Clc10G00010 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTTTAACTCCTATTTGGCAAATTTTTCTGCCTTCCTACGGATTGTCGTGTGAGCTTGGCGCCCCCTTTCTCGCAGATTATAAGCTGGCAGCAATCTGATTGACACTCCTACTGAAAAGAATCTGATGATATGGAAGCAGTGGCGGAGGGATTGTGGAGGCTGGCAGATTACCACGAGAAGCAGGGGGAACTAGGGAAGGCAATAAAGTGTTTGGAAGCCATATGCCAGAGTCCTGTGTCTTTCTTTCCAGTCGTTGAGGTCAAGACTCGGCTTCGAATTGCCACCCTTCTACTCACTCATTCTCACAACGTCAATCATGCGAAATCCCATCTCGAGCGTTCTGTATGATATAGTTTTTTTTTTTTTTCCACACAACTAATGATGTAGACCAACTATTTTTATTTTTTAATTATCAATGGTGGTTTTTGTTTCCCGGTAGCAATTGTTACTGAAGTCTATTCCATCATGCTTCGAATTGAAGTGCCGGGCTTATAGCTTATTAAGCCAGTGTTATCATCTCGTCGGTGCTATTCCTCCCCAGAAACAGCTTCTTTATAAGGGTCTTGATCTCACCAATTCTGCTGGTCACGAGTAAGCACTCATCCTTTTCCCTATGCCTAATGAATTCTTTATTCATTTCCGTATGCTTTTGTTTGTTTTTTCCCTCTCATTTGTTGTTGTTGGCAATAATTGATTACCCAGCAAATATTTTTCTTTAGTGTTACTTTATCAACTTTACTTATTGGTGTTTTCTTCTTGCACTCATTTAAGACTGTCAGTGAAGCTATGGTCTTGCAACTTCAATTCACAGCTAGCAAATGCTTTGATTATTGAAGGAGACTATCAAAATTCAATCTCTGCCTTGGAGTCGGGATACATACTTTCAGTGGAGATATGCTATCCTGAACTGCAGGTTGGCATCTGAAATTTTGTTTTCGTGCCCACTGCCATATTTCTTTATTCTTCTGGAAGCGTATATTCTTGTTGTTTCTTTAATTTTTGAGTGGCATACATATATATTGGAAACAGAAAATTTCATTGATAAGATGAAATTACAAAAAGGATCCTATCCAATGGATTACAAAAAGCTTCTCCAATTGGTCATGAGATTAGATAAGCTATAGTTGTCCTTATATGTGTGTGAGGAAGGAAATTATCTCTAAAAGTGGAAAATTTCATGGCTCAAAGAAGCGGATGAAAACACAAATTTGTTTCACCGAATGCTCAAAGAAAAGAAAGTCTTTGATGTCAGAATTGAAGTCTTCCAAGGGCACTTCTTTGCTGTCTTTTAATGAGATTGAAGAGGAACTGATCAGTTTTTTCAATTCACTATATCAGAAGATGCCTGGAAAGAGATATATGCCTTCTAACTTGGTTTGGAATACAGTTTTAGGCTTTCAGCCTCACAAAATTCCAAGCTAATTAGGCCATTTACAATAGGGGTGAGCAAACCAAACCAAGAAACTAGTCCAACCGACCGAAACTGAAACAAGATTCTGTTTTGGTACAAGATAAACAGAGTAAGACACATCAATGGGTGCTAAAGAATTCTGATGTTAAACAAGAAGATTTTAGTAAGTTGTGGATAGTTTCAAGATTGTTTGAGTTTAATGACTAGTCGGAAATAGCGGAAATATTAAAAATTTACTTTCAATTTGAGATCATCATCAATCCCCTATTTGCGAAAAATGCCCTAATAAAATTGGGCCAAGGATCTTAGAGGAATTAACTGAAAATCCGGGCAGTTGGCAAATTTGTGGCTCATTTCATCTGAAATTTGAAAAGTGGAATAAGTTAGTGCATAGCCGGCCAGTGTATTCGAAAGGTTGTGGAGGATGGATTTCCATTAAGAATCTCCCATCAGATAATTATTGGTGTAGACAAACCTTTGAAGCTATTGGAGTCTATTTTGGAGGACTAGAAGCTATTGCAACAGATACTTTGAACCTTCTTAACGTCTCCGAAGCTAAGATTCAAGTTAAAAGTTTTTTATGTGGTTTCATTCCATCAACCATTGAGATTTCGGGTGAGAAGCATGGATCTCTTTTTCTGAATTTTAGAGACACTGAATCAATTGAACCTCCCTCAAAAGTTAAAAGATGAATTACTTGTTAAGGATTTTTCAAATCCACTTGACTTAGTTAGAGTGAATAAAGTTTTACAAGATGAAGGATTAGAGGTTGAAGATGTGGATTCTAAGTGGGCCTTTCTGCTACTTTCTCGTTTTTCCCCAAATTTTCCAAGAAATCCTTTAGCTTCCTACACAAAGGAGGGAAACTTCCCGCCGGAAAAGTCCTTGAAAGTTGTTCGACAGGTCCCCTCGGCATCTGGTTACAATCAGCTAGTTGAAAAGTCTTTTGGCCCTCCTACTCTCCTTGGTGGATTTACTGAGCAGCATTATTGAAGAGTGAGAGTGCAGTTGGGTAGTTAACTCTTTGCCAAAAAGAGACCGTTGACCTCCCTTCGAAAGAATCTCGTCAAGTCTGTGCCGCCAAGGATGGAGTTGCTTCAGATTTAGCGCTTCCCAAGTGCTGTTGCCCCACGCCCGCTAATGTCTCTTCGTTGCCGCGTGCTTCCCCTCCCATTGGAACTCCCCCAATAGAGTTTAATGCTGTCGGCCCCTCTTTATTTGAAAAAGAATTATTAACTCACTCTTTTATTCTCTCTCCTGGAAATCCAAGAGTCAATAGCCCTTTCTTACCAGTAGTCCCTCTATCTTCGGTCCATTCCAAAAGAAGTCCAGTAAACGATTCTCTCCCTTTAAAGGCTAAGAATTGTCACAATTTGCTCATGCCTTTCCCTAAGCATTTTGTTAGAAAAAAGACTTCTATAAACTCTTGGTCTATGATAGTAAACTCGAATTTACTAGAAAATTGCTGTGTTAAATTTCAAATCCCTGGGTTGTTCTTAGAAAAAGAAGAAGTCCTTACTTCAGATCGTGTCTCTTTCTCCCATTCGGACTTTACAATCCCGGGTTCTAAAGTAAAATTTGTTAGAGGTTTACCGGTCAGGGTTTCAAGCAAAAATTGACACAAAAATCAAGATTCAGACATGGATTCAGATGGAGTTTCTATAGCAAGTGCTAGCAGTGAAGACTTAGAAAATCTTGAGTCAGAGGATTTTTGCGAAGAGGAAGATTTAAATGATGGTTTTAACAGAGACTTTCACCGATTATTTCAATCAGAGGAAGGTCCTTTGCTTGGTAAGACTGAAGCTTCCTTATTTACTCCCTTAGAAAAGAATGAAATCCCACAACATCTTCATTCCATCATTGATGCTTGCGGTATTGTTCTTGGTTGAATTTTTAAAGAAGTATGAATTTTGCGGTGGGAATTCGAAAAGGTCCTTGGGAGCCGACCGGTCGTCTGCACTTTCTTCATAATTAGTATGCAAGGTGTCGAACCGTTCCTTAGGATCCGAACAGACATCAACACTTATTTTCTTCGTTAAATGCTCGTTTGCTAACTTCTTTCTCGGTTTCACATTGATCTGGTTTGGGGTGATGGATCCCCTTGGACGAAGAATCGCCGGTGCTTACTTCATCTTCTCCGGCGAGCTTTTTGAACTTTTGTCAGAGTGTTTCTTCATGGCTGCGAACGGATTTCTCGAAATACTTGGCATTTTTTGTTGAAGAAATGCCCAATTTTGAATCGGAAATTCAAATTCAATGTCTTCCTCTTGAGCGACTTGCTTTAGCCTAAGTAAATCAATCGGGTTTGAGAAGTGTGAAAGAAATAGAGCACTCTTATGTGGCATGGAATCTTCTAAACTCTCAATATCACCGAAATTTAAAAAGAAATTTCCCTTCTTTTCATTTTCAATTTCGATTGTTGCCAGCATCAAACCACATATGTTCCTTTAACCTTTAATTCTTGCTTTAGAGCAATTTAACAAGTTAAGCGTTTCAAGTGCAATGCTTTCTAATCCCCCGAAATGAGCTCCAATGGCTTCAAATGTACTCCTTCTCCAATATTCTAGTGGAAGATTGTTGATAGAAAGCCAACCTTCGAAACCTCTGATGAATTCTGGTCGGCTATGTTTAAGTGTTCCATTTTTCAATTAATAAATGAAATTGTCCGAAATCCTGCCATTTCCTGGGAGCGTCAAACCAATCATCCATTCTTCCTTCCTCACACTTGATCAATGCTTTATCTAAAAATATGGGATTAATGGTAAATTTAACCTTGAATGATTCTTCTAAATGATTTCTAATTGCATTCCAATCGTCAAACACAAATAATCTCGATATCACCCATAAGTTGCTGAAATCTTCTTGGAAAACCTCATGATTTTTTTGAATCCAAAATGCATCCGATTTCTGATTTTCATGTCGCCAAACTGAGTTTAATGGACTGCTTTGTTTTCCTTTGCCCAAGCTCTGCTTCCCACATTGCCAATCAGGGTCTTCTTGAGTACTCTGTTTTCCTTCAAACCGGTCAGGGTACGTGCTCTGTTCAATAGGTGCAAAATCAAAGGATTTCGAATTTAATGGGGGGGCCTCCCAAGCTGTGTGGTTGTGATGTCTTGGTCCTTTTGATACCATCTCAGCGTACTTGGCTGAAGTGTGTTAGGAGGAGGGATAATTGCCTGATTGATCCCCAGATTTTCTTCCTTCTCTCTATAGCTCCCCCTTCCGTGGAGGAAGCTATTAGTCATTTCAAAGAAATCATTCCATCCTTGATGCGCTATCCCTTTTGGTATGTGAATAAAATAACGTCCACCTGTAGCTGGCCAGACTACACAATTTAAAAACCAACTCCTATTTCTCTTGAATTTTGAAATTCTCATTGCACCCGAGTCATCACGCACTTCCCTTAAGAAGAAACAAACACTTGAACCATTAAGGAGATTTGAGACTTGATTCATCATCCATTTCATAAGTGTTTCTGATAAATAAATTGCTTTTCGAGCTTCCATATCTTCTATTATGAATTTACCATTTTCGAACCAAGTGCAGAAGAAAGAATTAATGATTTTGCAGCTATTGAAACTCG