Clc09G10840 (gene) Watermelon (cordophanus) v2
Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGAGCAGCAACTACCGAACAGAGGAAAAGGTGAAGAAGCCTTTAGTTTGTTCTAACAGAACGAACCCAATTTGTACCACAACTGTATTCAGCTGCAGTGCAAGCATATTGCACTCATGGCTTTGTTCACACTGCCATTTCATTCGGAATCTTGTCTTCAATAAGCTTTCGCCGCCGTCTCATCGGGGAAGTCAATGCACAGGCAAGTAAAATTCTCTCCGGGTCATGATAGCAGTTACAGATGCCCTACTAACCTAGTATCTCCTCTCCATTTCCTCAGGTTAAGCTCTCGTTTGGGATCAATAGCTGGCTCGATATGTAGATTCAGGCCCCACGAACATGTAAGCATCTTTAGTTCGGAAGTATGGCCGGATTTTATAAATTTGAATTTGTTATCTTGAAAGACGAAGAAAAGAAGGGAGGTCACTTAAGGGGCCAGCTGATTCAGTTAATGCATAATTTTCCTTTGGAGAATTGCTAAACATGGCAGTTATTCAATGAACTTATATTTAGTTCATTTGGTTTAGCATTTCTGCAAATTAGTTATTGTTAAATACTAGGTTGGCCATCGTGTAGGGTCAAGTAGTTGTATTGTGAGATTAGTCTTGCCTGAACATATAGGAATTCCCATTGGATTTTGTGAGTTCTTATTTATTCTCCTTACTACTATCAATAGGTGCGAAAAAAGGATGCTAGCAAATTGGTATTCCATCGGGCTCTTCTCATCTCCAAGGGTAATCTATGGAAAATAAGTTGTTTGAATATGTCATGTTTTTCAGGACGAGTGATTCGATGGTTTTTTTTGACATAGTATGTATAAATCGGTCTTCTTACATCTGTTTACAAATTACAACTTTGGCAAAGAGTTTGTTCTAGGCCATGTTTTCTGGTAGAATATACAATCAAATTTCATGTATGACATATGTTATAATACATATTTTACATGTTTATGTATCATTGTCCTTTATCGTAATTGTACATACCTAGTCTAGGGTTTTCCTTGTTCCCTGTATATGTGTAACTTTCTTGTGAATAATAGTACGAGAATATATTCTAAATTACTCAGTACATGGTATTAGAGTTTCTAGGGTTTAGAATATTCGTTTGATGACTACCCTCTCACAAAATTAGGGTTTTAGTTTAGGTCACAAAGTTCAAGTGGCTGTTTGTTTACATCGCTCACCTCAGGAGAAGTGTTGTTGTCATTCGTTGTCGTCTGTCTTCGTCGTTGGCTGAAAAACGCCGCCCGTGAGGCTCAATTGTCGGCGGAAGGAAACTGCTCCGTCGCCACGAGCTAGTGCGTGGAAGCTTCGTTTCGTATTCCAATGGTTGGGTTCATCTTGGGTCCTCTCCCCCGATCAGTTTGTGCATTTGGTTCCATCGAAAACTCTTTGGCCGTGAAGATATTTGAAGAATACATCTTTGTTTCTAGGGTTTGTGGTTGTTTTATTCAATTTTGTGGCTGTTTTGATCATGTGGAGTGATTTTACCCTAGTTTTGTATTATGGTTCTTTATTTTGGTTCTTTATTCTCGTTCCATCTGTGAGATCTACGGTTCGTGTGTAAATTCATTATGGATGCGATGAAGAATTTGGTAGTATCTAATGTGATTCCCCCAACCTCAAAGATCACATAACATAAGTTAAATAGATCTAATTACTATGATTGGCGTTTGACAGTTCTGTTTTATTTACGAAGTATGGATATGGGTAATCATATGACTGCAGATCCACCAGAAGATGATAAGAAGAAGAAGGATTGGCTTCGTGGTGATGTTCGACTTTATCTTTAGATCAAAAATTCCATTGAGAATGAGGTAATTGGTTTGGTCGATCATTGTAATTCTGTGAAGGAGCTCTTAAAATTTTTAGAATTTTTGTACTCGAGTAAAGAGCAAGTCCATAGATTGTTTGAAGTTTGTATGTAGTTCTTTCATGCCGAACAGATCGCAGAATCTATGACCAACTACTTTATGAGACTTAAGAGAATAGCTGCTGAGCTTGCTTTGTAACCTTTCAACCCAGATGTTAAAGTTCAACAAACTCAACGAGAAAAGATGGTTGTTATGATCTTTTTGAATGGACTTTTACTTGAATTTGGAAGGGCCAAAACACAAATTCTTTCTGAGTCTAAAATCCCATCATTAGAAGATGCTTTTAGTCGTGTTCTTCTCATTGAGAGTTCTTAATCCAGTTTGTCTGTTTCTCAACCCAACAGTGCTCTTATTAGCAAGAATAATAACCCAGAGTCTCTAGGGGATGGATAACAATTTTCAAGAACTAATTATGATAATCGAAAATCAGATTCTCAGGAGATTGTCTGTAACTATTACTGTAAGCCTGACCATTTGAAATGTGACTGTTGGAAGTTGTTGTATAAGAATCAACGATCTCTGCATGCTCAGATAGCTTCCAACAGTGATATGACAAAGAAGTCGGTTACCATTTCCGCAGATGAGTTTGCTAAATTTCAGATGTACTAGGACTCATTGCAAACATCACCTTCATTTAATCCTACTGCCACCATTGCTGACACAGGTAATACGAAATGTCTCCTTACATTATCTACCAAATGGGCCATAGATTTTGGTGTCACAGCTCATATGACAATTAATTCTAGCTTATTTTCTCCACTATTATCCCTTGGCTCTTCCCTATCTGTTACTTTGGTAGATGACTCAACATCCTCTGTTCTTGGTTTTGGCACCATTAACCTTTCCCATCTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTCTGTTTTACATTTGCCTCAACTATCCTTTAATTTAATTTCTATTAGCCAACTTACTCATGACCTTAACTGTGTTGTCTCGTTTTCTCCTAGTCATTGCTTGTTTCAGGATCGTATGACGAAGAAGATTATTGGTAGAGGATATGAGTTAGGGGGCCTTTATTTTTTATCACCAAATGCGAAAGTTGTGGCTTGCTCAGGAGTTACATCTCCGTTTGAAGTTTATTGTCGTTTGGATCATCCGTCTTTGTTTGTGTTGAAGAAACTTTATCCAGAATTTTGGTCTTTGTCCTCTTTGAATTGTGATTCGTGTTAGTTCGCTAAATTTCATTGTCTTAGTTCTAGTCTTAGAGTCAATAAACGAGCAAGTTCTTCATTTGAATTAGTTCATTCTGATATTTTGGGTCCTTGCCCAATCGTATTCCGAACAGATTTTCGTTATTTTGTTACTTTTGTTGACAATCATTCTCGTTTGACTTGGTTATACTTAATGAAAAACCGTTATGAGTTGCTATCTCACTTTTGTGCTTTTCATGCTGAAATTCAAAATCAGTTCAATGTCTCTATTAAAACTTTGCGCACTAATAATGCTGGCAAATATTTTTCTCATGTGCTTGGATCTTACTTGTGTGAATATGATATCATTCATCAATTATCTTGTGCCGACACTCCATCCCAAAATGGAGTTGTTGAACGAAAGAATAGGCACTTACTTGAAACTGCACGTGTATTATCCTTTCAAATGCATGTTCCAAAGCAATTTTGGGCTGATCCTATTTCAACCCCTTGTTTTCTGATTAAGAGAATGCCTTTGTCTGTTCTTAATGGTGAGATTCCTTATCGTGTTCTTTTTCCTACCAAATCTTTATTTCCTATTGCTCCAAAGATATTTGGTTGTGTTTGTTTTGCTCGAGATGTTCATCCTCATCGTACCAAGTTAGATCTCAAATCCTTGAAATGCATATTCTTAGGTTATTCGCGTGTTCAAAAGGGGTATCGTTGTTATTGTCCTACTCTTAACAGGTACCTTGTCTCTCTTGGTGTTACGTTTTTCAAAGATATGCCTTTTAGTCCATCACCGACGAGTTCATGTCAGGGGGAGGATGACGATCTTTTTATCTATGAGATTACCTCTCCCACATCATCATCTACTCTGTCTTCATCTGTGTCTCTTCCTTCTCGCCCACCCACTACTCAAGTCTACTGCAGGAGACTTCCACAACAACCTTCAAGCACATGTCCTACACCAATGACTTCTTCGACAATTGATCTAGGACCCAGTGATGATCTTCCATCGCCCTTCGAAAAGGTAAACGCAATTGTACTTACCCTATTTCTTCGTTTGTTTTGCATCATCAGTTGTTCTCGCCCACATATTCTTTTCTAACATCCCTTGATTCCATCTCTATTCCTAACTTTGTTCATGAAGCTTTATCTCAACCTGGCTAGTATAGTGCAATAATTGAGGAGATGATTGCTTTAGATGATAATGGTACTTGGAATTTAGTCTCTCATTCTGTTGGAAAGAAGGCAATTGGATGTAAATGAGTGTTTGCTATCATGGTTAACCTTGATGGAACAGTGGCTCGATTGAAAGCTTATCTTGTTGCTAAAGGTTACGCCTAAATCTATGGGATTGATTATTTAGATACGTTTTCTCCAGTCTTCAAATTGAACTCCATCAGACTTTTTCTTTCCATGGTTGCTACCTATAATTGGCCTTTGTATCAACTTGACATAAAGAATGCCTTTTTGCATGGTGATCTCCAGGAGGAAGTTTATATGGAGCAACCACCTGGGTTTGTTGCTCAGGGGGAGAGTGATAAAGTATGTCACCTTCGACAATCTTTGTATGGTTTGAAACAGAGTCCACGTGCATGGTTTGGTAAGTTTAGGCAAACACTTGAACATTTTGGTATGAAGAAAAGTACGTCTGATTATTCTATCTTTTATCGGCAATCTGATAATGGTATTACTTTACTTGTTGTATATGTTAATGATATTGTTATTACTAGAAATAATGTATTGGGTATAACTTCTCTCAAGACTTTCCTTCAGGGTCAATTTCATACAAAAGATTTGGGACAATTGAAGTACTTTTTGGGTATTGAAGTAATGAGAAGCAAGAAAGGTATTTATTTGTCACAACGAAAATATGTACTTGATTTGTTGTTGGAGATAGGAAAATTAGGAGGCAAACCACGCAGTACCCCGATGATACCAAATCTGCAACTTACTAAAGAAGGAGAATTA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BLAST of Clc09G10840 vs. NCBI nr
Match: KAA0061245.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa] >TYK09374.1 pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]) HSP 1 Score: 1266.9 bits (3277), Expect = 0.0e+00 Identity = 672/906 (74.17%), Postives = 727/906 (80.24%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. NCBI nr
Match: XP_038897387.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 [Benincasa hispida]) HSP 1 Score: 1231.9 bits (3186), Expect = 0.0e+00 Identity = 640/829 (77.20%), Postives = 686/829 (82.75%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. NCBI nr
Match: XP_023536089.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1220.3 bits (3156), Expect = 0.0e+00 Identity = 627/825 (76.00%), Postives = 686/825 (83.15%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. NCBI nr
Match: XP_022976056.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 [Cucurbita maxima]) HSP 1 Score: 1205.3 bits (3117), Expect = 0.0e+00 Identity = 622/825 (75.39%), Postives = 680/825 (82.42%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. NCBI nr
Match: XP_022937086.1 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 [Cucurbita moschata]) HSP 1 Score: 1202.6 bits (3110), Expect = 0.0e+00 Identity = 622/825 (75.39%), Postives = 681/825 (82.55%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9SGQ6 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g76280 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 611.3 bits (1575), Expect = 1.7e-173 Identity = 365/824 (44.30%), Postives = 495/824 (60.07%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LSL9 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At5g65560 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 76.6 bits (187), Expect = 1.5e-12 Identity = 61/270 (22.59%), Postives = 115/270 (42.59%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9SUD8 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g28010 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At4g28010 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 76.3 bits (186), Expect = 1.9e-12 