAAAAATATGGTTATCCTTACTTCCATTTAAAGGCTAGACCCTTGGAATACGGCAGTGAATGAAGATGGCCTATTCTCCACTA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Homology
BLAST of CmUC02G030920 vs. NCBI nr
Match: KAG6572055.1 (Chromatin remodeling protein SHL, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 1938.7 bits (5021), Expect = 0.0e+00 Identity = 1034/1233 (83.86%), Postives = 1098/1233 (89.05%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. NCBI nr
Match: XP_038888249.1 (RNA-binding protein 28 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1614.0 bits (4178), Expect = 0.0e+00 Identity = 874/1003 (87.14%), Postives = 910/1003 (90.73%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. NCBI nr
Match: XP_008448076.1 (PREDICTED: RNA-binding protein 28 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1529.6 bits (3959), Expect = 0.0e+00 Identity = 835/1007 (82.92%), Postives = 886/1007 (87.98%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. NCBI nr
Match: XP_022975201.1 (RNA-binding protein 28 isoform X2 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1528.1 bits (3955), Expect = 0.0e+00 Identity = 834/1019 (81.84%), Postives = 891/1019 (87.44%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. NCBI nr
Match: XP_022975200.1 (RNA-binding protein 28 isoform X1 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1527.7 bits (3954), Expect = 0.0e+00 Identity = 834/1020 (81.76%), Postives = 891/1020 (87.35%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FEN9 (Chromatin remodeling protein SHL OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=SHL PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 325.1 bits (832), Expect = 3.5e-87 Identity = 149/209 (71.29%), Postives = 176/209 (84.21%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: F4JL28 (Chromatin remodeling protein EBS OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=EBS PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 321.2 bits (822), Expect = 5.1e-86 Identity = 149/211 (70.62%), Postives = 172/211 (81.52%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: F4JGB7 (Chromatin remodeling protein At4g04260 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At4g04260 PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 243.8 bits (621), Expect = 1.0e-62 Identity = 121/185 (65.41%), Postives = 141/185 (76.22%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9NW13 (RNA-binding protein 28 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=RBM28 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 224.9 bits (572), Expect = 4.9e-57 Identity = 217/695 (31.22%), Postives = 333/695 (47.91%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 70.5 bits (171), Expect = 1.6e-10 Identity = 40/90 (44.44%), Postives = 55/90 (61.11%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q8CGC6 (RNA-binding protein 28 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Rbm28 PE=1 SV=4) HSP 1 Score: 219.5 bits (558), Expect = 2.1e-55 Identity = 219/699 (31.33%), Postives = 336/699 (48.07%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 51.2 bits (121), Expect = 9.8e-05 Identity = 111/454 (24.45%), Postives = 184/454 (40.53%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BIA6 (RNA-binding protein 28 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103490362 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1529.6 bits (3959), Expect = 0.0e+00 Identity = 835/1007 (82.92%), Postives = 886/1007 (87.98%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IDH9 (RNA-binding protein 28 isoform X2 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111474290 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1528.1 bits (3955), Expect = 0.0e+00 Identity = 834/1019 (81.84%), Postives = 891/1019 (87.44%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IG31 (RNA-binding protein 28 isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111474290 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1527.7 bits (3954), Expect = 0.0e+00 Identity = 834/1020 (81.76%), Postives = 891/1020 (87.35%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GMF1 (RNA-binding protein 28 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111455599 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1525.8 bits (3949), Expect = 0.0e+00 Identity = 834/1020 (81.76%), Postives = 893/1020 (87.55%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IIK5 (RNA-binding protein 28 isoform X3 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111474290 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1465.3 bits (3792), Expect = 0.0e+00 Identity = 797/973 (81.91%), Postives = 852/973 (87.56%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. TAIR 10
Match: AT2G21440.1 (RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein ) HSP 1 Score: 762.3 bits (1967), Expect = 6.1e-220 Identity = 491/1063 (46.19%), Postives = 655/1063 (61.62%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. TAIR 10
Match: AT4G39100.1 (PHD finger family protein / bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein ) HSP 1 Score: 325.1 bits (832), Expect = 2.5e-88 Identity = 149/209 (71.29%), Postives = 176/209 (84.21%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. TAIR 10
Match: AT4G22140.1 (PHD finger family protein / bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein ) HSP 1 Score: 321.2 bits (822), Expect = 3.6e-87 Identity = 149/211 (70.62%), Postives = 172/211 (81.52%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. TAIR 10
Match: AT4G22140.2 (PHD finger family protein / bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein ) HSP 1 Score: 320.5 bits (820), Expect = 6.1e-87 Identity = 148/209 (70.81%), Postives = 171/209 (81.82%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC02G030920 vs. TAIR 10
Match: AT4G39100.2 (PHD finger family protein / bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein ) HSP 1 Score: 278.9 bits (712), Expect = 2.0e-74 Identity = 124/163 (76.07%), Postives = 144/163 (88.34%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (USVL531) v1
Date Performed: 2022-01-31 Position : 0 Zoom : x 1
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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