CmUC01G007470 (gene) Watermelon (USVL531) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptidethree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGCAGAAGTATCTTCTTCTACTTCCGCAAGAACCTTTTAATCGTTGGCTGATTTCAGTAGAGACTTCCCTGGGAGATTTAAACGTAAATGTTGGAGGAATGCATGAGGAGATGGCAGGAATTCACACCATGATAGCTGGTATGCAGCAAACAATGGAACCTCTAACAAGGGAGATCACAAGGCTGCCCAATCCCCAACCTTTGGATCAAGGAAATGCCAACAATCAACAAAAAGTTCAAGATAACTGGAGGCAGCCTATGCAACCACAAAGAAGACGAGAAACCCATCACCAAACTAATCCTAGAATCCAAGAACCTGCAAGAAACCCACCCAGAGGACAAGCTCAAGGTTTCCAGCCAGGAGATAGTTACCAAAACCACCCACAGGTTATTATCAACAGCAAAACAGACCCATCCCTCAAAATATGTTGGGTTATGATCCAGATTCTTCAAGCGAAGATGATTTCCCACAATTTCATCAAGTTTATCTTCTAAGATATCCACCGAGCACAAGAAGATGGAGGCCTTGGGCTTGGAGGTTTAAGAGTTAGAAATCTGGCTTTATTAGCCAAATGGGGTTCGCGCTTTATCAATGAAGAAAACTCCCTTTGGTGTCAAGTAAAAAAGAGTGTGCATGGGAGAAGTATGTTCAATTGGCACACGGCTGGAAAGGCAAGTCTAAGCTTTCGTAGCCCCTGGGTCAATATTTCAATATCTTGGCTGAAAGTGGAAGCATTGGCTGTTTATAAGCTTGGAAATGGGAGCAGAATTGCTTTTTGGCTCAACCCGTGGTTAGACAAAAGGCCTTTGAAAGTTTGTTTCCTTAGTTTATTTAGAATTGCTCTCAACCCAAATGGATCAGTTTCAGAACGTTGGGACACCTCCTACTCCTCCTGGTCCATATTCTTTGGAAGACTTTTAAAGGAGGAAGAGATAATTGCCTTTCTGAATCTCTTAAGCCTTATTTCTGAGAGAAGGGTTACAAACTGCCTCGATAAGAGGATTTGGTCCTTACAAGCTAATGGTGCATTCTCGGTTAAGTCCCTTGTTACTCACCTTTCTTTGGCCTCCCCTCTAGATAAGCAATTGGAGAAAGCACTGTGGAAATCTAAGTGCCCTTGTTGGGTGAATATTACAGTTTGGATTATGTTATTTGCATATTTAAACTGTTCTTTAGTGATGCCAAGGAAGCTACCATCGCATTGTTTGTCTCCAAATGTTCTTTAGTGATGCCAAGGAAGCTGCCATCGCATTGTTTGTCTCCAAATATTTGCTCGCCCTGTATGTCTAATGGGGAGGGTCTCCAGTATTTGTTTTTTGAATGTAACTATGCTAAAAACTGCTGGCAGCATCTGTTTTCTTGTTTTAACTTAAGTTGGGCCTTTGGCGACATGTTTTGTGAAAATATATTGCAGATTCTGGTTGGACCAAAGCTTAAGTCGTCCCTAAAACTAATTTGGAATAATGCGGTCAAAGCTTTGCTTGCTGAATTATGGTTTGAAAGAAATCAAAGAGTTTTCCACGACAAGGAAACTCCTTGGTTTGAGCTTTATGAGACAGCAAGCTCAATGCTTCCTCTTGGTGCACACTCTCCAAGTCATTTGAGGACTTTTCTATTCAAGATATAAACCTTAATTGGAAGGCCTTCATTTTTCCAGCTGATTAGTTACAGTTTTTGTTTTGCTTACTTTTGTATTAAAGTTCATTTTGTAATAGTTGTATTAGTTTGTATGGTCGCTGTTTATGTTTTGCTCAAGTTGTATCAAGATGTTCCATTGTTGGGTTGTATGGTCTCGTCCTTTTTGCATTAATAGATGATTTTACAAAATTCCTTTCTACATCTGCGTCACTTGTTATAGAATATGTATTTTAAGAATATCTCAAAAGAAATTCCTTATGCAGTGTTTTTCCCTTCCTCCCTTTTTCATTGGTATCTGCTCTGTCTGTTTATTTATTTATTTTTATTTTTGGTAGTGTATTGCAGCTATCAGTGATTGCCCTATTACCCATGCTAGTCAGCTCTCAAATCCATTTCTTGGTCTGCCAATTGAATTTGGAAAATGTGAATCATGTGGTACTTCTGAACCTGGGAAGTGTGAAGGTATTTTTGATTATCTACTTAATTGATAAGTAATTATGGTGCTATTCATGAAGACAACTTGACAGATTTTATTATCTTCCACTTTCAGGGCATTTTGGATATATTGAATTACCAATTCCCATTTATCATCCCAATCACATTACTGAATTGAAGAAGATGTTAAGTTTGCTTTGTTTGAAGTGCTTAAAAATGAAAAAAACGAAGGTATGTAGGACTTTCTTTACATGGATCTGTACATTCGTCTTATTGAAGATTAATGCCTACATGTCTAAGTTTTGACTTCGTCTTTATGCATACTGATGAGCAGACCACCTAATGTATCTATGTGGTATATGAATATAGTTTAGAACCTCAGATCACAAACCCTTATTTAATTGGTATGGTAAAAAAAAACAAGCAGTTCGAACCCTATATACCTCTAGTAAAGAATAAAAATATCAGTTAAAAAACTGGACATAAAAGCAAAAAGTACTCTAATCAGAGTATCATAACTCTTGGTATGAAGTTAAAGAGTTCAATGGCTGTTGTGGGTTCTATATTGTTCTATGTACCTATTGTTCGTGGATGGAGCTTAATGAGGGTTCACATACCAAACCCATGGGATACCCTCTTTAAATCCACGGTTTTTATTGAAATTAGAAAGATTTGATAGGGCTAATGGGTCCATCACTTCTCTCTCCATTTTGCTCAATTGGCATCATTATGTGTTAGCGACTTGTGGTTTATACACCAACCCCTGTGGTACTTAAGAAAAAAGATATTATGTTGGGTACTTGGGTCCCACCATTTTTCTCCATCTCTCCTTGTTTTACTTTTTCTAAAAGACTTTTTTATTACAAATATATAATACATTTCAATTAAAGTGTAGAGTTACACTATCTTTATGCAAGAAATTATTCTTTTCATTTATTTATATGTAATTCAATTAAGATTAGTTCAAGAGATGTATAATTTTCTAATGTAGGACAAGAAAACTATATTTAAGACGACTGACTCATATTAATATTTTAAAAAAATAACATTTCATTTAAGTCAAGATATTAAAACTTAAAGGAAAACTGTTATTGAAAAAATATCAAACTATTTACAAATATAGAAAAATTTTACTGTTTATTAGCGATAAACCGTAATAGACTTTTATCGCTTAAGTGATAAAAGTTTATCGCAGTTTATCGCTCAAGCGATAGACATCTATTGCGGTCTATCGCTGAAAGATAGTAAAATTTTTCTATATTTGTAAATAGTTTGACTCATTTTGCTATATTTGAAAACAATCCAAACTTAAATGCATATTTTATTTTCAAATTAACAATATTCAATGTAACAAAAATGTATTGCATTTTATTTTGAATTTATTAAAAAAATGAATAATGTTTAATTTAAATTAGATATATTAAAGGAAAATTATTATTAAAAAAATATCAAACTATTTACAAATATAGAAAAATTTCACTATCTATCAACGATAGATTGTGATAGACTTCTATCGCTGATATGCAATGAAGTTTTTCTATATTTATAAATAATTTGATTCATTTTGCTATATTTGAAAACTTTCTATATTAAAGGAAATTGTTTTAAATGAAAAAACTGCTAAAAATATTTGCAAATAATAGCAAAATATCACTGTCTATCTGCGATAGATTGCGATAGATTGCGATAGACTACTATCTGTGTCTATCATGACACAGATAGATACAGATAGTAGAAATTTTGCTATATTTATAAATATTTTGGTTCATTTTTCTATATTTGAAAACAACTCTATATTAAAAAGGGTATTTAATTTTCAAATTATATATATATATATATTTTTTCTTTTTGTTTTTTCAAATTAGATGTGGGCAAAGAAAAGGAAGTATGAGTACTGCATGCATATTCTTAGGAGAGCACCGTGACTTGACCCCTTTCATTGAAAAATGTAGACTTTGCCCACGTTCATCTACTTTTATAATGAATCTATTTTTTCTAAACCACTACAATTTTGTTTGTAATATTTGTACTGTGATCATGCTTGGACTATGCACATTTTATTTGTACTGTGATTATAGTTTTAAAATTTTAATCTCAAAATATGATCATCATTTTAGATAAAAAGGTAACTTTTTTGTTTTAGTTAAAAGTAATGTTCTTGTTTTAGTTAAAGTAATGTTCTTGGTTTAGTTAAAAGTAAGTTTTGAAAAAGATTGTCATAATATGAATTTTATTATAATTATAATGATATAAAAAAAAATCAAACATAGACAAACTTATAATTCCAATTTGAATATGGTTGGGATGGTTGTTTCACACTGAATTGGATATATAATTCAAAAATAAATTATCAGATAAAAAACATAGAGATTAAAAAGACCATTAAATACTAAAGTGAGCATAGCTCAACTGACATATGAGTATGCTAATGACCACAAGGTTTGTGATTCGATTCCCTCTTCCCTCAATTGTACTAAAAAAGCATTAATTTTCTTTTGAAAAAAAGAGACTAACCAAACTCACCCCAATTGAACCATGCACTCCAAACACATGTGTCAGAAACTTAGCCAACCAAACCTTACACTCCAAACACAAAACACAGAGTTCAGCATTCCCATGCTTCTGATTCTAGAGAACAAACCTGATGGGAATCAGATTTCTAGAGTTTCTAATTTTGAACCAGTGCCCGAAACAACCCACGAGTGTTTAGAGGTTGTGATAACCTAAAATTTTATCCCTGTTTCCTTTACACCATTCTGTTTGACTACAATATACTTCATTAACCGAGTTCTCTTATTTTATGTTCAACTATGGTGGTATCTTCAAGAGTGATCATATATTTTTATAGCCAATGAACCACTACTTGATGAGTTGTCTGTTCCTTAATAATTTTTGCAGTCTCTTTTCAGAAATAATAATT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Homology
BLAST of CmUC01G007470 vs. NCBI nr
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BLAST of CmUC01G007470 vs. NCBI nr
Match: XP_008465860.1 (PREDICTED: DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 3550.4 bits (9205), Expect = 0.0e+00 Identity = 1767/1939 (91.13%), Postives = 1831/1939 (94.43%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. NCBI nr
