Clc09G16250 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTGCCATCTTCGCCCTCACTGGGCTTATTCTTTTATTCCCTATATAATCATATTTATATATTTTAATTTTTATATACTTTATATATATATTTTAATTTCTACTTTCTTCTTCTTCTTCTTGGTTGTCAGAGGAGAGGACACTCTCTGTTCCTCTCGGAGTCGATCTCAAACTCCATAGCCATCCCTTTCCTTCGACCAGATGGCACAACATTTTTCCTCTTCCCAATCCGATCCATCTCTTTCTCGCAACTCTTCTCTCAGTCGTCTCAACGCTCAGGCTCCTGAGTTCGTCCCCACTCGTCCCTCCACTCGTCCCGATCTACAACCACCGCACTCCGCCCCTGGACCTCCTCCTCCTCCTCCACCCAAGCAATCCCCTCGTATTCTCATCCCTTCTCCTCCTCCTCCGCCGTCTATGATGCATGTTTATCCTCCCCCTCCCCCGGGATCTCCTTTCCATGTTCCCATTCAGACCCCTGTCCCTGTCCCCACCCATGTCGTTTCCATTCAGAATCATCACTATCATCCTCATCATCGCCACCATCATTCCCATCACGTTCCTGTTCTTTATCATCCTCATAATCCTCAGTATTATGCTGACAATGGCGGATTTCATGACCCCGACACCGCGGTTGTCCAGCAACCTCAGAAGCCTCTGGTTGACTCTGACTATGCTGCTCCATCTAGGACTAAACTCACCGAGGAAGTTTCCCAAAAGCTTTTGAATCAGGTTGCCTTTTTCTTTTGACTAGATCCTTTATGGTTATGCTCTTCTCTCTTTGCCTACATTTTATTATCTGCTTGCTTCTTCAATATTTACTCTGGCGTCAAGCTGAATTTCATCATTTTGTGAACCACCGTAACTCATGGAGCTATTGTGTTTTGAGCCTGCGAATTCTGTTGCTTCTATATAGGCACACATTGAGTTAGCTGGAAGTCATGGTTACTTGAAATGTTTTAGAACTTGTGGGAATTCTGTTCTGGACTCTCTTTTTCTATCGTACTAATATTGTCAATCTGCAAAATTTATGTTTGCTTGAGACTGGAGATAAATTAGGCCTAGCTAAATTTGTTGGTTAACAACTATATATTGCATACGATATTGAAGCAGACACTTAAAAATGTTCGTTGGTCCACGTGAGCCCTGAGCATGGCAATTTCCTGTTTGAACAATTTTAGTAGGTTAGGAGCTATGGACACTCTCATGGCCAAAGTGGTGCTGTTGGACATGTACACATTGATACGCTTCAAACCCATGTCTTTATGTCATTTGGAGCACAGTTTTCATTTTTATTTATTTATTTATTTTGATAAGAAACATAACTTTCATTATCAAAGAGAAAGATAGAAGAAGTGTGGTTGCTGGAGAATGATGGCTCCTTTTCGGTTAAATCTTTATCTCCGATGCTCATTGTGAAACAAATAGCTTTGGAAAGGTGAAAGAGTTAGAGAATTGAACAGGGATCCTCCAATAGGAAGGAAATGTGGTACTCAATTCCTTATTTTAAAAAAATTGATAAAGGATGCTTAAAAAAAGAAGTCAATGGTTGCTAAATCTGAACCGGATGCTATTGCCTAAATCTTCAGTGGAAAAAAGTCTGCCTTCTCTGAAGTTGGATCTTAGGATTGGAAAAGAGAGTGTTCGCTATCCTGGAACTGTTGGTACCTTTTTTGGTCGTGGTAACGCTCATACAAAACTACAGCTTAACTGTGGCCAAGTAAGACTGATCTTTCCTAGAGTGCCTTCTTTAAGCTTGAGCACAGGTGCCCAAGAATCTGCAGGAGATGAACATTCCTAGGCAGGAGATGAGAAATCTTATTCGGTTGCCAAAGTACTTTTTTAGTTGCTCAATTGTCCACTTTAGATGAAATTGCTCAACTAAATCATATTATGTGGTGGAGACAGAAGGTACTGCTAAGGCGGACAATTACATACGTGGTCTCACCCATTTGATGAAGCGAAGCAAAAGCCTAATTCTCAATAAAGCAAGCTCCCGCCTCAGGCTCAGGGAGGTGAAGAATATTTATTTCTTTCCAGCTTAGGTCACATAGGCTTAGACATGGCTTTGAGGCCTTTTATCCTAAGAAAGTCAAGGTTTTCTTGTGGATCTTCTCTTTTGAAAGGCTAAACACCTGCGGTAGAATCCAAAGCACCCTTTGAAATTATGCTCTCTCCTTATTGGCTTGCTCTTTGTAAAAACTATGGGGAGTCTTTGATGCACCTTTATTTCTTTTATCCCTTTGCTAATGATCGTTGGGGGAGACTATTTAGCTTGTTCAAGTGCAGTGGTGTTGGCCCAAGAAAGCTTTAGATGCCCTTTTACAGCTAGTTGAAAATGCTCTGGCGAATATCCTTCGGTCCATTGGGATCTCTGCCCTCTTTTGGAGCTTGTAGTTTGAAAGAAACTCTAGGATCTTTCATGATCAAGAAACTAAGTGACTATTTTTGGAGTATGGTTACTCATTTTGCTTCTATTTGGTTCTCTACTTCTAAATTATTTTGTAATTATAACCTAACCCAAATTTATACTAGTTGGGCTCCTGTTTTGTATGTTGTTATGTGGGGTTTTCATTTTTATTTGAATTCGTCCAAATTTCAGACACTTATGGGACTCACAAGATGAATTGGTAGTGACACGTTGAGGCACACTCTAGGGATGTGGAAGACATTTTGAGAAGAGGAAATGAAGAAACCTGTGTTTGAGGTGCAAGGTGAAAACCTAGGTTTAGGAAAGCTGTGTGAAGAACAAGAGATGGGGAATAGGTTTGGGACACCATTGAAGCCCATGAGTTTATCCAATAAACCCCAAGCTTGAGAAACTAACGTGGTAAACATGTCACCCAAATCTAAACTCTCACCCAAACACATCCCTTTCCCTTTTAATCCCTTAATTGACTAGGACATCTAGAATCCAACATTGTATAGTTACTAATTTACTTCAATATGCTGATGTTTTGGAAGGCTCAAAGCTGTTAGTATATTGATATCTTTTGCTTATAGAAGGGACTGTAGAACATGAAGACCTTTGAGGTTGCATTTATCAACCTCTGGTTTTTGGGAGGATAATTAACATAATAACCACCATGACATTTTGGATCTTTTATCTGCTGAAGAAAACTATGTTAATAGCTGGATCACGACTTTCCATTTATCATAAGACTAATTGATTGGTGGCAAATTGCATAAAAGGTGATGTCATAAAAGGAGCTTTTGAGCTGTCAAATGGATATTCTACATCTATCATATAGCACTTGAAAGTGATGATTGAAGTAGGTACTTAATAAAATTTCTTCTGTTCCTATGACCTGATACTAAGTAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAATGGAAGAAGGTTGTGGAATAATGGACAGAAGTACTTGGATATCCTTATTTTTAAAGTTGATATAGTGGTGAACTGTAGTTTCCGTCTCAAGGTTTTGATGTAATTCTTAAAATAGGGAGTTACTTCACGTGTTTATCTCCTTGGTCTGGAGGTGCTGCTCCAATTAGTTGTGTAACTGTGCTGGGTCGGTATCATTGAAAATAATTTACTGCATTACATGACTGGAAAACTACCGCTTACATTTGGAAATCGAATAAAAATTAAATCTTCTAGCCATAATTAATTACAAAAGGCAGCTACTACTTGTCATTTTAAGGATCTTGAAGCTGAAATTTTCCCAATTATATTGCTTCTTGTGTCAATAGAATCCAACATTTTGAGGTTCTTGACATTCAGTCCCTGGGTGTTACTTCTGTGACTATTGAAAGTAAACTTATGTTGAAGGTTACTATTGATTGCCAGTTTTAGTAAGCTGGATTATTCCTTAAAGCTTTTGGTGCTCACCATTCCTTCTTGGCAAGGATCAGTTTACATATTGTGTTAATTTTGGCATTTTTCATTGATGACTTTGAAACGATAAATTCAAATGTTTGTGACTGTCACATCAAGGATATTACTTTTCTACAAATATACTTTGAAATTAGTGGAAAGGGGTATAAGTTCACCAGGACTCTTACAAGGGTTGTCAATTAAAAGTTGAATAGTTGATTTAGTAGGATGGATGGTTTCACTATATTTTTAAATGTCCAATATTAATTGGATATTTCTTTCTATACATACTTCTTATTTAACCTTATACACTACATTGAATTCTTTGCGAAATCATGGTTTTTAGGTGGAATATTATTTCAGTGATTTAAACTTGGCAACTACTGATCATTTGATGAGGTTCATCAATAAAGATCCCGATGGATATGGTAAGATCCTCTCATGGCATCTTTGTTTGAATTTCACAAGTTGATGTGTCGAACTCGTGCTTTTACCATCCCACCACAGGGGGATTGCTTTGGTGTTAAAATTCACGACTTAATGGTAATTTAGAATGACCTCTTAGAATTAGTCAACTGGACTTTTTGCTCTATCTCTGTCCTATGAACACATATCCTGAGTAAGGTCCATTTTAATTCAGTTCCTATATCGGTTGTTGCATCATTCAAGAAGATTAAGGCTCTCATTAATAGTCACTCTCAGCTAGCCAATATTTTGCGGAACTCTTCTAAGCTTGTGAGTATTTCATTTGTTCCTTCTTTACCATTGTTGTCCTCAAGTTATTCTCAATTGGCTTTTTAGTTTTGTCCACCTCATGCTTTTTGGTTCAATATGCTGTAGATGGTTAGTGAAGATGGAAAGAAAGTCAAACGTAAGCAACCACTTTCTGAGTCAGATATGGAGGAGCTGCAAGTAGGGTTTGTTTATTTATTTTATTTTAAATTATGTTTTAATAAATTTTGTAAAAATAAGCTTTATATTATATATATATTTAAATAAAAATTTCAAACCTTGTGGATCGGTACTGTTTTGCATTACAACATGTGTGGTGGTTCCATCCAGTGTCCAGAATAATATATTATTGATTTACAAACCAATGCATTAAATCTTTGCATGTTGTCCTTGTTTTACTTGCCCCCTTTCAGTCTCGCATAGT