Identity = 47/150 (31.33%), Postives = 74/150 (49.33%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9LMH5 (Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g13800 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At1g13800 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 76.3 bits (186), Expect = 1.9e-12 Identity = 60/228 (26.32%), Postives = 107/228 (46.93%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: Q9ZQF1 (Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15630, mitochondrial OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=At2g15630 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 75.5 bits (184), Expect = 3.3e-12 Identity = 74/310 (23.87%), Postives = 129/310 (41.61%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A5A7V601 (Pentatricopeptide repeat-containing protein OS=Cucumis melo var. makuwa OX=1194695 GN=E5676_scaffold5463G00050 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1266.9 bits (3277), Expect = 0.0e+00 Identity = 672/906 (74.17%), Postives = 727/906 (80.24%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1IFV2 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 OS=Cucurbita maxima OX=3661 GN=LOC111476573 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1205.3 bits (3117), Expect = 0.0e+00 Identity = 622/825 (75.39%), Postives = 680/825 (82.42%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1F9C6 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 OS=Cucurbita moschata OX=3662 GN=LOC111443493 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1202.6 bits (3110), Expect = 0.0e+00 Identity = 622/825 (75.39%), Postives = 681/825 (82.55%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A1S3CEN8 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103500041 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1199.5 bits (3102), Expect = 0.0e+00 Identity = 622/779 (79.85%), Postives = 673/779 (86.39%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. ExPASy TrEMBL
Match: A0A6J1BT64 (pentatricopeptide repeat-containing protein At1g76280 isoform X1 OS=Momordica charantia OX=3673 GN=LOC111005486 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1179.1 bits (3049), Expect = 0.0e+00 Identity = 611/829 (73.70%), Postives = 674/829 (81.30%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. TAIR 10
Match: AT1G76280.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 611.3 bits (1575), Expect = 1.2e-174 Identity = 365/824 (44.30%), Postives = 495/824 (60.07%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. TAIR 10
Match: AT1G76280.3 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 609.0 bits (1569), Expect = 5.8e-174 Identity = 367/865 (42.43%), Postives = 497/865 (57.46%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. TAIR 10
Match: AT1G76280.2 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 507.3 bits (1305), Expect = 2.4e-143 Identity = 310/752 (41.22%), Postives = 424/752 (56.38%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. TAIR 10
Match: AT5G65560.1 (Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein ) HSP 1 Score: 76.6 bits (187), Expect = 1.0e-13 Identity = 61/270 (22.59%), Postives = 115/270 (42.59%), Query Frame = 0
BLAST of Clc09G10840 vs. TAIR 10
Match: AT1G13800.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein ) HSP 1 Score: 76.3 bits (186), Expect = 1.4e-13 Identity = 60/228 (26.32%), Postives = 107/228 (46.93%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of Watermelon (cordophanus) v2
Date Performed: 2022-01-31
Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
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