Match: XP_011655250.1 (DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 [Cucumis sativus] >XP_031741011.1 DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 [Cucumis sativus] >XP_031741012.1 DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 [Cucumis sativus] >XP_031741013.1 DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 [Cucumis sativus] >XP_031741014.1 DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 [Cucumis sativus] >KGN51090.1 hypothetical protein Csa_009187 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 3548.8 bits (9201), Expect = 0.0e+00 Identity = 1771/1939 (91.34%), Postives = 1833/1939 (94.53%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. NCBI nr
Match: XP_022953816.1 (DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 3285.4 bits (8517), Expect = 0.0e+00 Identity = 1660/1997 (83.12%), Postives = 1757/1997 (87.98%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. NCBI nr
Match: XP_023517905.1 (DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 3281.1 bits (8506), Expect = 0.0e+00 Identity = 1661/2006 (82.80%), Postives = 1757/2006 (87.59%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5D869 (DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=NRPE1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 1765.0 bits (4570), Expect = 0.0e+00 Identity = 990/1981 (49.97%), Postives = 1285/1981 (64.87%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LQ02 (DNA-directed RNA polymerase IV subunit 1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=NRPD1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 356.7 bits (914), Expect = 1.8e-96 Identity = 343/1322 (25.95%), Postives = 565/1322 (42.74%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P36594 (DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) OX=284812 GN=rpb1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 229.6 bits (584), Expect = 3.2e-58 Identity = 221/843 (26.22%), Postives = 371/843 (44.01%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P18616 (DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=NRPB1 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 202.6 bits (514), Expect = 4.3e-50 Identity = 215/873 (24.63%), Postives = 367/873 (42.04%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P04052 (DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 OS=Drosophila melanogaster OX=7227 GN=RpII215 PE=3 SV=4) HSP 1 Score: 199.5 bits (506), Expect = 3.6e-49 Identity = 208/858 (24.24%), Postives = 354/858 (41.26%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CPU1 (DNA-directed RNA polymerase subunit OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103503449 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3550.4 