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ATGGCACAACATTTTTCCTCTTCCCAATCCGATCCATCTCTTTCTCGCAACTCTTCTCTCAGTCGTCTCAACGCTCAGGCTCCTGAGTTCGTCCCCACTCGTCCCTCCACTCGTCCCGATCTACAACCACCGCACTCCGCCCCTGGACCTCCTCCTCCTCCTCCACCCAAGCAATCCCCTCGTATTCTCATCCCTTCTCCTCCTCCTCCGCCGTCTATGATGCATGTTTATCCTCCCCCTCCCCCGGGATCTCCTTTCCATGTTCCCATTCAGACCCCTGTCCCTGTCCCCACCCATGTCGTTTCCATTCAGAATCATCACTATCATCCTCATCATCGCCACCATCATTCCCATCACGTTCCTGTTCTTTATCATCCTCATAATCCTCAGTATTATGCTGACAATGGCGGATTTCATGACCCCGACACCGCGGTTGTCCAGCAACCTCAGAAGCCTCTGGTTGACTCTGACTATGCTGCTCCATCTAGGACTAAACTCACCGAGGAAGTTTCCCAAAAGCTTTTGAATCAGGTGGAATATTATTTCAGTGATTTAAACTTGGCAACTACTGATCATTTGATGAGGTTCATCAATAAAGATCCCGATGGATATGTTCCTATATCGGTTGTTGCATCATTCAAGAAGATTAAGGCTCTCATTAATAGTCACTCTCAGCTAGCCAATATTTTGCGGAACTCTTCTAAGCTTATGGTTAGTGAAGATGGAAAGAAAGTCAAACGTAAGCAACCACTTTCTGAGTCAGATATGGAGGAGCTGCAATCTCGCATAGTAATTGCCGAGAACTTACCTGAGGATCATTGCCACCAAAACCTCATGAAGATATTTTCTGCTGTTGGGAGGTACAAGTATTGCATGATTTTGTTGGATGTTCTTCAGCAACTTGCTAAAGTTATATTGAATTATAATGCTGCTTTATTCTTTGCCAGTGTTAAGAATATTCGAACTTGTCAACCTCAAATCTCAGATGGTGGAGCTTCTTCAACATCTAAATCCGCAAAAGCTGATGGAATGCATTACAGTAACAAGTCAAAGTCTGCTCCAGCTCGTGGGAAGAAGGGACATAATGGGGAGATGAACTGCAAAGATGATGATATCTCTGAACAACCACGTATTGAAAAGCAAGTAGACGATCTTTCCGATCAAGTTGATGTTCATCCGCATGAACAACGAGAGGAGCAGGGAAATGAAAAGGATGGCGGTGGGCAGAGAAGAGTCCGAAATAGGGTACGTGGCAAAGGACGTGGTCGATCACAGTATCACCATAACCACAATAATAACCATAACCATGGGAACCATGTGGGAACTCCACCTTCGAGTAGTTCTACCACCATTGAGCAGGCAGGTACAATGAAGCAGCAGCCTCCTGGACCGCGAATGCCAGATGGGACAAGAGGCTTTGTGATGGGGCGGGGGAAGCCGTTCGAATTTGATTTCAAATTGTATTGTGAAGTTTTAAATTATTTTCTAAATGACCCCTACGTAAAGGACCAATTAAAGGTCAAAATTAAACATTGGGAACCAAAAATGTCACATTTGAAGTCTCAAGAAATAAATAGAAACAAACTTCAAATCTTGGGAATCAAATGTAAGACAAAGCAAACCAAATTGTTCAAACTGAAAAATATCTTAAAAAGAAATCAGGATAGATACATGTCCAAGAGATACAAAACAAGCTTGGGTTCAAAAGAATAA MAQHFSSSQSDPSLSRNSSLSRLNAQAPEFVPTRPSTRPDLQPPHSAPGPPPPPPPKQSPRILIPSPPPPPSMMHVYPPPPPGSPFHVPIQTPVPVPTHVVSIQNHHYHPHHRHHHSHHVPVLYHPHNPQYYADNGGFHDPDTAVVQQPQKPLVDSDYAAPSRTKLTEEVSQKLLNQVEYYFSDLNLATTDHLMRFINKDPDGYVPISVVASFKKIKALINSHSQLANILRNSSKLMVSEDGKKVKRKQPLSESDMEELQSRIVIAENLPEDHCHQNLMKIFSAVGRYKYCMILLDVLQQLAKVILNYNAALFFASVKNIRTCQPQISDGGASSTSKSAKADGMHYSNKSKSAPARGKKGHNGEMNCKDDDISEQPRIEKQVDDLSDQVDVHPHEQREEQGNEKDGGGQRRVRNRVRGKGRGRSQYHHNHNNNHNHGNHVGTPPSSSSTTIEQAGTMKQQPPGPRMPDGTRGFVMGRGKPFEFDFKLYCEVLNYFLNDPYVKDQLKVKIKHWEPKMSHLKSQEINRNKLQILGIKCKTKQTKLFKLKNILKRNQDRYMSKRYKTSLGSKE Homology
BLAST of Clc09G16250 vs. NCBI nr
Match: XP_038888029.1 (la-related protein 6B [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 797.0 bits (2057), Expect = 1.1e-226 Identity = 439/520 (84.42%), Postives = 442/520 (85.00%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. NCBI nr
