Clc11G11890 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AAAAATAGTGTGTGTGAAGAACCACAAAACCAATTCAAACTCACACACCAATAATACTAACTTCCTTCTCTCTTCATTACCAACACCTTCAAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCATGATCGCCGGCAAGGATGTTTATGACATTTTCACTGCAATCGTTCCAATGTACTTTCCACTAATAATCGCCTTCATTACTGTACGATGGTTCAATCTCTTCACCGCCGAGCAATCCGCCGGAATAAACCGCTTCGTCAGACTTCTGGCCATTCCATTCCTCTGCTTCCAAGTCATCTCCACCAACAATCTCCTCCAAATTAATCTCAAACTCTTCGCTGCCGATTCGCTTCAGAAGCTCGTCTTCCTCGCCGCTCTGTCTCTCTGGAAATTGCTCTGTAAGAACGCCTCTCTCGATTGGGTCATCACTCTCTTCTCTCTCTCCTGTCTTCCCAATACGCTCATCATCGGCCTTCCGATGACGACGGCGATGTACGGCCAAGCATCGGTTAGTTTCATGATTCAGACTGTGGTTTTTCAGAGCGCAATTTGGGTGAATGTGTTGATTTTTCTGTTCGAGTATAGAGCAGCGAGGATATTTTTCGCGGCGGAGAGTTCGAAATTTGCGGCGAAAGAGATGCGTTCGGAGAAAACAGAGGTGAGTGTTGTGTGTGTGGATGGAGATGGTAATGAAGGTTTTCCGGGGAAAGAGATACGTCCGACTGACGGCGGCGGTGGTTCTGGCCATTTTGGGCTGATTAAGGAGGCTGAGAAGAAAGATGAGCTCCGATTGGAGGATACGTCTTCTTCCATAGGTAATTAATTCTTGATCCTTTTACCTTGCGTGTGTGTGTCTATATATATTTATATTTATATTAATTTTCCTATTAAAAAGGTAACATATGAATTTTATATTAACAATTTCAACTTTAATTTCAACATATATTTCATCATCAACAAACGTAACTGAGAAAAAGAAAAATTATATATTTTTTAAAATAATTTATTTTGTTCCCATGGCTTCCAATGGTATTTAATCTTTTATTTTATTTTATTTATTTTTTTTTTCTAATTCTGGTATCTTAATTTTCAAAAATATTTGTTTTCGCCCCTAATTTTTTTTTAAATATATTATCTTTGGTCATATCAACTTTGAATATATATATCTAATGACAAGAGCACCTATTTGAGTCACATAGGTTGCACAGAGACACCAATTAGGAGGGTGGATAATAGGTGATACATGAATAGCATTAAATTGATTGCCATCATGAGCTAAAACAAAAATGTTGAAATTATTTTAAAGAAAAATTGGTCAATGTTTGAAAATTATATACTAAAATAGTCATTTTAAAATAGATCTAAAATGTTTACACCAAAATAGGATTAGGGATTAAATTTTGAAATTGATGTAACTTTTAAAATAATAGATATTAGCAGTTCTGCTTTCAAAAAAACCCTTTAGAAAAAAACTGTGTTTGGTAAATTTTAACTTTAAATTTTAGTATAGGGTTTGGTAAATTAGTACTACATTCTTATGAGTTAACTATAATGACCCAAGTACACATACTATGTCATTTATTTCTATATTGGCATTTAATATCATTAGTTTTTTGAATGGATATTTAATATCAAATTTATTATAAGATAGTCATTTAAAAATTTTATATGTTTCAAATTGAGGATAACTTTGTATAATCTTTGACAAACGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATATGGCAGGACAAATTTGAAATTTTCTAAATTTTGTTAGAGAAGATGACAAGTTTTTAGGAAGTTGAATTAAAAAACTAGTATGAAGAAGAAAAACATAAAAGTAAATTGAAAAGTGATTTTACACAAACTAATAAATAATTATATTTACCAAACTAGGTTCTATTTGATAATTGTTTATTTTTTATTTTTAGTTTTTAAAAATTAGGCCTATTTTCTTTTCTATTTATTACAATGACTTGCATATTTATTAAGTACAATGGTTGAATTCTTTACTAAATTCTAAAAATAAAAACCAATTTTTAAAACCTATTTTTTTTAATTTTCAAAACATAGCTCGGTTTTTTAAACCATTAGTAAAAAGTAGATCACAAATTAAGAAATTTGGAAGTAGAAATAGTGTCTTATAGGCTTGATTTTCAAAAATAGAAAAACAAAAAAATTAATTAGTTACCAAACGGAACTTAAAATGTTTAGATTCTCTCCCAATACTTTTTTAACCTATAAAAACAATCCTAAATCTGGTCTCAACTTAATGTTTATAGTTTTCCATTAAAACAAACATTTGAAAAATCAAGACTCGGTTTGGTAACCATTTCATTTTTTATTTTTGGTTTTTTAAAATTAAGCTATTTCCTTCCCGTTTCTTATAATGACTTGCATCTTTCTTAAATACAATAGTTAAATTCTTAATTAAATTCTTAAAACAAAAACAAGTTTTTAATAGCTACTTTTTTTAGTTTTCAAAATTTGACTTAGTTTGTTATAATATTGGTAAAAAGTAGATAACAAAAAAAGAAATTTAGAAGTGAAAATAGTGCCTATAGACTTAATTTTAGAAAATAAAATCCAAAAACCAAATAGTTACATAATTCTTAAGATTTTGCTTAACAATTTTATAGTGTCTTGTTTTTAGTGTGTTTCTACCATGGCTTTACCGTGCTTTTCTCCAACCAAAATCAAGTATTCTTTTTCTAAGGAAAACAAATTTGTTTTTAACAATTTAAATATATAAAAGAAGAAGTCTAAACATTTTCCTTTTAAATGAAGAAGATAATCTAACCCTTGAAATACATGAAAAAGGGTTGGGGTTTATGACATTCTTTTAAAATTAAACTTATTAACACTATTTTTATTTATGAATTTTTTTACTAACTTCTAACTTTCTTATCGAGGTTGGATATTTCATGTTAGTTGAATTATTATCATATTGATGACTAACTTGTTCTCTAATGCTATTTATTATCAAGTGAGATTTAAATCATATTAAATTTAGATTTAGTTCCTATGGTTTGGAGAAAGTTAGAATTTATCTATGTGGTTTGATAAAATCCTAGAGAATTTTATTAAACCAAACTATTTTTTAGGTTTTATTAAACCCTAGGAACTAAATTCTATTTTTTTAGAGATAAAAATTTAACTTTTTCCAAACCATGGGGACCAAATTTGTAATTTACCGTTTTAGGAATCAACAATGATATTTATGAAAAAAAAAATTATTTGACACAGAATGTAACAAGCTGCACACAATATTACAACAATCCTAAGAACACAAAATGAAACATGAATAAAGTAGAGCATAAAGGATACACAAGGTTTGATAACTCATTTCAATGCAATATCACCTACCATATGTGGGATAGTGTGCGTGAGGAAAGATAATTTCACTAAAGAACAAATTAAACGATTATAACGTCGTACTTATCTGTAAATACAAGATTTCTACAGTGACACACGAACAACCTAATTTAGTGAAATGATACTTAGGTTCTCCCTAAAGTGTGAGACTCCCTTTCAATGATAACTTCAATTTTACCCTTAGTCAAATGAAGACCACTTCACTCAAGAAACTTAAGCTACTCCAAATATGAGAATCCCTTCTCATATATAAGTCGATGCTCTAAGATGATCAAGAGTAACAATCCTAGGTCTACAAAACTTTCACTCCACAATCACTTGGATTGACACAATTGTTGTTTTTCAACTAAACCCAGTAAAGGACACAAATAATCTTCAATAGTGAACCAAAATAACAAACCCTAGATATATGCATCAAAAGGAAGAAGATTAGACAAAATTCCATTACTTATTCAACACTAACAAAGGGCAATGAGTTGTTAAAATCAAAGTTGTTTTGTAAAATAAAAAAATTAAATAGATATAGAGTTACATGTGTAATTTAATTAATTAATGTGTAACAAATGTTTCTTTAAAATGATTTAAAAAGTATTTTTTTCCTTGTGCAGGAACATCAAGTGGAATGACAAAATTTGTAGTTTATATGTTGTGGAAGAAGATTAGACAAAATCCCATTACTTATTCAAGTTTACTTGGCATCATTTGGTCTATCATATCATTCAAGTATATATCCTATTTCCATTTAAATTTTCAATACTTCCAACCCTTTCTTTCATTTTGCATAATTTATTTATTTATATTTATTTTAATTCTCAAATATTTTCAAATAGGTTAGAATTATATAGTTTTCGCTCTAACAATCATATCAATTTTTCTAATGAAATTCTTATTCCTAAGGTTGTTTGATATCATAATTTAATCATTTGATAATTATTTAGGCTCCATTTGGTAAGAATTTAGTTTTTGACTTTTGTTTTTGAAAATTAAGCCTATAGATACTACTTCCACCTCCAAAGTTATTCCTTTGTGAACTACTTTTTACCAATGGTTTAAAAAATCAAGCCAAATTTTGAAAACTAAAAAAAGTAGCTTTTAAAACATTGTTTTTGTTTTCATAATTTGGCTAAAAGTTCAACTATTGTACTTAAGAAAGATACAAATCATTATAAGAAATGGGGAGGAAATAGGTTAATTTTCAAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAACTAAGGCTCCATTTAGTAACCATTTGGTTTTTGAAAATTAAGTCCATCTCCTCCCCATTTTTTATAATGTTTTGCATCTTTCTTAATACAATGGTTGAATTCTTAGCCAAACTCCAGAAACAAAAATAAGTTTTTGAGTCCGTTTGGATTAACTTAAAAAATAAATGTTTTTCGAAAATTCATTTTCATTTAAACATTTTTTATAAGAACTCTTTAAAACAAAGACACTAATAGCTTTCAAAATCCATTTTGAGTGGTTGTCAAACACTTGTATTTCTTTCAAAATGACTTATTTTTTAAATTAAACACTTGAAAAGGTATTCCAAACACACCCTTTAAAAACTACTTCTTTTTAGTTTTCAAAATTTGGCTTGGTTTTTTAA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