Clc11G08525 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGATAGAGGGAACTCTAGCCATATACACAACCAGCATTAGTGAAGCAGTCATCCACAAAACCAAAGGAACCAAGAGATTGTGAGTGGCGACTTAACATCTACTTTCATTTGTAAGTGTTAAACATAAGTACGTAGTACCGAAGTGGACTAAGTTATTTTTCTCTTGTAGATCGAAGGAAGAAGGGGAGAAAGCCGGAAGTAATTTGTGGTAAGTTTCATATTTAAGTCCTTAAAAGGGAATCGAGCTAAATTTTATTTTGATTATTAAGTGGGGCGTAAAAGCGGATTATATATTTATTTATTTATATAGTTAGTTAGTTATTTATTTATTTAAATTAAAGAGAAATAAAGAAAGAAAAAGAAAGGAAGAAAAAGAAAATTATAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAGTGGGAGTGGAAGGAGTTGGTGGTTTAAATGTGAAGTGGGTAAGTTTGCCGATAGATTTCTTCCATTTCCAAGCTCAAATCGATTCAACTCTTCACTGGGCATCAAGGGGTGGTAGAAGAAGAGATCTAGGGCAAATTTGTGTAGGATTTTGGTCGGTTTCATGGTAAAATTGAAGCTGAAACAGAAGCTTCATTTGCTGTCGCGTAGTCTGAACAAGGTTTGGTGTCTGGTGAATATCGAGCGGAAGAGTTAGAGTTTGAAGCTGATATTTTGCAGTTAGTATGTTAACTCAATTTCTAACAACTCTTGTGAAGGATAGTTGAGCTGAATATGAAGAAAAACATGTTAAATTTTAGGTGGAACCGACTAGTACGAATTTCTCGACTGATCTGGAGTAGGGCGAAGTAAATTGGGAATATATGTCGAACGAAGAGAAGTTAAGCCTTTAAATTTTGAGGTAAGCTAGAAAACATATTTCTCTACAAGTTTATAGAAGGGAAGAAGTTCTAATTCCGGCTTGAACTATGACTTTTAACAGGTAGAAGTTCGGGAGGTAGCGAGATTAACAGCAGAAAGAAGCAGGTCTTGCTGGAAAGGTTAAGCGTGAAGGAGCGAGAGCGACTAGTCTCGCTAGTCTCACTAGTCTCGCTGGTCAAAATTGTCTCACAAATCTCGCTGGGTTGTGGCTCTCACTGCTATCGTTGGTCTCGCTCCTCCAGTACTGCTAGTTTTTGGCTTGTTTTGCTAATTTAGTCTCGCTAATGGCTTGAATCTTGATCATTAATGAACTTTTAAATGAAGTATAGCCTCAGTTGAGCATTTCTTCATGAAATATAGTCTCGGTGATGGTTTTCTTTAGGTAGTTTGGTCTCGAGAATGAATACTAGGCATATCTAAAGCTTGTTTCTTATGTAAAAGGAATGTTAAGAAAATCTAACAAAGGGAAACGTATTATTTCAGGCCGAGAGGAGCTAAGGAAGGTGTATAATCCGCTCAAGGCCTAGGACAAGTTATGAGTGACACTCAATTCTAAAAGAATTTATTTCAAGCATAGTTTCTTGTTTGAAACTTGATTATATGGTACATTTCCATGGGCTTTACGTGTATGTCATGTGTTATAATTATGAGAAGTATTTGAGGTATACTGGCTGTACAAAGAGTTTTGAGAAAAACATGCGTTTTATGATTATTAAGATTAATGAAAGCATTTAAGCATGTGAATAGTGCTATGATGTAGAAAATGTTTCAAATTCATGAAATTTACGTTATGTTATGATTTTATTTAAATGACTCCCAGTGCTGAAGGACTTGGAGAAGGCATATGTGTAAATCATGTATGGAAATGACTCCCAATGTTGAAGGACTTGGAGAAGGTATATGGGTAAATTATGTATGGAAATGGCCCCATGCTGAAGGACTTGGAGAAGGCATGAGAGTGGCCGGGAATTTGTTAAGGAGCCCTATACTGAAGCACTCGGAGAAGGTACTCGGGTGACCCTGGTTATGGAATATGTGTATAGACGCTGATGTGTTGAGATTACTCCACACAGCTAAGGATTTTCGACGTTGGGTGTGTTGAGAATACTCCGCCCCAACTAAGGTTAATTCGACATTGAGTAGCATTGAGTCTCGCTCCGCCTCAACTAAGGAAAAGTTTTTAAGTAAACTAGTTTATGTGTATTTTTTCCACATATGATTATGTATGTTTAAGCTATGGCATTACGCACATTATTGTTGGTTATGGTTGGAATCTATGTTTTGCATACATTGTTTAAGGAAAACTTTAAACTAGTCACTCACTGGGCAATTTAGCTCATGTTTTCCTTGTTTCTCTGTTTTCTAGGTAGCGAGCGTGTCCAAGGTGCTTAGCCTACACAAGATTCTCGTCTAGGCTCGTCTTTAGTATCTAGTATTTTGAAACTTGTAAATATTTGAACTTGTTCAAGTGTTGTACATATAGAGAGGGTTAAGAAAGTTGTTTAGAAACAATTGTAATAGTATATCGTTTTGAGGAAGCATGGCTGTTGTGAAAACTTAACCCTGGTTTTATTTATGTTGTTAAAATATTGTGTAACTGTTTATCAGATAATGGTTAAGGTTTAGGGTTGGCAGTGGATGTTGTGAGAGGGTCGGTGTCTGCTGTCTTCATACTCACTCTCGGGTTAGGAGGGTACCTGGGAGGAGGTGTGACATAACACCTTTGTTCTTTCCATATTGTTCATCATTCTTCATATCGATTTGTATCACAATATTGATATTGTGACACTTATATTTTTCAATACAAATTATGTTTGCCATCACTTCTTGCCTATCCATGCTTTATTTACCTTCTAGTATGAGTTGCTAAATATTTAATAGGTTGGGAAGAGTGAATTAGCATTCACACAAGTTTTATATGAGTTGAAGTTCATATTGTTTCATGTATGCTTAATCTAATGCTTGAATTCATCTAATCAATGCGTTTAAGTAGTAATAGCTAATTATCGAGAGAATAAGTGGTTGTTGAATCCATTAAACAAGGAAAGAAATGACTTTAGAGATAGAGTTAGTATTTTATTAAAATTTACTTCAGCATGTGTCTTAGATATGAGATTTATGTGACTTAAAGCACGAGAGGTGAACACTTCATTTTTACAAGTTGAAAACATGAATGGATATTTATGCATAACTTAAAGTGAATGTTAATAAATCTTTTCAATCCTACTTCATAAACTGAGTTTGCCTTCATCTCATCCATAGTGTTTTCATTAGTGCTAAATCATATCCATCAACGCATATCATTTCACATTCCACTCGACGCATCCTCTTACCCACATTCGACACATCATACATCACCACCATCCTTTCTTTCCACTTTCACCCTTTCTTTAGTTATTTTGTTTATAATTACTTTCTTTCACCAAAACTATAATTCCATATTGATTAACATTCCTTTGTAAAAGTCCTTATGACCTATTCTAATTAATTCATAAATTCCTCAGTTCGACCCTAGTACTTATTAGGAAACTCCAAAATAAGTTTATACTTGGGTTTAGTTTGAGAAATTTGTAATCATTGAGATAATTTCTTAGACAAATTTGTACATATATGATTAGGCAACACATTGCAATCATGATTATGGCGCTGGGTATTGCATTTTGATGACTAGCTAGCTAGGCCCCCAAATGTCAATTTTGAGGTTTGTTGGGCATTTATTTATAGGTTTATGAAATTCTTATGAATGTTTATGGGTTTTGTGATTTCTTCTTGTTTTCTATTCCTTATTTTAATTTATATGCAATTTATGTTCGATTAATGTGACATATTAGTCATCTCAAACATAGATTGTATGTGTACGCTATGTATGTTGGGATTTGTAATGAAAACATGCTTAATTTGAGTAGTGAATAGGTTGAGTTATAGTTATGGCCCGACTTCTAGCATTACTAGGGTCATCAGTAAAGAAAGATAACGAAACCTAAGGAAAAGCGTTAGGTTAGACAAGACAGTTTAATCTAATGTCCTAATCAATCTAAGACCTTGATATGAGTAATTAAGTAGTTAGGCTCTGTGTAATACCTACTTAGTTAATTTAGGAACTGATATCCAAGTTAATTTCTCTTAAGCCAGCATTAATGGCTAGTCGATTAGGCTTGATAACTAGATAACTCATTAACCTGTTTCATATGGTAAATCAATGAATAAATCCATAGATAGTCCAACAATCTTTTTAATCGGCGAAAATAAATCTCGTGTTATCGTTCTCTCTCAATCCATCTTACTTTTCTACAATCTAAATTCCTGCCTTTTAATTCATCTCGTTAAAACCCAAAACCAAACTTCTGCCGCTTTTACTGCTTTCCAAAGATAAATTTAGCTTAGAGAGATACTATCTTAGGCTCACTGTAGTTCTACCTGATCTTGCTACTAAGATTATCTAGTAGTTGAAGTTATTGATCGATATTATAAATGTTATTGGGTCAATTTAACGTGAATAGATTAGAGATAAAATTTAACTTTTTAAAAATTATTTTTCCTTTTATTTAATGTGGCTTAGAGATTAGATAACAAAATGTTATTTTTTTAAAAAAAAATTATTTAATGTAACTTAAGAGATTAGAGATAGAATGTGATTTTTTTTTCTTTTATTTAACGTGAATTATAGATTAGAGGATAAAATGTGATTTTTAATTCTTTTTCATTTTATTTAACGCGAATTAAAGATTAGAGAATAAAATGTGATTTTTTCAAACAAAAATTTTCTTTTCTTAACGTGAATGCCAAAAAGAAAAGGGGAGGGGGATTTTTTTACTTAATTGTTTAAATGAGAAATTGTCTAAAATATCCATATGACTATCAATTAAAAGGAGCAAAAGGGAAGTCAAATGTTTCTCCCTTTTCCCGATATCCGAAACATGTTAATTTAAAATTTTGAAATTTGAATTCAAAATTCAAAATTTGTGTTGTGAATTTGAAAATGCAAGAGAAGATTAATTTGTGTTTGGTAAAATTCATTATTCTAGATAGTAAAAAAAACTAATTTAATATAGCCTTTTGTTATTATAGTGAGTTTTTTTATTGTCAACAAGGGAAATAAAGATAGCAGAG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ATGATAGAGGGAACTCTAGCCATATACACAACCAGCATTAGTGAAGCAGTCATCCACAAAACCAAAGGAACCAAGAGATTATCGAAGGAAGAAGGGGAGAAAGCCGGAAGTAATTTGTGGATTTTGGTCGGTTTCATGGTAAAATTGAAGCTGAAACAGAAGCTTCATTTGCTGTCGCGTAGTCTGAACAAGGTTTGGTGTCTGGTAGAAGTTCGGGAGGTAGCGAGATTAACAGCAGAAAGAAGCAGGACTTGGAGAAGGCATGAGAGTGGCCGGGAATTTGTTAAGGAGCCCTATACTGAAGCACTCGGAGAAGGGTTGGCAGTGGATGTTGTGAGAGGGTCGGTGTCTGCTGTCTTCATACTCACTCTCGGGTTAGGAGGGTACCTGGGAGGAGCCGAACAGCCTCCCACCGCACAACCTTCTCATCCCGTCACCTGTTCAGCTTCTTCTCCGGCGGAAACTGCGGCGCAGTTACGTCCAAAATCGAGAGCAGTGTCCTCCACGACCAGTGACGTGTTTCTGACGGGCGACTCTCAGTTCTCGGTGTTCCAGCAGCTTCTTTTAGCGTTTTCATCCTTTTCGTTTAATAGAGCAGCTATGGAGCATCAGATTGCTGGGGTTCGCTGCCAGAGAATTGGCTGCAATGCCTCGTTCACTGAGGACGACAATCCTGAAGGTTCTTGTCAATACCATGACTCGCTACAACCTCCAGGGATCCCAAAGGTGGTCAACCATATTGCAGACATGTTCCCCTGGAGGTTATTGCTGAAATTGAGCAGTTGTAGGCTTTGGGGTGGGCAATGA MIEGTLAIYTTSISEAVIHKTKGTKRLSKEEGEKAGSNLWILVGFMVKLKLKQKLHLLSRSLNKVWCLVEVREVARLTAERSRTWRRHESGREFVKEPYTEALGEGLAVDVVRGSVSAVFILTLGLGGYLGGAEQPPTAQPSHPVTCSASSPAETAAQLRPKSRAVSSTTSDVFLTGDSQFSVFQQLLLAFSSFSFNRAAMEHQIAGVRCQRIGCNASFTEDDNPEGSCQYHDSLQPPGIPKVVNHIADMFPWRLLLKLSSCRLWGGQ Homology
BLAST of Clc11G08525 vs. NCBI nr
Match: XP_038891151.1 (cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 isoform X3 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 79.0 bits (193), Expect = 7.1e-11 Identity = 33/34 (97.06%), Postives = 34/34 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. NCBI nr
Match: XP_038891148.1 (cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 isoform X1 [Benincasa hispida] >XP_038891149.1 cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 79.0 bits (193), Expect = 7.1e-11 Identity = 33/34 (97.06%), Postives = 34/34 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. NCBI nr
Match: KAA0032332.1 (Ty3/gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 73.6 bits (179), Expect = 3.0e-09 Identity = 31/39 (79.49%), Postives = 34/39 (87.18%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. NCBI nr
Match: KAG6605709.1 (Cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 73.2 bits (178), Expect = 3.9e-09 Identity = 33/48 (68.75%), Postives = 38/48 (79.17%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. NCBI nr