Match: XP_023530713.1 (la-related protein 6B-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 731.9 bits (1888), Expect = 4.3e-207 Identity = 414/525 (78.86%), Postives = 424/525 (80.76%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. NCBI nr
Match: XP_022928061.1 (la-related protein 6B-like [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 730.7 bits (1885), Expect = 9.6e-207 Identity = 418/539 (77.55%), Postives = 429/539 (79.59%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. NCBI nr
Match: KAG6588510.1 (La-related protein 6B, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]) HSP 1 Score: 729.9 bits (1883), Expect = 1.6e-206 Identity = 413/525 (78.67%), Postives = 424/525 (80.76%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. NCBI nr
Match: XP_008447184.1 (PREDICTED: la-related protein 6B isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 726.1 bits (1873), Expect = 2.4e-205 Identity = 413/523 (78.97%), Postives = 421/523 (80.50%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: O80567 (La-related protein 6B OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6B PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 350.1 bits (897), Expect = 4.6e-95 Identity = 266/562 (47.33%), Postives = 319/562 (56.76%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LHL3 (La-related protein 6C OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6C PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 128.6 bits (322), Expect = 2.2e-28 Identity = 124/374 (33.16%), Postives = 184/374 (49.20%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q94A38 (La-related protein 6A OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=LARP6A PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 113.2 bits (282), Expect = 9.5e-24 Identity = 103/326 (31.60%), Postives = 163/326 (50.00%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q7ZWE3 (La-related protein 7 OS=Danio rerio OX=7955 GN=larp7 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 73.6 bits (179), Expect = 8.4e-12 Identity = 48/152 (31.58%), Postives = 83/152 (54.61%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q5XI01 (La-related protein 7 OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Larp7 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 72.8 bits (177), Expect = 1.4e-11 Identity = 48/147 (32.65%), Postives = 74/147 (50.34%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1EJ80 (la-related protein 