AAAAATAGTGTGTGTGAAGAACCACAAAACCAATTCAAACTCACACACCAATAATACTAACTTCCTTCTCTCTTCATTACCAACACCTTCAAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCATGATCGCCGGCAAGGATGTTTATGACATTTTCACTGCAATCGTTCCAATGTACTTTCCACTAATAATCGCCTTCATTACTGTACGATGGTTCAATCTCTTCACCGCCGAGCAATCCGCCGGAATAAACCGCTTCGTCAGACTTCTGGCCATTCCATTCCTCTGCTTCCAAGTCATCTCCACCAACAATCTCCTCCAAATTAATCTCAAACTCTTCGCTGCCGATTCGCTTCAGAAGCTCGTCTTCCTCGCCGCTCTGTCTCTCTGGAAATTGCTCTGTAAGAACGCCTCTCTCGATTGGGTCATCACTCTCTTCTCTCTCTCCTGTCTTCCCAATACGCTCATCATCGGCCTTCCGATGACGACGGCGATGTACGGCCAAGCATCGGTTAGTTTCATGATTCAGACTGTGGTTTTTCAGAGCGCAATTTGGGTGAATGTGTTGATTTTTCTGTTCGAGTATAGAGCAGCGAGGATATTTTTCGCGGCGGAGAGTTCGAAATTTGCGGCGAAAGAGATGCGTTCGGAGAAAACAGAGGTGAGTGTTGTGTGTGTGGATGGAGATGGTAATGAAGGTTTTCCGGGGAAAGAGATACGTCCGACTGACGGCGGCGGTGGTTCTGGCCATTTTGGGCTGATTAAGGAGGCTGAGAAGAAAGATGAGCTCCGATTGGAGGATACGTCTTCTTCCATAGGAACATCAAGTGGAATGACAAAATTTGTAGTTTATATGTTGTGGAAGAAGATTAGACAAAATCCCATTACTTATTCAAGTTTACTTGGCATCATTTGGTCTATCATATCATTCAAGTATGACATAAAATTGCCAACAATGTTGCAAAGATGTGTATTAACATTCTCAAACACAGGCCAAGCTCTCTCCTTGTTCAGTATGGGAATTTTCATGGCAGCACAACCAAACGTCATCTCTTGTTCGATATTGGAGGCTACCACTGCCATGCTCGTTCGGTTCGTCATCAGTCCCATGCTCATAACTGTCATTTCCAAACTCGTTGGCCTTCGTGGGATTGCATTGCATATTGCTATCATTCAGGCTGCTTTTCCTCAAGGAATTGTTTCATTCGTATTGGCTAAGGAATACAATGTTCATCCAAACGTAATCAGTACTTCGGTGGTTTTTGGAATGTTGATTGCCTTCCCAATAATTCTGAGTTATTATCTGCTTCTTGTGGCCATTTTAAAATAACGCAAACTGGAAGTCCCGAGGAGCAAAAAGTGGAATTTTTGGGGTTGCAGATAGAAAGCACCTTCAATTATGTTTGTAGGTAAGGGAAAGAACGTGATGGCGAATGACAAGAAGAATCCTTGATGGGATCACGGGACCTGAAGTAGCTTCCGCTTAGCATTTTATGTTTTATGGAGTTTTGTCCAAATGTTGGTTTTTGAGACTTTTGATATGTGGCTTTCTTTTGTAAGAATTTTATTGATTTCATTAGGGGTACCCCGAACCAAAACTTCTTTTATATGTTTATGTATGTTTTCTTGAATTCATATTAATAGAATTTCCATGAAAAACATGGTTCCTTTT 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MIAGKDVYDIFTAIVPMYFPLIIAFITVRWFNLFTAEQSAGINRFVRLLAIPFLCFQVISTNNLLQINLKLFAADSLQKLVFLAALSLWKLLCKNASLDWVITLFSLSCLPNTLIIGLPMTTAMYGQASVSFMIQTVVFQSAIWVNVLIFLFEYRAARIFFAAESSKFAAKEMRSEKTEVSVVCVDGDGNEGFPGKEIRPTDGGGGSGHFGLIKEAEKKDELRLEDTSSSIGTSSGMTKFVVYMLWKKIRQNPITYSSLLGIIWSIISFKYDIKLPTMLQRCVLTFSNTGQALSLFSMGIFMAAQPNVISCSILEATTAMLVRFVISPMLITVISKLVGLRGIALHIAIIQAAFPQGIVSFVLAKEYNVHPNVISTSVVFGMLIAFPIILSYYLLLVAILK Homology
BLAST of Clc11G11890 vs. NCBI nr
Match: XP_038889293.1 (probable auxin efflux carrier component 1b [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 581.6 bits (1498), Expect = 5.1e-162 Identity = 320/410 (78.05%), Postives = 348/410 (84.88%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. NCBI nr