Match: XP_022995761.1 (cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 72.0 bits (175), Expect = 8.7e-09 Identity = 30/34 (88.24%), Postives = 33/34 (97.06%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q6EPW7 (Cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=RAR1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 53.9 bits (128), Expect = 3.2e-06 Identity = 21/29 (72.41%), Postives = 26/29 (89.66%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9SE33 (Cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=RAR1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 53.1 bits (126), Expect = 5.5e-06 Identity = 20/27 (74.07%), Postives = 25/27 (92.59%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7SMR6 (Ty3/gypsy retrotransposon protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E6C27_scaffold219G001910 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 73.6 bits (179), Expect = 1.4e-09 Identity = 31/39 (79.49%), Postives = 34/39 (87.18%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1K2T7 (cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111491197 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 72.0 bits (175), Expect = 4.2e-09 Identity = 30/34 (88.24%), Postives = 33/34 (97.06%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1H1M2 (cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111459249 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 72.0 bits (175), Expect = 4.2e-09 Identity = 30/34 (88.24%), Postives = 33/34 (97.06%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DZH1 (cysteine and histidine-rich domain-containing protein RAR1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111026036 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 69.7 bits (169), Expect = 2.1e-08 Identity = 29/34 (85.29%), Postives = 31/34 (91.18%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. ExPASy TrEMBL
Match: B9R9M1 (Rar1, putative OS=Ricinus communis OX=3988 GN=RCOM_1498650 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 65.5 bits (158), Expect = 3.9e-07 Identity = 25/34 (73.53%), Postives = 31/34 (91.18%), Query Frame = 0
BLAST of Clc11G08525 vs. TAIR 10
Match: AT5G51700.1 (protein binding;zinc ion binding ) HSP 1 Score: 53.1 bits (126), Expect = 3.9e-07 Identity = 20/27 (74.07%), Postives = 25/27 (92.59%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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