CmUC01G006350 (gene) Watermelon (USVL531) v1
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonCDSpolypeptide Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGATCAATCACAGCGATCCTCATCACTAACGGCAGTCTCGACTTCCCGCGCTTACCAGTTCCACCCAGCTCGAGCTGCTATTGTCAATCTCTTCGACCTCTACTTAGGAGTAATAACATAATTGTCCTCGTTCACACTTTTTTCCCCACTTTTTCTCTCTGGTTTTAAGCTTAATTACACTGTGTTTACTTGTTTGCAATTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGCAGAGGAGTAATCGTCAAAAGCCTGAAGATTCAGCTCGAGAACCTCCGTGAGTGTTGTTCTTTATTTTCTCGTTCATTTCTTTGTTGTTTTTTTTGGTTTATGTTCGTTCAAAAAGCGTGCATATGTTATTATTGGTGTTTTTTCTGGGTTAGTTTGCAATCTTTCTTATTATATGATTCTGAAACTAGTTCCTTCTACCTGCATCTGGATAGTTTAAAAACTAGGTCAATCACATTGTTCTGCTTGAGCGGGTAAACATTTGTCTCACAAAATTCCAATTGATGCCATGTTCCAATTCCTCTTTTGATATGGTCCATGGTCTAATTCCCTATTTGAAGAATTTTTAGTGTATTTCTTTGGTGTTTCTGCAATTATGAATCAGAATTTATACCATCATAACATATCATAGTGGCCATCTACTTAAGATTTAATATCATATGTGTTTTCTTGGAAATCAAATGTAGTAAAATTACATTACATGGTTGTCCTATGAGAATATTCAGGTGCATACAAGTGGCCCAAACACTTATAGATATCCATTTTTTTCTTCTTTTTGTCATGACATAACCTCCCCTTTTTAAGAGTTTAGAAGCATATACTAACTGTTTAGCCTACTTTCAACCATCATGGGTTGGCCTAGTGGTAAAAAAGGAGACATAGTCTCAATAAATGGCTAAGAGGTCATGGATTCAATCCACAGTGGCCACCTATCTACGAATTAATATCCTACGAGTTTCCTTCACACCTAATGTTATAGGGTTAGGTAGGTTGTCTTGTGAGATTAGTTGAGGTGCGCATAAGCTGGCCTAGACACTCATGGATATCAAAAGAAAAAAAAATTAGCCTGTTTTCAAGACTAACTAACCTAAATAGGGACTATGAAATGAGCAAGCTACAACTAGTTATTACATGACTAACCAATTTCCATTGTTGTTCCAATTTCCTTCAATAAGACTTTGAGATTCATTTACAAACTTACTTGAACCGGATTTGTGCTGTAGGTTGTTCAACTATGTCCTTTTTTGAAGCCAATATATAACTGTGTCCTTGAGTTCTAACATTATTTAGAGATTCTTTTTATTCTTTTTTACATATATGTCTCTTCCAAAGTAAATTATGGTCCAATACAACAATGTCTATTTCTTTTCTTCTGTGGCTAAATCTGTACATAAAATATGGTTCAGTGTGTTATATGATAATGAAAAATGATTTCCATACTCTATTCATTTTGCATGATTTAATCCCTAATCCATTGACTGGAAACTCAACAATGGCTTTTCCTTTGGCTGTCACTGCTTTTTTTTTCCTTTTTGGAATATATTTCTCTTGGTTTCTTGAAAAATGTGTTATTGGTATTTAAGTGATCTTATGTGCATGTTGAGTTGCAGGTTTCTCATCTTCGATTTCCTTAACATGTTTTTATTTCTTTTCTTTTATTCTTAATTGATGCTGTGCCTTCCTGCATGGAGTTTCTTGAATTGAGTTGTGATAGGTGATTTTATTTTCATTTTCCCAATAGGTGGATTTCCAATCTAGTTTTCCAACGCTCGCCAAAGTCTCTGAAAGTTAATTTCTCAATATTTCTGGCCATTATTGTTCTATTAATTTTTTTTATTGAGAATGAGAGCCATATGCTCTTATATTTCTCTTGTAAGTCTTTCTTTACTCCTCTCCTGTTGTTGAGTCGATCTTTGATGCTTTGTAGAGGATTAAGATTCAAAGAAAGTCAAATTCTTTTCTTGGCAAGTTTTGCGCAAGCGTGTGAACATGATGGATAAGCTTGTGAGAAAGATGCCTTCGTTAATGAGCCTGTGGTGTTGTATTCTTTGTCGGAAGGTGGAGAAAAACCTGATCACCTTCTCTGAGAGTGTCAGTTTGCTAGATCTGTATGGAATGACTTCTTCCAAGAGTTTGGTTTTGCGCTTGCTCGCCAGAGGGATATTCGGTTGATGATCGGGGAGTTCCTCCTCCATCTGCCTTTCAAAGAGAAATGCTATTGTATTTGGCTTGCGAGGGTGTGCGCATTATTGTGGGATCTTTGTGGGGAGTGAAACAATAGAGTGTTTCGTGGTGTGGAGAGAGATTCAAGTGAGGTTTGGTTGTTGGTGAGGTGATATAATACTGGGTGCTGTTAAGTTGCAGATGTAGGTTTAGAGTACACAGTTATTGGGTAACTCTGGACATTTGACTGTTACATTCATTGATTCTTCTAAATAACTTAATTTTTGTGATAGTGAAATGATGTTCTTTTCCCTTTTTTCTCCTGATAAGCAATAATTGAAGTAAATGCATAAAAATAAAATGGTAAATCAATTAGAAAAAAGAAATCAAATATTGTCTCTACAATTTTTCTGGCTCAATTCTTTATGTGGAACTTCTCTAATCTTAATTTCTGTTACACGTTTCAGGAACAAGGCCCAAAAGCGTGTACTAGCTATTAACAGAGAGCTTCCTCCTCGAAATGAGCAGTTCCTTTTAGATTTTGAGCAAATTCAGAATCAATTTGCAGTGAGTTGCAGAACCTAATTCAGAATTTCGTATCTTGATGTGTTTGAACATTTTTATTTTCTTCTAGTTCACCCAACAATATTAAATGCTGTGTTTAACAAATGGGGCAACCTTTCGGCTTTCAGGACCATGATCAGTTGCGTGCTGTGACTGAGTCAGTGCTCATCTCCCTAGTTGTGCAGTGCAGTGGTCATGTACCAAGGGCAGAATTTCTTCTCTTTGCTTTACGTAGTTTATGCAGTATAGGTTACATCAATTGGGACACTTTTTTGCCATCCCTTCTTTCTTCAATCTCATCTGCAGAAGTTTCCGTGGGTCAGGCAAGTCAAGCTGCGCCTACTGTCTCAACAACAAATTTATCGCAGTCTGGGGTGCTTCCATCCTCAAACCAGGTGCCTAATAGCTCTACTTTTCAGTCTTCCAATCCTGCCTCTCCGCTACCATCAGTTCATGGAATCAGTTCACCTGCTCAATCTAGTATTGATCCATCTTCTTGCACAGCATTATCACCAATCAAATCCTCTGATCTTTCTGGGACTGGACTACCGTCTGCAGTTAGGGTCAATTCATTTTTGAGAAATAATGCAATAAGCAGTCTACGTCAGCTTTGTTGCAAGATTATCTTAAGTGGTCTTAAATTTGATTTGAAACCAGTGACGCATGCTGATATTTTTACCCACATGCTCAATTGGATGGTTAATTGGGACCAGCGGCAACAAGGGATGGAGGAATCTGAGAATGTGAAATCCTGGAGGCCTGACAAGGCTCTCATTGAATGGCTACATAGCTGTTTGGATGTGGTCTGGCTTTTGGTTGAGGAGAATAAATGTCGAGTGCCCTTTTATGAATTACTACGCAGTGGTTTGCAATTCATAGATAATATTCCTGATGATGAAGCTTTATTTACGCTCATCTTGGAGATCCATAGGAGGCGAGATATGATGGCAATGCACATGCAGATGCTGGATCAACACCTTCACAGCCCTACATTTGGGACTCAGCGGATTTTTTCTCAAACAATGCAGAATATATCTGGTGAAGCAGTAGCAAGCTTGCGCTATTCACCAATCACATATCCAAGTGTACTTGGTGAACCTCTTCATGGAGAGGTGAAGAACTTAATCTAGAGCTTAAAGAGGGTTTCTATTCTATGTTAGAGTTGAGTAAAAAAGACGAAAACCAAAAATGCATCTTGTCTAGCTATTTGAGAGACGTAGAAACAAAAGAAAATGAAAGGAAAACATGCAATCATATCTCTCCAGGCCAACTGACAAAGTTTTACCCCTGTAGGTGAGGTTAAATTTAGAAACATTTTAGGTGTATGTTATAAGTTGCAAAGATATTGAAATTATTTATATGTAATAGAGTCTGCTACTCCTGCTTCATTATGGAAAAATGGAACCAATGGGGGCCTATTATGAAGTCTTTTTTATGAGTTGCCAAATATCTGCGTGGTAAAACATTCATCAATTGTGATTTCAGATCTTTTATGATCCATGTAATGTAATTTCTAATTGTCCCTGTATCATTGTGTACCTTTATATATTGCCATATCAGCACCTTTCTAATTCTATCAATTTGGTTGAGTTTTTATTTTGCTTGTTATGTGATTTCAATTATAGAAATCTAACTGGAATTCTATACCAAGTTTTTCTCCTCTCAAATATACTTTATGCCTGGTAAATACTTGTTGCAGTTTTCATACAGTAACTGATACAATGCCCTTTTCTAATTTATTCATTTGATTGACATTCTGTAAATGCTGTTAAATTGGTCTTGTCTATCTGGTTTAGGATATTGCATCTGCCATTCAGAGAGGAACTCGAGATTGGGAAAGAGCTATGCGTTGTATAAGGCATGCTCTTCGCACAACTCCGTCACCAGACTGGTGGAAGCGTGTGCTTCTTGTGGCTCCTGGCTATAGGTCTCCTGCACAGGGACTCAGTCCTGGTGCTGTTTTTACATCTGAGATGATATGTGAGGCGACAATTGATAGAATATTCGAGCTATTGAAGTTGACGAATTCAGGCAACTACCACTTTCTTTGTTATTCTTCTTTTTATCCTGCCACTTAGTCATGATATTCTTCATGAAAGTTGGTTTTTCGTAAAGAAAAATGTTAGATGATATAATATTAAATTTACCTTCACTCATAAGCGTAAACTTTTAGGTTAATCAGTGATTTGACATGGTATCAAAGTAGGTGGTCCAATAGGTCATTTGTTTAAACCCCTGTAATGTTATTTC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Homology
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Match: XP_038875594.1 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 3082.0 bits (7989), Expect = 0.0e+00 Identity = 1572/1612 (97.52%), Postives = 1584/1612 (98.26%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. NCBI nr
Match: XP_023551559.1 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 3077.7 bits (7978), Expect = 0.0e+00 Identity = 1559/1610 (96.83%), Postives = 1585/1610 (98.45%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. NCBI nr
Match: KAG7016782.1 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]) HSP 1 Score: 3073.9 bits (7968), Expect = 0.0e+00 Identity = 1556/1610 (96.65%), Postives = 1584/1610 (98.39%), Query Frame = 0
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Match: KAG6579266.1 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 3072.7 bits (7965), Expect = 0.0e+00 Identity = 1556/1610 (96.65%), Postives = 1583/1610 (98.32%), Query Frame = 0
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Match: F4I4P3 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=MED23 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 2281.1 bits (5910), Expect = 0.0e+00 Identity = 1162/1630 (71.29%), Postives = 1347/1630 (82.64%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9W1X7 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 OS=Drosophila melanogaster OX=7227 GN=MED23 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 85.1 bits (209), Expect = 7.8e-15 Identity = 139/654 (21.25%), Postives = 262/654 (40.06%), Query Frame = 0