Match: XP_038889292.1 (auxin efflux carrier component 2-like [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 565.8 bits (1457), Expect = 2.9e-157 Identity = 312/422 (73.93%), Postives = 352/422 (83.41%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. NCBI nr
Match: XP_011648997.2 (probable auxin efflux carrier component 1d [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 557.8 bits (1436), Expect = 7.8e-155 Identity = 307/419 (73.27%), Postives = 348/419 (83.05%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. NCBI nr
Match: KAE8651711.1 (hypothetical protein Csa_006143 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 531.6 bits (1368), Expect = 6.0e-147 Identity = 288/397 (72.54%), Postives = 329/397 (82.87%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. NCBI nr
Match: XP_023546740.1 (probable auxin efflux carrier component 1d [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 526.2 bits (1354), Expect = 2.5e-145 Identity = 293/427 (68.62%), Postives = 337/427 (78.92%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: P0C0X5 (Probable auxin efflux carrier component 1b OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=PIN1B PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 283.1 bits (723), Expect = 4.9e-75 Identity = 196/554 (35.38%), Postives = 273/554 (49.28%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q0IQA5 (Probable auxin efflux carrier component 1d OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=PIN1D PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 282.3 bits (721), Expect = 8.3e-75 Identity = 198/556 (35.61%), Postives = 275/556 (49.46%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q67UL3 (Probable auxin efflux carrier component 1c OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=PIN1C PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 264.2 bits (674), Expect = 2.3e-69 Identity = 191/591 (32.32%), Postives = 273/591 (46.19%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q651V6 (Auxin efflux carrier component 2 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=PIN2 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 262.7 bits (670), Expect = 6.8e-69 Identity = 191/628 (30.41%), Postives = 276/628 (43.95%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5SMQ9 (Auxin efflux carrier component 1a OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=PIN1A PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 258.1 bits (658), Expect = 1.7e-67 Identity = 190/594 (31.99%), Postives = 277/594 (46.63%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EV74 (Auxin efflux carrier component OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111436245 