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ATGGAAGCAGTGGCGGAGGGATTGTGGAGGCTGGCAGATTACCACGAGAAGCAGGGGGAACTAGGGAAGGCAATAAAGTGTTTGGAAGCCATATGCCAGAGTCCTGTGTCTTTCTTTCCAGTCGTTGAGGTCAAGACTCGGCTTCGAATTGCCACCCTTCTACTCACTCATTCTCACAACGTCAATCATGCGAAATCCCATCTCGAGCGTTCTCAATTGTTACTGAAGTCTATTCCATCATGCTTCGAATTGAAGTGCCGGGCTTATAGCTTATTAAGCCAGTGTTATCATCTCGTCGGTGCTATTCCTCCCCAGAAACAGCTTCTTTATAAGGGTCTTGATCTCACCAATTCTGCTGGTCACGAACTGTCAGTGAAGCTATGGTCTTGCAACTTCAATTCACAGCTAGCAAATGCTTTGATTATTGAAGGAGACTATCAAAATTCAATCTCTGCCTTGGAGTCGGGATACATACTTTCAGTGGAGATATGCTATCCTGAACTGCAGATGTTTTTTGCTACTTCTATCCTTCATGTGCACCTTATGCAATGGTACGATGATAATTCTGTTGAACAAGCTGTTAACAAATGTGAAGAGGTCTGGGAATCTATTGAACCTGAGAAAAGACAGCAGTGTGTTGGTTTATTATTTTACAATGAGCTGCTGCACATATTTTATCGACTTCGGATCTGTGACTACAAGAATGCTGCTCAACATTTAGATAAATTAGATGCTGCTATGAAGGCTGATTTGCAACAAACACAGTACATAGAAGATCTGACTAAAGAAATGAATGCTTTAAATCAGAGTCTATCCAGGTCTGATCTACATTATAAAGATAGGTTGGCTCTCACTGAAAAACATTCTCAGCTTCAGGAACAGCTTAGAAGTATGACTAGACCAACTTCCTTGAGCAAAGAATCTTTGGAACCTGGGCATTTTGGAAATGTGAGAAGAACATCTAGAGACAAGCTTGAGTTGGCACCGTATCCTATTGATGGGGAGTGGCTACCAAAAAGTGCTGTGTATGTGCTTGTGGATCTTATGGTTGTTATCTTTAGCCGGCCTAAAGGACTTTTCAAAGAGTGCACAAAACGAATTTTATCTGGAATGCTTACTGTCCAAGAGGAGTTGGTGAAGCTTGGGATAGCTGATGGTGTAAGAGAAGTCAGTTTGCAACACTCTGCCATATGGATGGCTGGCGTTTATTTAATGCTCCTTATGCAACTTCTTGAAAACAAAGTAGCCATTGAGCTGACACGTTCTGAATTTGTTGAGGCGCAAGAGGGCTTGGTGCAGATGAAGAATTGGTTCTTGCGCTTTCCTACGATCTTACAGGCATGTGAGAGTATGATTGAAATGCTTAGAGGCCAATATGCTCATTACGTTGGTTGTTACTATGAAGCAACCTTCCATTATATCGAAGCTGCAAAGCTTACAGAGAGCAAATCAATTCAAGCAATGTGCCAAGTTTATGCGGCTGTCTCTTATATCTGTATTGGCGATGCTGAATCATCTACACTCGCACTTGACTTGATTGGACCAGTTTACAGAATGATGGATTCTTTTGTTGGAGTTCGAGAGAAAACAAGTGTTCTTTTTGCTTATGGCCTCTTACTGATGAAGCAACATGATTTACAAGAAGCAAGAAATCGATTGGCGAAAGGATTACAATTGACCCACAATCATCTGGGGAATCTTCAACTTGTCGCACAATATTTGACAATCCTTGGGAGTTTGGCACTCGCTCTACATGACACTGTGCAGGCCAGAGAGATATTGAGATCATCTTTAACATTGGCAAAGAAACTCTATGACATCCCAACTCAGATCTGGGTACTATCAGTTTTAACGACTTTATACCAAGAGTTGGGTGAAAAAGGAAATGAGATGGAGAACGCGGAATATCAATGTAAAAAGGCAGATGATCTGCAAAGGAGATTGGTTGATGCGCATTCCGCCATTCATCACATCGAATTAATTGACAAAGTACGGCTTGAAATTCAGCAACTAAAGGGGGTTGACATCAAGCGTGCAGGTAGCCCGTCCCTTGGAGTTGATCTTGATATACCAGAATCTATTGGTGTGTCGGTTTCATTGCCGACTTCATCATTGAAGCTTGTGGATATAGACACAGGGAGACGTGGAAAGAGGAAAATTTAG