bits (9205), Expect = 0.0e+00 Identity = 1767/1939 (91.13%), Postives = 1831/1939 (94.43%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A0A0KN85 (DNA-directed RNA polymerase subunit OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_5G435050 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3548.8 bits (9201), Expect = 0.0e+00 Identity = 1771/1939 (91.34%), Postives = 1833/1939 (94.53%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GP51 (DNA-directed RNA polymerase subunit OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111456230 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3285.4 bits (8517), Expect = 0.0e+00 Identity = 1660/1997 (83.12%), Postives = 1757/1997 (87.98%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1JRG8 (DNA-directed RNA polymerase subunit OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111486902 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3281.1 bits (8506), Expect = 0.0e+00 Identity = 1658/1988 (83.40%), Postives = 1757/1988 (88.38%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1CY08 (DNA-directed RNA polymerase subunit OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111015618 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3264.2 bits (8462), Expect = 0.0e+00 Identity = 1661/1972 (84.23%), Postives = 1744/1972 (88.44%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. TAIR 10
Match: AT2G40030.1 (nuclear RNA polymerase D1B ) HSP 1 Score: 1765.0 bits (4570), Expect = 0.0e+00 Identity = 990/1981 (49.97%), Postives = 1285/1981 (64.87%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. TAIR 10
Match: AT1G63020.1 (nuclear RNA polymerase D1A ) HSP 1 Score: 356.7 bits (914), Expect = 1.3e-97 Identity = 343/1322 (25.95%), Postives = 565/1322 (42.74%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. TAIR 10
Match: AT1G63020.2 (nuclear RNA polymerase D1A ) HSP 1 Score: 356.7 bits (914), Expect = 1.3e-97 Identity = 343/1322 (25.95%), Postives = 565/1322 (42.74%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. TAIR 10
Match: AT4G35800.1 (RNA polymerase II large subunit ) HSP 1 Score: 202.6 bits (514), Expect = 3.0e-51 Identity = 215/873 (24.63%), Postives = 367/873 (42.04%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G007470 vs. TAIR 10
Match: AT5G60040.1 (nuclear RNA polymerase C1 ) HSP 1 Score: 129.0 bits (323), Expect = 4.2e-29 Identity = 140/560 (25.00%), Postives = 240/560 (42.86%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 49.7 bits (117), Expect = 3.3e-05 Identity = 28/78 (35.90%), Postives = 42/78 (53.85%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (USVL531) v1
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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