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 520.0 bits (1338), Expect = 8.8e-144 Identity = 292/427 (68.38%), Postives = 335/427 (78.45%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1KEF2 (Auxin efflux carrier component OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111492489 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 516.2 bits (1328), Expect = 1.3e-142 Identity = 290/427 (67.92%), Postives = 335/427 (78.45%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S4DU10 (probable auxin efflux carrier component 2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103485950 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 486.1 bits (1250), Expect = 1.4e-133 Identity = 266/377 (70.56%), Postives = 306/377 (81.17%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7R3Q7 (Auxin efflux carrier component OS=Striga asiatica OX=4170 GN=STAS_29463 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 344.0 bits (881), Expect = 8.6e-91 Identity = 185/396 (46.72%), Postives = 267/396 (67.42%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. ExPASy TrEMBL
Match: J3N5V9 (Auxin efflux carrier component OS=Oryza brachyantha OX=4533 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 325.9 bits (834), Expect = 2.4e-85 Identity = 179/396 (45.20%), Postives = 256/396 (64.65%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. TAIR 10
Match: AT1G73590.1 (Auxin efflux carrier family protein ) HSP 1 Score: 255.0 bits (650), Expect = 1.0e-67 Identity = 187/620 (30.16%), Postives = 273/620 (44.03%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. TAIR 10
Match: AT1G23080.3 (Auxin efflux carrier family protein ) HSP 1 Score: 254.6 bits (649), Expect = 1.3e-67 Identity = 186/614 (30.29%), Postives = 276/614 (44.95%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. TAIR 10
Match: AT1G23080.1 (Auxin efflux carrier family protein ) HSP 1 Score: 253.1 bits (645), Expect = 3.8e-67 Identity = 186/618 (30.10%), Postives = 276/618 (44.66%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. TAIR 10
Match: AT2G01420.1 (Auxin efflux carrier family protein ) HSP 1 Score: 253.1 bits (645), Expect = 3.8e-67 Identity = 184/611 (30.11%), Postives = 273/611 (44.68%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G11890 vs. TAIR 10
Match: AT2G01420.2 (Auxin efflux carrier family protein ) HSP 1 Score: 252.7 bits (644), Expect = 5.0e-67 Identity = 186/615 (30.24%), Postives = 272/615 (44.23%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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