6B-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111434957 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 730.7 bits (1885), Expect = 4.6e-207 Identity = 418/539 (77.55%), Postives = 429/539 (79.59%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3BGU3 (la-related protein 6B isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103489697 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 726.1 bits (1873), Expect = 1.1e-205 Identity = 413/523 (78.97%), Postives = 421/523 (80.50%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I059 (la-related protein 6B-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111468508 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 725.3 bits (1871), Expect = 2.0e-205 Identity = 410/519 (79.00%), Postives = 420/519 (80.92%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1I3E0 (la-related protein 6B-like OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111470630 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 711.4 bits (1835), Expect = 2.9e-201 Identity = 416/530 (78.49%), Postives = 429/530 (80.94%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1GLH8 (la-related protein 6B-like OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111455073 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 709.5 bits (1830), Expect = 1.1e-200 Identity = 413/531 (77.78%), Postives = 429/531 (80.79%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. TAIR 10
Match: AT2G43970.2 (RNA-binding protein ) HSP 1 Score: 356.3 bits (913), Expect = 4.6e-98 Identity = 266/546 (48.72%), Postives = 319/546 (58.42%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. TAIR 10
Match: AT2G43970.1 (RNA-binding protein ) HSP 1 Score: 350.1 bits (897), Expect = 3.3e-96 Identity = 266/562 (47.33%), Postives = 319/562 (56.76%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. TAIR 10
Match: AT3G19090.1 (RNA-binding protein ) HSP 1 Score: 128.6 bits (322), Expect = 1.6e-29 Identity = 124/374 (33.16%), Postives = 184/374 (49.20%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. TAIR 10
Match: AT5G46250.1 (RNA-binding protein ) HSP 1 Score: 113.2 bits (282), Expect = 6.8e-25 Identity = 103/326 (31.60%), Postives = 163/326 (50.00%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G16250 vs. TAIR 10
Match: AT5G46250.2 (RNA-binding protein ) HSP 1 Score: 103.2 bits (256), Expect = 7.0e-22 Identity = 54/122 (44.26%), Postives = 80/122 (65.57%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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