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Match: Q16HH9 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 OS=Aedes aegypti OX=7159 GN=MED23 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 83.2 bits (204), Expect = 3.0e-14 Identity = 154/701 (21.97%), Postives = 281/701 (40.09%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q55BN0 (Putative mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 OS=Dictyostelium discoideum OX=44689 GN=med23 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 79.7 bits (195), Expect = 3.3e-13 Identity = 180/937 (19.21%), Postives = 363/937 (38.74%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q60UZ5 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 OS=Caenorhabditis briggsae OX=6238 GN=sur-2 PE=3 SV=3) HSP 1 Score: 53.5 bits (127), Expect = 2.5e-05 Identity = 71/349 (20.34%), Postives = 136/349 (38.97%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7TSF1 (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X1 OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold149G00510 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3087.7 bits (8004), Expect = 0.0e+00 Identity = 1569/1609 (97.51%), Postives = 1587/1609 (98.63%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CSR7 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103504544 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3087.7 bits (8004), Expect = 0.0e+00 Identity = 1569/1609 (97.51%), Postives = 1587/1609 (98.63%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1FDL6 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111444785 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3070.4 bits (7959), Expect = 0.0e+00 Identity = 1555/1610 (96.58%), Postives = 1582/1610 (98.26%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I8Y2 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111472080 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3060.8 bits (7934), Expect = 0.0e+00 Identity = 1549/1610 (96.21%), Postives = 1579/1610 (98.07%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1CXU7 (mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111015577 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 3010.3 bits (7803), Expect = 0.0e+00 Identity = 1515/1609 (94.16%), Postives = 1560/1609 (96.95%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. TAIR 10
Match: AT1G23230.2 (FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to salt stress; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex subunit Med23 (InterPro:IPR021629). ) HSP 1 Score: 2281.9 bits (5912), Expect = 0.0e+00 Identity = 1159/1611 (71.94%), Postives = 1344/1611 (83.43%), Query Frame = 0
BLAST of CmUC01G006350 vs. TAIR 10
Match: AT1G23230.1 (CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex subunit Med23 (InterPro:IPR021629); Has 187 Blast hits to 184 proteins in 67 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 135; Fungi - 0; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink). ) HSP 1 Score: 2281.1 bits (5910), Expect = 0.0e+00 Identity = 1162/1630 (71.29%), Postives = 1347/1630 (82.64%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (USVL531) v1
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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