MEAVAEGLWRLADYHEKQGELGKAIKCLEAICQSPVSFFPVVEVKTRLRIATLLLTHSHNVNHAKSHLERSQLLLKSIPSCFELKCRAYSLLSQCYHLVGAIPPQKQLLYKGLDLTNSAGHELSVKLWSCNFNSQLANALIIEGDYQNSISALESGYILSVEICYPELQMFFATSILHVHLMQWYDDNSVEQAVNKCEEVWESIEPEKRQQCVGLLFYNELLHIFYRLRICDYKNAAQHLDKLDAAMKADLQQTQYIEDLTKEMNALNQSLSRSDLHYKDRLALTEKHSQLQEQLRSMTRPTSLSKESLEPGHFGNVRRTSRDKLELAPYPIDGEWLPKSAVYVLVDLMVVIFSRPKGLFKECTKRILSGMLTVQEELVKLGIADGVREVSLQHSAIWMAGVYLMLLMQLLENKVAIELTRSEFVEAQEGLVQMKNWFLRFPTILQACESMIEMLRGQYAHYVGCYYEATFHYIEAAKLTESKSIQAMCQVYAAVSYICIGDAESSTLALDLIGPVYRMMDSFVGVREKTSVLFAYGLLLMKQHDLQEARNRLAKGLQLTHNHLGNLQLVAQYLTILGSLALALHDTVQAREILRSSLTLAKKLYDIPTQIWVLSVLTTLYQELGEKGNEMENAEYQCKKADDLQRRLVDAHSAIHHIELIDKVRLEIQQLKGVDIKRAGSPSLGVDLDIPESIGVSVSLPTSSLKLVDIDTGRRGKRKI Homology
BLAST of Clc10G00010 vs. NCBI nr
Match: XP_038903798.1 (sister chromatid cohesion protein SCC4 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1377.5 bits (3564), Expect = 0.0e+00 Identity = 703/720 (97.64%), Postives = 713/720 (99.03%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. NCBI nr
Match: XP_008448423.1 (PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: MAU2 chromatid cohesion factor homolog [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1361.7 bits (3523), Expect = 0.0e+00 Identity = 694/720 (96.39%), Postives = 709/720 (98.47%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. NCBI nr
Match: XP_004146189.1 (sister chromatid cohesion protein SCC4 isoform X3 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1361.3 bits (3522), Expect = 0.0e+00 Identity = 695/720 (96.53%), Postives = 708/720 (98.33%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. NCBI nr
Match: XP_022158435.1 (sister chromatid cohesion protein SCC4 [Momordica charantia]) HSP 1 Score: 1339.7 bits (3466), Expect = 0.0e+00 Identity = 679/721 (94.17%), Postives = 703/721 (97.50%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. NCBI nr
Match: XP_022949168.1 (sister chromatid cohesion protein SCC4 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1335.9 bits (3456), Expect = 0.0e+00 Identity = 680/721 (94.31%), Postives = 703/721 (97.50%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9FGN7 (Sister chromatid cohesion protein SCC4 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=SCC4 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 917.9 bits (2371), Expect = 7.0e-266 Identity = 465/723 (64.32%), Postives = 580/723 (80.22%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9Y6X3 (MAU2 chromatid cohesion factor homolog OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MAU2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 59.3 bits (142), Expect = 2.1e-07 Identity = 38/132 (28.79%), Postives = 65/132 (49.24%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9D2X5 (MAU2 chromatid cohesion factor homolog OS=Mus musculus OX=10090 GN=Mau2 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 59.3 bits (142), Expect = 2.1e-07 Identity = 38/132 (28.79%), Postives = 65/132 (49.24%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: B1H1Z8 (MAU2 chromatid cohesion factor homolog OS=Xenopus tropicalis OX=8364 GN=mau2 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 58.9 bits (141), Expect = 2.7e-07 Identity = 38/132 (28.79%), Postives = 65/132 (49.24%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: B4ZIX8 (MAU2 chromatid cohesion factor homolog OS=Xenopus laevis OX=8355 GN=mau2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 56.6 bits (135), Expect = 1.3e-06 Identity = 38/134 (28.36%), Postives = 65/134 (48.51%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BJ17 (LOW QUALITY PROTEIN: MAU2 chromatid cohesion factor homolog OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103490628 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1361.7 bits (3523), Expect = 0.0e+00 Identity = 694/720 (96.39%), Postives = 709/720 (98.47%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1DVU1 (sister chromatid cohesion protein SCC4 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111024925 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1339.7 bits (3466), Expect = 0.0e+00 Identity = 679/721 (94.17%), Postives = 703/721 (97.50%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GBA4 (sister chromatid cohesion protein SCC4 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111452599 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1335.9 bits (3456), Expect = 0.0e+00 Identity = 680/721 (94.31%), Postives = 703/721 (97.50%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1KHQ8 (sister chromatid cohesion protein SCC4 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111493351 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1333.2 bits (3449), Expect = 0.0e+00 Identity = 679/721 (94.17%), Postives = 701/721 (97.23%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5D3CHS2 (MAU2 chromatid cohesion factor-like protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold139G00010 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1331.6 bits (3445), Expect = 0.0e+00 Identity = 683/720 (94.86%), Postives = 698/720 (96.94%), Query Frame = 0
BLAST of Clc10G00010 vs. TAIR 10
Match: AT5G51340.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 917.9 bits (2371), Expect = 5.0e-267 Identity = 465/723 (64.32%), Postives = 580/723 (80.22%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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